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基因宏阵列和荧光定量PCR方法对西瓜枯萎病害土壤中尖孢镰刀菌的快速检测和定量 被引量:27
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作者 赵爽 罗佳 +4 位作者 凌宁 徐大兵 朗娇娇 胡江 沈其荣 《土壤学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期703-708,共6页
采用基因宏阵列(Macroarray)和荧光定量PCR(Real-time PCR)的方法,对引起西瓜枯萎病害的病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)进行了快速监测和快速绝对定量,并且对实验条件进行了优化和摸索。结果显示,在西瓜枯萎病害发病较为严重的处... 采用基因宏阵列(Macroarray)和荧光定量PCR(Real-time PCR)的方法,对引起西瓜枯萎病害的病原菌尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum)进行了快速监测和快速绝对定量,并且对实验条件进行了优化和摸索。结果显示,在西瓜枯萎病害发病较为严重的处理N-+P-和N-+P+的根际土壤中,Macroarray检测到强烈的阳性信号,表明尖孢镰刀菌的大量存在,同时荧光定量PCR的结果也表明在这两个处理的根际土壤中尖孢镰刀菌数量最多,分别为每g土壤8.89×105和2.24×105个拷贝数;而在未发生枯萎病害的处理N++P-和N++P+中,Macroarray未检测到阳性信号,根际土壤中尖孢镰刀菌数量分别为每g土壤6.23×103和3.28×103个拷贝数;而四个处理的土体土壤中尖孢镰刀菌的数量均维持在每g土壤102~103个拷贝数,Macroarray未检测到阳性信号。与传统检测方法如病原菌的分离培养、平板稀释计数等相比,上述分子生物学方法对病原真菌的检测和定量更为准确快速、省时省力。 展开更多
关键词 尖孢镰刀菌 基因宏阵列 实时荧光定量pcr sybr Green I
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大肠杆菌O157:H7特异基因的实时荧光定量PCR检测 被引量:28
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作者 胡慧 陈雅君 +5 位作者 段志刚 孟振北 彭新然 张龙现 崔保安 王亚宾 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第12期278-282,共5页
为建立快速、特异的检测大肠杆菌O157:H7的实时荧光定量聚合酶链式反应(real time polymerase chainreaction,RT-PCR)方法,针对大肠杆菌O157:H7的特异基因rfbE设计一对特异引物,建立SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法,并进行灵敏度、重... 为建立快速、特异的检测大肠杆菌O157:H7的实时荧光定量聚合酶链式反应(real time polymerase chainreaction,RT-PCR)方法,针对大肠杆菌O157:H7的特异基因rfbE设计一对特异引物,建立SYBR GreenⅠ实时定量PCR检测方法,并进行灵敏度、重复性和特异性实验,同时与常规PCR方法进行比较。结果显示所建立的SYBRGreenⅠ实时定量PCR方法可以快速、特异地检测出大肠杆菌O157:H7,细菌纯培养物中其灵敏度可达2×101CFU/mL,临床模拟污染肉样中能最低能检测到1×102CFU/mL的大肠杆菌O157:H7。与常规PCR方法相比,SYBR GreenⅠ实时定量PCR方法对临床样品中大肠杆菌O157:H7的检出率大大提高。本研究建立的SYBR GreenⅠ荧光定量PCR技术能快速准确、特异、敏感地检测大肠杆菌O157:H7。 展开更多
关键词 大肠杆菌O157:H7 rfbE基因 sybr GreenⅠ 实时pcr
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SYBR Green I实时荧光定量PCR检测小麦纹枯病菌体系的建立和应用 被引量:21
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作者 孙炳剑 陈清清 +2 位作者 袁虹霞 施艳 李洪连 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2015年第1期55-62,共8页
