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中国弓形虫虫株529bp重复序列的PCR扩增、克隆及分析 被引量：14
1
作者 宋慧群 张德林 +3 位作者 廖申权 翁亚彪 林瑞庆 朱兴全 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第9期2114-2118,共5页
【目的】首次对中国来源于不同宿主、不同地域的9个弓形虫虫株(ZS1人株、PY猪株、GY猪株、ZC猪株、NT猪株、ZS人株、SH人株、CN猪株、QHO绵羊株)以及国际标准强毒RH株之间在529bp重复序列的变异进行研究,从而为进一步的分子诊断和分子... 【目的】首次对中国来源于不同宿主、不同地域的9个弓形虫虫株(ZS1人株、PY猪株、GY猪株、ZC猪株、NT猪株、ZS人株、SH人株、CN猪株、QHO绵羊株)以及国际标准强毒RH株之间在529bp重复序列的变异进行研究,从而为进一步的分子诊断和分子遗传学研究以及弓形虫病的防制奠定基础。【方法】抽提基因组DNA后,用PCR方法对10个虫株的529bp重复序列进行扩增;扩增产物经纯化后克隆于pGEM-TEasy质粒载体,再经菌落PCR及酶切鉴定阳性克隆,然后对阳性克隆进行测序及序列分析。【结果】10个弓形虫虫株的529bp重复序列都不完全相同,它们之间的核苷酸序列变异范围为0.8%～2.9%。变异主要位于第32～55位碱基之间,这些碱基变异与虫株的宿主来源、地域来源及毒力之间没有相关性。【结论】529bp重复序列可作为遗传标记,用于弓形虫与其它寄生虫的种间鉴定,但不适合用于研究弓形虫的种内遗传变异。 展开更多
关键词 弓形虫 PCR 529bp重复序列 序列分析 遗传变异
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10株新城疫病毒广西分离株HN蛋白基因的克隆与序列分析 被引量：9
2
作者 刘加波 谢芝勋 +2 位作者 唐小飞 庞耀珊 邓显文 《畜牧与兽医》 北大核心 2005年第7期6-10,共5页
根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000～2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序... 根据基因库(GenBank)新城疫病毒(NDV)的HN基因序列设计了2对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000～2003年暴发新城疫的鸡群中分离的10株NDV毒株的HN基因进行了扩增,扩增产物克隆并测序,拼接出10个NDV广西分离株的HN基因全序列,其序列全长均为1 713 bp,编码571个氨基酸,均有13个半胱氨酸残基.其中GX8/03有6个糖基化位点,而GX2/00、GX6/02、GX7/02和GX5/00有5个糖基化位点,GX1/00、GX3/00、GX4/00和GX9/03有4个糖基化位点.除GX5/00和GX10/03分离株外,其他8个NDV分离株在HN基因抗原位点Ⅰ发生变异,即347位由谷氨酸(E)被甘氨酸(G)替代,GX8/03分离株在HN基因抗原位点Ⅱ的495位由赖氨酸(K)替代谷氨酸(E).与11株已发表的NDV HN基因全序列相比较,其核苷酸同源性在79.6%～ 97.9%之间,推导的氨基酸同源性在87.2%～98.1%之间. 展开更多
关键词 新城疫病毒 HN蛋白基因 克隆 序列分析
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2013~2016年中国流行性出血病病毒血清型5型的分离与遗传特征分析 被引量：11
3
作者 杨振兴 李占鸿 +7 位作者 吴健敏 王金萍 肖雷 寇美玲 朱建波 廖德芳 李华春 杨恒 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期475-483,共9页
