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维生素D受体基因起始密码和3′端多态性与绝经后妇女骨密度的关系 被引量:29
1
作者 章振林 赵金秀 +3 位作者 孟迅吾 周学瀛 邢小平 夏维波 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2003年第1期5-8,共4页
目的 了解维生素 D受体 (vitamin D receptor,VDR)基因起始密码多态性和 3′端多态性对北京地区汉族绝经后妇女骨密度 (bone mineral density,BMD)值的影响是否具有协同作用。方法 应用聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性检测了 110... 目的 了解维生素 D受体 (vitamin D receptor,VDR)基因起始密码多态性和 3′端多态性对北京地区汉族绝经后妇女骨密度 (bone mineral density,BMD)值的影响是否具有协同作用。方法 应用聚合酶链反应 -限制性片段长度多态性检测了 110名绝经后妇女 VDR基因 Fok 和 3′端多态性 ,同时用双能 X线吸收法测定绝经后妇女腰椎 2~ 4 (L2 - 4)、股骨颈、Ward’s三角和大转子区的 BMD值。结果 被研究人群 Fok 、Apa 、Bsm 和 Taq 等位基因频率分布均符合 Hardy- Weinberg定律。单独分析各基因型与绝经后妇女 BMD值的关系 ,仅显示 Bsm 基因型与 BMD值有关联 (P<0 .0 5 ) ;协同分析 Fok 基因型和 Apa 、Bsm 、Taq 基因型与 BMD值的关系 ,显示 Fok - Apa 基因型与绝经后妇女 L2 - 4BMD值显著相关 (P<0 .0 0 1) ,而未见 Fok - Bsm 基因型与绝经后妇女各部位 BMD值的关联 ,Fok -Taq 基因型与股骨颈和大转子区部位 BMD值有关联 (P<0 .0 5 )。此外 ,未发现 VDR基因 3′端多态性之间与各部位的 BMD值有关联。结论  VDR基因 Fok 多态性虽然与绝经后妇女 BMD值无关联 ,但 Fok 多态性和 3′端多态性 (Apa 和 Taq )对绝经后妇女 展开更多
关键词 维生素D受体基因 起始密码 3'端多态性 绝经后妇女 骨密度 骨质疏松 遗传多态性
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真核基因起始与终止密码子旁侧序列特征分析 被引量:6
2
作者 翁景然 张宏 +1 位作者 耿美英 张成岗 《生物信息学》 2004年第4期10-14,共5页
真核基因起始与终止密码子旁侧序列的特征对于确定cDNA开放阅读框架 (ORF)和预测基因组序列中的编码区 (CDS)非常重要。基于高质量RefSeq数据库 ,在较大数据规模下统计分析了起始密码子旁侧序列所具有的“Kozak规则” ,发现不同物种之... 真核基因起始与终止密码子旁侧序列的特征对于确定cDNA开放阅读框架 (ORF)和预测基因组序列中的编码区 (CDS)非常重要。基于高质量RefSeq数据库 ,在较大数据规模下统计分析了起始密码子旁侧序列所具有的“Kozak规则” ,发现不同物种之间存在差别。同时分析了不同终止密码子旁侧序列的统计学特征 ,给出了相应的正则表达式。由于发现多种基因中存在同相位起始、终止密码子串联使用的情况 ,亦对此进行了讨论。 展开更多
关键词 真核基因 CDNA序列 起始密码子 终止密码子 序列特征 Kozak规则
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需氧恶性杆菌和海栖热袍菌基因组中第一ATG规则的检验 被引量:2
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作者 胡秀珍 李宏 吕军 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2002年第6期622-626,共5页
将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作... 将第一ATG规则用于需氧恶性杆菌(A.pernix)和海栖热袍菌(T.maritima)两类细菌基因组中,用已知的ORF(包含已知基因编码区)进行检验,其结果对以ATG起始的ORF序列,正确率分别为100%,89.9%;并对两种细菌基因组中L-Ter到第一ATG之间的距离作了相应的统计分析,结果表明:非ATG起始的ORF中,L-Ter到第一ATG之间的平均距离是以ATG起始的4至5倍,很可能是非ATG起始的ORF的一个重要序列特征;分析了两种细菌终止密码子在L-Ter和Ter中的使用频率,发现在Ter中终止密码子使用的偏置程度比在L-Ter中大. 展开更多
关键词 需氧恶性杆菌 海栖热袍菌 检验 第一ATG规则 起始密码子 终止密码子 细菌基因组 基因编码区
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湖北地区汉族人群维生素D受体基因起始密码单核苷酸多态性与前列腺癌的相关性分析 被引量:3
4
作者 杨奕 王少刚 +1 位作者 叶章群 杨为民 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 2004年第6期411-414,共4页
