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TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系 被引量:5
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作者 殷安安 陆南 +2 位作者 贺亚龙 章翔 刘玉河 《中国临床神经外科杂志》 2020年第2期76-78,81,共4页
目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背... 目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果纳入3组GBM(共509例)和3组NTB(共37例)样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变(P<0.05),而其基因表达呈现高表达改变(P<0.05),并且甲基化与基因表达呈显著负相关(P<0.05)。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组(P<0.05),甲基化水平是独立的预后影响因子(P<0.05)。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 trim38基因 非CpG岛 DNA甲基化
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大黄鱼trim38基因的克隆及其表达分析
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作者 苟涛 王志勇 《集美大学学报(自然科学版)》 CAS 2022年第6期481-488,共8页
由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的死亡率可达50%~80%。对抗病相关基因trim38进行了分子及表达特征等分析。结果显示:该基因开放阅读框(ORF)1623 bp,编码540个氨基酸,预测蛋... 由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的死亡率可达50%~80%。对抗病相关基因trim38进行了分子及表达特征等分析。结果显示:该基因开放阅读框(ORF)1623 bp,编码540个氨基酸,预测蛋白分子量为61.58 ku,等电点6.99。qRT-PCR的结果表明,在所有检测的组织中都发现了trim38的转录产物,但在肾脏中的相对表达量最高。变形假单胞菌攻毒刺激后,大黄鱼脾脏中该基因持续表达,在120 h达到峰值;肝脏中3 h显著表达,之后相对表达量降低;肾脏中该基因相对表达量变化不大,在96 h左右达到最大值。上述结果表明trim38基因参与了大黄鱼应对变形假单胞菌感染的抗病免疫过程。 展开更多
关键词 大黄鱼 内脏白点病 trim38基因 表达
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猪TRIM38基因的克隆与序列分析
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作者 雷思睿 张益诚 赵孟孟 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第21期61-66,130,131,共8页
为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学... 为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学功能。结果表明:猪TRIM38基因序列长度为1398 bp。大白猪TRIM38基因的核苷酸序列与欧亚野猪的相似性为100%,亲缘关系最近,为同一物种;与非洲跳鼠的相似性为70.1%,亲缘关系最远。猪TRIM38基因编码的蛋白质由465个氨基酸分子组成,分子量为32.27 ku,理论等电点(pI)为6.18,呈酸性。平均亲水系数(GRAVY)为-0.502,不稳定系数为60.89,是一种不稳定的亲水性蛋白质;猪TRIM38蛋白具有26个磷酸化位点,并含有16个糖基化位点。大白猪TRIM38蛋白主要存在于细胞核中;该蛋白无信号肽,不属于分泌蛋白且为膜外蛋白;猪TRIM38蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,三级结构与二级结构相符。说明TRIM38基因可以调控PRRSV的复制。 展开更多
关键词 trim38基因 克隆 进化树 序列分析 生物信息学分析
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