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93份无芒雀麦种质资源产量性状的全基因组关联分析
被引量:
5
1
作者
周艳春
刘建
+3 位作者
徐安凯
邱红梅
王英哲
任伟
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期623-632,共10页
为了解无芒雀麦(Bromus inermis)群体亲缘关系,同时挖掘控制产量相关性状的基因位点,本试验利用单核苷酸多态性(Single nucleotide ploymorphism,SNP)标记对来自国内外93份无芒雀麦进行全基因组扫描,对茎重、干草产量、节数、鲜草产量...
为了解无芒雀麦(Bromus inermis)群体亲缘关系,同时挖掘控制产量相关性状的基因位点,本试验利用单核苷酸多态性(Single nucleotide ploymorphism,SNP)标记对来自国内外93份无芒雀麦进行全基因组扫描,对茎重、干草产量、节数、鲜草产量、叶重、株高、叶长、茎粗、叶宽、穗长10个重要产量性状进行全基组关联分析和群体遗传结构分析。结果表明,93份无芒雀麦共鉴定到95708个有效SNP标记;经构建系统进化树分析,93份无芒雀麦种质材料被分成了3个类群,第I类群材料为祖先种群,第II类群材料和第III类群材料为进化分支群;通过对10个数量性状的全基因组进行关联分析,株高、穗长、茎粗、节数、叶长、叶宽、鲜草产量、干草产量、茎重、叶重分别筛选到20,24,19,21,29,19,26,31,25,33个核心SNP标记(P<0.001)。这些SNP标记经进一步筛选鉴定,可有效提高无芒雀麦新种质的分子鉴定效率,对加快无芒雀麦育种进程、加强生物多样性保护具有重要意义。
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关键词
无芒雀麦
产量性状
全基因组关联分析
SNP标记
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职称材料
MicroRNA及其作用靶点单核苷酸多态性研究进展
被引量:
2
2
作者
陈磊
陈小平
李元建
《国际病理科学与临床杂志》
CAS
2009年第3期211-215,共5页
microRNA(miRNA)是一类长约21-25个核苷酸的小分子非编码RNA,通过与靶基因mRNA分子3’端未翻译区域(3’-untranslated region,3’UTR)特异性结合,负性调控靶mRNA的翻译,是一类非常重要的转录后调控因子,不仅与正常的细胞增殖...
microRNA(miRNA)是一类长约21-25个核苷酸的小分子非编码RNA,通过与靶基因mRNA分子3’端未翻译区域(3’-untranslated region,3’UTR)特异性结合,负性调控靶mRNA的翻译,是一类非常重要的转录后调控因子,不仅与正常的细胞增殖、分化、凋亡、应激、脂肪代谢、生长发育和心脏功能调控等密切相关,同时也与恶性肿瘤以及心血管疾病等疾病的发生发展密切相关。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致药物反应性和疾病易感性个体和种族差异的重要原因之一。近来的研究发现,编码microRNA的基因及microRNA的靶基因结合位点也存在SNP,这些SNP为阐明人类疾病易感性和药物反应性个体差异提供了新的解释。
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关键词
MICRORNA
单核苷酸多态性
疾病易感性
药物反应性
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职称材料
SHB基因的突变与乳腺癌的关系
被引量:
1
3
作者
李梅
王峰
潘小明
《肿瘤防治研究》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第11期1261-1263,共3页
目的通过对乳腺癌组织和健康人外周血中SHB(Src homology2 domain containing adaptor protein B,SHB)基因的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism SNP)进行检测,研究SHB基因与乳腺癌的相关性。方法对SHB基因的启动子、外显子...
目的通过对乳腺癌组织和健康人外周血中SHB(Src homology2 domain containing adaptor protein B,SHB)基因的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism SNP)进行检测,研究SHB基因与乳腺癌的相关性。方法对SHB基因的启动子、外显子以及临近的内含子区域,使用PCR扩增和DNA测序方法,分别在96例乳腺癌患者的肿瘤组织及96例健康人的外周血进行测序,比较它们之间可能存在的差异,确定该基因是否与乳腺癌相关。结果本研究发现SHB基因共有7个SNP,其中5个是高频SNP,2个是低频SNP,该基因的启动子区一个SNP在健康人和乳腺癌患者之间差异有统计学意义(P<0.05)。结论 SHB基因的启动子的SNP可能与乳腺癌的发生有关。
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关键词
乳腺癌
基因
单核苷酸多态
突变
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职称材料
糖尿病定位区域D9s171中信号传导基因的多态研究
4
作者
吴刚
王耀槐
+2 位作者
王雪芹
陈金锋
金艳
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第1期35-37,共3页
目的:对2型糖尿病定位区域(D9s171)中参与信号传导基因进行单核苷酸多态(singlenucleotidepolymorphism,SNP)检测。方法:使用荧光标记的直接测序法,对D9s171区域4个可能参与胰岛素信号传导基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行测序...
