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根据SSR标记划分优质蛋白玉米自交系的杂种优势群 被引量:52
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作者 番兴明 张世煌 +2 位作者 谭静 李明顺 李新海 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期105-110,共6页
利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的... 利用 SSR标记技术对 18个优质蛋白玉米 (QPM)自交系和 4个代表国内主要杂种优势群的普通玉米标准测验种进行杂种优势群划分 ,研究热带、亚热带 QPM与温带玉米自交系之间的遗传关系。从 70对引物中筛选出 39对扩增谱带清晰且具有多态性的 SSR引物 ,在供试材料中检测到 134个等位基因变异 ,平均多态性信息量为 0 .5 5。根据扩增谱带建立 0、 1型数据 ,计算 2 2个自交系间的遗传相似值 ,然后做聚类分析。结果表明 ,供试的 18个 QPM自交系可划分为 5群 :第一群与旅大红骨种质的遗传距离较近 ,包括 CML 14 9、 CA339、 CML 15 4、长 6 31/o2、中系 0 96 /o2、CML 16 6和 CML 16 4。第二群接近四平头种质 ,包括 CML 14 0、 YML 2 3、 YML 2 9和 CML 194。第三群接近瑞得种质 ,包括忻 910 1/o2和齐 2 0 5。第四群与兰卡斯特种质的距离较近 ,包括 YML 12和 YML 10 2。第五群与四个主要杂种优势类群的距离都比较远 ,包括 CML 14 7、 CML 16 1和 CML 171。 SSR标记划群与田间产量配合力划分结果及系谱分析基本一致。 展开更多
关键词 SSR标记 蛋白玉米 自交系 杂种优势 遗传相似系数
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SSR标记遗传距离与粳稻杂种优势的相关性分析 被引量:45
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作者 赵庆勇 朱镇 +4 位作者 张亚东 赵凌 陈涛 张巧凤 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期141-147,共7页
利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片... 利用SSR分子标记对30个粳稻品种进行遗传多样性分析,继而研究分子标记遗传距离与按照NCⅡ设计获得的200个杂交组合主要产量性状杂种优势的相关性,探讨分子标记遗传距离预测杂种优势的可行性。结果表明,64对SSR引物共检测到185条多态性片段,平均每对引物2.9条,每个SSR位点的多态性信息含量指数(PIC值)变化范围为0.064~0.844,平均为0.380。以SSR标记遗传相似系数为原始数据,按UPGMA聚类方法将30个亲本材料划分为7大类群,分类结果与系谱关系基本相符。分子标记遗传距离与杂种性状平均值的相关除每穗总粒数外均达到显著或极显著水平,与杂种优势的相关均达到极显著水平,相关系数介于-0.361~0.359,说明分子标记可用于水稻杂种优势群的划分和遗传多样性分析,但相关程度还不足以预测产量杂种优势。 展开更多
关键词 粳稻 微卫星标记 分子标记 聚类分析 遗传距离 杂种优势
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药用植物丹参EST-SSR标记的鉴定 被引量:44
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作者 邓科君 张勇 +4 位作者 熊丙全 彭金华 张韬 赵晓楠 任正隆 《药学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1165-1172,共8页
对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192... 对重要大宗药用植物丹参尚没有高效特异分子标记开发应用研究,为有效利用丹参现有EST资源开发功能性分子标记,本文以生物信息学方法对GenBank的dbEST数据库中公开的10288条丹参(Salvia miltiorrhiza)EST进行整理,共获得非冗余性EST4192条。从中搜索到159个SSR位点,出现频率为3.79%,平均相隔12.74kb出现1个SSR位点。在1bp~6bp核苷酸重复基序中,二核苷酸重复基序SSR出现频率最高(77个、48.43%),其次是三核苷酸(41个、25.79%),四核苷酸出现频率最低(6个,3.77%)。在检出的47类重复基序中,出现频率超过5%的6种重复基序依次为:GA/CT(16.35%)、AG/TC(15.09%)、TCA/AGT(10.69%)、AT/TA(6.29%)、GAAAAG/CAAAAC(6.29%)、TA/AT(5.03%)。针对这些序列,设计开发了83对EST-SSR引物,对13个不同居群丹参样品及10种鼠尾草属物种进行了扩增效率、多态性及通用性检测,发现其中72对引物在供试材料中可进行特异性扩增,共产生279个位点,平均每对引物产生3.88个位点,且所有引物均显示多态性扩增。可有效扩增引物在鼠尾10个异源物种中的可转移率为60%~100%,平均85%。依据扩增结果进行遗传相似性分析,结果表明EST-SSR分析可揭示供试样品不同水平的遗传多样性,并可明确区分丹参及其他同属植物。上述工作为进行丹参及其同属物种的基因组差异性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究奠定了基础。 展开更多