目的 :了解维生素D受体 (vitaminDreceptor,VDR)基因起始密码单核苷酸多态性与前列腺癌的关系 ,探讨前列腺癌发病的分子机制。 方法 :提取 80例前列腺癌患者及 96例健康男性对照者外周血标本中基因组DNA ,应用聚合酶链反应 限制性片... 目的 :了解维生素D受体 (vitaminDreceptor,VDR)基因起始密码单核苷酸多态性与前列腺癌的关系 ,探讨前列腺癌发病的分子机制。 方法 :提取 80例前列腺癌患者及 96例健康男性对照者外周血标本中基因组DNA ,应用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)及DNA测序技术检测并分析了VDR基因起始密码单核苷酸多态性在两组中的分布。 结果 :前列腺癌病例和对照组FokⅠ等位基因频率分布均符合Hardy Weinberg定律 ,其FokⅠ多态位点FF、Ff、ff基因型分布频率分别为 32 .5 %、5 0 .0 %、17.5 %和 2 5 .0 %、5 3.13%、2 2 .87% ;等位基因F、f分布频率分别为 4 5 %、5 5 %和 5 1.5 6 %、4 8.4 4 % ,在湖北地区汉族前列腺癌患者及对照者中的分布频率差异无显著性 (P >0 .0 5 )。 结论 :VDR基因起始密码的单核苷酸多态性可能与低发病的湖北地区汉族人群的前列腺癌发生无关。 展开更多
关键词 前列腺癌 维生素D受体基因 起始密码 单核苷酸多态性 湖北 汉族
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哺乳动物细胞中mRNA起始密码子附近的发夹元件对基因表达的调控
5
作者 尹雪 姚东宝 梁好均 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE EI CAS CSCD 2023年第6期755-763,I0036-I0049,I0057,共24页
本文开发了一种位于起始密码子附近的发夹元件以在哺乳动物细胞中调节mRNA的表达水平.研究了发夹元件的热力学稳定性、GC含量、与5'帽的距离等参数对mRNA表达的影响.此外,隐藏在发夹元件内的起始密码子和上游开放阅读框也会削弱mRN... 本文开发了一种位于起始密码子附近的发夹元件以在哺乳动物细胞中调节mRNA的表达水平.研究了发夹元件的热力学稳定性、GC含量、与5'帽的距离等参数对mRNA表达的影响.此外,隐藏在发夹元件内的起始密码子和上游开放阅读框也会削弱mRNA的翻译起始.证明了此简单的工程化发夹结构可以有效地用于可控的mRNA翻译调控,有利于在不同类型哺乳动物细胞中实现可预测的基因调控. 展开更多
关键词 基因表达调控 发夹元件 起始密码子 信使RNA
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老年男性维生素D受体基因Fok1多态性与骨质疏松关系的初步研究 被引量:3
6
作者 张红红 胡亚卓 +6 位作者 詹志伟 牟小芬 裴育 吴青 孟秀梅 崔志辉 陶国枢 《中国骨质疏松杂志》 CAS CSCD 2006年第3期239-241,共3页
目的了解维生素D受体(vitaminDreceptor,VDR)基因5′端启动子区Fok1酶切位点多态性与老年男性骨质疏松的关系。方法应用聚合酶链反应限制性片长度多态性技术(PCRRFLP),对66例对照者和26例骨质疏松患者的VDR基因Fok1多态性进行分析,计算F... 目的了解维生素D受体(vitaminDreceptor,VDR)基因5′端启动子区Fok1酶切位点多态性与老年男性骨质疏松的关系。方法应用聚合酶链反应限制性片长度多态性技术(PCRRFLP),对66例对照者和26例骨质疏松患者的VDR基因Fok1多态性进行分析,计算Fok1基因型和等位基因的分布频率。结果对照组Fok1多态性FF、Ff、ff基因型分别为42.42%、42.42%、15%;骨质疏松组分别为15.38%、50%、34.62%,两组基因型的分布频率差异有显著性(χ2=12.078,P=0.002)。结论就目前调查例数而言,正常老年男性的VDR基因5′端启动子区Fok1酶切位点多态性与骨质疏松组比较差异有显著性意义。 展开更多
关键词 维生素D受体基因 起始密码子 遗传多态性 骨质疏松 老年男性
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The importance of start codon of nosM in nosiheptide production 被引量:3
7
作者 JIANG Lei XUE Yan-Jiu +4 位作者 LIU Wei-Ying MA Min WU Xu-Ri WANG Shu-Zhen CHEN Yi-Jun 《Chinese Journal of Natural Medicines》 SCIE CAS CSCD 2015年第11期854-860,共7页
The present study was designed to investigate the effects of start codon of nosM on the biosynthesis of nosiheptide. Target genes were amplified by overlap PCR. After homologous recombination to construct engineered s... The present study was designed to investigate the effects of start codon of nosM on the biosynthesis of nosiheptide. Target genes were amplified by overlap