流行性出血病病毒(Epizootic haemorrhagic disease virus,EHDV)是一种严重危害反刍动物的虫媒病毒,全世界已发现9种血清型EHDV,长久以来我国EHDV血清型分布、病毒活动规律和病毒遗传特征不明确,对我国的畜牧业进出口和牛羊养殖业构成... 流行性出血病病毒(Epizootic haemorrhagic disease virus,EHDV)是一种严重危害反刍动物的虫媒病毒,全世界已发现9种血清型EHDV,长久以来我国EHDV血清型分布、病毒活动规律和病毒遗传特征不明确,对我国的畜牧业进出口和牛羊养殖业构成了潜在威胁。本文首次报道了2013~2016年在云南省与广西壮族自治区设立的哨兵动物中,9株EHDV-5型毒株的分离以及病毒基因节段2、3与6(Seg-2、Seg-3、Seg-6)的序列特征。中国分离的9株EHDV-5型毒株Seg-2,Seg-3与Seg-6及其编码蛋白之间高度保守,核酸与氨基酸序列相似度均大于99%,在系统发生树上聚为紧密的一簇,表明我国云南与广西流行的EHDV-5有着最近的共有祖先。中国与澳大利亚EHDV-5毒株不同基因节段之间也有着较高的序列相似度(>91%),表明两地流行EHDV-5型毒株有着共同的起源。中国毒株的Seg-2与Seg-6在系统发生树上虽与澳大利亚毒株(CSIRO 157)聚为一簇,但最终形成了独立的进化分支,表明中国流行的EHDV-5发生了独立的进化。本研究首先丰富了世界范围内EHDV-5型毒株资源,其次为我国开展EHDV-5病毒的更深入研究提供了宝贵材料和理论数据。 展开更多
关键词 流行性出血病病毒(EHDV) 序列分析 血清型 地域基因型
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我国部分鸡源H9N2亚型流感病毒NS1基因序列分析 被引量：8
4
作者 刘金华 史为民 +1 位作者 吴清民 郭玉璞 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第5期547-553,共7页
对 1 996年至 2 0 0 1年间自我国部分养鸡场发病鸡或死亡鸡分离鉴定的 8株H9N2亚型禽流感病毒的非结构蛋白基因 (NS1 )进行了扩增和序列测定 ,并分析和比较了其核苷酸和氨基酸的同源性。结果表明 ,NS1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为 96... 对 1 996年至 2 0 0 1年间自我国部分养鸡场发病鸡或死亡鸡分离鉴定的 8株H9N2亚型禽流感病毒的非结构蛋白基因 (NS1 )进行了扩增和序列测定 ,并分析和比较了其核苷酸和氨基酸的同源性。结果表明 ,NS1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为 96 5 %～ 99 5 %和94 5～ 98 6% ,说明NS1基因在遗传进化上高度保守 ,稳定遗传。与中国香港、韩国、巴基斯坦及人源H9N2分离株相比较 ,发现中国大陆的鸡源H9N2分离株的NS1基因在其羧基端缺少 1 3个氨基酸。系统进化树分析表明 ,该 8株病毒的NS1基因属于相同的进化分支 ,而且中国的早年分离株A chicken Beijing 1 94位于该进化分支的根部 ,暗示这些分离株的NS1基因是由A chicken Beijing 1 94演化而来 ;尚未发现NS1基因属于A quail HongKong G1 97 like分支的分离株。同时 ,系统进化树也说明了我国的H9N2分离株与韩国、巴基斯坦等地的H9N2分离株隶属于不同的进化分支 。 展开更多
关键词 鸡源H9N2亚型流感病毒 NSl基因 序列分析 非结构蛋白基因
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牛乳头瘤病毒基因2型新疆南疆Aks-01流行株全基因组序列测定及其特征分析 被引量：9
5
作者 张婉琪 胡建军 +8 位作者 闫石磊 黄耀杰 徐建平 黄忠武 郑毛亮 孟子嫣 李元元 王娜 王青青 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期370-378,共9页
为从分子水平了解牛乳头瘤病毒(Bovine papillomavirus,BPV)新疆南疆Aks-01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况。本研究选取新疆南疆患病牛皮肤肿瘤样物,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR法基因分型鉴定并确定其基... 为从分子水平了解牛乳头瘤病毒(Bovine papillomavirus,BPV)新疆南疆Aks-01株全基因组序列、结构特征及遗传变异情况。本研究选取新疆南疆患病牛皮肤肿瘤样物,以乳头瘤病毒L1基因的简并引物FAP59/FAP64进行PCR法基因分型鉴定并确定其基因型,根据GenBank中BPV参考株设计扩增引物和测序引物,对Aks-01株进行全基因组扩增、测序及序列分析。序列分析表明,新疆南疆Aks-01株为BPV-2基因型,其全基因组长为7944bp,具有BPV-2基因型的结构特征,与GenBank收录的BPV-2基因型参考株核苷酸比较,同源性高达98%。与BPV-1、BPV-13的基因型参考株进化关系最近,同属Delta属。该Aks-01株为新疆南疆地区首次检测确认并测定全基因组序列的牛乳头瘤病毒。 展开更多
