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滇重楼种子的全长转录组测序与休眠基因的挖掘
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作者 徐萍 米琪 +6 位作者 罗文秀 陆尤 于梦雯 张萱 石欣彤 陈佳 郑国伟 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期715-720,共6页
目的丰富重楼的基因组信息数据库,以及为重楼的开发利用提供依据。方法以不同发芽阶段的滇重楼种子为材料,利用PacBio Sequel平台进行基因组测序。结果通过对不同发芽阶段滇重楼种子的混合样进行三代全长转录组测序,共获得聚合酶读数496... 目的丰富重楼的基因组信息数据库,以及为重楼的开发利用提供依据。方法以不同发芽阶段的滇重楼种子为材料,利用PacBio Sequel平台进行基因组测序。结果通过对不同发芽阶段滇重楼种子的混合样进行三代全长转录组测序,共获得聚合酶读数496536个;Isoform聚类去冗余后得到18984条,其中有17196个得到注释。NR注释发现其与油棕有23.83%的基因配比率;GO注释发现滇重楼种子的基因主要富集在细胞组分中的代谢过程;通过KEGG注释了解到滇重楼种子参与代谢的基因占主导地位;KOG注释发现滇重楼种子蛋白功能主要集中在一般功能预测。TF转录因子注释显示转录因子最多的为bZIP家族(70个),其中可能与滇重楼种子休眠相关基因15个,除此之外,KEGG共注释到8个WRKY基因和9个IAA基因,可作为后续阐明滇重楼种子休眠机制及深入利用滇重楼基因资源的科学依据。结论通过三代全长转录组测序分析获得滇重楼种子全长转录本序列和结构信息,有助于滇重楼种子休眠机制的揭秘,为今后滇重楼研究奠定一定的基础,也为进一步中药材的开发利用提供相关的分子生物学基础。 展开更多
关键词 滇重楼种子 全长转录组 功能注释 基因挖掘
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