PCR. After homologous recombination to construct engineered strains, nosiheptide production was analyzed by HPLC. Three mutants with different start codon ofnosMwere constructed, and nosihcptide production of each mutant was analyzed and compared. Replacement of the start eodon of nosM significantly decreased the production of nosiheptide. In conclusion, start codon usage could greatly affect the biosynthetic efficiency in the biosynthetic gene cluster of nosiheptide. 展开更多
关键词 NOSIHEPTIDE start codon Leader peptide BIOSYNTHESIS
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Hepatitis B virus pre-S2 start codon mutations in Indonesian liver disease patients 被引量:3
8
作者 Andi Utama Marlinang Diarta Siburian +11 位作者 Ismail Fanany Mariana Destila Bayu Intan Rama Dhenni Tri Shinta Kurniasih Syafruddin AR Lelosutan Wenny Astuti Achwan Nasrul Zubir Arnelis Benyamin Lukito Irawan Yusuf Laurentius Adrianus Lesmana Ali Sulaiman 《World Journal of Gastroenterology》 SCIE CAS CSCD 2012年第38期5418-5426,共9页
AIM: To identify the prevalence of pre-S2 start codon mutations and to assess their association with liver disease progression. METHODS: The mutations were identified by direct sequencing from 73 asymptomatic carriers... AIM: To identify the prevalence of pre-S2 start codon mutations and to assess their association with liver disease progression. METHODS: The mutations were identified by direct sequencing from 73 asymptomatic carriers, 66 chronic hepatitis (CH), 66 liver cirrhosis (LC) and 63 hepatocellular carcinoma (HCC) patients. Statistical significances were determined using Fisher's exact test, χ 2 test, and t -test analyses whenever appropriate. Pre-S mutation as a risk factor for advanced liver disease was estimated by unconditional logistic regression model adjusted with age, sex, and hepatitis B e antigen (HBeAg). P < 0.05 was considered significant. RESULTS: Mutation of the hepatitis B virus (HBV) pre-S2 start codon was found in 59 samples from 268 subjects (22.0%), with higher prevalence in patients with cirrhosis 27/66 (40.9%) followed by HCC 18/63 (28.6%), chronic hepatitis 12/66 (18.2%) and asymptomatic carriers 2/73 (2.7%) (P < 0.001). Logistic regression analysis showed that pre-S2 start codon mutation was an independent factor for progressive liver disease. Other mutations, at T130, Q132, and A138, were also associated with LC and HCC, although this was not statistically significant when adjusted for