关键词 牛乳头瘤病毒基因2型 全基因组序列 序列分析
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安氏隐孢子虫ITS-1序列的PCR扩增、克隆及分析 被引量：7
6
作者 周荣琼 李国清 +4 位作者 肖淑敏 郭远忠 夏艳勋 林瑞庆 朱兴全 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期369-372,共4页
通过对国内三株安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)即GD株、HN株和AH株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS_1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS_1是否可作为C.andersoni分子分类的遗传标记。结果表明:GD株、HN株和AH株... 通过对国内三株安氏隐孢子虫(Cryptosporidium andersoni)即GD株、HN株和AH株的rDNA的内转录间隔区Ⅰ(ITS_1)序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析,旨在确定ITS_1是否可作为C.andersoni分子分类的遗传标记。结果表明:GD株、HN株和AH株的ITS_1序列基本一致,仅AH株有三个碱基的差异;但与GenBank注册的C.muris和C.parvum存在种间差异,而且差异显著。说明ITS_1可作为C.andersoni种的遗传标记,从而为隐孢子虫属的种间鉴定以及进一步的分子流行病学调查和分子诊断学研究奠定了基础。 展开更多
关键词 安氏隐孢子虫 PCR 内转录间隔区Ⅰ 序列分析
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人工合成小麦RSP的LMW-GS基因克隆 被引量：3
7
作者 兰秀锦 龙海 +4 位作者 刘千 颜泽洪 魏育明 刘登才 郑有良 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第8期1691-1698,共8页
RSP是用抗穗发芽的节节麦与圆锥小麦合成的人工六倍体小麦Triticumturgidum-Aegilopstauschii),其抗穗发芽特性在维持小麦面粉加工品质方面有着潜在的重要价值。为了了解其低分子量谷蛋白这一对小麦加工品质有直接重要影响的蛋白组分情... RSP是用抗穗发芽的节节麦与圆锥小麦合成的人工六倍体小麦Triticumturgidum-Aegilopstauschii),其抗穗发芽特性在维持小麦面粉加工品质方面有着潜在的重要价值。为了了解其低分子量谷蛋白这一对小麦加工品质有直接重要影响的蛋白组分情况,本研究采用PCR法从合成小麦RSP中克隆得到3个低分子量谷蛋白亚基(LMW-GSs)基因,命名为LMWRSP-1、LMWRSP-2和LMWRSP-3。基因序列GenBank登录号分别为AY676681、AY676682和AY676683。其中,LMWRSP-1和LMWRSP3的编码区长度分别为825bp和915bp,可分别编码274和304个氨基酸。LMWRSP-2由于在编码区内有1个提前终止密码子,推测为不编码成熟蛋白的假基因。与已知LMW-GS基因进行比较发现,LMWRSP-1与Glu-A3位点基因的相似性最高,LMWRSP-3与Glu-D3位点的基因相似性最高。 展开更多
关键词 人工合成小麦 圆锥小麦 节节麦 LMW-GS基因 序列分析 六倍体小麦 基因克隆 人工合成 RSP GENBANK
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牛冠状病毒BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列测定及其分子特征分析 被引量：8
8
作者 张婉琪 张迎春 +7 位作者 胡建军 彭安业 王青青 王娜 张莹钰 黄耀杰 崔鑫 雷红 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第4期583-592,共10页