关键词 丹参 表达序列标签 简单序列重复 分子标记 遗传多样性
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利用SSR标记分析玉米群体遗传变异的取样方法 被引量:35
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作者 刘雪 李明顺 +3 位作者 李新海 田清震 白丽 张世煌 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第7期858-863,共6页
针对4种多株叶片混合DNA取样方法,利用SSR标记分析了Pob69和Pob70群体的遗传变异,探讨建立玉米群体遗传多样性分析的技术体系。从2个群体中分别提取50个单株叶片DNA和5、10、15、20个单株叶片混合样本DNA,用均匀分布在玉米染色体上的17... 针对4种多株叶片混合DNA取样方法,利用SSR标记分析了Pob69和Pob70群体的遗传变异,探讨建立玉米群体遗传多样性分析的技术体系。从2个群体中分别提取50个单株叶片DNA和5、10、15、20个单株叶片混合样本DNA,用均匀分布在玉米染色体上的17对SSR引物对不同处理的混合DNA样本进行扩增,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳,比较了采用不同取样方法的叶片DNA扩增的等位基因数目、多态性信息量和遗传多样性指数,表明用10株叶片混合提取的DNA样本可以代替相同数目(10个)的单株DNA的混合样本。该技术策略可以进一步减少工作量,提高效率,已用于研究大量玉米群体的遗传关系。 展开更多
关键词 玉米群体 SSR标记 遗传多样性 DNA样本
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SSR标记技术及其在植物遗传学中的应用 被引量:22
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作者 王红梅 张正英 陈玉梁 《西北师范大学学报(自然科学版)》 CAS 2003年第1期113-116,共4页
SSR是建立在PCR技术上的新型分子标记 ,与RFLP、RAPD、AFLP相比 ,SSR具有多态性高 ,结果稳定可靠 ,重复性好 ,操作简便等特点 .阐述了SSR的原理和方法 。
关键词 SSR标记 植物遗传学 分子标记 遗传图谱 遗传育种 微卫星DNA DNA提取 扩增 染色
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稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布 被引量:20
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作者 李成云 李进斌 +2 位作者 周晓罡 董爱荣 许明辉 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2004年第3期269-273,共5页
利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1~ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度... 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1~ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。 展开更多
关键词 稻瘟病菌 基因组 微卫星序列 频率 分布 遗传标记 水稻
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番茄栽培品种SSR标记和形态标记的遗传多样性分析 被引量:14
7
作者 王日升 李杨瑞 +3 位作者 杨丽涛 李立志 方锋学 李文嘉 《热带亚热带植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期120-125,共6页
比较了SSR标记和形态标记在研究番茄栽培品种遗传多样性上的应用。用7对SSR引物检测了11个番茄栽培品种的遗传多样性,共得到53条带,每一个位点上扩增出2-9条带,平均为6条;品种间遗传相似系数在0.39-0.84之间,平均遗传相似系数为0.60。根... 比较了SSR标记和形态标记在研究番茄栽培品种遗传多样性上的应用。用7对SSR引物检测了11个番茄栽培品种的遗传多样性,共得到53条带,每一个位点上扩增出2-9条带,平均为6条;品种间遗传相似系数在0.39-0.84之间,平均遗传相似系数为0.60。根据11个形态学性状表型值计算的遗传相似系数在0.27-0.72之间,平均遗传相似系数0.58。用UPGMA进行聚类分析,SSR标记和形态标记都可依果肉颜色和果实大小将供试材料分组,即黄色和红色果肉,樱桃小番茄和大、中果形的混合型;两种方法对番茄栽培品种遗传多样性的评价相近。 展开更多
关键词 番茄 简单序列重复 形态标记 遗传多样性