age, sex, and HBeAg. The prevalence of pre-S2 start codon mutation was higher in HBV/B than in HBV/C (23.0% vs 19.1%), whilst the prevalence of T130, Q132, and A138 mutation was higher in HBV/C than in HBV/B. The prevalence of pre-S2 start codon mutation was higher in LC (38.9%) and HCC (40.0%) than CH (5.6%) in HBeAg(+) group, but it was similar between CH, LC and HCC in HBeAg(-) group. CONCLUSION: Pre-S2 start codon mutation was higher in Indonesian patients compared to other Asian countries, and its prevalence was associated with advanced liver disease, particularly in HBeAg(+) patients. 展开更多
关键词 Hepatitis B virus Pre-S2 start codon Liver disease Hepatitis B e antigen seroconversion Indonesia
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人cDNA序列中二类甲硫氨酸密码子的区分
9
作者 付旭平 戴建凉 +5 位作者 田立峰 黄达蔷 沈健民 吕军 谢毅 毛裕民 《复旦学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2000年第6期675-679,共5页
在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差... 在人类cDNA序列确定全长基因的过程中 ,必须判断第一个ATG密码子是真正的起始密码子还是框内的非起始作用的甲硫氨酸密码子 .在总结了这二类密码子上下文共有序列特征、周期性、密码子的碱基偏向性、以及编码的氨基酸的疏水性等方面差异的基础上 ,从模式识别的角度出发 ,将这二类密码子视为由此构成的多维特征空间中的二个模式类 ,应用费歇线性判别法进行分类器的设计 ,并对分类器的错误率进行估计 ,表明在这些特征下 ,这二类密码子可以区分 .以此分类器的标准判断真正的起始密码子和非起始甲硫氨酸密码子 ,其准确率可达 75 % . 展开更多
关键词 超始密码子 甲硫氨酸密码子 位置权重矩阵 Z曲线 费歇判别 人类 CDNA序列
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细菌和酵母基因组中ORF结构特征的统计分析
10
作者 胡秀珍 李宏 《华中科技大学学报(自然科学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第5期104-106,共3页
将第一ATG规则用于细菌Hpyl,Hpyl99,E .coli,Aero,Tmar和Yeast基因组中 ,并用给出ORF(包含已知基因编码区 )进行检验 ,其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为 89%以上 .将五种细菌和酵母基因组中给出ORF分成第一种 (已确定的编码序列 )... 将第一ATG规则用于细菌Hpyl,Hpyl99,E .coli,Aero,Tmar和Yeast基因组中 ,并用给出ORF(包含已知基因编码区 )进行检验 ,其结果对以ATG起始的ORF序列正确率皆为 89%以上 .将五种细菌和酵母基因组中给出ORF分成第一种 (已确定的编码序列 )和第二种 (还未确定为编码序列的 )ORF ,并计算L Ter到第一ATG的平均距离 .分析了五种细菌和酵母终止密码子在L Ter位置和Ter位置上的使用频率 ,发现在Ter位置上终止密码子使用的偏置程度比在L Ter位置上大 . 展开更多
关键词 第一ATG规则ATG和非ATG起始的密码子 终止密码子的偏置 基因组
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原核生物和酵母基因组中起始密码的特征分析
11
作者 李宏 吕军 +1 位作者 张利绒 罗辽复 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期42-46,共5页
提出了一个识别基因起始密码子的第一ATG规则.用酵母基因组中的已知基因检验,正确率为99.9%;用大肠杆菌基因组中已知以ATG起始的基因进行检验,正确率为92.9%;用枯草杆菌基因组中已知以ATG起始的基因的进行检验,正确率为81.0%.统计了L-T... 提出了一个识别基因起始密码子的第一ATG规则.用酵母基因组中的已知基因检验,正确率为99.9%;用大肠杆菌基因组中已知以ATG起始的基因进行检验,正确率为92.9%;用枯草杆菌基因组中已知以ATG起始的基因的进行检验,正确率为81.0%.统计了L-Ter(上游最后一个终止密码)到起始密码子之间的距离(记为D值),酵母的平均长度是17个碱基;在大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因的D值分别是36和33个碱基;以非ATG起始的基因的D值分别是39和32个碱基.解释了真核和原核生物D值差别的原因;发现大肠杆菌和枯草杆菌中,以ATG起始的基因和以非ATG起始的基因序列的构造差异.认为L-Ter到起始密码子之间的序列可能是mRNA先导序列的主要结构. 展开更多
