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T10脊髓损伤后T10~L2脊髓组织中差异表达蛋白的生物信息学分析
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作者 唐丽亚 瞿启睿 +6 位作者 吴霞 龙轶映 许明 张泓 刘琼 艾坤 周璐 《湖南中医药大学学报》 CAS 2022年第8期1289-1299,共11页
目的利用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出T10脊髓损伤后T10~L2脊髓组织的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)并对其进行生物信息学分析,以期挖掘出T10脊髓损伤后膀胱颈功能障碍(bladder neck dysfunction,BND)的潜... 目的利用TMT标记定量蛋白质组学技术筛选出T10脊髓损伤后T10~L2脊髓组织的差异表达蛋白(differentially expressed proteins,DEPs)并对其进行生物信息学分析,以期挖掘出T10脊髓损伤后膀胱颈功能障碍(bladder neck dysfunction,BND)的潜在治疗靶点。方法40只大鼠采用随机数字表法分为假手术组(12只)和造模组(28)只,造模组28只大鼠采用Hassan Shaker脊髓横断法制备T10脊髓损伤模型,从符合要求的模型大鼠中随机抽取12只作为模型组。所有大鼠行尿流动力学检测和HE染色,采用TMT检测出T10~L2脊髓组织中表达的蛋白质,将差异倍数(fold change,FC)>1.2或<1/1.2、P<0.05、unique peptide≥2的蛋白质定义为DEPs,使用KOBAS 3.0对DEPs进行京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。利用STRING及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,利用cytoHubba插件及DEPs的度(Degree)值筛选出排名前35位的关键DEPs,并通过GluGO插件对35个关键DEPs所参与的生物过程进行分析。结果与假手术组相比,模型组大鼠漏尿点压力和最大膀胱容量明显增大(P<0.01);HE染色结果显示,模型组膀胱颈组织中出现炎细胞浸润,平滑肌壁增厚;模型组T10~L2脊髓组织出现神经元崩解,坏死后空洞形成,神经胶质细胞增生。TMT结果显示,在T10~L2脊髓组织中共筛选出了151个DEPs,其中84个蛋白上调、67个蛋白下调;KEGG分析发现151个DEPs,主要参与趋化因子信号通路、NOD-样受体信号通路、细胞坏死、细胞凋亡、多巴胺能神经突触和谷氨酸能突触等16条信号通路。35个关键DEPs主要参与了巨噬细胞活化、神经胶质细胞的激活、小胶质细胞的激活和神经炎症反应等生物过程。结论T10脊髓损伤后,T10~L2脊髓组织中C1qa、Clu、Snca、Pycard、Glul、Capn1、Ctsz和Ctsd可能是降低脊髓继发性损伤风险的潜在治疗靶点;T10~L2脊髓 展开更多
关键词 脊髓损伤 T10~l2脊髓组织 膀胱颈功能障碍 TMT标记定量蛋白质组学 生物信息学 差异表达蛋白 多巴胺能突触 谷氨酸能突触
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