【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一,早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂,而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测,研究旨在建立小麦纹枯病... 【目的】纹枯病是小麦生产上重要的土传病害之一,早期准确定量检测病原是病害预测预报及实现有效防控的基础。传统组织分离鉴定方法费时、程序复杂,而且无法做到准确定量。为实现小麦纹枯病早期快速准确定量检测,研究旨在建立小麦纹枯病菌(Rhizoctonia cerealis)的SYBR Green I实时荧光定量PCR(real-time PCR)检测方法。【方法】根据小麦纹枯病菌的β-tubilin序列,设计1对特异性引物,建立并优化SYBR Green I real-time PCR反应体系,利用小麦纹枯病菌、立枯丝核菌(R.solani)、双核丝核菌AG-A和AG-F菌株、小麦全蚀病菌(Gaeumannomyces graminis var.tritici)、小麦根腐病菌(Bipolaris sorokiniana)、小麦茎基腐病菌假禾谷镰孢(Fusarium pseudograminearum)和禾谷镰孢(F.graminearum)等8种小麦根部或土壤病原物的菌丝DNA进行普通PCR和real-time PCR特异性检测,并对灵敏度、可重复性进行评价。利用该体系分别检测接种后5、10、60 d不同接种浓度的盆栽小麦病株。【结果】研究设计的引物特异性强,普通PCR检测结果仅小麦纹枯病菌DNA有扩增条带。Real-time检测结果表明该对引物对小麦纹枯病菌只有唯一的产物吸收峰,对其余供试菌株均未检测到荧光信号。普通PCR检测的灵敏度为6.5×103copies/μL,real-time PCR的灵敏度可达到6.5×102copies/μL。以携带目的基因片段的重组质粒为标准品,构建的real-time PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,熔解曲线的吸收峰单一,相关系数为0.997,扩增效率为0.91。对人工接种的盆栽小麦病株进行real-time PCR检测,结果表明与病情指数和接种量分别呈显著正相关。【结论】研究建立的基于real-time PCR技术的小麦纹枯病菌快速检测方法速度快、灵敏度高、特异性强、重复性好。可以用于小麦纹枯病菌检测、指导病害预测和防治。 展开更多
关键词 小麦纹枯病菌 sybr Green I 实时荧光定量pcr 早期检测
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SYBR Green Ⅰ实时定量PCR快速检测鸭瘟病毒的研究 被引量:9
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作者 汤承 索化夷 +2 位作者 岳华 杨发龙 汤明 《中国动物检疫》 CAS 北大核心 2006年第9期25-27,共3页
根据GenBank中鸭瘟病毒(DPV)UL6和UL7基因的保守序列,设计了一对特异性引物,扩增位于UL6和UL7基因第891~991位长度为101bp片断。以DPV标准强毒株DNA为模板,建立了SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测鸭瘟病毒的方法,用该方法检测鸭瘟标准... 根据GenBank中鸭瘟病毒(DPV)UL6和UL7基因的保守序列,设计了一对特异性引物,扩增位于UL6和UL7基因第891~991位长度为101bp片断。以DPV标准强毒株DNA为模板,建立了SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR检测鸭瘟病毒的方法,用该方法检测鸭瘟标准强毒、疫苗毒及野毒株均为阳性,检测其他受试的非鸭瘟病毒DNA均为阴性,对鸭瘟强毒和疫苗毒人工感染鸭胚尿囊液的检出率均为100%,对6个临床送检样本的检出率为6/6,与病毒分离鉴定结果一致;最小检出量为1.57×104拷贝/ul。 展开更多
关键词 鸭瘟病毒 UL6和UL7基因 sybr Green 荧光定量pcr
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鸡毒支原体实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:19
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作者 周云雷 魏飞龙 +2 位作者 李健 张小华 蒋红霞 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第11期2371-2378,共8页
