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Advances in single-cell sequencing technology in microbiome research
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作者 Yinhang Wu Jing Zhuang +3 位作者 Yifei Song Xinyi Gao Jian Chu Shuwen Han 《Genes & Diseases》 SCIE CSCD 2024年第4期201-219,共19页
With the rapid development of histological techniques and the widespread applica-tion of single-cell sequencing in eukaryotes,researchers desire to explore individual microbial.genotypes and functional expression,whic... With the rapid development of histological techniques and the widespread applica-tion of single-cell sequencing in eukaryotes,researchers desire to explore individual microbial.genotypes and functional expression,which deepens our understanding of microorganisms.In this review,the history of the development of microbial detection technologies was revealed and the difficulties in the application of single-cell sequencing in microorganisms were dissected as well.Moreover,the characteristics of the currently emerging microbial single-cell sequencing(Microbe-seq)technology were summarized,and the prospects of the application of Microbe-seq in microorganisms were distilled based on the current development status.Despite its mature development,the Microbe-seq technology was still in the optimization stage.A retrospective study was conducted,aiming to promote the widespread application of single-cell sequencing in microorganisms and facilitate further improvement in the technol-ogy. 展开更多
关键词 Bacterialantibiotic resistance Host immunity Host-phage interaction Microbial single-cell sequencing MICROORGANISMS single cell single-cell sequencing technology
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单细胞转录组测序技术在脊髓损伤研究中的应用
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作者 王培耿 叶冬平 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第13期2822-2831,共10页
背景:近年来,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究为创伤后中枢神经系统的细胞和分子异质性以及结构变化提供了新的见解。目的:就单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究进展进行综述,更加全面、深入地阐述单细胞转录组测序技术在脊髓... 背景:近年来,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究为创伤后中枢神经系统的细胞和分子异质性以及结构变化提供了新的见解。目的:就单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究进展进行综述,更加全面、深入地阐述单细胞转录组测序技术在脊髓损伤领域的应用。