为掌握牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)BCV-Aks-01新疆南疆株的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况。本研究以新疆南疆某牛场BCV-Aks-01阳性样本为基础,以GenBank中BCoV参考株设计扩增引物和测序引物,提取样本中病毒核酸,对... 为掌握牛冠状病毒(Bovine coronavirus,BCoV)BCV-Aks-01新疆南疆株的全基因组序列、分子结构特征及遗传变异情况。本研究以新疆南疆某牛场BCV-Aks-01阳性样本为基础,以GenBank中BCoV参考株设计扩增引物和测序引物,提取样本中病毒核酸,对BCV-Aks-01株进行全基因组扩增、测序、构建系统发生树及序列分析。结果表明,BCV-Aks-01新疆南疆株为BCoV,其全基因组长为30 975bp,与GenBank收录的参考株比较,核苷酸同源性高达98.8%,属于β类冠状病毒2a亚类,具有β类冠状病毒共同结构特征。首次获得BCV-Aks-01新疆南疆株全基因组序列并阐明了其基因组分子结构特征。 展开更多
关键词 牛冠状病毒(BCoV) BCV-Aks-01全基因组序列 序列分析
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广西高致病性PRRSV Nsp2基因的克隆、序列分析和抗原表位预测 被引量：6
9
作者 谢丽基 谢芝勋 +4 位作者 刘加波 庞耀珊 谢志勤 邓显文 唐小飞 《动物医学进展》 CSCD 2008年第1期1-4,共4页
根据猪繁殖与吸吸综合征病毒（PRRSV）VR2332 Nsp2基因序列合成特异性引物，对广西分离的高致病性PRRSV进行RT-PCR扩增，将扩增出的796bp片段插入pMD18-T载体中进行序列测定和分析，并用DNA Star软件对Nsp2基因推导的氨基酸序列进行了... 根据猪繁殖与吸吸综合征病毒（PRRSV）VR2332 Nsp2基因序列合成特异性引物，对广西分离的高致病性PRRSV进行RT-PCR扩增，将扩增出的796bp片段插入pMD18-T载体中进行序列测定和分析，并用DNA Star软件对Nsp2基因推导的氨基酸序列进行了表位分析。结果显示，广西3个县、市的PRRSV分离株Nsp2基因第483位和第532位～第560位氨基酸发生缺失，核苷酸序列之间的同源性为97．0％～97．49／6，推导编码的氨基酸序列之间的同源性为93．6％～94．7％；与PRRSV VR2332株、MLV株和CH-1a株核苷酸之间的同源性分别为79．0％～79．2％、78．8％～78．9％和88．2％～89．3％；氨基酸之间的同源性分别为59．4％～60．2％、59．4％～60．2％和70．9％～81．6％，表明广西3个县、市的PRRSV分离株Nsp2基因与VR2332株、MLV株和CH-1a株比较变异较大。表位分析表明，由于博白株的Nsp2基因的第532位～560位氨基酸的缺失，与VR2332株比较，其亲水性、抗原指数均发生了大的变化。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 NSP2基因 克隆 序列分析
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甘薯叶绿体rbcL基因的克隆与序列分析 被引量：6
10
作者 王玉华 吴忠义 +2 位作者 贾敬芬 张秀海 黄丛林 《植物生理学通讯》 CSCD 北大核心 2008年第5期882-886,共5页
根据烟草、水稻和菠菜叶绿体的全基因组序列设计引物,以甘薯的叶绿体基因组DNA为模板,PCR扩增包含甘薯叶绿体rbcL完整基因(GenBank登录号为AY942199)在内的一段序列。序列分析表明:此片段的全长为1627bp,包括1443bp的编码区序列在内,推... 根据烟草、水稻和菠菜叶绿体的全基因组序列设计引物,以甘薯的叶绿体基因组DNA为模板,PCR扩增包含甘薯叶绿体rbcL完整基因(GenBank登录号为AY942199)在内的一段序列。序列分析表明:此片段的全长为1627bp,包括1443bp的编码区序列在内,推测编码480个氨基酸,同时构建了此片段的限制性酶切图谱。相似性比较显示,此基因编码区序列与烟草、菠菜、小麦、水稻、玉米、矮牵牛、紫花苜蓿、拟南芥、莨菪、葡萄以及甜菜的rbcL基因核苷酸的同源性为85%～98%,氨基酸的同源性为92%～95%。 展开更多
