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小麦指纹图谱数据库的建立及SSR分子标记试剂盒的研发 被引量:64
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作者 李根英 Susanne Dreisigacker +3 位作者 Marilyn L.Warburton 夏先春 何中虎 孙其信 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第12期1771-1778,共8页
本研究以国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)、国际干旱地区农业研究中心(ICARDA)、法国Agropolis研究所和中国农业科学院作物科学研究所提供的数据为基础,建立了包括134个SSR引物、2457个普通小麦基因型的指纹图谱数据库。利用荧光标记法的... 本研究以国际玉米小麦改良中心(CIMMYT)、国际干旱地区农业研究中心(ICARDA)、法国Agropolis研究所和中国农业科学院作物科学研究所提供的数据为基础,建立了包括134个SSR引物、2457个普通小麦基因型的指纹图谱数据库。利用荧光标记法的分析结果,用代表性基因型在某一位点的扩增片段作为银染法的读带依据,开发了SSR分子标记试剂盒,包括46对SSR引物及其PCR反应程序、代表性基因型的DNA样品、592个等位变异的代表性基因型清单及试剂盒使用说明等。该数据库的建立和试剂盒的开发,为利用SSR分子标记技术进行小麦种质遗传多样性研究,实现小麦遗传资源和信息资源全球共享提供了重要工具和技术平台。 展开更多
关键词 小麦 指纹图谱 数据库 ssr引物 标准基因型 试剂盒
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河北省和黑龙江省马铃薯晚疫病菌SSR基因型分析 被引量:17
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作者 姚国胜 王俊山 +2 位作者 杨英茹 于桂凤 朱杰华 《科技导报》 CAS CSCD 2008年第5期35-39,共5页
用SSR分子标记,对致病疫霉群体结构进行分析,完善了中国研究晚疫病菌的分子标记体系。利用两个SSR引物Pi4B和Pi4G对来自河北和黑龙江两个省份的58个马铃薯晚疫病菌株基因组DNA进行SSR基因型鉴定,分析其遗传多样性。河北省的菌株共鉴定出... 用SSR分子标记,对致病疫霉群体结构进行分析,完善了中国研究晚疫病菌的分子标记体系。利用两个SSR引物Pi4B和Pi4G对来自河北和黑龙江两个省份的58个马铃薯晚疫病菌株基因组DNA进行SSR基因型鉴定,分析其遗传多样性。河北省的菌株共鉴定出4个SSR基因型:D-03,F-01,G-02和F-06。其中,F-06是首次报道的新的SSR基因型。黑龙江的菌株共鉴定出2个SSR基因型。在两省的菌株中,基因型F-01所占比例都最大,且占绝对优势。不同交配型可存在于同一SSR基因型中,同一SSR基因型的菌株对甲霜灵的敏感性存在差异。聚类结果还显示占被测菌株群体最大比例的F-01基因型与国外的对照菌株的亲缘关系较远。 展开更多
关键词 马铃薯晚疫病菌 ssr基因型 交配型
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12个油茶品种的SSR特征指纹鉴别 被引量:12
3
作者 李海波 丁红梅 +3 位作者 陈友吾 徐梁 李楠 胡传久 《中国粮油学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2017年第10期171-178,共8页
为了对普通油茶(Camellia oleifera)优良品种的准确鉴别开发一种新的分子识别方法,为油茶优良品种资源的保护提供技术支持,本研究拟利用SSR荧光标记构建12个长林系列油茶品种的SSR特征指纹。14对多态性SSR引物从12个油茶品种的14个SSR... 为了对普通油茶(Camellia oleifera)优良品种的准确鉴别开发一种新的分子识别方法,为油茶优良品种资源的保护提供技术支持,本研究拟利用SSR荧光标记构建12个长林系列油茶品种的SSR特征指纹。14对多态性SSR引物从12个油茶品种的14个SSR位点共扩增出62个多态性条带、检测出77种基因型,平均每个SSR引物扩增出4.4个多态性条带、检测出5.5种基因型。12个油茶品种14个SSR位点的多态信息含量变化范围和Dice遗传相似系数变异范围分别为0.08~0.84和0.39~0.90。基于12个油茶品种在14个SSR位点的基因型差异,共选出45种SSR特征引物与其对应的基因型组合,即SSR特征引物-基因型,可作为11个油茶品种的SSR特征指纹,为品种鉴别提供分子依据。本研究也为在更大层面上建立油茶品种的DNA指纹数据库、为油茶品种的辅助选育、以及应用于DUS测试提供了技术思路。 展开更多