方法:应用计算机系统检索PubMed、Web of Science、中国知网和万方数据库中2009-2023年出版的文献,英文检索词为“single-cell RNA sequencing,spinal cord injury,sequencing technology”;中文检索词为“单细胞转录组测序,脊髓损伤,测序技术”。排除质量较差、内容重复及不相关的文献,最终纳入57篇文献进行综述分析。结果与结论:目前,单细胞转录组测序技术在脊髓损伤的研究可归纳为以下几点:①鉴定了小胶质细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞、巨噬细胞、B细胞、神经元和神经干细胞等细胞亚群,并识别了这几种亚群的特异性标记基因。②小胶质细胞在脊髓损伤后保持永久活跃,通过增殖、免疫和稳态功能来协调脊髓损伤后的早期阶段。星形胶质细胞以激活的方式在脊髓损伤中发挥许多重要功能,包括维持微环境平衡、清除坏死组织、形成保护屏障以及胶质瘢痕等。巨噬细胞和小胶质细胞均在脊髓损伤后的慢性神经炎症中起重要作用。③神经干细胞和神经元亚群能够在脊髓损伤后进行自我更新,新发现的SCV^(sx2::Hoxa7:Zfhx3→lumbar)和SCV^(sx2::Hoxa10)等神经元亚群可再生到自然靶区,有利于运动功能的恢复。④发现细胞亚群的动态变化提高了研究者们对脊髓损伤病变进程的理解,并为脊髓损伤在不同时间点的治疗提供了新见解。截至目前,这些研究结果均还需要更多的基础研究和足够的临床试验来验证。在未来,单细胞转录组测序技术通过与生物信息学、计算机科学、组织工程学和临床医学等跨学科合作,有望� 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 脊髓损伤 测序技术 测序分析 分子亚型 标记基因 细胞异质性 胶质细胞 神经干细胞 神经元
单细胞测序技术在生殖研究中的应用 被引量:7
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作者 高山凤 肖轩 +4 位作者 张玲羽 倪磊 刘利英 韩林 杨娟 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2020年第12期2234-2243,共10页
细胞是生命的基本单位,而异质性是细胞的自然属性之一。获得单细胞水平的序列及表达信息对研究新型细胞、个体发育、器官发生、疾病发展进程及其关键信号通路等具有重要的意义。现今社会,生活压力及社会竞争日益加剧,不孕不育等问题逐... 细胞是生命的基本单位,而异质性是细胞的自然属性之一。获得单细胞水平的序列及表达信息对研究新型细胞、个体发育、器官发生、疾病发展进程及其关键信号通路等具有重要的意义。现今社会,生活压力及社会竞争日益加剧,不孕不育等问题逐渐凸显,为家庭及社会带来沉重的负担。生殖细胞和胚胎的正常发育是生命延续的基础,如何运用科学技术解决不孕不育等生殖问题成为当前的研究热点。随着测序技术的快速发展,组学研究突飞猛进,单细胞测序技术的出现,为样本量较少的生殖细胞和胚胎干细胞的研究提供了新方法。近年来,在单细胞测序技术的推动下,生殖研究领域涌现出众多新的发现,该文简要总结单细胞测序技术近年来的发展历程,及其在生殖医学领域的研究应用。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 生殖细胞 辅助生殖
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单细胞转录组测序技术与椎间盘退变的发病机制
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作者 程浩天 赵晓峰 +7 位作者 陆向东 赵轶波 范志峰 齐德泰 王晓楠 周润田 靳鑫杰 赵斌 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2024年第1期93-99,共7页
背景:椎间盘退变在临床上被认为是引起下腰痛的主要病因,但由于椎间盘退变发病机制尚不明确,目前仍缺乏有效手段来延缓疾病进展。单细胞转录组测序技术可以在单个细胞水平对mRNA进行扩增和测序,揭示单个细胞的基因表达强度,根据细胞的... 背景:椎间盘退变在临床上被认为是引起下腰痛的主要病因,但由于椎间盘退变发病机制尚不明确,目前仍缺乏有效手段来延缓疾病进展。单细胞转录组测序技术可以在单个细胞水平对mRNA进行扩增和测序,揭示单个细胞的基因表达强度,根据细胞的异质性发现组织中的不同细胞亚群,在分子水平上研究椎间盘退变的发病机制,为其早期诊断和治疗提供新的理论依据。目的:介绍了单细胞转录组测序技术的基本原理并综述了近年来单细胞转录组测序技术在椎间盘退变发病机制中的研究进展。方法:应用计算机系统检索PubMed、Web of Science、中国知网和万方数据库中2012-2022年出版的文献,英文检索词为:“single-cell RNA sequencing,intervertebral disc degeneration,sequencing technology”;中文检索词为“单细胞转录组测序,椎间盘退变,测序技术”。排除重复、质量较差及不相关的文献,最终纳入70篇文献进行综述分析。结果与结论:①鉴定了稳态软骨样细胞、肥大软骨样髓核细胞、纤维髓核细胞等新型细胞亚群,识别了这几种细胞亚群的标记基因、转录因子,并阐述了这几种细胞亚群在椎间盘退变发生发展过程中的功能及分化轨迹和细胞命运,同时提出了祖细胞概念,确定了具备祖细胞特性的细胞亚群,在小鼠体内验证了该细胞亚群治疗椎间盘退变的有效性。②识别了兼具软骨特性和纤维特性的纤维软骨样纤维环细胞和纤维环干细胞,并在体外结合纤维软骨诱导剂和丝素蛋白及透明质酸制备了一种新型复合水凝胶,通过小鼠体内实验验证了这种水凝胶既能修复纤维环组织也能恢复软骨基质,对于椎间盘退变有显著治疗效果。③在终板软骨组织中发现了调节性软骨细胞,其在椎间盘退变进展中出现2种截然不同的命运并明确了2种命运中的差异基因,细胞间通讯分析表示调节性软骨细胞与� 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 椎间盘退变 发病机制 测序技术
