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TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系
被引量:
5
1
作者
殷安安
陆南
+2 位作者
贺亚龙
章翔
刘玉河
《中国临床神经外科杂志》
2020年第2期76-78,81,共4页
目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背...
目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果纳入3组GBM(共509例)和3组NTB(共37例)样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变(P<0.05),而其基因表达呈现高表达改变(P<0.05),并且甲基化与基因表达呈显著负相关(P<0.05)。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组(P<0.05),甲基化水平是独立的预后影响因子(P<0.05)。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。
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关键词
胶质母细胞瘤
trim
38
基因
非CpG岛
DNA甲基化
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职称材料
大黄鱼trim38基因的克隆及其表达分析
2
作者
苟涛
王志勇
《集美大学学报(自然科学版)》
CAS
2022年第6期481-488,共8页
由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的死亡率可达50%~80%。对抗病相关基因trim38进行了分子及表达特征等分析。结果显示:该基因开放阅读框(ORF)1623 bp,编码540个氨基酸,预测蛋...
由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的死亡率可达50%~80%。对抗病相关基因trim38进行了分子及表达特征等分析。结果显示:该基因开放阅读框(ORF)1623 bp,编码540个氨基酸,预测蛋白分子量为61.58 ku,等电点6.99。qRT-PCR的结果表明,在所有检测的组织中都发现了trim38的转录产物,但在肾脏中的相对表达量最高。变形假单胞菌攻毒刺激后,大黄鱼脾脏中该基因持续表达,在120 h达到峰值;肝脏中3 h显著表达,之后相对表达量降低;肾脏中该基因相对表达量变化不大,在96 h左右达到最大值。上述结果表明trim38基因参与了大黄鱼应对变形假单胞菌感染的抗病免疫过程。
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关键词
大黄鱼
内脏白点病
trim
38
基因
表达
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职称材料
猪TRIM38基因的克隆与序列分析
3
作者
雷思睿
张益诚
赵孟孟
《黑龙江畜牧兽医》
北大核心
2023年第21期61-66,130,131,共8页
为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学...
为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学功能。结果表明:猪TRIM38基因序列长度为1398 bp。大白猪TRIM38基因的核苷酸序列与欧亚野猪的相似性为100%,亲缘关系最近,为同一物种;与非洲跳鼠的相似性为70.1%,亲缘关系最远。猪TRIM38基因编码的蛋白质由465个氨基酸分子组成,分子量为32.27 ku,理论等电点(pI)为6.18,呈酸性。平均亲水系数(GRAVY)为-0.502,不稳定系数为60.89,是一种不稳定的亲水性蛋白质;猪TRIM38蛋白具有26个磷酸化位点,并含有16个糖基化位点。大白猪TRIM38蛋白主要存在于细胞核中;该蛋白无信号肽,不属于分泌蛋白且为膜外蛋白;猪TRIM38蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,三级结构与二级结构相符。说明TRIM38基因可以调控PRRSV的复制。
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关键词
猪
trim
38
基因
克隆
进化树
序列分析
生物信息学分析
原文传递
题名
TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系
被引量:
5
1
作者
殷安安
陆南
贺亚龙
章翔
刘玉河
机构
中国人民解放军联勤保障部队第九六〇医院泰安院区神经外科
空军军医大学西京医院神经外科
出处
《中国临床神经外科杂志》
2020年第2期76-78,81,共4页
文摘