关键词 甘薯 叶绿体基因 RBCL基因 序列分析
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座囊菌目及相关类群属间关系的系统学初探 被引量：7
11
作者 李文英 庄文颖 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第2期161-170,共10页
本研究对座囊菌纲部分类群的18S和28SnrDNA部分序列片段进行分析,探讨它们属间的系统学关系。邻接法和简约法分析结果显示,座囊菌纲供试类群为单起源,形成三个独立的分支并获得较强的支持率,分别代表座囊菌目、葡萄座腔菌目和格孢腔菌... 本研究对座囊菌纲部分类群的18S和28SnrDNA部分序列片段进行分析,探讨它们属间的系统学关系。邻接法和简约法分析结果显示,座囊菌纲供试类群为单起源,形成三个独立的分支并获得较强的支持率,分别代表座囊菌目、葡萄座腔菌目和格孢腔菌目。结果还显示,座囊菌纲中分类地位不确定的属Macrovalsaria与Botryosphaeria的关系相对接近,应该归于葡萄座腔菌目;历史上分类地位有疑问的Neopeckia和Dothidotthia两个属处于不同的目中,前者属于座囊菌目,后者为葡萄座腔菌目的成员;座囊菌目的Plowrightia属并非单系群,该属成员分别与Dothidea、Neopeckia和Sydowia三个属聚类在一起;现行的Botryosphaeria属也非单系群,其属的概念有待澄清。格孢腔菌目参试的7个属形成一个单系群,但属间的支持率非常低,表明它们应该在较高的分类等级上予以区分;序列分析的结果支持了基于形态学特征将Phragmogibbera纳入格孢腔菌目的分类观点。 展开更多
关键词 序列分析 大聚颈腔菌属 普氏腔菌属 葡萄座腔菌属 毡球壳属 双色孢腔菌属
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猪瘟病毒石门株NS4B基因的序列测定及分析 被引量：1
12
作者 黄茜华 张楚瑜 《湖北农学院学报》 1999年第1期53-55,共3页
采用ＲＴ－ＰＣＲ技术，利用２对引物，从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因，片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定，自动测序和序列分析，结果显示该基因较为保守，与其他猪瘟病... 采用ＲＴ－ＰＣＲ技术，利用２对引物，从猪瘟病毒（ＣＳＦＶ）强毒石门株感染的猪血中成功扩增了ＮＳ４Ｂ基因，片段大小分别为７５７ｂｐ和７７４ｂｐ。克隆后经酶切鉴定，自动测序和序列分析，结果显示该基因较为保守，与其他猪瘟病毒毒株均有很高的同源性，与同属的ＢＶＤＶＳＤ－１株和ＮＡＤＬ株也有较高的同源性。 展开更多
关键词 猪瘟病毒石门株 NS4B基因 序列分析 猪瘟
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赤潮铜绿微囊藻rDNA基因间隔区的序列分析以及与淡水微囊藻的比较 被引量：4
13
作者 陈月琴 庄丽 +3 位作者 屈良鹄 郑天凌 王大志 王艳丽 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期48-50,共3页
采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了... 采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了其特征性核苷酸作为专一性分子探针设计的靶序列，为该藻 种以及微囊藻属的快速鉴定及系统学研究提供了分子基础。 展开更多
关键词 赤潮铜绿微囊藻 rDNA基因间隔区 序列分析
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阿留申病毒大连株非结构蛋白基因的克隆与序列分析 被引量：5
14
作者 李杨 曾祥伟 +1 位作者 马建 华育平 《东北林业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期73-75,共3页