【目的】建立基于鸡毒支原体种特异性粘附蛋白编码基因pvpA的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据GenBank公布的不同国家和地区鸡毒支原体pvpA基因序列,在高度保守区域设计一对引物。以临床分离鸡毒支原体RC1为模板扩增pvpA基因,将... 【目的】建立基于鸡毒支原体种特异性粘附蛋白编码基因pvpA的实时荧光定量PCR检测方法。【方法】根据GenBank公布的不同国家和地区鸡毒支原体pvpA基因序列,在高度保守区域设计一对引物。以临床分离鸡毒支原体RC1为模板扩增pvpA基因,将其连接到PMD19-T载体,转化至大肠杆菌DH5α中,经PCR和酶切鉴定并测序验证后得到阳性重组质粒rPvpA90。以rPvpA90为模板建立SYBR Green I荧光定量的标准曲线和溶点曲线,并进行特异性,灵敏性,重复性及临床样本检测试验,评价该方法的可行性。【结果】所建立的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶点曲线特异,相关系数为0.990。最低检测限为72拷贝/20μL,其敏感性比常规PCR至少高100倍;无论是对不同病原DNA单模板还是几种病原DNA混合模板进行扩增,该方法都呈现很好的特异性;重复性试验中,批内和批间变异系数均小于2%,表明该方法重现性好;临床样本的检测结果表明所建立的荧光定量PCR检测方法的检测率明显高于常规PCR方法。【结论】本研究初步建立了基于种特异性基因pvpA的鸡毒支原体荧光定量PCR方法,为养禽场诊断和监测鸡毒支原体病原提供一种新的特异、灵敏的方法。 展开更多
关键词 种特异性 pvpA 鸡毒支原体 实时荧光pcr sybr Green I
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应用实时荧光PCR检测致病性蜡样芽孢杆菌 被引量:18
6
作者 王振国 刘金华 +5 位作者 徐宝梁 赵贵明 陈颖 牟峻 罗雁菲 蔡阳 《生物技术通讯》 CAS 2006年第1期40-42,共3页
目的:利用SYBRGreenⅠ染料能与双链DNA结合发出荧光的特点,建立一种用来检测致病性蜡样芽孢杆菌(B.cereus)的实时PCR方法。方法:对致病性蜡样芽孢杆菌致病相关基因cereolysinAB基因序列进行分析,设计1对特异引物,通过对SYBRGreenⅠ实时... 目的:利用SYBRGreenⅠ染料能与双链DNA结合发出荧光的特点,建立一种用来检测致病性蜡样芽孢杆菌(B.cereus)的实时PCR方法。方法:对致病性蜡样芽孢杆菌致病相关基因cereolysinAB基因序列进行分析,设计1对特异引物,通过对SYBRGreenⅠ实时PCR反应条件的优化,实现对致病性蜡样芽孢杆菌的检测。结果:该方法具有较强的灵敏性及特异性,能够对致病性蜡样芽孢杆菌进行有效检测,其最低检出限可达8CFU/mL。结论:利用该技术检测蜡样芽孢杆菌,较常规的生化检测方法具有省时省力的特点,且灵敏性较高,具有实际应用价值。 展开更多
关键词 蜡样芽孢杆菌 检测 实时pcr sybr Green
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猪轮状病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:18
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作者 陈小金 陈建飞 +2 位作者 时洪艳 张志榜 冯力 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期174-179,共6页
根据GenBank中登录的A群猪轮状病毒(PoRV)代表株OSU毒株序列,针对VP7基因设计了1对特异性引物,将150bp目的片段与pMD18-T载体连接构建标准品,建立了检测A群PoRV的SYBR GreenⅠreal-timePCR方法,并对该方法的敏感性、特异性和重复性进行... 根据GenBank中登录的A群猪轮状病毒(PoRV)代表株OSU毒株序列,针对VP7基因设计了1对特异性引物,将150bp目的片段与pMD18-T载体连接构建标准品,建立了检测A群PoRV的SYBR GreenⅠreal-timePCR方法,并对该方法的敏感性、特异性和重复性进行了评价。结果显示,该方法在1.3×108copies/μL~1.3×102copies/μL范围内线性关系良好,相关系数为0.999;最低检测限为1.3×101copies/μL;用该方法检测猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪传染性胃肠炎病毒和猪病毒性腹泻病毒均为阴性;批内及批间变异系数均低于2%。表明,该方法敏感性高、特异性强、重复性好。用该方法抽检58份疑似病例的腹泻病料,结果检出53份阳性,同时用普通RT-PCR和快速检测试剂盒对这些病料进行检测,结果分别检出42份和32份阳性。用这3种方法对11例已知阳性的临床粪便样品进行检测,结果建立的检测方法与其他两种方法的符合率为100%。用该方法检测PoRV细胞培养物中的病毒载量为1.0×105copies/μL。结果表明,建立的检测方法为PoRV的早期诊断、分子流行病学调查以及疫苗质量的监测等提供了新的快速检测技术。 展开更多