目的探讨免疫基因TRIM38非CpG岛DNA甲基化在胶质母细胞瘤(GBM)中改变模式和临床意义。方法利用公共数据库,比较TRIM38甲基化在GBM与非肿瘤脑组织(NTB)中的差异程度,并通过统计分析探讨该基因甲基化水平与基因表达、病人预后、生物学背景的关系。结果纳入3组GBM(共509例)和3组NTB(共37例)样本。TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化位点在GBM中呈低甲基化改变(P<0.05),而其基因表达呈现高表达改变(P<0.05),并且甲基化与基因表达呈显著负相关(P<0.05)。TRIM38低甲基化病人生存时间明显短于高甲基化组(P<0.05),甲基化水平是独立的预后影响因子(P<0.05)。TRIM38低甲基化GBM样本可能富集免疫调节及Toll样受体通路相关的基因簇。结论 TRIM38可能在GBM中通过非CpG岛低甲基化介导的基因异常表达上调,参与肿瘤发生、发展;TRIM38非CpG岛甲基化可能作为指导GBM预后评价的潜在生物标记物;TRIM38甲基化导致的预后差异很可能与Toll样受体通路及免疫调节的差异有关。
关键词
胶质母细胞瘤
trim
38
基因
非CpG岛
DNA甲基化
Keywords
trim
38
non-CpG island
Methylation
Glioblastomas
分类号
R739.41 [医药卫生—肿瘤]
Q786 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
大黄鱼trim38基因的克隆及其表达分析
2
作者
苟涛
王志勇
机构
集美大学水产学院
农业农村部东海海水健康养殖重点实验室
出处
《集美大学学报(自然科学版)》
CAS
2022年第6期481-488,共8页
基金
国家自然科学基金重点支持项目(U1705231)
厦门市科技项目(3502Z20193052)。
文摘
由变形假单胞菌(Pseudomonas plecoglossicida)引起的大黄鱼(Larimichthys crocea)内脏白点病的死亡率可达50%~80%。对抗病相关基因trim38进行了分子及表达特征等分析。结果显示:该基因开放阅读框(ORF)1623 bp,编码540个氨基酸,预测蛋白分子量为61.58 ku,等电点6.99。qRT-PCR的结果表明,在所有检测的组织中都发现了trim38的转录产物,但在肾脏中的相对表达量最高。变形假单胞菌攻毒刺激后,大黄鱼脾脏中该基因持续表达,在120 h达到峰值;肝脏中3 h显著表达,之后相对表达量降低;肾脏中该基因相对表达量变化不大,在96 h左右达到最大值。上述结果表明trim38基因参与了大黄鱼应对变形假单胞菌感染的抗病免疫过程。
关键词
大黄鱼
内脏白点病
trim
38
基因
表达
Keywords
large yellow croaker(Larimichthys crocea)
visceral white spot disease
trim
38
gene
expression
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
下载PDF
职称材料
题名
猪TRIM38基因的克隆与序列分析
3
作者
雷思睿
张益诚
赵孟孟
机构
佛山科学技术学院生命科学与工程学院
出处
《黑龙江畜牧兽医》
北大核心
2023年第21期61-66,130,131,共8页
基金
国家自然科学基金青年基金项目(31902279)
佛山科学技术学院学生学术基金项目(xsjj202209zrb07)。
文摘
为了克隆三基序蛋白38(tripartite motif 38,TRIM38)基因,并对该基因编码蛋白进行序列分析及生物信息学功能预测,试验采用PCR方法扩增猪TRIM38基因,并将其连接至pMD-18T载体上;采用多种在线软件预测猪TRIM38蛋白的理化性质和生物信息学功能。结果表明:猪TRIM38基因序列长度为1398 bp。大白猪TRIM38基因的核苷酸序列与欧亚野猪的相似性为100%,亲缘关系最近,为同一物种;与非洲跳鼠的相似性为70.1%,亲缘关系最远。猪TRIM38基因编码的蛋白质由465个氨基酸分子组成,分子量为32.27 ku,理论等电点(pI)为6.18,呈酸性。平均亲水系数(GRAVY)为-0.502,不稳定系数为60.89,是一种不稳定的亲水性蛋白质;猪TRIM38蛋白具有26个磷酸化位点,并含有16个糖基化位点。大白猪TRIM38蛋白主要存在于细胞核中;该蛋白无信号肽,不属于分泌蛋白且为膜外蛋白;猪TRIM38蛋白二级结构主要以α-螺旋为主,三级结构与二级结构相符。说明TRIM38基因可以调控PRRSV的复制。
关键词
猪
trim
38
基因
克隆
进化树
序列分析
生物信息学分析
Keywords
porcine
trim
38
gene
cloning
evolutionary tree
sequence analysis
bioinformatics analysis(011)
分类号
S828 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
TRIM38基因非CpG岛DNA甲基化与胶质母细胞瘤临床预后的关系
殷安安
陆南
贺亚龙
章翔
刘玉河
《中国临床神经外科杂志》
2020
5
下载PDF
职称材料
2
大黄鱼trim38基因的克隆及其表达分析
苟涛
王志勇
《集美大学学报(自然科学版)》
CAS
2022
0
下载PDF
职称材料
3
猪TRIM38基因的克隆与序列分析
雷思睿
张益诚
赵孟孟
《黑龙江畜牧兽医》
北大核心
2023
0
原文传递
已选择
0
条
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参考文献
引证文献
统计分析
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