根据Genbank上发表的水貂阿留申病毒基因序列数据，设计了3对引物，采用PCR的方法分别对ADV—DL1、ADV—DL2株非结构蛋白基因进行扩增，将各片断克隆至pMD18-T载体，经PCR鉴定后进行了序列测定和分析。结果显示，ADV—DL1、ADV—DL2与Ge... 根据Genbank上发表的水貂阿留申病毒基因序列数据，设计了3对引物，采用PCR的方法分别对ADV—DL1、ADV—DL2株非结构蛋白基因进行扩增，将各片断克隆至pMD18-T载体，经PCR鉴定后进行了序列测定和分析。结果显示，ADV—DL1、ADV—DL2与GenBank上公布的ADV毒株相比，核苷酸序列同源率NS1为85．9％-90．0％．Ns2为85．1％-92．7％．NS3为83．0％～95．1％。ADV—DL1与ADV—DL2同源率NS1为93．7％，NS2为95．6％，NS3为98．5％。氨基酸同源率NS1为82．8％-85．8％，NS2为80．7％～92．1％，Ns3为72．9％～95．4％。ADV—DL1与ADV—DL2同源率NS1为90．3％，NS2为92．1％，NS3为95．4％。 展开更多
关键词 阿留申病毒 非结构蛋白 克隆 序列分析
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蓝藻OscilatoriaceaerDNA16S-23S基因间隔区的序列分析及其分类学意义 被引量：4
15
作者 陈月琴 唐绍清 +2 位作者 何家莞 庄丽 屈良鹄 《云南植物研究》 CSCD 1999年第1期81-86,共6页
采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列测定，获得了Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ基因间隔区４２７个核苷酸，其中包含１个异亮氨酸ｔＲＮＡ基因（ｔＲＮＡＩ... 采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列测定，获得了Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ基因间隔区４２７个核苷酸，其中包含１个异亮氨酸ｔＲＮＡ基因（ｔＲＮＡＩｌｅ）。并通过计算机联网从国际分子生物学数据弹库中获取颤藻科其它种的ｒＤＮＡ基因间隔区序列，通过比较分析，从分子水平对颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｃｅａｅ属间的某些分类学问题进行了讨论，并根据序列中核苷酸差异值探讨了颤藻科属间界定的分子标准。提出了ｒＤＮＡ基因间隔区是良好的分子标记，可用于“赤潮”或“水华” 展开更多
关键词 颤藻科 rDNA间隔区 序列分析 分类学意义
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麻鸭和樱桃谷鸭的CD3ε、CD4、CD8α基因ORF克隆及序列分析 被引量：4
16
作者 李卫 白家媛 +5 位作者 许媛媛 谷长勤 张万坡 程国富 陈敏 胡薛英 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期4428-4434,共7页
【目的】分析比较中国部分品种鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列,为研究CD3ε链、CD4和CD8α链的结构和功能及其抗体的应用提供依据。【方法】利用RT-PCR,对麻鸭、樱桃谷鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列克隆测定,应用Clustal(X1.83)... 【目的】分析比较中国部分品种鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列,为研究CD3ε链、CD4和CD8α链的结构和功能及其抗体的应用提供依据。【方法】利用RT-PCR,对麻鸭、樱桃谷鸭的CD3ε、CD4和CD8α基因ORF序列克隆测定,应用Clustal(X1.83)和DNAstar生物学软件分别与GenBank上公布的北京鸭CD3ε(AF378704)、CD4(AF378701)和CD8α(AF378373)基因ORF序列进行序列分析。【结果】麻鸭、樱桃谷鸭、北京鸭CD3ε和CD4基因ORF序列及所编码的氨基酸同源性为99%;北京鸭和麻鸭CD8α基因ORF序列同源性为99%,与樱桃谷鸭的同源性为95%。麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF序基因编码的氨基酸完全一致,与樱桃谷鸭的CD8α存在16处位点差异,其中胞外区有15个氨基酸的差异,使亲水性、抗原性以及此区域位于蛋白质表面的可能性都有明显差异。从遗传发生树得出樱桃谷鸭、北京鸭、麻鸭CD3ε和CD4的ORF序列相互之间的遗传关系近;樱桃谷鸭、麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF序列之间的遗传关系较远。【结论】樱桃谷鸭、北京鸭、麻鸭CD3ε和CD4的ORF序列遗传变异性低,樱桃谷鸭与麻鸭和北京鸭CD8α基因ORF之间具有较高遗传变异性。 展开更多
