【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6...【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1869、296、1257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein,acid and rich in cysteine,SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-like factor 7,KLF7)等基因与细胞增殖发育相关,在3月龄时高表达;胰岛素样生长因子-1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)、信号转导与转录激活因子1(signal transducer and activator of transcription 1,STAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)等基因与细胞脂质代谢相关,在6月龄后表达显著上调。【结论】本研究获得苏姜猪4个生长时期背膘组织的基因表达谱,筛选到SPARC、CTSS、KLF 7等与细胞增殖发育相关的关键基因,IGF 1 R、STAT 1、FASN等与细胞脂质代谢相关的关键基因,为苏姜猪背膘厚的遗传改良提供了基础数据。展开更多
文摘【目的】比较苏姜猪背膘组织生长发育过程中基因表达谱的差异,挖掘影响背膘组织生长发育的关键基因。【方法】选择1、3、6和8月龄(M1、M3、M6、M8)4个生长时期苏姜猪背膘组织进行高通量转录组测序,组成3个比对组(M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8)进行差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的筛选,并进行功能富集和表达趋势分析。【结果】转录组测序显示,M1 vs M3、M3 vs M6、M6 vs M8组分别筛选到1869、296、1257个DEGs。功能富集显示,Wnt信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路在M1 vs M3组表现活跃,PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、丁酸代谢、柠檬酸循环等信号通路在M6 vs M8组表现活跃。基因表达趋势分析显示,富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白(secreted protein,acid and rich in cysteine,SPARC)、组织蛋白酶S(recombinant cathepsin S,CTSS)、Kruppel样因子7(Kruppel-like factor 7,KLF7)等基因与细胞增殖发育相关,在3月龄时高表达;胰岛素样生长因子-1受体(insulin-like growth factor 1 receptor,IGF1R)、信号转导与转录激活因子1(signal transducer and activator of transcription 1,STAT1)、脂肪酸合成酶(fatty acid synthase,FASN)等基因与细胞脂质代谢相关,在6月龄后表达显著上调。【结论】本研究获得苏姜猪4个生长时期背膘组织的基因表达谱,筛选到SPARC、CTSS、KLF 7等与细胞增殖发育相关的关键基因,IGF 1 R、STAT 1、FASN等与细胞脂质代谢相关的关键基因,为苏姜猪背膘厚的遗传改良提供了基础数据。