关键词 猪轮状病毒 sybr GreenⅠ 实时荧光定量pcr
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SYBR Green I荧光定量PCR检测乳中携带sea基因金黄色葡萄球菌的研究 被引量:14
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作者 李一松 王明娜 +4 位作者 吕琦 张光辉 闫冰 相丽 姜毓君 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2008年第7期235-239,共5页
金黄色葡萄球菌是引起食物中毒的一种常见的致病菌,而其产生的肠毒素A是乳及乳制品食物中毒事件的主要原因。本研究建立了SYBR Green I荧光定量PCR方法对乳中携带sea基因的金黄色葡萄球菌进行检测。该方法能快速、稳定地在8h内完成对乳... 金黄色葡萄球菌是引起食物中毒的一种常见的致病菌,而其产生的肠毒素A是乳及乳制品食物中毒事件的主要原因。本研究建立了SYBR Green I荧光定量PCR方法对乳中携带sea基因的金黄色葡萄球菌进行检测。该方法能快速、稳定地在8h内完成对乳中金黄色葡萄球菌的检测,对人工污染乳中金黄色葡萄球菌检测的最低检出限为83CFU/ml。 展开更多
关键词 金黄色葡萄球菌 荧光定量pcr SEA基因 sybr Green
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鸡传染性支气管炎病毒real-time PCR检测方法的建立 被引量:16
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作者 磨美兰 陈秋英 +4 位作者 侯金莲 范文胜 李孟 韦平 韦天超 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期193-198,共6页
针对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)N基因片段设计并合成了1对引物,将构建的重组质粒作为阳性标准品,成功建立了检测IBV核酸的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法。结果显示,该方法的线性关系好,标准曲线的相关系数达0.998 3;最低可以检测到... 针对鸡传染性支气管炎病毒(IBV)N基因片段设计并合成了1对引物,将构建的重组质粒作为阳性标准品,成功建立了检测IBV核酸的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法。结果显示,该方法的线性关系好,标准曲线的相关系数达0.998 3;最低可以检测到1×101 copies/μL的核酸模板;与常见禽源病毒新城疫病毒、传染性喉气管炎病毒、传染性法氏囊炎病毒、马立克氏病病毒均不发生交叉反应,重复性试验的变异系数小于3%。应用建立的方法对人工感染IBV的20只试验鸡的40份气管和肾样品中的病毒核酸进行检测,结果显示,攻毒后第5和第7天肾中病毒含量高于气管,证实了临床表现与病毒载量之间的关系。结果表明,建立的real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于IBV的病原检测及定量分析。 展开更多
关键词 传染性支气管炎病毒 实时荧光定量聚合酶链反应 sybr Green
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SYBR Green实时荧光PCR快速鉴定辣椒实蝇 被引量:13
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作者 余道坚 章桂明 +2 位作者 陈志粦 康林 杨伟东 《植物检疫》 2006年第1期10-14,共5页
本文应用SYBRGreen实时荧光PCR技术,建立了SYBRGreen实时荧光PCR快速鉴定辣椒实蝇的方法。利用辣椒实蝇mtDNACOI基因序列,筛选出种特异引物lati1/lati2。引物的特异性分别用辣椒实蝇、橘小实蝇、木瓜实蝇、杨桃实蝇、菲律宾实蝇、芒果... 本文应用SYBRGreen实时荧光PCR技术,建立了SYBRGreen实时荧光PCR快速鉴定辣椒实蝇的方法。利用辣椒实蝇mtDNACOI基因序列,筛选出种特异引物lati1/lati2。引物的特异性分别用辣椒实蝇、橘小实蝇、木瓜实蝇、杨桃实蝇、菲律宾实蝇、芒果实蝇、番石榴实蝇、瓜实蝇和南瓜实蝇等9种果实蝇来验证。0.01ng,0.1ng,1ng,10ng,20ng,40ng和100ng等7个不同浓度系列的辣椒实蝇DNA模板用来检测SYBRGreenPCR实时荧光反应的灵敏度,结果表明,SYBRGreenPCR的检测限度达1pg以下,最适模板DNA浓度为1~20ng。成虫、幼虫和蛹等3种不同虫态的辣椒实蝇有一致的扩增曲线,熔解曲线分析和琼脂糖凝胶电泳分别用来确认实时荧光PCR产物的特异性。其平均熔解温度为77.5℃±0.1℃。获得1段长为366bp的特异性目标片段,说明在辣椒实蝇成虫为模板基础上建立的SYBRGreen实时荧光PCR方法适于幼虫、蛹的快速鉴定。 展开更多
