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冬虫夏草转录组SSR位点信息分析研究 被引量：14
1
作者 张涵 王芳 +4 位作者 白静 董强 童锌芯 袁媛 国锦琳 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2019年第21期4605-4611,共7页
为探究冬虫夏草转录组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息,开发冬虫夏草SSR分子标记奠定基础,该研究利用MISA(MicroSatellite)软件对冬虫夏草转录组拼接获得的16 875 unigene进行SSR位点数据挖掘,并使用Primer 3. 0... 为探究冬虫夏草转录组中简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点信息,开发冬虫夏草SSR分子标记奠定基础,该研究利用MISA(MicroSatellite)软件对冬虫夏草转录组拼接获得的16 875 unigene进行SSR位点数据挖掘,并使用Primer 3. 0软件设计引物。研究发现,冬虫夏草转录组中4 252条unigene含有5 899个SSR位点,出现频率为34. 99%,平均每7 952 bp出现1个SSR位点,以单核苷酸和三核苷酸重复为主,分别占总数的42. 5%,38. 48%。SSR序列中共包括74种基序类型,C/G和CCG/CGG是优势重复单元。6种SSR重复类型的重复次数集中于5~12次,长度大多小于24 bp。通过引物设计软件,共筛选得到12 282对引物,随机挑选的20对引物用于有效性检测,19对引物扩增出条带,引物有效率为95%。10对引物扩增出清晰、可重复特异性条带,其中引物P1具显著多态性。此外,经GO与KEGG功能注释后发现,含有SSR位点的unigene主要与遗传和环境功能相关。上述结果表明冬虫夏草转录组SSR位点出现频率较高、基元类型丰富、多态性较高,具有较高的可用性,为其遗传多样性分析、资源鉴定保护、基因功能研究等方面提供了丰富的候选分子标记。 展开更多
关键词 冬虫夏草 转录组 ssr位点信息
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基于RNA-seq技术的奥利亚罗非鱼转录组SSR位点信息分析 被引量：6
2
作者 周康奇 潘贤辉 +8 位作者 黄姻 覃俊奇 徐俊龙 杜雪松 文露婷 陈忠 潘志忠 邓潜 林勇 《河南农业科学》 北大核心 2020年第11期147-152,共6页
为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记。结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%。... 为了开发奥利亚罗非鱼有关耐盐性的分子标记,采用二代测序RNA-seq方法,挖掘奥利亚罗非鱼的微卫星标记。结果显示,拼接组装获得了71009条Unigenes,并在所有序列中共发现了10875个SSR位点,含有位点序列的数量为8315条,占总序列的11.71%。奥利亚罗非鱼转录组中SSR位点类型较为丰富,共识别到5种不同核苷酸重复类型和126种不同重复基序。其中,二核苷酸串联重复单元类型的含量最多(5779个),占总位点数的53.14%;而在二核苷酸重复类型中AC/GT基序类型出现频率最高(3954个,占36.36%)。此外,SSR位点以6次重复次数为主(3048个),占总位点数的27.77%;SSR位点序列长度分布于12~254 bp,其中具有高度多态性位点3480个(占比29.14%),中等多态性位点8462个(占比70.86%)。 展开更多
关键词 奥利亚罗非鱼 转录组 多态性 ssr位点信息 RNA-SEQ
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香蕉根系转录组SSR位点信息分析 被引量：4
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作者 王静毅 刘菊华 +2 位作者 王卓 金志强 徐碧玉 《中国农学通报》 2019年第28期38-43,共6页
旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene... 旨在为开发新的香蕉功能基因相关的且多态性良好的SSR标记提供依据。利用MISA工具对香蕉根系转录组unigene序列进行SSR检索,并设计SSR引物,分析香蕉根系转录组中的SSR位点信息。从25158条unigene中共发现4663个SSR,分布在3820条unigene序列中,出现频率为18.53%,平均每7.77 kb含有1个SSR位点,共有58种重复基元。香蕉根系转录组中,二、三核苷酸重复基元所占比例最大,分别为40.50%和40.63%;二者分别以AG/CT和AGG/CCT重复基元为主,分别占该重复基元的88.03%和30.83%。SSR重复次数以5~9次为主,基序长度主要分布于12~20 bp,平均长度为18.80 bp。香蕉根系转录组SSR位点频率、密度较高,类型多样,在香蕉遗传多样性研究及分子标记辅助育种中有较大应用潜能。 展开更多
关键词 香蕉 根系 转录组 ssr位点信息
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