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单细胞测序技术在妇科恶性肿瘤研究中的应用
5
作者 何奕婷 祁婉婉 冯振卿 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS 北大核心 2024年第4期553-560,共8页
妇科恶性肿瘤包括宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌等,具有高度的异质性,一旦进入晚期,预后往往不良。单细胞测序技术的出现和发展为在单个细胞水平上探究肿瘤发生发展的机制,鉴定稀有细胞,绘制细胞谱系,指导肿瘤靶向精准治疗和预测患者预后... 妇科恶性肿瘤包括宫颈癌、卵巢癌、子宫内膜癌等,具有高度的异质性,一旦进入晚期,预后往往不良。单细胞测序技术的出现和发展为在单个细胞水平上探究肿瘤发生发展的机制,鉴定稀有细胞,绘制细胞谱系,指导肿瘤靶向精准治疗和预测患者预后等提供了更好的平台。本文就单细胞测序技术的兴起与发展及其在妇科恶性肿瘤研究中的应用进行综述。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 卵巢癌 宫颈癌 子宫内膜癌 异质性 细胞图谱
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图神经网络在单细胞测序数据上的研究进展 被引量:2
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作者 王红麟 曲红 +1 位作者 赵敏 曲大成 《生命科学》 CSCD 北大核心 2023年第6期833-842,共10页
单细胞测序技术使得科研人员能够以细胞级别的分辨率进行基因表达数据分析,以此发现组织(如肿瘤组织或器官组织)中具有异质性的细胞。这项技术对癌症病理学的研究、生命发育过程的探索等起到了重大推动作用。单细胞测序数据有着样本量... 单细胞测序技术使得科研人员能够以细胞级别的分辨率进行基因表达数据分析,以此发现组织(如肿瘤组织或器官组织)中具有异质性的细胞。这项技术对癌症病理学的研究、生命发育过程的探索等起到了重大推动作用。单细胞测序数据有着样本量大、特征多且稀疏的特点,因此近些年一些研究工作尝试使用图神经网络进行单细胞测序数据的挖掘。这些研究工作一般先根据细胞内的基因表达信息将单细胞测序数据转化为细胞图结构,然后使用图神经网络聚合细胞间邻域信息来进行细胞表示学习,并在细胞聚类任务和细胞类型标注任务上取得了很好的效果。本文旨在介绍图神经网络在单细胞测序数据挖掘上的研究进展,并设计实验展示scGNN、scGCN和scDeepSort三个主流的用于单细胞测序数据的图神经网络模型的性能。最后,结合研究进展与实验分析,本文对图神经网络处理单细胞测序数据这一领域的未来研究方向进行了展望,以促进图神经网络更好地服务于单细胞测序数据的挖掘。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 人工智能 深度学习 图神经网络 甲状腺癌 细胞图
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单细胞转录组测序技术在帕金森病中的应用
7
作者 刘子瑜 耿丹丹 +7 位作者 张润姣 刘清 李一博 王宏方 谢文梦 王文钰 郝佳欣 王磊 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2025年第1期193-201,共9页
背景:帕金森病以中脑特别是黑质致密部为主要病理改变,导致患者运动和非运动功能受损。目前研究受制于细胞异质性,其发病机制仍需要更深入的阐明。近些年,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)逐渐应用于神经退行性... 背景:帕金森病以中脑特别是黑质致密部为主要病理改变,导致患者运动和非运动功能受损。目前研究受制于细胞异质性,其发病机制仍需要更深入的阐明。近些年,单细胞转录组测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)逐渐应用于神经退行性疾病中,对于理解细胞间异质性、疾病发展机制和治疗策略有重要意义。目的:综述近些年scRNA-seq技术应用于帕金森病的研究进展,为scRNA-seq在帕金森病诊断和治疗中应用提供理论基础。