关键词 油茶 基因型 品种鉴别 ssr指纹 荧光检测
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吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)和4个近缘遗传型罗非鱼的遗传差异的RAPD、SSR比较分析 被引量:11
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作者 李思发 陈林 蔡完其 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第5期657-664,共8页
以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)群体,4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼(尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料,采用RAPD和SSR技术,比较分析这两个杂... 以1个新型杂交鱼-吉奥罗非鱼(新吉富罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)群体,4个近缘遗传型罗非鱼群体[奥尼(尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)、新吉富罗非鱼、尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼]为实验材料,采用RAPD和SSR技术,比较分析这两个杂交种间及它们同亲本间的遗传差异。RAPD方面:①群体多态座位比例(P)-吉奥(20.4%)>新吉富(18.5%),但<奥利亚(21.4%)<奥尼(21.7%)<尼罗(22.3%);②Nei s平均遗传相似系数(Ip)-吉奥(0.9086)<新吉富(0.9231),但>奥利亚(0.8895)>尼罗(0.8588)>奥尼(0.8069);③香农多样性指数(Ho)-吉奥(0.1326)>新吉富(0.1103),但<奥利亚(0.1514)<尼罗(0.1742)<奥尼(0.2410);④群体两两间遗传相似系数(Ipop)-吉奥-奥尼(0.9444)<吉奥-尼罗(0.9496)<吉奥-新吉富(0.9544),但>吉奥-奥利亚(0.9383)。SSR方面:①平均有效等位基因数(Ne)-吉奥(2.43)>新吉富(2.31)>尼罗(1.94)>奥利亚(1.18),但<奥尼(2.82);②平均遗传杂合度(H)-吉奥(0.700)>尼罗(0.570)>奥利亚(0.497)>新吉富(0.398),但<奥尼(0.816);③群体的多态信息含量(PIC)-吉奥(0.661)>尼罗(0.568)>奥利亚(0.513)>新吉富(0.420),但<奥尼(0.692);④依据遗传距离构建的NJ树和UPGMA树,奥利亚罗非鱼单独为一支,吉奥等4种罗非鱼为一支。总的说来,RAPD和SSR两种技术检测结果所反映的群体遗传信息一致。这表明,无论是吉奥还是奥尼,两个杂交种在遗传上都同各自的母本较近,这同作者先前揭示的形态和生长等方面的母本效应一致。 展开更多
关键词 罗非鱼 杂交种 遗传型 遗传差异 RAPD ssr
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大口黑鲈生长性状相关标记的聚合效果分析 被引量:10
5
作者 徐磊 白俊杰 李胜杰 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期53-58,共6页
选择已经获得的8个与大口黑鲈(Micropterussalmoides)生长性状相关的分子标记,其中4个单核苷酸多态性标记分别位于IGF-I、POU1F1、PSSⅢ和MSTN基因上,4个微卫星位点分别是JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpwll7。从养殖群体中筛选出... 选择已经获得的8个与大口黑鲈(Micropterussalmoides)生长性状相关的分子标记,其中4个单核苷酸多态性标记分别位于IGF-I、POU1F1、PSSⅢ和MSTN基因上,4个微卫星位点分别是JZL60、JZL67、MisaTpw76和MisaTpwll7。从养殖群体中筛选出具有4个以上优势基因型数量的大口黑鲈亲鱼20尾进行群体繁殖,其中雌鱼9尾,雄鱼11尾。所产子代进行同塘饲养,9月龄时随机挑选288尾进行体质量测量与STR基因分型。结果显示:子代体质量为103-401g,含有生长优势基因型的数量在1-6之间,含有1-6个生长优势基因型的个体其平均体质量依次为227.83、239.56、258.81、273.02、302.50和305.60g,生长优势基因型的数量与大口黑鲈生长速度呈正相关。进一步分析表明子代中优势基因型的平均数量为2.99,相比亲本群体的优势基因型平均数量(2.36)得到提高。研究结果说明,利用有限的与生长相关的优势基因型进行聚合可以获得具有优良生长性状的大口黑鲈,也为下一步大口黑鲈分子标记辅助育种提供理论依据。 展开更多