关键词 原核生物 酵母 基因组 特征分析 起始密码子 第一ATG规则 基因编码区 基因序列
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Conservation Strategy for African Medicinal Species: In Vitro Biotechnological Approach 被引量:1
12
作者 Priyanka Jha Swati Chahal +3 位作者 Devendra Kumar Pandey Joginder Singh Ram Prasad Vijay Kumar 《Phyton-International Journal of Experimental Botany》 SCIE 2020年第4期779-794,共16页
The use of medicinal plants for different therapeutic values is well documented in African continent.African diverse biodiversity hotspots provide a wide range of endemic species,which ensures a potential medicinal va... The use of medicinal plants for different therapeutic values is well documented in African continent.African diverse biodiversity hotspots provide a wide range of endemic species,which ensures a potential medicinal value.The feasible conservation approach and sustainable harvesting for the medicinal species remains a huge challenge.However,conservation approach through different biotechnological tools such as micropropagation,somatic embryogenesis,synthetic seed production,hairy root culture,molecular markers based study and cryopreservation of endemic African medicinal species is much crucial.In this review,an attempt has been made to provide different in vitro biotechnological approaches for the conservation of African medicinal species.The present review will be helpful in further technology development and deciding the priorities at decision-making levels for in vitro conservation and sustainable use of African medicinal species. 展开更多
关键词 Biotechnological approach conservation medicinal plant African traditional medicine(ATM) start codon targeted polymorphism(SCoT) somatic embryogenesis
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基因组翻译起始和终止区域碱基分布的信息熵分析 被引量:1
13
作者 詹青 王亚东 《黑龙江大学自然科学学报》 CAS 北大核心 2011年第5期741-748,共8页
DNA编码区域起始和终止位置的预测是生物信息学中的一个重要问题,对翻译起始和终止区域的序列特性分析是其中的关键。针对基因组翻译起始和终止区域的碱基分布,如保守性、周期性等问题,提出了一种基于信息熵方法的模型进行分析。对编码... DNA编码区域起始和终止位置的预测是生物信息学中的一个重要问题,对翻译起始和终止区域的序列特性分析是其中的关键。针对基因组翻译起始和终止区域的碱基分布,如保守性、周期性等问题,提出了一种基于信息熵方法的模型进行分析。对编码起始、终止位点附近区域的信息熵分析结果显示:在原核生物中,其编码区域的信息剩余度呈现非常强的周期为三周期性质;亲缘较近的序列,其信息剩余度曲线相互聚集;在原核生物特有的SD区域,信息剩余度相对较大。实验结果表明,信息熵能够很好地表征一些生物学特性。 展开更多
关键词 DNA 信息熵 起始密码子
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大肠杆菌和枯草杆菌的L-ter到起始密码子的距离分析