关键词 CD3ε CD4 CD8Α 序列分析 同源性
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我国鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系分析 被引量：3
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作者 刘金华 史为民 +1 位作者 吴清民 郭玉璞 《中国人兽共患病杂志》 CSCD 北大核心 2004年第7期589-591,共3页
目的　通过对 1996～ 2 0 0 1年自我国部分养鸡场分离鉴定的 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因测序 ,了解鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,自收获的尿囊液提取RNA ,通过RT-PCR ,扩增聚合酶... 目的　通过对 1996～ 2 0 0 1年自我国部分养鸡场分离鉴定的 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因测序 ,了解鸡源与人源H9N2亚型流感病毒聚合酶PB1基因的关系。方法　病毒在鸡胚中传代 ,自收获的尿囊液提取RNA ,通过RT-PCR ,扩增聚合酶PB1基因片段 ,并进行序列测定 ,测序结果采用PHYLIP软件在Internet网上分析处理 ,并用TreeView软件绘制系统进化树。结果　 8株H9N2亚型鸡流感病毒聚合酶PB1基因的核苷酸同源性为 97 4 %～ 99 7% ,与三株人源H9N2病毒A/Guangzhou/ 333/ 99、A/HongKong/ 10 73/ 99、A/HongKong/ 10 74 / 99的同源性分别为 90 6 %～ 91 9%、90 4 %～91 5 %、90 2 %～ 91 3%。该 8株鸡源H9N2病毒PB1基因属于相同的进化分支 ,即A/duck/HongKong/Y2 80 / 97-like分支 ,而与该 3株人源株H9N2病毒属于不同的进化分支 ;尚未发现PB1基因属于A/ quail/HongKong/G1/ 97或A/duck/Hong/Y4 39/ 97分支的鸡源分离株。结论　在我国养鸡业流行的H9N2病毒分离株与目前已分离的人源株H9N2病毒其PB1基因属于不同的进化亚分支 ,人源株H9N2病毒PB1基因不是来源于鸡源H9N2病毒。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H9N2 聚合酶PBl基因 序列分析
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11株新城疫病毒广西分离株NP基因的克隆和序列分析 被引量：5
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作者 孙建华 谢芝勋 +3 位作者 刘加波 唐小飞 庞耀珊 邓显文 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第5期336-339,343,共5页
根据基因库中新城疫病毒(NDV)的NP基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000～2003年暴发新城疫的鸡群中分离的11株NDV毒株NP基因进行RT-PCR扩增和序列测定,拼接出11个NDV广西分离株的NP基因的全序列,10个NDV广西分离株... 根据基因库中新城疫病毒(NDV)的NP基因序列设计了1对特异性引物,应用RT-PCR技术对广西在2000～2003年暴发新城疫的鸡群中分离的11株NDV毒株NP基因进行RT-PCR扩增和序列测定,拼接出11个NDV广西分离株的NP基因的全序列,10个NDV广西分离株的NP基因阅读框的核苷酸序列全长均为1470 bp,编码489个氨基酸,它们的NP基因核苷酸全序列及推导的氨基酸全序列与10个已发表的NDV参考株的NP基因全序列比较分析结果表明:核苷酸序列同源性为84.8%～98.2%,氨基酸同源性为89.8%～99.4%. 展开更多