关键词 辣椒实蝇 sybr Green 实时荧光pcr 熔解曲线 快速鉴定
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猪繁殖与呼吸综合征病毒SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法的建立与应用 被引量:13
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作者 张杰 刘雪威 +2 位作者 白娟 宋中宝 姜平 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1505-1513,共9页
本研究根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因序列,设计出一对引物,建立了检测该病毒的SYBR GreenⅠ染料荧光定量PCR方法。此法特异性高,与猪流行性腹泻(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、塞内卡谷病毒(SVV)、脑心肌炎病毒(EMCV)、伪狂犬病... 本研究根据猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF7基因序列,设计出一对引物,建立了检测该病毒的SYBR GreenⅠ染料荧光定量PCR方法。此法特异性高,与猪流行性腹泻(PEDV)、猪瘟病毒(CSFV)、塞内卡谷病毒(SVV)、脑心肌炎病毒(EMCV)、伪狂犬病病毒(PRV)和猪圆环病毒2型(PCV2)均无交叉反应;采用不同滴度的PRRSV测定,当Ct≤32且有明显的指数扩增曲线,判定为PRRSV阳性,Ct>32或者无Ct值则判定为PRRSV阴性。该方法检测下限为1×10^0.5TCID50病毒,高于常规RT-PCR国家标准(GB/T18090-2008),批内和批间变异系数均小于1%。PRRSV人工感染仔猪15份肺脏组织和60份血清样品检测结果均为阳性,SPF仔猪8份肺脏组织和25份血清检测结果均为阴性。采集245份临床仔猪肺脏组织病料检测,PRRSV阳性率为67.35%,明显高于普通RT-PCR检测阳性率(56.33%)。上述结果表明,本方法可用于PRRSV临床病料检测。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征 sybr GreenⅠ 实时荧光定量pcr
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实时荧光PCR技术定量检测转基因大豆方法的研究 被引量:13
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作者 吴影 宋丰顺 +3 位作者 陆徐忠 赵伟 杨剑波 李莉 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1733-1737,共5页
以转基因大豆Roundup Ready为材料,通过特异性引物和探针,对转基因大豆中外源基因cp4-epsps进行了定量检测。研究发现Taqman荧光探针法和SYBR荧光染料法均可作为转基因大豆定量检测的方法,但前者比后者具更高的检测灵敏度和精确度,其检... 以转基因大豆Roundup Ready为材料,通过特异性引物和探针,对转基因大豆中外源基因cp4-epsps进行了定量检测。研究发现Taqman荧光探针法和SYBR荧光染料法均可作为转基因大豆定量检测的方法,但前者比后者具更高的检测灵敏度和精确度,其检测阈值可降到0.05%,变异系数为0.09%~0.53%。在此基础上,建立和优化了Taqman探针实时荧光定量PCR检测技术体系,有助于提高转基因作物及产品的生物安全性定量检测的准确度和可靠性。 展开更多
关键词 实时荧光pcr 转基因大豆 TAQMAN探针 sybr染料 定量检测
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鸭圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:13
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作者 刘玲凤 黎振标 司兴奎 《中国家禽》 北大核心 2017年第7期15-19,共5页
