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一种适用于PCR的土壤微生物DNA的提取方法 被引量:12
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作者 李惠敏 胡雪英 秦新民 《安徽农业科学》 CAS 北大核心 2010年第2期600-601,619,共3页
[目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16S rDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微... [目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16S rDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微生物总DNA电泳结果显示没有差别,但是只有CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取的总DNA不需要纯化,在增加Mg2+用量的条件下,只需用第一轮非特异PCR产物作为模板即可扩增出16S rDNA片段。[结论]CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取土壤DNA,方法操作简单、快捷,同时适用于PCR分析,为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定了基础。 展开更多
关键词 土壤微生物dna 提取 PCR 16S Rdna
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土壤微生物DNA木聚糖酶基因多样性的研究 被引量:5
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作者 张桂敏 庄永红 +1 位作者 刘婷 马立新 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期295-299,共5页
采用国产硅胶GF254(60型)代替进口Glass bead的改良方法抽提土壤微生物DNA,然后设计了一对扩增木聚糖酶基因片段的新简并引物,对抽提的土壤微生物DNA进行PCR扩增。扩增片段连接pMD18T载体,转化大肠杆菌,重组片段通过酶切进行RFLP分析后... 采用国产硅胶GF254(60型)代替进口Glass bead的改良方法抽提土壤微生物DNA,然后设计了一对扩增木聚糖酶基因片段的新简并引物,对抽提的土壤微生物DNA进行PCR扩增。扩增片段连接pMD18T载体,转化大肠杆菌,重组片段通过酶切进行RFLP分析后,测序分析得到10个木聚糖酶基因片段。对所得片段翻译的氨基酸序列进行BLAST分析表明有8个片段与来自放线菌的木聚糖酶具有较高的同源性,2个与假单胞菌的木聚糖酶具有较高的同源性。所得10个木聚糖酶片段的氨基酸序列同源性比较显示,第27个氨基酸均为天冬酰胺(N),暗示这些来自土壤微生物DNA的基因片段编码耐碱的木聚糖酶。通过构建系统进化树,发现扩增的木聚糖酶片段之间的相似性均在70%以上。 展开更多
关键词 土壤微生物dna 简并引物 木聚糖酶 基因多样性
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土壤微生物总DNA的V_3可变区PCR反应体系优化 被引量:5
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作者 殷全玉 郭夏丽 +1 位作者 赵铭钦 王岩 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2012年第1期65-68,共4页
为了优化以土壤微生物DNA为模板的PCR反应条件,采用E.Z.N.A.soil DNA kit试剂盒提取土壤微生物总DNA,对16SrDNA V3可变区的PCR反应体系和反应条件进行优化。主要从DNA模板用量、引物浓度、退火温度、热启动方式4个方面进行筛选试验,最... 为了优化以土壤微生物DNA为模板的PCR反应条件,采用E.Z.N.A.soil DNA kit试剂盒提取土壤微生物总DNA,对16SrDNA V3可变区的PCR反应体系和反应条件进行优化。主要从DNA模板用量、引物浓度、退火温度、热启动方式4个方面进行筛选试验,最后得出最适宜的土壤DNA扩增体系为:10.5ng模板DNA、5μL 10×buffer、4μL 2.5mmol/L dNTP、10μmol/L引物各1.5μL,2.5UTaq酶,加无菌ddH2O补足至50μL;PCR循环程序为:94℃预变性5min;94℃变性1min,52℃退火1min,72℃延伸70s,29个循环;72℃延伸5min。试验结果表明:选择热启动方式和合适的退火温度是获得高质量PCR产物的关键。 展开更多
关键词 土壤微生物dna 16Srdna V3区 PCR扩增 优化 热启动方式 退火温度
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基于土壤宏基因组文库筛选非培养木聚糖酶基因 被引量:3
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作者 熊科 高乐 +2 位作者 杨玉焕 崔晓亭 李秀婷 《食品与发酵工业》 CAS CSCD 北大核心 2015年第10期45-51,共7页
采用物理化学法提取土壤基因组DNA,将土壤DNA纯化后采用序列筛选策略获得非微生物纯培养方式的木聚糖酶基因。序列筛选依据木聚糖酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得200bp的木聚糖酶核心序列,构建了约5000个克隆子的序列文库。随机... 采用物理化学法提取土壤基因组DNA,将土壤DNA纯化后采用序列筛选策略获得非微生物纯培养方式的木聚糖酶基因。序列筛选依据木聚糖酶保守序列设计简并引物,PCR扩增获得200bp的木聚糖酶核心序列,构建了约5000个克隆子的序列文库。随机挑取200个克隆子测序,获得11条来自未培养微生物的木聚糖酶核心序列。并对其中细菌源序列1~19进行研究,利用HiTAIL—PCR扩增细菌源序列1—19的木聚糖酶基因全长,分析其编码蛋白,并将其与表达载体pET-28a(+)连接后导入E.coli表达,超声破壁后测得木聚糖酶酶活力为(19.94±0.3)U/mL。利用序列筛选获取土壤宏基因组源木聚糖酶基因的研究为筛选获得土壤未培养微生物木聚糖酶基因新资源提供了新的途径。 展开更多
关键词 土壤基因组dna 序列筛选 木聚糖酶 原核表达
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天台山不同林型土壤微生物DNA总量的分布特性 被引量:1
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作者 张崇邦 李均敏 金则新 《土壤通报》 CAS CSCD 北大核心 2004年第5期622-626,共5页
研究了天台山8种植被类型土壤微生物DNA总量分布的特性及其与土壤微生物数量、土壤生化活性和土壤其它环境因素之间的关系。土壤的发育程度等对土壤微生物DNA总量分布影响较大。此外,土壤微生物数量、微生物生物量C和土壤呼吸速率对土... 研究了天台山8种植被类型土壤微生物DNA总量分布的特性及其与土壤微生物数量、土壤生化活性和土壤其它环境因素之间的关系。土壤的发育程度等对土壤微生物DNA总量分布影响较大。此外,土壤微生物数量、微生物生物量C和土壤呼吸速率对土壤微生物DNA总量分布的直接作用和它门之间的相互作用产生的间接影响较显著。在所测的8种土壤理化因素中,土壤微生物DNA总量分布对土壤pH、有机质、全氮、全磷、全钾影响较大。 展开更多
关键词 土壤微生物dna 土壤微生物 土壤生化活性 土壤理化因素
原文传递
紫色水稻土水稳性团聚体土壤微生物基因组DNA提取方法探讨 被引量:1
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作者 罗红燕 谢德体 蒋先军 《水土保持学报》 CSCD 北大核心 2009年第5期223-227,共5页
为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的... 为了找到提取土壤微生物总DNA的最佳方法,通过OD值检验、凝胶电泳、PCR和DGGE分析,比较了Reddy法、基于DNAout kit试剂盒改进的实验方法、以及Kuske修订法、Edgcomb改进法、SDS高盐提取法、Eichner调整法等常用的不同土壤微生物基因组的DNA提取方法在亚热带地区长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体0.25-2.0 mm粒径上的提取效果。结果表明,6种方法都可以从团聚体中提取到长度大于23.1 kb的DNA片段,但不同方法提取的DNA的产量存在明显差异,土壤总DNA均不需纯化就可以用于PCR扩增,使用细菌16S rDNA基因V3区的通用引物可扩增得到相应的片段。研究表明,改进的DNAout kit试剂盒法是长期免耕紫色水稻土水稳性团聚体中微生物基因组DNA的最佳提取方法。 展开更多
关键词 免耕紫色土水稻田土壤 微生物dna提取 方法比较
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