关键词 新城疫病毒 F蛋白基因 克隆 序列分析
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甘肃省瓜州县一起由埃可病毒30引致的无菌性脑炎疫情病原学分析 被引量：5
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作者 陈建华 朱贞 +4 位作者 李煜山 武海卓 刘海霞 王旭霞 于德山 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期721-726,共6页
对2015年6-8月发生在中国甘肃省瓜州县一起病毒性脑炎疫情进行病原学诊断及其分子特征研究。采集74例病例样本132份（脑脊液14份,咽拭子25份,血清66份以及粪便27份）。对血清与脑脊液标本经ELISA IgM检测初步排除乙脑病毒、单纯疱疹病... 对2015年6-8月发生在中国甘肃省瓜州县一起病毒性脑炎疫情进行病原学诊断及其分子特征研究。采集74例病例样本132份（脑脊液14份,咽拭子25份,血清66份以及粪便27份）。对血清与脑脊液标本经ELISA IgM检测初步排除乙脑病毒、单纯疱疹病毒、流行性腮腺炎病毒和腺病毒感染之后,采用实时荧光PCR法对所有标本进行人类肠道病毒核酸检测,阳性者使用HEp-2和RD细胞进行病毒分离,并对分离株进行全长VP1区核苷酸序列测定及其分子特征分析。结果发现：132份标本中人类肠道病毒核酸检测阳性72份,71份分子定型结果为埃克病毒30（E-30）;从29例病例的46份样本分离到E-30;甘肃瓜州E-30的全长VP1区核苷酸序列的同源性高达99.2%-100.0%,进化树图显示其与中国2011年以后的E-30分离株属同一个分支。E-30是引起本次甘肃省瓜州县局部地区病毒性脑炎暴发的病原,且属于中国正在流行的ECHO30进化分支中近期流行簇。 展开更多
关键词 病毒性脑炎 埃可病毒30型(ECHO30) VP1区 序列分析
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侵染牡丹的苹果茎沟病毒分离物基因组测序及分析
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作者 陈玲 郭铖 +4 位作者 贾安宁 邓丛良 种焱 史喜菊 李永强 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期2735-2747,共13页
前期在北京地区种植的牡丹中检测到了苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV),并获得了1个ASGV牡丹分离物的基因组全序列。为分析侵染牡丹的ASGV的遗传多样性,根据已报道的118个ASGV基因组全序列的保守区设计特异性引物,用重叠(o... 前期在北京地区种植的牡丹中检测到了苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV),并获得了1个ASGV牡丹分离物的基因组全序列。为分析侵染牡丹的ASGV的遗传多样性,根据已报道的118个ASGV基因组全序列的保守区设计特异性引物,用重叠(overlapping)RT-PCR和cDNA末端序列快速扩增(rapid amplification of cDNA ends,RACE)技术获得9个ASGV牡丹分离物的基因组全序列。共计10个ASGV牡丹分离物,基因组全序列成对比对的核苷酸一致性为81.9%~97.6%,与其他物种ASGV分离物基因组全序列的核苷酸一致性为80.8%~91.2%。序列分析表明ASGV牡丹分离物的分子多样性主要位于多聚蛋白的保守结构域Mtr和P-Pro之间以及RdRp与CP之间。用127个ASGV基因组全序列进行重组分析,5个牡丹分离物被鉴定为重组体,其中1个重组体的重组亲本来源于不同国家的不同寄主植物。用79个非重组的ASGV基因组全序列构建系统发育树,表明ASGV牡丹分离物与ASGV苹果、梨和柑橘等分离物共同聚类到第Ⅰ组,且ASGV牡丹分离物聚到不同的分支。研究结果表明侵染牡丹的ASGV具有遗传多样性,重组可能是导致其遗传多样性的一个因素。 展开更多
关键词 苹果茎沟病毒 牡丹 基因组全序列 序列分析 重组 系统发育
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