为实现对鸭圆环病毒(DuCV)的快速检测,分析比对Gen Bank中登录的DuCV全基因组序列,在其保守区设计并合成一对特异性引物,将扩增的212 bp片段克隆入pMD-18T载体中,获得pMD18DuCV重组质粒,通过SYBR GreenⅠ荧光掺入法分别对系列稀释pMD18D... 为实现对鸭圆环病毒(DuCV)的快速检测,分析比对Gen Bank中登录的DuCV全基因组序列,在其保守区设计并合成一对特异性引物,将扩增的212 bp片段克隆入pMD-18T载体中,获得pMD18DuCV重组质粒,通过SYBR GreenⅠ荧光掺入法分别对系列稀释pMD18DuCV中DuCV特异性片段进行扩增,通过pMD18DuCV浓度对数与Ct值制作了标准曲线并推导出直线回归方程,二者相关系数(R^2)为0.9968,建立了DuCV实时荧光定量PCR检测方法,重复性和灵敏性检测结果表明重复性良好,检测下限为67.2拷贝/μL;将建立的DuCV实时荧光定量PCR检测方法分别对鸭肝炎病毒(DHV)、大肠杆菌、新城疫病毒(NDV)、H9亚型禽流感病毒、小鹅瘟病毒(GPV)核酸或cDNA进行特异性检测,结果表明特异性良好。初步应用结果表明,建立的DuCV实时荧光定量PCR方法检出率为26.4%(62/235),明显优于常规PCR检测结果15.3%(36/235)。 展开更多
关键词 鸭圆环病毒 实时荧光定量pcr sybr GreenⅠ
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鹅肾型星状病毒SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法的建立 被引量:13
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作者 邱思语 徐蓉 +1 位作者 郭远奎 吕英军 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期300-306,共7页
本研究旨在建立一种灵敏、快速检测鹅肾型星状病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。根据鹅肾型星状病毒的ORF1b保守序列,设计出1对引物,建立了检测该病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法的Ct值与标准质粒在2.42... 本研究旨在建立一种灵敏、快速检测鹅肾型星状病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。根据鹅肾型星状病毒的ORF1b保守序列,设计出1对引物,建立了检测该病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法。结果显示,该方法的Ct值与标准质粒在2.42×10^4~2.42×10^9copies/μL范围内呈良好的线性关系;敏感性高,最低检测限为24.2 copies/μL;该方法特异性强,对禽流感H9N2、鹅副黏病毒、鹅细小病毒、鸭坦布苏病毒均无交叉反应;重复性好,批内和批间变异系数均小于2.5%。运用该方法对动物回归试验中攻毒的雏鹅的各脏器进行检测,结果显示,肾、脾和肝中病毒含量较高,其次是胰腺、肺及肠道,而心和脑中的病毒含量最低。上述结果表明,本研究成功建立了鹅肾型星状病毒的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,并根据此方法检测出该病毒对肾、脾及肝具有较强的亲嗜性,为该病原致病机制研究奠定了基础。 展开更多
关键词 鹅肾型星状病毒 实时荧光定量pcr sybr GreenⅠ 病毒分布
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猪细小病毒6型SYBR Green I real-time PCR检测方法的建立 被引量:12
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作者 孙文超 刘立明 +8 位作者 赵翠青 汪伟 赵冠宇 曹亮 张赫 庄忻雨 韩继成 鲁会军 金宁一 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期442-445,452,共5页
采用PCR方法扩增PPV6保守区域基因252bp,将其克隆到pClon007载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒。以质粒模板建立PPV6的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果表明,重组质粒特异性好;建立的real-... 采用PCR方法扩增PPV6保守区域基因252bp,将其克隆到pClon007载体,构建重组质粒作为标准阳性质粒。以质粒模板建立PPV6的SYBR GreenⅠreal-time PCR检测方法,并进行敏感性、特异性和重复性等验证。结果表明,重组质粒特异性好;建立的real-time PCR方法Ct值与标准品模板在8.80×10^9-8.80×10^1 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.993,斜率为-4.320。该方法检测灵敏度可达8.80×10^1 copies/μL。该方法对JEV、PRV、PRRSV、PCV2、FMDV等猪常见病原检测均无特异性扩增;对临床样品的检测结果表明,所建立的荧光定量PCR阳性检测率为40.63%。本试验成功建立了PPV6SYBR Green I real-time PCR检测方法,可实现对PPV6快速灵敏的诊断。 展开更多