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国内外甜高粱种质遗传多样性的SSR分析 被引量:20
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作者 赵香娜 岳美琪 +4 位作者 刘洋 顿宝庆 赵伟华 谭亮 李桂英 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期407-412,共6页
用24对扩增带型稳定的SSR引物,研究了206份国内外甜高粱种质资源的遗传变异,共检测出220个等位基因,每对引物检测出2~19个等位基因。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅在0.50~0.87。利用220个多态性标记计算206份甜高粱品种之间的... 用24对扩增带型稳定的SSR引物,研究了206份国内外甜高粱种质资源的遗传变异,共检测出220个等位基因,每对引物检测出2~19个等位基因。引物位点的多态信息含量指数(PIC)变幅在0.50~0.87。利用220个多态性标记计算206份甜高粱品种之间的遗传相似系数(GS),范围在0.32~0.96之间。利用SSR标记遗传相似系数矩阵,按UPGMA方法对206份甜高粱品种进行聚类分析,将其分为A、B两大组,B组只包含3个品种,与其他品种遗传关系较远,A组进一步被分成15个类群,农艺性状近似的聚在同一类群。 展开更多
关键词 甜高粱 遗传多样性 SSR标记
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Inheritance and Gene Mapping of Resistance to Soybean Mosaic Virus Strain SC14 in Soybean 被引量:19
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作者 Hai-Chao Li Hai-Jian Zhi Jun-Yi Gai Dong-Quan Guo Yan-Wei Wang Kai Li Li Bai Hua Yang 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2006年第12期1466-1472,共7页
Soybean mosaic virus (SMV) is one of the most broadly distributed diseases worldwide. It causes severe yield loss and seed quality deficiency in soybean (Glycine max (L.) Merr.). SMV Strain SC14 isolated from Sh... Soybean mosaic virus (SMV) is one of the most broadly distributed diseases worldwide. It causes severe yield loss and seed quality deficiency in soybean (Glycine max (L.) Merr.). SMV Strain SC14 isolated from Shanxi Province, China, was a newly identified virulent strain and can infect Kefeng No. 1, a source with wide spectrum resistance. In the present study, soybean accessions, PI96983, Qihuang No. 1 and Qihuang No. 22 were identified to be resistant (R) and Nannong 1138-2, Pixianchadou susceptible (S) to SC14. Segregation analysis of PI96983 x Nannong 1138-2 indicated that a single dominant gene (designated as Rsc14) controlled the resistance to SC14 at both V2 and R1 developmental stages. The same results were obtained for the crosses of Qihuang No. 1 × Nannong 1138-2 and Qihuang No. 22 x Nannong 1138-2 as in PI96983 x×Nannong 1138-2 at V2 stage, but at R1 stage, the F1 performed as necrosis (a susceptible symptom other than mosaic), F2 segregated in a ratio of 1R:2N:IS, and the progenies of necrotic (N) F2 individuals segregated also in R, N and S. It indicated that a single gene (designated as Rsc140, to be different from that of PI96983) controlled the resistance to SC14, its