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作者 加顺花 李宏 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期290-294,共5页
基于第一ATG规则,分别对确定基因和不确定基因的L-ter到起始密码子(ATG、GTG或TTG)的距离和L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG的距离进行统计,结果表明:L-ter到起始密码子的距离主要分布在20个氨基酸以内;在以第一ATG和第一GTG为起始密码... 基于第一ATG规则,分别对确定基因和不确定基因的L-ter到起始密码子(ATG、GTG或TTG)的距离和L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG的距离进行统计,结果表明:L-ter到起始密码子的距离主要分布在20个氨基酸以内;在以第一ATG和第一GTG为起始密码子的基因中,L-ter到起始密码子下游紧邻的ATG是L-ter到起始密码子平均距离的4~5倍,这些可能是起始密码子的重要位置特征,也说明了少数基因以GTG起始的原因.对于不满足第一ATG、GTG规则的基因,分析了L-ter到起始密码子之间出现ATG、GTG和TTG的比率,发现大肠杆菌的不确定基因与确定基因之间有较大的差别,而枯草杆菌的差别不大. 展开更多
关键词 起始密码子 L-ter 第一ATG 第一GTG 距离
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目标起始密码子多态性(SCoT)分子标记技术在花生属中的应用 被引量:76
15
作者 熊发前 蒋菁 +5 位作者 钟瑞春 韩柱强 贺梁琼 李忠 庄伟建 唐荣华 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第12期2055-2061,共7页
花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生... 花生属分子标记领域的研究远落后于其他物种,而栽培种花生因其遗传基础狭窄,用大多数分子标记技术都难以检测到丰富的分子标记,因此限制了花生属野生种在改良花生栽培种方面的利用以及建立花生分子标记辅助育种技术体系。本文分别对花生属4个区组的16份种质资源和8份花生栽培种资源采用与功能基因相关的SCoT分子标记技术研究了花生属种间和栽培种内遗传多样性和亲缘关系。23条SCoT引物在花生属试材基因组中的扩增位点共194个,其中多态性位点130个,多态性达67.01%,通过聚类分析研究了它们之间的亲缘关系;在栽培种内筛选出19条多态性引物,在8份试材基因组中扩增位点198个,其中多态性位点67个,多态性为33.84%,表明SCoT分子标记技术能在花生栽培种内检测出一定程度的DNA多态性。 展开更多
关键词 花生 目标起始密码子多态性 分子标记 遗传多样性
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柑橘SCoT分子标记技术体系的建立及其在遗传分析中的应用 被引量:66
16
作者 韩国辉 向素琼 +3 位作者 汪卫星 贾志刚 洪棋斌 梁国鲁 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期1243-1250,共8页
采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20μL反应体系中含有:Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.35 mmol.L-1,引物0.625μmol.L-1,Taq... 采用正交设计方法,对影响柑橘SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化,建立了适于柑橘的SCoT标记分析体系。20μL反应体系中含有:Mg2+1.5 mmol.L-1,dNTPs 0.35 mmol.L-1,引物0.625μmol.L-1,TaqDNA聚合酶0.25 U,模板DNA 10 ng。最适退火温度为49℃。利用该体系对Wan2橘橙×Li2甜橙的杂交后代及沙田柚四倍体进行分析,扩增条带清晰,扩增产物在150~2 100 bp之间。7个引物在Wan2橘橙、Li2甜橙及其18株杂交后代中共扩增出74条带,多态性条带48条,多态性比率为64.9%,在相似系数0.85处,18株杂交后代可聚为5类,表明其具有较丰富的遗传多样性;11个引物在4株沙田柚四倍体及其二倍体亲本中共扩增出84条带,其中多态性条带46条,多态性比率为54.8%,聚类分析显示5株沙田柚遗传相似系数在0.785~0.880,在相似性系数0.825处可分为3类,3株同源四倍体分别聚在不同的位置,四倍体材料均发生了不同程度的遗传变异。研究结果表明建立的柑橘SCoT体系结果稳定,重复性好,可为柑橘遗传育种提供新的技术支持。 展开更多
关键词 柑橘 目标起始密码子多态性(SCoT) 遗传分析 多倍体
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SCoT分子标记在植物研究中的应用进展 被引量:55
17
作者 龙治坚 范理璋 +2 位作者 徐刚 胡尚连 韩国辉 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第2期336-343,共8页
SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样... SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样性与亲缘关系分析、种质鉴定与指纹图谱构建、基因差异表达与分子遗传连锁图谱构建等方面总结了SCo T标记的应用进展。同时,对其存在的问题进行了讨论,并展望了该标记的发展应用前景。 展开更多
关键词 SCoT 种质鉴定 遗传多样性 图谱构建 基因差异表达
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多倍体枇杷SCoT分析体系的建立与优化 被引量:33
18
作者 韩国辉 汪卫星 +5 位作者 向素琼 边禹 郭启高 何桥 李晓林 梁国鲁 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第3期433-437,共5页
以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,... 以软条白沙枇杷三倍体株系为试材,采用L25(56)正交设计方法,对影响枇杷SCoT-PCR反应的Mg2+、dNTPs、引物、Taq DNA聚合酶及模板DNA用量等因素进行优化筛选,并对最适退火温度进行了探讨。建立了适于不同倍性枇杷分析的SCoT-PCR扩增体系,即20μL的优化体系中含有:Mg2+1.5 mmol·L-1,dNTPs 0.35 mmol·L-1,引物0.5μmol·L-1,Taq酶0.5 U,模板DNA 50 ng。引物最适退火温度为51.8℃。应用优化的反应体系,对32个SCoT引物和3个枇杷品种(泸州六号:2x,3x,4x,5x;龙泉1号:2x,3x,4x;早红3号:2x,3x,4x)的10个不同倍性株系进行扩增,获得了条带清晰,稳定可靠的电泳结果。 展开更多
关键词 枇杷 多倍体 目标起始密码子多态性 正交优化
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贵州桃种质资源遗传多样性的SCoT分析 被引量:13
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作者 陈红 杨鑫 安华明 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第8期1559-1564,共6页
应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明:(1)16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性... 应用SCoT分子标记技术对71份贵州桃种质进行遗传多样性分析,以期从分子水平上揭示其遗传多样性及资源间的遗传关系,为科学保存与利用贵州桃种质资源提供依据。结果表明:(1)16条引物共检测出192个位点,其中多态性位点数156个,多态性比例为81.25%,平均每条引物扩增位点为12个;供试材料Nei’s遗传多样性指数(H)为0.265 0±0.186 1,Shannon’s信息指数(I)为0.400 3±0.254 3,遗传相似系数变幅为0.400 0-0.852 5。(2)UPGMA聚类分析显示,在相似系数0.65处可将71份桃资源分成6类,其中2份白花桃资源、2份血桃资源、2份青桃资源分别为同名异物。研究认为贵州桃种质具有较丰富的遗传多样性,采用该分子标记技术区分了同名异物的桃资源。 展开更多
关键词 遗传多样性 亲缘关系 目标起始密码子多态性(SCoT)
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利用SCoT标记分析花生栽培种×A.chacoensis组合异源多倍化的早期基因组变化 被引量:11
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作者 贺梁琼 熊发前 +6 位作者 钟瑞春 韩柱强 李忠 唐秀梅 蒋菁 唐荣华 何新华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期1555-1563,共9页
【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A.chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行... 【目的】研究花生属异源多倍化过程中基因组变化行为,揭示花生属多倍体进化的分子机制。【方法】采用SCoT标记对四倍体栽培种仲恺花4号和二倍体野生种A.chacoensis的种间杂种F1及早期多倍体世代(S0—S3)基因组变化时间、类型和频率进行分析。【结果】18条SCoT引物共扩增出126个位点,其中多态性位点117个,多态性比率达92.86%,在供试材料中检测出了丰富的DNA多态性;与扩增出的109条亲本条带比较,F1—S3分别丢失亲本条带28、30、10、11和10条,其中,来自父本特异性条带为16、12、7、9和9条,各自新增条带9、3、10、14和8条,说明SCoT产物早在Fl即开始发生变化,变化类型包括亲本条带的丢失、跳跃式继承和新条带的产生,在丢失的亲本条带中以父本条带为主。【结论】ATG翻译起始位点及其侧翼区域在花生种间杂交异源多倍化早期迅速发生广泛而剧烈的变化,其生物学功能可能与多倍体的进化和稳定有关;SCoT标记作为一种简单、有效和实用的新型功能型分子标记技术,可以为花生属及其它物种多倍体进化中基因组遗传变化研究提供技术支持。 展开更多
关键词 SCoT 花生 功能型标记 种间杂交 异源多倍化
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