方法:由第一作者应用计算机系统检索中国知网、万方医学网数据库、PubMed、Web of Science数据库的相关文献,中文检索词为“单细胞RNA测序,帕金森病,细胞异质性,细胞亚型,多巴胺能神经元,胶质细胞”;英文检索词为“single-cell RNA-seq,Parkinson Disease,heterogeneity,subtypes,dopaminergic neurons,glial cells”,最终纳入71篇文献进行综述分析。结果与结论:(1)scRNA-seq是一种在单细胞水平上利用RNA测序对特定细胞群体进行基因表达谱定量的高通量实验技术,从分子水平揭示细胞奥秘。与传统的测序技术相比,scRNA-seq技术通过对细胞转录组进行自动聚类分析,从而揭示各种生理和病理情况下复杂组织中细胞类型多样性和特异性基因表达的变化。(2)通过scRNA-seq阐明多巴胺能神经元发育过程以及各种细胞亚型的独特功能特性,从而更好地了解具有潜在治疗作用的分子靶点。(3)利用scRNA-seq分析,提高了研究者对帕金森病胶质细胞反应的了解,从而全面表征了不同的细胞类型群体,并鉴定出与神经变性相关的胶质细胞亚群,绘制了有价值的单细胞图谱,作为未来研究的参考数据。(4)应用scRNA-seq检测胚胎小鼠以及干细胞,将有助于改善细胞治疗的体外分化方案和质量控制,以及评估干细胞衍生的中脑多巴胺能神经元的整体细胞质量和发育阶段。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 帕金森病 神经退行性疾病 细胞异质性 综述
单细胞测序技术在慢性阻塞性肺疾病研究中的应用进展
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作者 杨泽华 丁毅鹏 《海南医学院学报》 CAS 北大核心 2024年第8期617-622,共6页
慢性阻塞性肺疾病简称慢阻肺病,是基因与环境相互作用导致的多基因疾病,以持续气流受限为主要临床特征。目前缺乏可靠的慢阻肺病的早期诊断方法,不能及时对早期慢阻肺病患者进行有效干预,无法阻止疾病的进展,导致其发病率、患病率和死... 慢性阻塞性肺疾病简称慢阻肺病,是基因与环境相互作用导致的多基因疾病,以持续气流受限为主要临床特征。目前缺乏可靠的慢阻肺病的早期诊断方法,不能及时对早期慢阻肺病患者进行有效干预,无法阻止疾病的进展,导致其发病率、患病率和死亡率高,造成严重的疾病负担。随着人类细胞图谱计划的启动和测序技术的发展,单细胞测序的应用前景被广泛看好,它是在单个细胞水平上对基因组、转录组和蛋白质组等进行测序分析的一项新技术,够揭示单个细胞的基因结构和表达,发现细胞间的异质性和稀有细胞等。为研究新技术以助于深入研究慢阻肺病的发病机制、发现早期诊断方法及新的治疗方法,本文就单细胞测序技术及其在慢阻肺病研究中的应用进展进行综述。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 慢性阻塞性肺疾病 发病机制 早期诊断 应用
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哺乳类卵泡膜细胞及其干细胞的研究进展
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作者 温馨 方航萍 +1 位作者 刘溢佳 陈浩林 《中华生殖与避孕杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期594-601,共8页
卵泡膜细胞不仅为卵泡的完整性提供支持,还在卵泡发育、闭锁及优势卵泡选择和排卵中发挥至关重要的作用。尽管卵泡膜细胞在女性生殖过程中起到重要作用,但目前针对该类细胞发育、起源及其干细胞的相关研究非常稀少。卵泡膜干细胞的研究... 卵泡膜细胞不仅为卵泡的完整性提供支持,还在卵泡发育、闭锁及优势卵泡选择和排卵中发挥至关重要的作用。尽管卵泡膜细胞在女性生殖过程中起到重要作用,但目前针对该类细胞发育、起源及其干细胞的相关研究非常稀少。卵泡膜干细胞的研究不仅能让我们深入了解卵泡膜细胞的募集、生长和分化过程,也能使我们尝试通过卵泡膜干细胞制备高活性的卵泡膜细胞,这对人类卵巢疾病的诊断、预防和治疗以及再生医学都具有重要的临床意义。本文就卵泡膜细胞功能、来源以及卵泡膜干细胞研究进展作一综述,同时也简单介绍单细胞测序技术在卵巢干细胞研究领域中的应用,为进一步探索卵巢卵泡发育机制、病理改变和疾病治疗等方面提供参考。 展开更多
关键词 卵泡发育 卵泡膜干细胞 再生医学 单细胞测序技术
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CD45^(+)CD326^(+)双阳性细胞的特征及其在膀胱癌预后预测中的作用
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作者 刘桧 莫晗 +3 位作者 冯超 谢远亮 王秋雁 李天宇 《中国癌症防治杂志》 CAS 2024年第2期205-214,共10页
