目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String...目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析及基因本体论(gene ontology,GO)注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用(PPI)网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。展开更多
目的:通过基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接方法探讨槲皮素对银屑病外周血中性粒细胞弹性蛋白酶(neutrophil elastase,NE)的分子机制。方法:从公共GEO下载GSE106087芯片数据,筛选差异靶点基因;收集中药系统药理学数据库与分析平台...目的:通过基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接方法探讨槲皮素对银屑病外周血中性粒细胞弹性蛋白酶(neutrophil elastase,NE)的分子机制。方法:从公共GEO下载GSE106087芯片数据,筛选差异靶点基因;收集中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中槲皮素预测靶点基因,与银屑病外周血NE差异性基因取交集,收集槲皮素干预银屑病外周血NE的靶标基因,并进行String平台验证,同时进行基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和KEGG富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG),最后通过分子对接证据支持分析槲皮素干预银屑病NE的作用机制。结果:1)GSE106087基因芯片共包含基因49454个,银屑病外周血NE差异性基因189个(上调36个、下调153个);GO富集分析为432条生物过程、23条细胞成分、6条分子功能;KEGG富集分析为12条信号通路;2)槲皮素干预银屑病外周血NE差异基因11个(下调7个、上调4个),拓扑网络筛选核心靶标基因为JUN、SSP1(均为银屑病外周血NE上调基因),通过String平台验证为8个,其中能与槲皮素进行分子对接基因共6个,GO富集分析生物过程共291条、细胞成分7个、分子功能14个;KEGG富集分析为34条信号通路。结论:1)GSE106087基因芯片包含基因49454个,银屑病外周血NE的病理机制主要与ARG1等基因、中性粒细胞活化、病毒蛋白与细胞因子、细胞因子受体相互作用等上调,以及SPP1等基因、中性粒细胞脱颗粒生物过程、NOD样受体信号通路等下调关系密切;2)槲皮素干预银屑病外周血NE机制,主要与上调JUN、SSP1和下调IL-17信号通路、TNF信号通路等密切相关。展开更多
文摘目的基于网络药理学和分子对接技术探讨复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制。方法通过中药系统网络药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索复方丹参滴丸的活性成分,利用GeneCards、Disgnet和TTD数据库检索心绞痛疾病相关靶点,通过String数据库和Metascape开放平台对复方丹参滴丸与心绞痛的交集靶点进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析及基因本体论(gene ontology,GO)注释。采用SYBYL2.1软件的Surflex-Dock模块对筛选的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果从复方丹参滴丸中筛选出76种活性化合物,涉及500个潜在靶点。复方丹参滴丸成分靶点与心绞痛疾病靶点取交集,共获得457个交集靶点;复方丹参滴丸治疗心绞痛作用靶标的蛋白相互作用(PPI)网络中共包含158个节点,其中重要的靶点有STAT3、TP53、AKT1、JUN、MAPK1、HSP90AA1等。复方丹参滴丸通过调控炎症反应、凋亡信号通路、积极调节细胞迁移等GO生物过程,参与流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、IL17信号通路等信号通路,发挥治疗心绞痛的作用。分子对接结果表明筛选得到的活性成分与靶点有较强的结合。结论运用网络药理学研究方法推测出复方丹参滴丸治疗心绞痛的潜在分子机制及作用靶点,分子对接验证了筛选的关键活性成分与重要靶点具有较强的结合活性。
文摘目的:通过基因表达数据库(GEO)芯片分析及分子对接方法探讨槲皮素对银屑病外周血中性粒细胞弹性蛋白酶(neutrophil elastase,NE)的分子机制。方法:从公共GEO下载GSE106087芯片数据,筛选差异靶点基因;收集中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)中槲皮素预测靶点基因,与银屑病外周血NE差异性基因取交集,收集槲皮素干预银屑病外周血NE的靶标基因,并进行String平台验证,同时进行基因本体论功能富集分析(gene ontology,GO)和KEGG富集分析(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG),最后通过分子对接证据支持分析槲皮素干预银屑病NE的作用机制。结果:1)GSE106087基因芯片共包含基因49454个,银屑病外周血NE差异性基因189个(上调36个、下调153个);GO富集分析为432条生物过程、23条细胞成分、6条分子功能;KEGG富集分析为12条信号通路;2)槲皮素干预银屑病外周血NE差异基因11个(下调7个、上调4个),拓扑网络筛选核心靶标基因为JUN、SSP1(均为银屑病外周血NE上调基因),通过String平台验证为8个,其中能与槲皮素进行分子对接基因共6个,GO富集分析生物过程共291条、细胞成分7个、分子功能14个;KEGG富集分析为34条信号通路。结论:1)GSE106087基因芯片包含基因49454个,银屑病外周血NE的病理机制主要与ARG1等基因、中性粒细胞活化、病毒蛋白与细胞因子、细胞因子受体相互作用等上调,以及SPP1等基因、中性粒细胞脱颗粒生物过程、NOD样受体信号通路等下调关系密切;2)槲皮素干预银屑病外周血NE机制,主要与上调JUN、SSP1和下调IL-17信号通路、TNF信号通路等密切相关。