dominance was the same as in PI96983 × Nannong 1138-2 (without symptoms) at V2 stage and not the same at R1 stage. The tightly linked co-dominant simple sequence repeat (SSR) marker Satt334 indicated that all the heterozygous bands were completely corresponding to the necrotic F2 individuals, or all the necrotic F2 individuals were heterozygotes. It was inferred that necrosis might be due to the interaction among SMV strains, resistance genes, genetic background of the resistance genes, and plant development stage. Furthermore, the bulked segregant analysis (BSA) of SSR markers was conducted to map the resistance genes. In F2 of PI96983 × Nannong 1138-2, five SSR markers, Sat_297, Sat_234, Sat_154, Sct_033 and Sat_120, were found closely linked to Rsc14, with genetic distances of 展开更多
关键词 bulked segregant analysis gene mapping resistance gene simple sequence repeat marker soybean (Glycinemax soybean mosaic virus
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SSR分子标记在牡丹亲缘关系研究中的应用与研究进展 被引量:19
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作者 郭琪 郭大龙 +2 位作者 郭丽丽 张琳 侯小改 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期652-664,共13页
SSR标记具有操作简便、共显性和重复性好等特点。该文总结了通过生物信息学技术、磁珠富集法及二代测序技术开发牡丹(Paeonia suffruticosa)SSR标记引物的方法,并根据现有研究结果解析了牡丹基因组中SSR位点频率及分布,详细阐述了SSR标... SSR标记具有操作简便、共显性和重复性好等特点。该文总结了通过生物信息学技术、磁珠富集法及二代测序技术开发牡丹(Paeonia suffruticosa)SSR标记引物的方法,并根据现有研究结果解析了牡丹基因组中SSR位点频率及分布,详细阐述了SSR标记在牡丹种质资源的遗传多样性、亲缘关系和遗传关系等方面的应用概况,旨在为今后牡丹SSR标记的研究与应用提供参考。 展开更多
关键词 牡丹 SSR 分子标记 遗传多样性 亲缘关系
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应用微卫星标记定位水稻恢复系密阳46的主效和微效恢复基因 被引量:16
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作者 李广贤 屠国庆 +2 位作者 张克勤 姚方印 庄杰云 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期506-510,共5页
应用由704个株系组成的珍汕97A/(珍汕97B/密阳46)F6测交群体,针对水稻第10染色体和第1、11染色体短臂构建了微卫星标记连锁图谱,检测到控制野败型细胞质雄性不育育性恢复的4个QTL,其中位于第10染色体长臂中下部的Rf4具有主效效应,位于第... 应用由704个株系组成的珍汕97A/(珍汕97B/密阳46)F6测交群体,针对水稻第10染色体和第1、11染色体短臂构建了微卫星标记连锁图谱,检测到控制野败型细胞质雄性不育育性恢复的4个QTL,其中位于第10染色体长臂中下部的Rf4具有主效效应,位于第1染色体短臂的Rf3具有较大效应,位于第10染色体长臂近着丝粒处的qRf10和第11染色体短臂近着丝粒处的qRf11表现出微效作用。研究还表明,在主效基因Rf4存在时,其他3个基因仍具有提高结实率的作用,但在Rf3和Rf4同时存在时,qRf10和qRf11的效应不明显。 展开更多
关键词 水稻 野败型细胞质雄性不育 育性恢复基因 微卫星标记 基因定位
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Genetic Diversity of Soybean and the Establishment of a Core Collection Focused on Resistance to Soybean Cyst Nematode 被引量:17