目的探讨CD45^(+)CD326^(+)双阳性细胞(double positive cells,DPCs)对膀胱癌预后的影响,并构建膀胱癌DPCs相关基因评分系统,探究不同DPCs评分膀胱癌患者肿瘤微环境的特征。方法采用单细胞测序技术分析DPCs的分子特征,质谱流式技术分析D... 目的探讨CD45^(+)CD326^(+)双阳性细胞(double positive cells,DPCs)对膀胱癌预后的影响,并构建膀胱癌DPCs相关基因评分系统,探究不同DPCs评分膀胱癌患者肿瘤微环境的特征。方法采用单细胞测序技术分析DPCs的分子特征,质谱流式技术分析DPCs高比例组和低比例组患者的肿瘤微环境异质性。基于TCGA‐BLCA队列,根据DPCs的特征基因构建评分系统,并在GSE13507队列及GSE32894队列中进行验证。结果膀胱癌患者中DPCs高比例组患者的预后较低比例组患者的预后差(P=0.0158),且高、低比例组患者的肿瘤微环境存在异质性,高比例组患者较低比例患者的免疫细胞和肿瘤细胞有更高的免疫检查点、共抑制因子和共激活因子的表达水平(均P<0.05);基于TCGA‐BLCA队列构建了9个基因(APOBEC3G、CD96、CLEC2D、GNG2、GNLY、IL32、PSMB9、RORA、SKAP1)的膀胱癌DPCs相关基因评分系统。TCGA‐BLCA队列、GSE13507队列和GSE32894队列分析结果显示,高风险评分组膀胱癌患者的总生存期明显比低DPCs评分组短(均P<0.01)。免疫抑制、雌激素等信号通路在高风险评分组中显著富集。结论DPCs与膀胱癌不良预后密切相关,基于DPCs特征基因构建的模型可较准确地预测膀胱癌患者的临床预后。 展开更多
关键词 膀胱癌 肿瘤微环境 质谱流式技术 单细胞测序技术 免疫抑制
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2020年肾移植研究大盘点——来自中国的声音 被引量:5
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作者 罗子寰 孙启全 《器官移植》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期169-176,共8页
肾移植是终末期肾病患者改善生存质量、回归正常生活的首选途径。随着医疗技术与免疫抑制剂的不断更新发展,移植肾的短期存活时间显著延长,但其长期存活问题仍亟待解决。肾缺血-再灌注损伤(IRI)、急性排斥反应、慢性移植肾失功、肾脏纤... 肾移植是终末期肾病患者改善生存质量、回归正常生活的首选途径。随着医疗技术与免疫抑制剂的不断更新发展,移植肾的短期存活时间显著延长,但其长期存活问题仍亟待解决。肾缺血-再灌注损伤(IRI)、急性排斥反应、慢性移植肾失功、肾脏纤维化等因素仍是影响移植肾存活的几大难题,相关研究一直是肾移植领域的热点。同时,2020年是不平凡的一年,新型冠状病毒肺炎(新冠肺炎)疫情对各行各业发展的影响巨大,与肾移植相关的研究报道亦呈百家争鸣之态。本文就我国2020年肾移植相关的临床与基础研究的前沿热点以及肾移植领域新冠肺炎相关的研究做一综述,以期提供新的治疗思路和策略。 展开更多
关键词 肾移植 排斥反应 缺血-再灌注损伤(IRI) 新型冠状病毒肺炎 单细胞测序技术 程序性细胞死亡蛋白配体1 氨甲酰化促红细胞生成素 细胞游离DNA BK病毒相关性肾病
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单细胞转录组测序技术畜牧业标准化现状分析 被引量:1
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作者 李夏伟 张琦 +1 位作者 朱晓春 王斌 《China Standardization》 2023年第1期60-64,共5页
Single-cell RNA sequencing technology(scRNA-seq)is an emerging,high-throughput,high-resolution big data production and analysis technology,which has helped some pioneering research and discoveries in the field of anim... Single-cell RNA sequencing technology(scRNA-seq)is an emerging,high-throughput,high-resolution big data production and analysis technology,which has helped some pioneering research and discoveries in the field of animal husbandry in recent years.This technology provides an essential basis for the early selection of livestock and poultry and the selection of excellent characters,showing that it has great application potential and broad prospects in animal husbandry research and production.Although scRNA-seq technology has established a wide range of commercial production services at home and abroad,the standardization status of this technology in animal husbandry needs further exploration,as it can provide clues and foundations for the application of scRNA-seq technology in animal husbandry. 展开更多