目的:对2型糖尿病定位区域(D9s171)中参与信号传导基因进行单核苷酸多态(singlenucleotidepolymorphism,SNP)检测。方法:使用荧光标记的直接测序法,对D9s171区域4个可能参与胰岛素信号传导基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行测序,确定这些基因在华东地区汉族人存在的SNP。结果:所测4个基因片段总长15737个碱基,有14个SNP,高频、低频分别是11个和3个。结论:4个候选基因在华东地区汉族2型糖尿病患者中有SNP;通过对这些SNP基因分型可进一步确定4个基因中是否存在2型糖尿病的易感基因。
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关键词
2型糖尿病
基因
单核苷酸多态
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职称材料
自动双向测序法检测基因的单核苷酸多态性
5
作者
李梅
吴刚
《南通医学院学报》
2004年第1期31-32,35,共3页
目的 :通过检测 2 1号染色体上的所有已知基因中存在的单核苷酸多态性 (single nucleotide ploym or-phism,SNP) ,建立一种检测基因 SNP的高通量的方法。方法 :应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法 ,对中国汉人、少数民族共...
目的 :通过检测 2 1号染色体上的所有已知基因中存在的单核苷酸多态性 (single nucleotide ploym or-phism,SNP) ,建立一种检测基因 SNP的高通量的方法。方法 :应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法 ,对中国汉人、少数民族共 96个人 DNA标本 ,在 2 1号染色体上所有已知基因的启动子区、全部编码区及其临近的内含子区进行自动测序 ,并通过 Polyphred软件识别 SNP。结果 :应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法在12 8个基因发现了许多 SNP。汉族人与少数民族在一些基因有 SNP的差异。结论 :自动双向测序法检测基因的 SNP是直接、可靠和高通量的一种方法。
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关键词
自动双向测序法
单核苷酸多态性
基因
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职称材料
题名
93份无芒雀麦种质资源产量性状的全基因组关联分析
被引量:
5
1
作者
周艳春
刘建
徐安凯
邱红梅
王英哲
任伟
机构
吉林省农业科学院
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第3期623-632,共10页
基金
吉林省重点科技研发项目“优质饲草品种选育及其配套种植技术研究与示范”(20180201072NY)资助。
文摘
为了解无芒雀麦(Bromus inermis)群体亲缘关系,同时挖掘控制产量相关性状的基因位点,本试验利用单核苷酸多态性(Single nucleotide ploymorphism,SNP)标记对来自国内外93份无芒雀麦进行全基因组扫描,对茎重、干草产量、节数、鲜草产量、叶重、株高、叶长、茎粗、叶宽、穗长10个重要产量性状进行全基组关联分析和群体遗传结构分析。结果表明,93份无芒雀麦共鉴定到95708个有效SNP标记;经构建系统进化树分析,93份无芒雀麦种质材料被分成了3个类群,第I类群材料为祖先种群,第II类群材料和第III类群材料为进化分支群;通过对10个数量性状的全基因组进行关联分析,株高、穗长、茎粗、节数、叶长、叶宽、鲜草产量、干草产量、茎重、叶重分别筛选到20,24,19,21,29,19,26,31,25,33个核心SNP标记(P<0.001)。这些SNP标记经进一步筛选鉴定,可有效提高无芒雀麦新种质的分子鉴定效率,对加快无芒雀麦育种进程、加强生物多样性保护具有重要意义。
关键词
无芒雀麦
产量性状
全基因组关联分析
SNP标记
Keywords
Bromus
inermis
Yield
traits
Genome-wide
association
study
single
nucleotide
ploymorphism
分类号
S543 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
MicroRNA及其作用靶点单核苷酸多态性研究进展
被引量:
2
2
作者
陈磊
陈小平
李元建
机构
中南大学药学院药理学系
出处
《国际病理科学与临床杂志》
CAS
2009年第3期211-215,共5页
基金
国家自然科学基金(30671149)
教育部新世纪人才资助计划(NCET-07-0859)~~
文摘
microRNA(miRNA)是一类长约21-25个核苷酸的小分子非编码RNA,通过与靶基因mRNA分子3’端未翻译区域(3’-untranslated region,3’UTR)特异性结合,负性调控靶mRNA的翻译,是一类非常重要的转录后调控因子,不仅与正常的细胞增殖、分化、凋亡、应激、脂肪代谢、生长发育和心脏功能调控等密切相关,同时也与恶性肿瘤以及心血管疾病等疾病的发生发展密切相关。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是导致药物反应性和疾病易感性个体和种族差异的重要原因之一。近来的研究发现,编码microRNA的基因及microRNA的靶基因结合位点也存在SNP,这些SNP为阐明人类疾病易感性和药物反应性个体差异提供了新的解释。
关键词
MICRORNA
单核苷酸多态性
疾病易感性
药物反应性
Keywords
MicroRNA
single
nucleotide
ploymorphism
disease