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作者 Yan-Song Ma Wen-Hui Wang +4 位作者 Li-Xia Wang Feng-Ming Ma Pei-Wu Wang Ru-Zhen Chang Li-Juan Qiu 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2006年第6期722-731,共10页
Soybean cyst nematode (SCN; Heterodera glycines) Is one of the most Important pests affecting soybean production. The best method of control of SCN is through the development of resistant cultlvars. However, limited... Soybean cyst nematode (SCN; Heterodera glycines) Is one of the most Important pests affecting soybean production. The best method of control of SCN is through the development of resistant cultlvars. However, limited progress has been made in soybean breeding In China because most modern cultlvars have no resistance to SCN. The distribution and phenotype of 432 immune or highly resistant Chinese accessions were surveyed and a primary core collection was selected as a representative sample for further analyses. Using evenly distributed simple sequence repeat markers, five selection methods were applied to the primary core collection and the optimal method was chosen to establish a core collection, which consisted of 28 accessions. These encompassed 70.8% of the ailelic variation present in the overall resistant collection. The 28 accessions differed from the reference resistant accessions at the genomlc level, Indicating that Chinese resistant accessions are distinct from known resistant accessions. This applied core collection provides a rational framework for undertaking diversity surveys, using genetic variation for the investigation of complex traits and for the discovery of novel traits. 展开更多
关键词 applied core collection RESISTANCE simple sequence repeat marker SOYBEAN soybean cyst nematode
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一个水稻苗期白条纹叶及抽穗期白穗突变体的鉴定和基因定位 被引量:17
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作者 金怡 刘合芹 +1 位作者 汪得凯 陶跃之 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期461-466,共6页
从粳稻中花11组培后代中发现了一个苗期白条纹,抽穗期白穗的突变体。该突变体表现为1叶期叶全白,2叶期从新叶叶尖开始沿叶脉逐渐转绿,至成株期完全变绿,抽穗后内外颖表现为白色,穗轴和小枝梗表现为绿色,成熟后颖壳转黄。根据基因定位结... 从粳稻中花11组培后代中发现了一个苗期白条纹,抽穗期白穗的突变体。该突变体表现为1叶期叶全白,2叶期从新叶叶尖开始沿叶脉逐渐转绿,至成株期完全变绿,抽穗后内外颖表现为白色,穗轴和小枝梗表现为绿色,成熟后颖壳转黄。根据基因定位结果,将该突变体定名为wslwp(white striped leaf and white panicle)。与野生型相比,wslwp突变体2叶期及抽穗期叶片的叶绿素含量、类胡萝卜素含量及结实率均显著降低。遗传分析表明,该突变表型受1对隐性核基因控制,非T-DNA插入引起。为了克隆WSLWP基因,利用wslwp突变体与籼稻品种龙特甫B杂交获得的F2分离群体进行基因定位,首先将该基因定位于水稻第7染色体上的SSR标记RM5711与RM6574之间。随后,利用已有的SSR标记和开发的STS标记,进一步将该基因定位在STS7-63和STS7-65之间,物理距离约为87kb。 展开更多
