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寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、靶基因筛选和生物学功能分析 被引量：7
1
作者 吉米丽汗·司马依 买买提明·努尔买买提 +3 位作者 季志红 艾尼瓦尔·吾买尔 买尔旦·玉苏甫 周文婷 《山东医药》 CAS 2020年第15期27-31,共5页
目的筛选寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、活性成分靶基因,探讨寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎靶基因的生物学功能及相关信息通路。方法通过TCMSP数据库收集寒喘祖帕颗粒包含9味共有靶基因药材的成分,通过ADME参数(OB≥30、BBB... 目的筛选寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎的活性成分、活性成分靶基因,探讨寒喘祖帕颗粒治疗毛细支气管炎靶基因的生物学功能及相关信息通路。方法通过TCMSP数据库收集寒喘祖帕颗粒包含9味共有靶基因药材的成分,通过ADME参数(OB≥30、BBB≥0.3、Caco-2≥-0.4)筛选其可能的活性成分及其靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-活性成分-靶基因网络,利用CTD、TTD、DiSGeNET和DrugBank等数据库获取毛细支气管炎发病相关的靶基因,并通过STRING数据库筛选(Score≥0.9)其相关靶基因之间相互作用强大的靶基因作为毛细支气管炎发病相关主要靶基因。将寒喘祖帕颗粒活性成分靶基因与毛细支气管炎发病相关特异性靶基因进行交集,得到寒喘祖帕颗粒及毛细支气管炎共有的潜在靶基因。利用Cytoscape软件构建药材-潜在活性成分-潜在共有靶基因网络,最后对潜在共有靶基因通过DAVID数据库进行基因本体功能(GO)和KEGG信号通路分析。结果寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到240个成分,ADME筛选得到β-谷甾醇、槲皮素、木犀草素、柠檬烯、咖啡酸、β-胡萝卜素、山奈酚、茴脑、HEX、Heptan、(L)-alpha-Terpineol、3-methylhexane和齐墩果酸等14个活性成分及197个活性成分靶基因。筛选得到419个毛细支气管炎发病相关靶基因,214个毛细支气管炎发病相关主要靶基因,50个寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有的潜在靶基因。50个潜在靶基因相关生物学功能主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等10个和主要信号通路有JAK/STAT信号通路、NOD样受体信号通路和TNF信号通路等21条。结论寒喘祖帕颗粒9味药材共收集到14个活性成分β-谷甾醇、槲皮素等及其197个靶基因,寒喘祖帕颗粒-毛细支气管炎共有潜在靶基因50个。药物疾病共有潜在靶基因主要参与炎症反应、免疫反应、凋亡过程等生物学功能,主要信号通路有 展开更多
关键词 中医药 寒喘祖帕颗粒 毛细支气管炎 网络药理学 生物学功能分析 基本本体功能分析 信号通路分析
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不同类型呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的基因表达差异研究
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作者 尹僖 谢伟 《现代医药卫生》 2021年第14期2384-2388,共5页
目的从分子水平研究不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的机制,为临床诊治提供数据依据。方法在GEO基因芯片数据库中得到不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌后的表达谱数据,筛选出前50个最显著的差异基因。对差异基因进行GO和Path... 目的从分子水平研究不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌的机制,为临床诊治提供数据依据。方法在GEO基因芯片数据库中得到不同呼吸道上皮细胞感染金黄色葡萄球菌后的表达谱数据,筛选出前50个最显著的差异基因。对差异基因进行GO和Pathway分析,筛选出在不同气道感染情况中金黄色葡萄球菌最显著的信号通路。结果在16HBE14o-和S9细胞株感染表达/非表达Hla毒素金黄色葡萄球菌中,分别筛选1164个和201个显著差异基因(差异大于1.5倍)。差异基因相关的信号通路中,主要是MAPK、JAK/STAT及Toll样受体通路等与免疫反应关系密切。S9细胞株中,主要是FOS蛋白、EGR1蛋白、DUSP1蛋白、ATF3蛋白互作联系紧密;而16HBE14o-细胞株中,蛋白互作不大。结论16HBE14o-和S9细胞株中,表达/非表达Hla毒素金黄色葡萄球菌感染时的基因表达差异显著,S9细胞株的蛋白互作联系紧密。 展开更多
关键词 生物信息学 金黄色葡萄球菌 基因差异表达 信号通路分析 呼吸道上皮细胞
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子痫前期相关Siglec-6核心基因的预测及生物信息学分析
3
作者 秦金金 曹辰媛 +2 位作者 邢杰杰 安燕 黄煜湘 《山东大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2024年第1期31-37,共7页
目的探讨子痫前期高通量生物信息学分析与核心发病基因。方法选取基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)2个关于子痫前期编码基因芯片数据进行生物信息学分析。通过R语言对2组数据进行均一化矫正,其后找到共同上调和下调表... 目的探讨子痫前期高通量生物信息学分析与核心发病基因。方法选取基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)2个关于子痫前期编码基因芯片数据进行生物信息学分析。通过R语言对2组数据进行均一化矫正,其后找到共同上调和下调表达的差异基因。对上调和下调表达的差异基因进行基因本体富集分析、京都百科全书信号通路富集分析、蛋白互作网络分析以及核心基因计算分析,找到与子痫前期最相关的发病基因及信号通路。随机选取河北大学附属医院产科5例子痫前期患者和正常产妇的胎盘组织进行实时定量聚合酶链反应对核心基因进行验证实验。结果融合子痫编码基因芯片GSE43942和GSE66273筛选出38个共同上调和20个共同下调表达的基因。全部数据经均一化处理后基因本体分析显示,生物功能富集于促卵泡激素分泌的正向调节,分子组成富集于细胞外区,细胞组分富集于激素活性,信号通路富集于肽激素代谢通路。蛋白质互作网络结果显示,全部差异基因间共58个点,30条线,cytohubba对全部点和线分析计算后锁定Siglec-6为子痫前期发病的核心基因。实时定量聚合酶链反应验证子痫前期孕妇胎盘组织内Siglec-6表达是正常孕妇体内的2.85倍,与生物信息学分析结果一致。结论Siglec-6可作为子痫前期血清学诊断的潜在诊疗标志物,并有希望成为此疾病新的治疗靶点。 展开更多
关键词 子痫前期 高通量生物信息学分析 基因本体富集分析 京都百科全书信号通路富集分析 蛋白互作网络分析 实时定量聚合酶链反应
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