关键词 single-cell RNA sequencing technology animal husbandry STANDARDIZATION genetic breeding
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单细胞测序技术在恶性肿瘤研究中的应用进展 被引量:5
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作者 刘慧萍 崔恒 昌晓红 《中国肿瘤临床》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期365-368,共4页
恶性肿瘤是严重威胁人类健康的公共卫生问题之一,具有多样性、复杂性和死亡率高等特点,已成为学术界关注的热点与难点。异质性为恶性肿瘤的主要特征之一,影响肿瘤发生、发展、转移和治疗等。随着人类基因组计划的完成和测序技术的不断发... 恶性肿瘤是严重威胁人类健康的公共卫生问题之一,具有多样性、复杂性和死亡率高等特点,已成为学术界关注的热点与难点。异质性为恶性肿瘤的主要特征之一,影响肿瘤发生、发展、转移和治疗等。随着人类基因组计划的完成和测序技术的不断发展,单细胞测序技术已应用于多个生物医学领域,且在分析肿瘤细胞亚群、揭示细胞异质性和研究肿瘤的发生、演变及耐药性等方面具有独特的优势,为探索恶性肿瘤的临床诊治和预后判断等提供新方法和新思路。本文主要对单细胞测序技术的发展及其在恶性肿瘤研究中的应用予以综述。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 恶性肿瘤 异质性 肿瘤微环境 肿瘤耐药
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单细胞转录组测序技术及其在植物研究中的应用 被引量:3
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作者 陈柳宏 赵春雷 +3 位作者 王希 李彦丽 丁广洲 陈丽 《中国农学通报》 2022年第3期87-93,共7页
为探究单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)在植物研究中的应用,本综述对单细胞转录组测序技术的发展状况进行了总结,介绍了其在胚胎发育、免疫细胞、肿瘤领域以及植物研究的运用。其次,就单细胞转录组测序技术中的要点技术(单细胞分离技... 为探究单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)在植物研究中的应用,本综述对单细胞转录组测序技术的发展状况进行了总结,介绍了其在胚胎发育、免疫细胞、肿瘤领域以及植物研究的运用。其次,就单细胞转录组测序技术中的要点技术(单细胞分离技术、单细胞全转录组cDNA扩增技术、高通量测序技术)进行了总结分析。最后,本文根据植物细胞的特点归纳出植物所适用的单细胞转录组测序技术,以期为该技术在植物研究中更好的利用提供理论依据。 展开更多
关键词 植物 单细胞转录组测序 转录组学 单细胞分离技术 高通量测序
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单细胞转录组测序教学中的实践研究 被引量:3
15
作者 林长松 邵娇芳 +1 位作者 武剑 汪强虎 《科教导刊》 2022年第30期34-37,共4页
单细胞转录组测序技术是新兴的高通量测序技术之一,是高通量测序课程中的重要章节,而国内缺少相关的教学案例供参考。文章将探讨基于容器化技术部署生物信息学软件和问题导向式学习在单细胞转录组测序课程教学中的应用案例,该教学方法... 单细胞转录组测序技术是新兴的高通量测序技术之一,是高通量测序课程中的重要章节,而国内缺少相关的教学案例供参考。文章将探讨基于容器化技术部署生物信息学软件和问题导向式学习在单细胞转录组测序课程教学中的应用案例,该教学方法能够有效巩固学生的理论知识,提高实际课题中的数据分析能力,同时激发学生的自我学习潜能,对于培养生物信息学专业本科生科研素养具有重要意义。 展开更多
关键词 单细胞转录组测序 容器化技术 问题导向式教学
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Single-cell sequencing analysis of the maternal-fetal interface
16
作者 Pei-Ru Wei Yi-Hua Yang 《Reproductive and Developmental Medicine》 CAS CSCD 2023年第2期122-127,共6页