关键词 水稻 白条纹叶及白穗突变体 微卫星标记 基因定位
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微卫星序列的长度多态性及在大豆研究中的应用 被引量:8
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作者 梁慧珍 王珍 李卫东 《分子植物育种》 CAS CSCD 2004年第5期721-727,共7页
微卫星序列广泛存在于真核生物基因组中,不同的物种中微卫星序列的含量以及占优势的微卫星序列类型各不相同。微卫星序列在复制过程中易于发生长度突变,在进化过程中,微卫星序列的长度变化维持在一定的范围内。由于微卫星标记多态性高... 微卫星序列广泛存在于真核生物基因组中,不同的物种中微卫星序列的含量以及占优势的微卫星序列类型各不相同。微卫星序列在复制过程中易于发生长度突变,在进化过程中,微卫星序列的长度变化维持在一定的范围内。由于微卫星标记多态性高、重复性好,操作简单,因此在大豆遗传多样性、大豆遗传图谱构建、大豆QTL以及分子标记辅助育种研究等领域中都有着重要的应用价值。 展开更多
关键词 微卫星序列 长度多态性 大豆 生物基因组
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利用SSR标记辅助选择杂交组合亲本 被引量:9
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作者 黄育民 王侯聪 马磊 《分子植物育种》 CAS CSCD 2004年第1期43-47,共5页
本研究利用 6 0对SSR引物对籼稻品种佳辐占与 6个候选亲本品种进行相互之间的多态性分析。结果表明 :佳辐占与明恢 6 3之间的多态性程度最高 ,达到 2 2 7% ;其次是与明恢 86之间的多态性程度 ,达 19 6 % ,而与其他品种的多态性程度较... 本研究利用 6 0对SSR引物对籼稻品种佳辐占与 6个候选亲本品种进行相互之间的多态性分析。结果表明 :佳辐占与明恢 6 3之间的多态性程度最高 ,达到 2 2 7% ;其次是与明恢 86之间的多态性程度 ,达 19 6 % ,而与其他品种的多态性程度较低。多态性程度高的品种间的杂交组合 ,其杂种优势明显高于多态性程度低的品种间的组合。初步表明 ,根据SSR多态性程度的高低选配亲本 ,其配制杂交组合可以获得较高的杂种优势。 展开更多
关键词 籼稻 杂交组合 亲本选择 SSR标记辅助选择 遗传多态性 杂种优势
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园艺作物的ISSR分子标记研究及应用 被引量:16
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作者 刘淑芹 吴凤芝 刘守伟 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第4期145-150,共6页
ISSR(Inter-simple sequence repeat)是一种基于微卫星序列发展起来的新型分子标记方法,具有无需知道任何靶标序列的微卫星背景信息、遗传多态性高、稳定高效、检测快速等特点。目前,ISSR分子标记技术在园艺作物的遗传多样性研究、品种... ISSR(Inter-simple sequence repeat)是一种基于微卫星序列发展起来的新型分子标记方法,具有无需知道任何靶标序列的微卫星背景信息、遗传多态性高、稳定高效、检测快速等特点。目前,ISSR分子标记技术在园艺作物的遗传多样性研究、品种鉴定、遗传图谱构建、基因定位及分子标记辅助育种等方面得到了广泛应用,文章就ISSR标记的原理、方法、特点及其在园艺作物研究中的应用加以综述。 展开更多
关键词 ISSR 分子标记 园艺作物 应用
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基于转录组数据的马氏珠母贝EST-SSR位点的信息分析及其多态性检测 被引量:15
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作者 王忠良 丁燏 +5 位作者 许尤厚 简纪常 鲁义善 王蓓 陈刚 吴灶和 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期687-693,共7页
为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频... 为获得稳定可靠的马氏珠母贝SSR分子标记,本文利用MISA软件对转录组测序数据进行了大规模的EST-SSR标记发掘,并分析了位点信息及其多态性。结果表明,马氏珠母贝转录组测序所获得的74007条Unigenes中检测出9872个EST-SSR位点,位点出现频率为13.34%,平均每5102 bp含有1个SSR位点。在转录组SSR中共有132种重复基元类型,其中单核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的81.46%;单核苷酸重复以A/T基序为主,占SSR总数的71.27%。基于筛选的SSR序列,应用Primer3软件进行引物的批量设计,共为5922条EST-SSR序列成功设计出17766对引物。随机选择80对引物对EST-SSR多态性进行检测,共有62对引物成功扩增出稳定条带,占引物总数的77.5%;其中,17对EST-SSR引物表现出个体多态性,多态性比率为27.42%。以上研究为马氏珠母贝遗传多样性、遗传图谱构建及分子辅助育种研究提供了有效工具,对于马氏珠母贝种质资源保护、优良品种培育和珍珠养殖业的健康发展均具有重要意义。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 简单重复序列 转录组 分子标记
