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运用SmartRoot测量橡胶树细根 被引量：6
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作者 刘季 安锋 +2 位作者 袁坤 陈秋波 王真辉 《植物生态学报》 CSCD 北大核心 2013年第8期786-792,共7页
SmartRoot是基于开放源ImageJ的免费根系分析软件,通过软件分析根系照片可得到细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标。该文以橡胶树(Hevea brasiliensis)细根为例,探索利用SmartRoot分析细根不同形态特征的可能性。用不同拍照距离... SmartRoot是基于开放源ImageJ的免费根系分析软件,通过软件分析根系照片可得到细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标。该文以橡胶树(Hevea brasiliensis)细根为例,探索利用SmartRoot分析细根不同形态特征的可能性。用不同拍照距离与分析方式的对比确定橡胶树细根适合的研究方法,用WinRhizo软件分析结果验证结果的准确性。结果表明,不同拍摄高度下对应的细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标的标准均方根误差(NRMSE)分别为2.87%、15.73%、32.38%和16.88%;手动分析与半自动分析相同照片细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标的NRMSE分别为3.06%、21.00%、40.96%和11.64%;用WinRhizo软件验证SmartRoot分析细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标结果NRMSE分别为5.31%、9.37%、9.61%和5.77%。本研究表明,在适当方法下,拍照法结合SmartRoot软件分析测量橡胶树细根细根长度、表面积、体积和平均根直径等指标有较高的准确度,可用于橡胶树细根指标的分析。 展开更多
关键词 细根 橡胶树 图像分析 smartroot
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一种基于Image J软件的沙葱幼苗根长测量方法
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作者 杨文源 俞玉 徐丽萍 《伊犁师范大学学报（自然科学版）》 2023年第3期46-54,共9页
植物根系与神经元突起具有相类似的结构.Neuron J是一个用于追踪、测量神经元突起长度的Image J插件,为探究将其运用于植物幼苗简单根系长度测量的可行性,以沙葱幼苗根系为例,利用平台扫描仪获取根系数字图像,使用Neuron J软件对根长进... 植物根系与神经元突起具有相类似的结构.Neuron J是一个用于追踪、测量神经元突起长度的Image J插件,为探究将其运用于植物幼苗简单根系长度测量的可行性,以沙葱幼苗根系为例,利用平台扫描仪获取根系数字图像,使用Neuron J软件对根长进行测量,然后对其测量结果同常用的专业根系图像处理分析软件SmartRoot的测量结果进行比较,从而验证将Neuron J软件运用在植物幼苗简单根系长度测量的可行性与可靠性.验证结果表明:Neuron J软件与SmartRoot软件在测量结果之间存在极高的线性相关(R2=0.9989),标准均方根误差(NRMSE)为1.62%;而且Neuron J软件的测量精度不受图像扫描模式、分辨率与背景颜色的太大影响,操作简便、结果可靠.因此,可作为一种沙葱幼苗根长测量的方法在科学研究中使用. 展开更多
关键词 Image J软件 Neuron J smartroot 根长 沙葱
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SmartRoot在蜜环菌菌索表型谱分析中的应用 被引量：3
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作者 张雪艳 胡启跳 +1 位作者 方成武 袁媛 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第19期23-28,共6页
目的:建立获取精确的表型谱数据研究平台,是目前中药资源研究亟待解决的技术难点。如传统的蜜环菌菌索表型表征方式多为描述性文字,存在较大的主观性和经验性,亟需一种客观并准确的方法进行蜜环菌菌索表型的表征。方法:基于图像处理软件... 目的:建立获取精确的表型谱数据研究平台,是目前中药资源研究亟待解决的技术难点。如传统的蜜环菌菌索表型表征方式多为描述性文字,存在较大的主观性和经验性,亟需一种客观并准确的方法进行蜜环菌菌索表型的表征。方法:基于图像处理软件Image J和根系识别插件SmartRoot与Synbiosis ProtoCol 3影像分析仪相结合,对蜜环菌平板生长图片进行分析,测定蜜环菌菌索长度、生长速度、分枝情况、新生菌索夹角等,建立蜜环菌菌索表型谱分析测量体系。结果:基于该文开发的方法,可以在不影响蜜环菌生长情况下,实时分析蜜环菌菌索的生长长度、生长速度、分枝数、新生菌索夹角等表型谱变化,继代后9~12 d的蜜环菌生长最为迅速,新生菌索与母体菌索之间夹角接近垂直。该方法与传统的蜜环菌生物量表型参数干重呈现一定的相关性,具有较好的实际应用价值。结论:该研究建立了一套客观、准确、快捷和实时的蜜环菌菌索表型谱分析测量体系,拓展了SmartRoot的应用范围,可用于受控实验条件下中药资源的表型谱分析。 展开更多
关键词 smartroot 表型谱 蜜环菌 菌索 生长速度 菌索总长度
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SmartRoot在大豆根系形态指标测定上的应用 被引量：3
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作者 韩毅强 石英 +3 位作者 巩海仁 高亚梅 郑殿峰 桂学府 《安徽农学通报》 2017年第5期37-40,共4页
为了快速准确的测定大豆根系的形态指标,将平台扫描仪与SmartRoot软件相结合,建立了一套完整的根系形态测量体系。该文以大豆根为例,使用扫描仪获取根系图像,探讨利用SmartRoot软件测定其根系形态指标的可靠性以及不同分辨率对形态指标... 为了快速准确的测定大豆根系的形态指标,将平台扫描仪与SmartRoot软件相结合,建立了一套完整的根系形态测量体系。该文以大豆根为例,使用扫描仪获取根系图像,探讨利用SmartRoot软件测定其根系形态指标的可靠性以及不同分辨率对形态指标测定结果的影响。结果表明,利用Win Rhizo Basic验证Smart-Root测定的大豆根长度、表面积、体积、直径的标准均方根误差分别为6.46%、7.36%、7.24%、10.73%,且判定系数(R2)均接近于1,该方法可靠。对根系进行扫描时,采用300dpi以上能确保其测量结果的准确性。因此,将扫描仪结合SmartRoot为大豆的根系测量提供了新的研究方向。 展开更多
关键词 根系 smartroot软件 形态指标
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