The microenvironment at the maternal-fetal interface is optimized to facilitate the development and survival of the fetus during pregnancy.It involves a balance between cell populations and interactions of the fetal p... The microenvironment at the maternal-fetal interface is optimized to facilitate the development and survival of the fetus during pregnancy.It involves a balance between cell populations and interactions of the fetal placenta with various cell types(ie,stromal cells,endothelial cells,immune cells,and fibroblasts)that are embedded in the maternal endometrium/decidua.Aberrant shifts in cell populations and deranged cell-cell interactions are closely related to pregnancy disorders.Thus,analysis of the dynamic changes in cell populations and their interactions at the maternal-fetal interface in normal and complicated pregnancies is essential to provide insights into the fundamental processes involved in the establishment and maintenance of normal pregnancy,and how these processes are dysregulated.Thus,informing novel pathways for therapeutic targets of pregnancy complications.Single-cell sequencing(SCS)is a powerful tool for transcriptome analysis at single-cell resolution.Combined with information on the developmental trajectory and function of different cell populations,SCS can provide an unparalleled opportunity for refining the spatiotemporal cell atlas to elaborate dynamic changes in cell populations and their interactions in tissues that consist of highly heterogeneous cell populations such as the maternal-fetal interface.This minireview briefly summarizes traditional methods and their limitations for analyzing maternal-fetal interface cell-cell interactions,and introduces the current applications,advantages,limitations,and prospective applications of SCS in research on maternal-fetal interactions. 展开更多
关键词 single-cell sequencing technology Maternal-fetal interface PLACENTA DECIDUA
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单细胞组学数据库的研究进展 被引量:1
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作者 蔡浩洋 《四川师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2022年第4期452-461,共10页
随着测序技术的发展,目前单细胞测序已经成为生命科学各研究方向的前沿技术.单细胞测序技术是指在单个细胞的水平上对其携带的遗传信息进行高通量测序分析的技术.在2011年和2013年,单细胞测序技术分别被《Nature Methods》和《Science... 随着测序技术的发展,目前单细胞测序已经成为生命科学各研究方向的前沿技术.单细胞测序技术是指在单个细胞的水平上对其携带的遗传信息进行高通量测序分析的技术.在2011年和2013年,单细胞测序技术分别被《Nature Methods》和《Science》列为年度最值得期待和关注的技术之一.随后单细胞测序数据呈现指数级增长,使得在海量的数据中寻找有用信息成为一个难题,整合单细胞测序数据的数据库有效地解决了该问题.概述了近年来有关单细胞数据库的研究进展,结合单细胞测序技术的重要性探讨单细胞数据库的功能特点及适用范围,并提出未来单细胞数据库发展的趋势. 展开更多