关键词 猪细小病毒6型 sybr Green I 荧光定量pcr
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利用实时荧光定量PCR技术检测油菜菌核病菌 被引量:12
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作者 陈长军 李俊 +2 位作者 赵伟 王建新 周明国 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期516-525,共10页
采用高通量实时荧光定量PCR技术建立检测和监测油菜菌核病菌群体数量的方法。利用油菜菌核病菌(Sclerotiniasclerotiorum)的β-微管蛋白基因内含子序列的特异性,设计引物对SclSF(5'-CTCAAATCTCCGAAAGTT-3')/SclAF(5'-TGCAGA... 采用高通量实时荧光定量PCR技术建立检测和监测油菜菌核病菌群体数量的方法。利用油菜菌核病菌(Sclerotiniasclerotiorum)的β-微管蛋白基因内含子序列的特异性,设计引物对SclSF(5'-CTCAAATCTCCGAAAGTT-3')/SclAF(5'-TGCAGACGGGTAATATG-3'),建立和优化了SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测体系。结果表明,该引物对能够从8种所测试的十字花科植物常见病原真菌中特异性扩增出油菜菌核病菌;所建立的实时定量PCR技术可应用于油菜病叶和病茎中菌核病菌的早期检测及菌核病的预测预报。 展开更多
关键词 油菜菌核病菌 实时定量pcr sybr GreenⅠ
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SYBR Green实时定量PCR检测外源基因拷贝数 被引量:12
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作者 庄强 钱程 刘立 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2010年第1期125-129,共5页
以SYBR Green为荧光染料,通过携带双基因GFP和IL-24的质粒标准品绘制双标准曲线,并以绝对定量的方法检测GFP在稳定细胞株Hela-GFP基因组中的整合拷贝数。结果证实,该方法能有效检测外源基因在基因组上的整合拷贝数。从而建立起一种高效... 以SYBR Green为荧光染料,通过携带双基因GFP和IL-24的质粒标准品绘制双标准曲线,并以绝对定量的方法检测GFP在稳定细胞株Hela-GFP基因组中的整合拷贝数。结果证实,该方法能有效检测外源基因在基因组上的整合拷贝数。从而建立起一种高效且廉价的检测外源基因拷贝数的通用方法来广泛应用于各种实验。 展开更多
关键词 实时荧光定量pcr sybr Green 整合拷贝数
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基于SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR建立生乳及乳制品沙门氏菌快速检测技术 被引量:11
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作者 张巧艳 陈亭亭 +2 位作者 陈笑芸 杨胜利 缪青梅 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2012年第5期914-921,共8页
生乳易受沙门氏菌污染,并大量繁殖;经加工的乳制品细菌数大大减少,但仍存在沙门氏菌污染的风险。试验按生乳及乳制品沙门氏菌污染水平研究样品前处理方法,采用煮沸裂解法快速提取总DNA,针对沙门氏菌invA基因建立SYBR Green Ⅰ荧光定量PC... 生乳易受沙门氏菌污染,并大量繁殖;经加工的乳制品细菌数大大减少,但仍存在沙门氏菌污染的风险。试验按生乳及乳制品沙门氏菌污染水平研究样品前处理方法,采用煮沸裂解法快速提取总DNA,针对沙门氏菌invA基因建立SYBR Green Ⅰ荧光定量PCR快速检测技术。建立的方法具有良好的特异性和较高的灵敏度,其中生乳沙门氏菌检出限为102cfu.mL-1,方法的检测线性范围为102~108cfu.mL-1,相关系数(R2)为0.999,扩增效率为103%;乳制品沙门氏菌经16 h增菌后检出限达到1 cfu.[25 g(mL)]-1。该技术可用于生乳中沙门氏菌的高效筛查及定量检测,检测一个样品仅需3 h;同时,可用于乳制品的准确定性检测,检测周期为1 d;且方法重复性好、准确度高、操作简单,为乳制品企业快速检测沙门氏菌提供了有效的技术手段。 展开更多