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高粱抗旱种质筛选及遗传多样性的SSR分析 被引量:15
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作者 王瑞 张福耀 +3 位作者 王花云 詹鹏杰 于纪珍 凌亮 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第4期871-876,共6页
对61份高粱育种材料进行了抗旱性鉴定,旨在筛选既有较好抗旱性能又具较高丰产性能的高粱种质供育种利用。本研究筛选出抗旱性3级以上的材料14份,其中1级抗旱材料2份。选用109对SSR引物对61份高粱种质进行了遗传多样性分析,结果表明51对... 对61份高粱育种材料进行了抗旱性鉴定,旨在筛选既有较好抗旱性能又具较高丰产性能的高粱种质供育种利用。本研究筛选出抗旱性3级以上的材料14份,其中1级抗旱材料2份。选用109对SSR引物对61份高粱种质进行了遗传多样性分析,结果表明51对引物有较好的多态性,共扩增到508个等位变异片段,平均每个标记获得10个等位基因,多态性信息量(PIC)值平均为0.6615,变幅0.0322~0.9134。聚类分析结果表明,61份高粱材料聚成4类,聚类结果与根据地理来源、遗传背景的分类结果基本一致。中国高粱恢复系之间的遗传距离较近,说明我国目前的恢复系材料遗传基础狭窄,应在育种中拓宽恢复系的遗传基础。 展开更多
关键词 高粱 抗旱性 SSR标记 遗传多样性
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微卫星DNA标记开发技术进展及其在经济植物研究中的应用 被引量:15
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作者 王娟娟 赵明 +4 位作者 韩雨威 吴蒙蒙 刘瑞振 沈超 祁哲晨 《生命科学研究》 CAS CSCD 2016年第3期260-266,共7页
微卫星分子标记技术被广泛应用于分子生物学研究中,具有多态性高、重复性好、共显性表达、杂合度高等特点,在种群遗传多样性、遗传图谱构建等领域发挥不可替代的作用。近年来,随着新一代高通量测序技术的进一步成熟,简单重复序列(simple... 微卫星分子标记技术被广泛应用于分子生物学研究中,具有多态性高、重复性好、共显性表达、杂合度高等特点,在种群遗传多样性、遗传图谱构建等领域发挥不可替代的作用。近年来,随着新一代高通量测序技术的进一步成熟,简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记的开发技术与应用得到了进一步的发展。现主要对基于高通量测序的微卫星分子标记最新开发技术进行介绍,并从遗传多样性分析、遗传图谱构建、品种鉴定及分子辅助育种等方面,总结近年来SSR标记技术在经济植物研究中的最新应用,最后对SSR技术的应用前景进行展望,以期为利用微卫星技术进行经济植物研究提供参考。 展开更多
关键词 简单序列重复 高通量测序 微卫星标记开发 植物遗传多样性 表达序列标签 转录组
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花椰菜转录组SSR位点分析及其分子标记开发 被引量:15
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作者 林珲 李永平 +3 位作者 薛珠政 陈敏氡 朱海生 温庆放 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2019年第3期85-93,共9页
【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花... 【目的】开发适合花椰菜的SSR分子标记,为花椰菜品种遗传关系鉴定、遗传图谱绘制等提供候选标记。【方法】以24份花椰菜材料为研究对象,通过MISA软件对其转录组SSR位点信息进行分析,设计SSR引物,对这些引物进行PCR扩增,开发高多态性花椰菜的SSR分子标记;利用差异条带对不同花椰菜材料的亲缘关系进行分析。【结果】从转录组数据中得到66 450条Unigene基因,包含10 715个SSR位点,发生频率为12.09%,平均分布距离为5.9kb。SSR位点中优势类型为二核苷酸重复基序,出现频率占总SSR的51.16%;其次是三核苷酸,占总SSR的47.37%。重复序列基序共49种,其中出现频率较高的重复基序主要为AG/CT、GA/TC和AAG/CTT。有1 164个长度≥20bp的SSR位点,获得具有潜在高多态性的SSR引物6 119对。随机设计的40对引物中有31对引物能进行有效扩增,其中有17对引物在24份花椰菜品种中表现出多态性。UPGMA分析显示,在遗传距离为0.625时,17对多态性引物可将24份花椰菜分为3类。【结论】开发的花椰菜SSR标记类型丰富,出现频率高,具有较高的可用性。 展开更多
关键词 花椰菜 简单重复序列 转录组 多态性 分子标记 基因位点分析
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