关键词 单细胞测序技术 单细胞数据库 高通量测序 多组学 大数据
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单细胞测序技术在食管癌研究中的应用 被引量:1
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作者 吕天琦 曹张磊 +2 位作者 蔺元斌 李琳 郑建萍 《中国细胞生物学学报》 CAS CSCD 2022年第9期1801-1811,共11页
近年来,单细胞测序技术不断发展,为破译单个细胞的生物学特征提供了前所未有的机会。该技术能够解决细胞异质性的难题,以其强大的技术优势正在将肿瘤学研究的精密度和准确度推动到新的高度。食管癌是最具“中国特色”的恶性肿瘤,具有肿... 近年来,单细胞测序技术不断发展,为破译单个细胞的生物学特征提供了前所未有的机会。该技术能够解决细胞异质性的难题,以其强大的技术优势正在将肿瘤学研究的精密度和准确度推动到新的高度。食管癌是最具“中国特色”的恶性肿瘤,具有肿瘤高异质性的特征,临床上尚缺乏有效的治疗策略。目前,单细胞测序技术已被广泛应用于食管癌领域的研究,并取得了丰富的研究成果。该文简要介绍了单细胞测序技术,系统总结了该技术在食管癌中的应用,并探讨了食管癌细胞异质性、肿瘤微环境、肿瘤的发生与发展机制以及耐药机制研究的最新进展,期望能为食管癌的精准医疗提供新思路。 展开更多
关键词 单细胞测序技术 食管癌 异质性 肿瘤微环境 精准医疗
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单细胞RNA测序技术在骨骼系统生物学研究中的应用 被引量:1
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作者 朱斌 晏怡果 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2021年第26期4204-4210,共7页
背景:单细胞RNA测序技术可以从单细胞水平获得基因表达谱,了解组织样品中细胞的异质性,发现新的细胞类型、相关细胞特异性标记物及新细胞的潜在功能,更深入的了解骨骼系统。目的:简介了单细胞RNA测序技术基本原理并综述了近年来单细胞RN... 背景:单细胞RNA测序技术可以从单细胞水平获得基因表达谱,了解组织样品中细胞的异质性,发现新的细胞类型、相关细胞特异性标记物及新细胞的潜在功能,更深入的了解骨骼系统。目的:简介了单细胞RNA测序技术基本原理并综述了近年来单细胞RNA测序技术在骨骼系统生物学中的应用,进一步探讨骨骼系统的正常生理及相关疾病的病理生理及发病机制。方法:由第一作者应用计算机检索PubMed、CNKI、万方数据库的相关文献,英文检索词为“single cell RNA sequencing technology,bone/skeletal,tendons,ligaments,bone/skeletal diseases”,中文检索词:“单细胞RNA测序技术、骨骼、韧带、肌腱、骨关节疾病”,最终纳入75篇文献进行综述。结果与结论:单细胞RNA测序技术作为一种新的研究方法已展现出其良好的发展前景,在骨骼系统生物学中能发现新的细胞类型、相关细胞特异性标记物及新细胞的潜在功能,但其仍存在特殊样本分离困难、成本价格高等缺点,因此仍需进一步完善测序技术并拓展其发展空间。 展开更多
关键词 单细胞RNA测序 骨骼系统生物学 测序技术 RNA测序 免疫学 综述
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单细胞测序技术在骨关节疾病方面的应用
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作者 张宇 孙文爽 +2 位作者 李寅翠 赵建宁 孟嘉 《中国矫形外科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期235-238,共4页
在关节疾病的发病机制的研究上,目前最常针对的对象还是骨、软骨及滑膜组织,以及从这些组织的整个病理改变的方向去探索可能的发病过程及发病机制,所以存在很多局限性和不准确性,比如忽略了疾病组织内部的单个细胞的异质性在疾病当中所... 在关节疾病的发病机制的研究上,目前最常针对的对象还是骨、软骨及滑膜组织,以及从这些组织的整个病理改变的方向去探索可能的发病过程及发病机制,所以存在很多局限性和不准确性,比如忽略了疾病组织内部的单个细胞的异质性在疾病当中所发挥的作用。单细胞测序技术(single-cell sequencing)是在单个细胞水平上对基因组、转录组及表观基因组进行测序的技术,能够从组织样本中获得不同细胞间的异质性信息和对珍贵微量样本进行测序,从而更深层次地反映生命规律与本质,本文就单细胞测序技术的基本方法及在关节疾病方面的应用进行概述。 展开更多
关键词 单细胞测序 骨关节疾病 测序技术
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