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题名基于转录组序列的岩白菜SSR位点特征与引物开发
被引量：2
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作者
刁雨辰
李沛欣
郭凤根
王仕玉
李娟
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机构
云南农业大学农学与生物技术学院
云南农业大学园林园艺学院
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出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第22期7428-7432,共5页
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基金
国家自然科学基金项目(81360610)资助
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文摘
本研究对岩白菜转录组测序获得的94755条Unigene用MISA软件进行SSR位点挖掘和分析,共获得10237个SSR位点,SSR出现频率为10.80%,所有的SSR位点分布于9001条Unigene上,发生频率为9.50%;二核苷酸(72.31%)分布最多,其次是三核苷酸(22.29%),主导的重复基元类型是AG/CT。利用Primer 5.0进行引物设计,随机筛选100对引物进行验证,有60对可以扩增出与预期大小相符的条带,且多态性较好。结果表明基于岩白菜转录组序列开发SSR标记是可行的,这些SSR引物的开发有助于岩白菜的遗传多样性分析和分子标记辅助育种。
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关键词
岩白菜(Bergenia
purpurascens)
转录组
ssr位点特征
ssr引物开发
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Keywords
Bergenia purpurascens
Transcriptome
ssr locus characteristics
ssr primer development
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分类号
R28
[医药卫生—中药学]
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