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后基因组时代的真菌天然产物发现 被引量：9
1
作者 李伟 吴广畏 +1 位作者 杨玉萍 尹文兵 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期914-926,共13页
真菌产生的次级代谢产物是新药发现的重要来源之一,然而近年来传统的真菌天然产物发现方法在大量真菌基因组测序完成的时代遇到了很大的挑战。如何利用这些基因组数据来发现真菌中新的天然产物已成为后基因组时代天然产物发现的研究重... 真菌产生的次级代谢产物是新药发现的重要来源之一,然而近年来传统的真菌天然产物发现方法在大量真菌基因组测序完成的时代遇到了很大的挑战。如何利用这些基因组数据来发现真菌中新的天然产物已成为后基因组时代天然产物发现的研究重点和热点。本综述先后介绍了真菌天然产物的类型及其相应基因簇和骨架酶的特征,基于基因组挖掘技术发展而来的天然产物发现新策略,以及利用合成生物学理念和技术在真菌天然产物发现中的应用现状,最后展望了后基因组时代中的天然产物发现研究前沿及基因组数据在后基因组时代对真菌天然产物发现的应用前景。 展开更多
关键词 次级代谢产物 基因组挖掘 沉默基因簇 合成生物学
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微生物次级代谢产物多样性发掘方法 被引量：1
2
作者 方岫琴 王文璟 +5 位作者 李华东 张晓婷 朱天骄 车茜 李德海 张国建 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期415-426,共12页
微生物次级代谢产物是微生物在生长过程中产生的非必需性代谢产物,其往往具有独特的生物活性。随着对微生物次级代谢产物多样性研究的不断深入开展,研究者逐渐发现在实验室的常规培养条件下微生物的代谢潜能不能完全被激发,从中可获得... 微生物次级代谢产物是微生物在生长过程中产生的非必需性代谢产物,其往往具有独特的生物活性。随着对微生物次级代谢产物多样性研究的不断深入开展,研究者逐渐发现在实验室的常规培养条件下微生物的代谢潜能不能完全被激发,从中可获得的天然产物结构类型远远少于其代谢潜能所决定的数量。近年来,随着基因组技术、分子生物学技术特别是合成生物学相关技术的发展,研究人员开发了如OSMAC、表观遗传、异源表达等多种方法,从多个角度多层次地发掘次级代谢产物多样性。这些方法有效激活潜在的生物合成基因簇、提高了微生物次级代谢产物多样性,加之与高通量筛选方法联合应用,能够显著改善了微生物活性天然产物的发现效率。本文综述了微生物次级代谢潜能的激活以及代谢产物高效筛选的方法和技术,为提高微生物次级代谢产物多样性发掘,加快先导化合物的发现提供参考。 展开更多
关键词 微生物次级代谢产物 沉默基因簇 代谢潜能 激活 结构多样性
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链霉菌沉默基因簇激活的多效性方法研究进展 被引量：1
3
作者 袁慧敏 李伟 +1 位作者 郑永标 林清强 《药物生物技术》 CAS 2022年第1期72-76,共5页
链霉菌是微生物的主要类群,具有特殊的生理生化特征及代谢途径,可以产生大量结构新颖的活性物质,是天然药用活性先导化合物的重要来源。大量的全基因组测序分析表明链霉菌含有丰富的次级代谢产物合成基因簇,但天然来源的菌株由于培养条... 链霉菌是微生物的主要类群,具有特殊的生理生化特征及代谢途径,可以产生大量结构新颖的活性物质,是天然药用活性先导化合物的重要来源。大量的全基因组测序分析表明链霉菌含有丰富的次级代谢产物合成基因簇,但天然来源的菌株由于培养条件限制,其大部分生物合成基因簇保持沉默或表达微弱,产生的次级代谢产物数量与其生物合成基因簇相比明显偏少,一些次级代谢产物丰富的天才菌株未能得到充分利用。文章重点阐述了采用改变培养基和培养条件、添加化学诱导剂(化学表观遗传修饰剂)及共培养等多效性方法激活链霉菌次级代谢产物合成基因在链霉菌次级代谢产物的二次开发上的新进展,为次级代谢产物丰富的链霉菌资源开发和充分挖掘提供了新途径。 展开更多
关键词 链霉菌 次级代谢产物 沉默基因簇 改变培养基 共培养 化学诱导剂 多效性方法
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链霉菌沉默生物合成基因簇激活策略的研究进展 被引量：5
4
作者 戴岩 吴旭日 陈依军 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期379-388,共10页
微生物次级代谢产物因其显著的生物活性一直是新药发现与开发的重要来源之一,激增的基因组信息表明,链霉菌中存在着巨大的生物合成潜力。但目前从链霉菌中挖掘的具有新骨架或新结构单元的活性次级代谢产物数量远低于生物合成基因簇的数... 微生物次级代谢产物因其显著的生物活性一直是新药发现与开发的重要来源之一,激增的基因组信息表明,链霉菌中存在着巨大的生物合成潜力。但目前从链霉菌中挖掘的具有新骨架或新结构单元的活性次级代谢产物数量远低于生物合成基因簇的数量,原因主要在于很多生物合成基因簇在常规实验条件下表达微弱或转录沉默。从预测生物合成基因簇的生物信息学工具入手,本文重点阐述了在天然宿主和异源宿主中激活链霉菌沉默生物合成基因簇的经典方法和最新策略,包括转录因子诱捕、报告子导向的高通量筛选以及多重CRISPR-TAR等,为挖掘链霉菌新型次级代谢产物提供了方法学参考。 展开更多
关键词 链霉菌 次级代谢产物 沉默生物合成基因簇 生物信息学工具 基因簇激活策略
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链霉菌沉默生物合成基因簇调控的研究进展 被引量：3
5
作者 陈瑞琦 梁冬梅 +2 位作者 刘家亨 乔建军 财音青格乐 《中国抗生素杂志》 CAS CSCD 2020年第12期1201-1207,共7页
本文以天蓝色链霉菌(Streptomyces coelicolor)中黄色色素coelimycin生物合成调控及开发策略的研究进展为代表,介绍了链霉菌中沉默生物合成基因簇调控激活的新进展,为链霉菌天然产物基因簇的挖掘和新次级代谢产物的发现提供研究思路。
关键词 链霉菌 次级代谢 沉默生物合成基因簇 黄色色素coelimycin 转录调控
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基于微生物基因组的新型天然产物发现策略 被引量：7
6
作者 何庆 李青连 +1 位作者 王丽非 洪斌 《国际药学研究杂志》 CAS 2012年第1期1-6,25,共7页
微生物天然产物的生物合成是一个从基因到化合物的过程。微生物基因组内未被发掘的孤儿或沉默途径所编码的新型次级代谢产物的合成潜力远远超过现已发现的代谢产物数量。微生物基因组大规模测序的广泛开展,为天然产物的发现和研究提供... 微生物天然产物的生物合成是一个从基因到化合物的过程。微生物基因组内未被发掘的孤儿或沉默途径所编码的新型次级代谢产物的合成潜力远远超过现已发现的代谢产物数量。微生物基因组大规模测序的广泛开展,为天然产物的发现和研究提供了新的研究领域和契机。本文主要介绍基于微生物基因组序列的新型天然产物的发现策略及其研究进展。可以预计,随着实验技术的不断发展,采用基于基因的药物发现模式可以充分发掘微生物产生天然产物的潜力,微生物基因组内的孤儿或沉默途径编码的未知代谢产物将成为新药开发的重要源泉。 展开更多
关键词 基因组发掘 孤儿或沉默生物合成基因簇 新型天然产物
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