关键词 沙门氏菌 荧光定量pcr sybr Green DNA提取 生乳 乳制品
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鹅源星状病毒TaqMan探针和SYBR Green Ⅰ染料法荧光定量PCR检测方法的建立及其应用比较 被引量:11
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作者 邓昕竹 余群 +6 位作者 朱盈名 赵自亮 陆婧 赵光伟 张立武 程方俊 杨晓伟 《中国兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期1970-1976,共7页
鹅源星状病毒(goose astrovirus, GoAstV)是国内新发雏鹅痛风病病原,为更好地应用于临床检测,本试验针对GoAstV分别建立了基于TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料的2种实时荧光定量PCR方法,并比较两者的优劣。首先根据GoAstV的ORF1b基因保守... 鹅源星状病毒(goose astrovirus, GoAstV)是国内新发雏鹅痛风病病原,为更好地应用于临床检测,本试验针对GoAstV分别建立了基于TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料的2种实时荧光定量PCR方法,并比较两者的优劣。首先根据GoAstV的ORF1b基因保守序列设计特异性引物和探针,通过优化反应条件和反应体系,分别建立TaqMan和SYBR GreenⅠ荧光定量PCR方法,并对其进行特异性、敏感性、重复性测定和临床样品检验。结果显示,2种方法均能特异性检测GoAstV,Ct值在质粒标准品浓度2.5×10~2~2.5×10~8 copies/μL范围内线性关系良好,相关系数均为0.999;探针法和染料法的最低检测限分别为2.5×10~1,2.5×10~2 copies/μL;2种方法重复性试验组内与组间变异系数均小于2.50%。对近1年收集的71份临床疑似样本进行检测,探针法和染料法的阳性检出率分别为49.30%和42.25%,探针法的检出率较高。结果表明,本试验建立的TaqMan探针和SYBR GreenⅠ染料荧光定量PCR方法均具有特异性强、敏感性高、重复性好优点,可应用于临床GoAstV的检测,其中尤以TaqMan探针法的灵敏度较高。 展开更多
关键词 鹅源星状病毒 荧光定量pcr TAQMAN探针 sybr GreenⅠ染料
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犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立 被引量:11
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作者 孙文超 解长占 +12 位作者 赵冠宇 曹亮 郑敏 曹慧慧 张红云 韦显凯 韩继成 温树波 肖朋朋 靖杰 张萍 鲁会军 金宁一 《动物医学进展》 北大核心 2017年第5期6-10,共5页
犬圆环病毒(DogCV)是圆环病毒科新发现的圆环病毒,旨在建立犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法。试验用PCR方法克隆犬圆环病毒ORF2基因保守区域,构建标准阳性质粒pClon007-ORF2。以标准阳性质粒pClon007-ORF2为模板对荧光定量PCR反应体... 犬圆环病毒(DogCV)是圆环病毒科新发现的圆环病毒,旨在建立犬圆环病毒实时荧光定量PCR检测方法。试验用PCR方法克隆犬圆环病毒ORF2基因保守区域,构建标准阳性质粒pClon007-ORF2。以标准阳性质粒pClon007-ORF2为模板对荧光定量PCR反应体系进行优化。结果表明,所建立的方法 Ct值与标准品在4.67×10~9 copies/μL^4.67×10~3 copies/μL范围内呈良好的线性关系,相关系数为0.998,斜率为-3.445。该方法检测灵敏度为4.67×10~1copies/μL。该方法对狂犬病病毒、犬细小病毒、犬瘟热病毒、犬副流感病毒、犬腺病毒2型等犬常见病原的检测均无交叉反应;所有稀释度标准品模板均在83.35℃出现窄的特异性熔解峰。临床样品检测表明,所建立的实时荧光定量PCR对犬圆环病毒的阳性检测率为12.50%(4/32)。 展开更多
关键词 犬圆环病毒 sybr Green 实时荧光定量pcr
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