susceptibility
pharma-cogenetics
分类号
Q75 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
SHB基因的突变与乳腺癌的关系
被引量:
1
3
作者
李梅
王峰
潘小明
机构
南通大学附属医院肿瘤化疗科
出处
《肿瘤防治研究》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第11期1261-1263,共3页
文摘
目的通过对乳腺癌组织和健康人外周血中SHB(Src homology2 domain containing adaptor protein B,SHB)基因的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism SNP)进行检测,研究SHB基因与乳腺癌的相关性。方法对SHB基因的启动子、外显子以及临近的内含子区域,使用PCR扩增和DNA测序方法,分别在96例乳腺癌患者的肿瘤组织及96例健康人的外周血进行测序,比较它们之间可能存在的差异,确定该基因是否与乳腺癌相关。结果本研究发现SHB基因共有7个SNP,其中5个是高频SNP,2个是低频SNP,该基因的启动子区一个SNP在健康人和乳腺癌患者之间差异有统计学意义(P<0.05)。结论 SHB基因的启动子的SNP可能与乳腺癌的发生有关。
关键词
乳腺癌
基因
单核苷酸多态
突变
Keywords
Breast
cancer
Gene
single
nucleotide
ploymorphism
Mutations
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
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职称材料
题名
糖尿病定位区域D9s171中信号传导基因的多态研究
4
作者
吴刚
王耀槐
王雪芹
陈金锋
金艳
机构
南通医学院第二附属医院内分泌科
出处
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2005年第1期35-37,共3页
文摘
目的:对2型糖尿病定位区域(D9s171)中参与信号传导基因进行单核苷酸多态(singlenucleotidepolymorphism,SNP)检测。方法:使用荧光标记的直接测序法,对D9s171区域4个可能参与胰岛素信号传导基因的启动子、外显子以及临近的内含子进行测序,确定这些基因在华东地区汉族人存在的SNP。结果:所测4个基因片段总长15737个碱基,有14个SNP,高频、低频分别是11个和3个。结论:4个候选基因在华东地区汉族2型糖尿病患者中有SNP;通过对这些SNP基因分型可进一步确定4个基因中是否存在2型糖尿病的易感基因。
关键词
2型糖尿病
基因
单核苷酸多态
Keywords
type
2
diabetes
gene
single
nucleotide
ploymorphism
分类号
R587.1 [医药卫生—内分泌]
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职称材料
题名
自动双向测序法检测基因的单核苷酸多态性
5
作者
李梅
吴刚
机构
南通医学院附属医院肿瘤化疗科
南通医学院第二附属医院内分泌科
出处
《南通医学院学报》
2004年第1期31-32,35,共3页
文摘
目的 :通过检测 2 1号染色体上的所有已知基因中存在的单核苷酸多态性 (single nucleotide ploym or-phism,SNP) ,建立一种检测基因 SNP的高通量的方法。方法 :应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法 ,对中国汉人、少数民族共 96个人 DNA标本 ,在 2 1号染色体上所有已知基因的启动子区、全部编码区及其临近的内含子区进行自动测序 ,并通过 Polyphred软件识别 SNP。结果 :应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法在12 8个基因发现了许多 SNP。汉族人与少数民族在一些基因有 SNP的差异。结论 :自动双向测序法检测基因的 SNP是直接、可靠和高通量的一种方法。
关键词
自动双向测序法
单核苷酸多态性
基因
Keywords
Automatic
two
directional
sequencing
method
single
nucleotide
ploymorphism
Gene
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
93份无芒雀麦种质资源产量性状的全基因组关联分析
周艳春
刘建
徐安凯
邱红梅
王英哲
任伟
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
5
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职称材料
2
MicroRNA及其作用靶点单核苷酸多态性研究进展
陈磊
陈小平
李元建
《国际病理科学与临床杂志》
CAS
2009
2
下载PDF
职称材料
3
SHB基因的突变与乳腺癌的关系
李梅
王峰
潘小明
《肿瘤防治研究》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
下载PDF
职称材料
4
糖尿病定位区域D9s171中信号传导基因的多态研究
吴刚
王耀槐
王雪芹
陈金锋
金艳
《南京医科大学学报(自然科学版)》
CAS
CSCD
北大核心
2005
0
下载PDF
职称材料
5
自动双向测序法检测基因的单核苷酸多态性
李梅
吴刚
《南通医学院学报》
2004
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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