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猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学分析 被引量：2
1
作者 蒋增海 滕霖 +3 位作者 贺安文 刘言言 乐敏 何启盖 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第3期1199-1209,共11页
旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征。采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位... 旨在探究鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-基因组学特征。采用Illumina NovaSeq 6000平台对91株河南省猪产业链中鼠伤寒沙门菌及沙门菌血清型4,[5],12:i:-分离菌进行全基因组测序,通过生物信息学分析,进行其血清型的预测、多位点序列的分型以及质粒类型、耐药基因和毒力基因分析。结果表明,在河南省猪产业链中沙门菌4,[5],12:i:-的流行率(1.58%,50/3173)已经超过鼠伤寒沙门菌的流行率(1.29%,41/3173);91株沙门菌的序列型分为ST34(71.42%,65/91)和ST19(28.57%,26/91);鼠伤寒沙门菌/ST34菌株和4,[5],12:i:-/ST34菌株都是IncHI2A_1、IncHI2_1和Col440I_1质粒的偏好宿主;沙门菌血清型4,[5],12:i:-携带率较高的耐药基因是blaTEM-1B_1(72%)、tet(B)_2(90%)、sul2_3(66%)、blaOXA-1_1(34%)等;相比鼠伤寒沙门菌菌株,沙门菌血清型4,[5],12:i:-菌株中质粒的携带率更高,且携带更多种类的耐药基因和毒力基因。本研究首次证实,河南省猪产业链中沙门菌血清型4,[5],12:i:-的流行已经超过鼠伤寒沙门菌,在一定程度上解释了该血清型在河南省病人中主要流行的原因。 展开更多
关键词 沙门菌血清型4 [5] 12:i:- 鼠伤寒沙门菌单相变种 猪产业链 基因组学 耐药基因 毒力基因
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一起鼠伤寒沙门菌单相变异株引起的食源性疾病事件病原学分析
2
作者 李涛 张玺 张晓妮 《食品安全导刊》 2023年第10期43-46,共4页
目的:对一起食源性疾病事件进行溯源调查和病原学分析。方法:结合流行病学调查结果共采集24份可疑食品及器具涂抹样本和17份患者粪便样本。对粪便样本采用Realtime PCR方法筛查病原,并开展流调样本的分离培养。对分离株进行血清学鉴定、... 目的:对一起食源性疾病事件进行溯源调查和病原学分析。方法:结合流行病学调查结果共采集24份可疑食品及器具涂抹样本和17份患者粪便样本。对粪便样本采用Realtime PCR方法筛查病原,并开展流调样本的分离培养。对分离株进行血清学鉴定、PFGE分子分型、药敏试验和全基因组测序,根据全基因组测序数据预测分离株血清型、ST型别、耐药基因及毒力基因携带情况。结果:Realtime PCR结果提示粪便样本沙门菌基因检测阳性,流调样本分离培养得到7株沙门菌,均来源于患者粪便,经多种血清分型试验证实为鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-。PFGE分子分型试验显示7株沙门菌带型完全一致。基于WGS测序数据预测引起该事件的致病菌为ST34型鼠伤寒沙门菌单相变异株;该分离株对氨苄西林、四环素、链霉素、多西环素及米诺环素耐药,携带aac(6’)-Iaa、aph(6)-Id、aph(3’’)-Ib、blaTEM-1B、sul2及tet(B)6个耐药基因;共注释110个毒力基因,其中101个毒力基因与沙门菌属致病阶段中的附着、侵袭和巨噬细胞内存活相关,未比对出与系统传播有关毒力基因。结论:本次食源性疾病事件是由鼠伤寒沙门菌单相变异株I4,[5],12:i:-感染引起,全基因组测序技术为食源性疾病事件的处理提供了更多的病原学信息。 展开更多
关键词 鼠伤寒沙门菌单相变异株 脉冲场凝胶电泳 食源性疾病 全基因组测序
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