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西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发
被引量：
6
1
作者
姚俊修
李善文
+4 位作者
任飞
李庆华
刘学良
吴德军
燕丽萍
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第12期123-129,147,共8页
转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录...
转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257975条Unigene,检测到64148个SSR位点,分布于51336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。通过试验优化获得最优的两步荧光引物PCR扩增体系。加M13接头PCR扩增体系:10μL PCR体系中含DNA原液1μL,2×Mix 5μL,10μM引物各0.1μL,灭菌超纯水3.8μL;荧光引物PCR扩增体系:20μL PCR体系中含第一步扩增产物DNA原液2μL,2×Mix 10μL,10μM M13接头及反向引物各0.15μL,灭菌超纯水7.7μL。利用已筛选的100对荧光SSR引物对8个不同种接骨木个体进行SSR扩增,80对可扩增出条带,有效扩增率为80%,25对可成功扩增出多态性,多态性比率为31.25%,从25对具有多态性引物中选择14对多态性较好的引物对不同种接骨木进行遗传多样性分析,14对多态性引物共检测出67个等位基因(Na),每位点3~7个,平均等位基因4.786个;每位点有效等位基因数(Ne)1.684~6.095个,平均有效等位基因数3.413个,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)分别在0~0.875和0.406~0.836之间,平均值分别为0.313、0.664;Shannon多样性指数(I)在0.736~1.862之间,平均1.310。不同种接骨木具有较高的遗传多样性,25对具有多态性荧光SSR标记开发可为接骨木分子标记辅助育种、杂种优势预测等提供理论基础。
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关键词
西洋接骨木
转录组
SSR
荧光标记
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职称材料
西洋接骨木栽培技术及在园林景观中的应用
2
作者
龙渡江
王栋
《智慧农业导刊》
2022年第9期59-61,共3页
西洋接骨木是忍冬科接骨木属落叶乔木抑或大灌木,其高度为4~10 m;幼枝上有纵条纹,2 a生枝呈黄褐色,凸起的圆形皮孔较多且较为明显;髓部发育良好,白色。羽状复叶有1~3对小叶片,2对最为常见,有短柄,卵形主要为椭圆形或椭圆状,果实呈亮黑...
西洋接骨木是忍冬科接骨木属落叶乔木抑或大灌木,其高度为4~10 m;幼枝上有纵条纹,2 a生枝呈黄褐色,凸起的圆形皮孔较多且较为明显;髓部发育良好,白色。羽状复叶有1~3对小叶片,2对最为常见,有短柄,卵形主要为椭圆形或椭圆状,果实呈亮黑色。花期为4-5月,果熟为7-8月。该品种主要分布于欧洲,此外,其在我国山东、江苏、上海等地也十分常见。民间和庭园引种栽培是一种乔木类植物,开花时,花朵呈团状分布,气味芳香。其果实呈黄白色,具有极高的观赏价值,被用于园林景观设计。作为景观植物使用时,能够为观赏者带来极佳的视觉享受。西洋接骨木是常用的药材,在我国各个地区都有栽培,还有专为园艺观赏用的接骨木。文章探讨分析接骨木形态特征、生长习性、繁育方法及园林景观应用价值。以供参考。
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关键词
西洋接骨木
栽培技巧
园林景观
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职称材料
题名
西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发
被引量：
6
1
作者
姚俊修
李善文
任飞
李庆华
刘学良
吴德军
燕丽萍
机构
山东省林业科学研究院
山东省林木遗传改良重点实验室
山东农业大学
出处
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第12期123-129,147,共8页
基金
山东省农业重大关键技术“耐盐碱林木及经济作物品种选育及示范推广”(2015ZDJS03003)
山东省农业良种工程“高抗逆药用接骨木新品种选育与示范”(2016LZGC017)
山东省林业科技创新项目“接骨木、元宝枫种质资源创新与高值化利用”(LYCX05-2018-24)
文摘
转录组SSR引物的开发为接骨木遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供丰富的遗传标记。以一株成年西洋接骨木的果实为实验材料,提取RNA后,采用Illumina HiSeq 2000高通量测序获得西洋接骨木转录组数据,共得到西洋接骨木转录组的257975条Unigene,检测到64148个SSR位点,分布于51336条Unigene,SSR位点出现频率为24.87%(SSR位点数与总的Unigene数的比值),其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的51.13%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的38.63%和9.11%。A/T和AG/CT是单核酸和二核苷酸的优势重复基元。通过试验优化获得最优的两步荧光引物PCR扩增体系。加M13接头PCR扩增体系:10μL PCR体系中含DNA原液1μL,2×Mix 5μL,10μM引物各0.1μL,灭菌超纯水3.8μL;荧光引物PCR扩增体系:20μL PCR体系中含第一步扩增产物DNA原液2μL,2×Mix 10μL,10μM M13接头及反向引物各0.15μL,灭菌超纯水7.7μL。利用已筛选的100对荧光SSR引物对8个不同种接骨木个体进行SSR扩增,80对可扩增出条带,有效扩增率为80%,25对可成功扩增出多态性,多态性比率为31.25%,从25对具有多态性引物中选择14对多态性较好的引物对不同种接骨木进行遗传多样性分析,14对多态性引物共检测出67个等位基因(Na),每位点3~7个,平均等位基因4.786个;每位点有效等位基因数(Ne)1.684~6.095个,平均有效等位基因数3.413个,观测杂合度(Ho)及期望杂合度(He)分别在0~0.875和0.406~0.836之间,平均值分别为0.313、0.664;Shannon多样性指数(I)在0.736~1.862之间,平均1.310。不同种接骨木具有较高的遗传多样性,25对具有多态性荧光SSR标记开发可为接骨木分子标记辅助育种、杂种优势预测等提供理论基础。
关键词
西洋接骨木
转录组
SSR
荧光标记
Keywords
sambucus
nigra
l
.
transcriptome
SSR
f
l
uorescent
marker
分类号
S718.46 [农业科学—林学]
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职称材料
题名
西洋接骨木栽培技术及在园林景观中的应用
2
作者
龙渡江
王栋
机构
桂林旅游学院
出处
《智慧农业导刊》
2022年第9期59-61,共3页
基金
2020年度广西高校中青年教师科研基础能力提升项目(2020KY22008)。
文摘
西洋接骨木是忍冬科接骨木属落叶乔木抑或大灌木,其高度为4~10 m;幼枝上有纵条纹,2 a生枝呈黄褐色,凸起的圆形皮孔较多且较为明显;髓部发育良好,白色。羽状复叶有1~3对小叶片,2对最为常见,有短柄,卵形主要为椭圆形或椭圆状,果实呈亮黑色。花期为4-5月,果熟为7-8月。该品种主要分布于欧洲,此外,其在我国山东、江苏、上海等地也十分常见。民间和庭园引种栽培是一种乔木类植物,开花时,花朵呈团状分布,气味芳香。其果实呈黄白色,具有极高的观赏价值,被用于园林景观设计。作为景观植物使用时,能够为观赏者带来极佳的视觉享受。西洋接骨木是常用的药材,在我国各个地区都有栽培,还有专为园艺观赏用的接骨木。文章探讨分析接骨木形态特征、生长习性、繁育方法及园林景观应用价值。以供参考。
关键词
西洋接骨木
栽培技巧
园林景观
Keywords
e
l
derberry(
sambucus
nigra
l
.)
cu
l
tivation
ski
l
l
s
l
andscape
分类号
S567.19 [农业科学—中草药栽培]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
西洋接骨木转录组SSR挖掘及荧光标记开发
姚俊修
李善文
任飞
李庆华
刘学良
吴德军
燕丽萍
《中南林业科技大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
6
下载PDF
职称材料
2
西洋接骨木栽培技术及在园林景观中的应用
龙渡江
王栋
《智慧农业导刊》
2022
0
下载PDF
职称材料
已选择
0
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