关键词 大口黑鲈 优势基因型 聚合 ssr 基因分型 育种
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北京市华北落叶松优树群体遗传多样性分析 被引量:10
6
作者 董明亮 高嘉玥 +3 位作者 孙文婷 范英明 袁定昌 张金凤 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期616-624,共9页
利用SSR分子标记对北京市华北落叶松人工林5个群体的220棵优树进行遗传多样性和群体结构分析。20对SSR引物共检测到81个等位基因,每个位点等位基因数2~8个不等,平均4.05个。群体观测和期望杂合度平均值分别为0.429和0.440,Shannon信息... 利用SSR分子标记对北京市华北落叶松人工林5个群体的220棵优树进行遗传多样性和群体结构分析。20对SSR引物共检测到81个等位基因,每个位点等位基因数2~8个不等,平均4.05个。群体观测和期望杂合度平均值分别为0.429和0.440,Shannon信息指数和多态性信息含量分别为0.756和0.380。5个群体中,百花山和云蒙山遗传多样性水平最高,雾灵山遗传多样性水平最低。AMOVA分析结果显示,2.65%的遗传变异来自于群体间,剩余97.35%的遗传变异来自于群体内。遗传分化系数仅为0.023,表明北京市华北落叶松优树群体遗传分化程度很低。基于Nei's遗传距离可以将5个群体划分为3个类群,四海镇和雾灵山归为第Ⅰ类,松山归为第Ⅱ类,百花山和云蒙山归为第Ⅲ类。STRUCTURE群体结构分析结果与上述聚类分析结果大体一致。以上研究为华北落叶松人工林遗传多样性评价和优良种质资源收集、保护和利用提供理论依据。 展开更多
关键词 华北落叶松 ssr标记 优树 遗传多样性 群体结构
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杂交粳稻亲本穗长和枝梗数性状优异配合力的标记基因型筛选 被引量:9
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作者 黄殿成 阮方松 +6 位作者 刘健 谢辉 赵凯铭 梁奎 江建华 蔡勇林 洪德林 《南京农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期1-7,共7页
提高杂交粳稻竞争优势的关键是选育具有高配合力的大穗型杂交粳稻恢复系。为使配合力改良更有效,选用115对SSR引物扩增6个粳稻BT型不育系和12个恢复系的标记基因型,并按NCⅡ(North CarolinaⅡ)遗传交配设计配制72个F1组合,分析18个亲本... 提高杂交粳稻竞争优势的关键是选育具有高配合力的大穗型杂交粳稻恢复系。为使配合力改良更有效,选用115对SSR引物扩增6个粳稻BT型不育系和12个恢复系的标记基因型,并按NCⅡ(North CarolinaⅡ)遗传交配设计配制72个F1组合,分析18个亲本的一次枝梗数、二次枝梗数和穗长3个穗部性状的配合力,结合亲本SSR分子标记数据和性状配合力数据筛选3个穗部性状优异配合力的标记基因型。结果发现:23个标记基因型与亲本3个穗部性状配合力显著相关。其中1个标记基因型与亲本3个性状配合力都相关;7个标记基因型与亲本2个性状配合力都相关;15个标记基因型与亲本单个性状配合力相关。标记基因型RM8254-120/180对3个性状的配合力效应都是正的,可使F1的每穗一次枝梗数、二次枝梗数和穗长3个性状值分别增加21.63%、21.12%和16.12%。与亲本2个性状配合力相关的7个标记基因型中有6个标记基因型对亲本的配合力效应是正值,1个标记基因型对亲本的配合力效应是负值。 展开更多
关键词 粳稻 配合力 ssr标记 穗长 每穗一次枝梗数 每穗二次枝梗数 标记基因型
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‘嘎啦’苹果花药培养种质创新 被引量:9
8
作者 温鑫 邓舒 +6 位作者 张春芬 侯丽媛 石江鹏 聂园军 肖蓉 秦永军 曹秋芬 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第14期2793-2806,共14页
【目的】单倍体花药离体培养是农作物包括果树育种中种质资源创新的最有效方法之一,苹果是染色体高度杂合且自交不亲和树种之一。在当前苹果主栽品种中,‘嘎啦’具有早熟、丰产、稳产、多抗的优良性状,是苹果育种的重要种质资源之一。... 【目的】单倍体花药离体培养是农作物包括果树育种中种质资源创新的最有效方法之一,苹果是染色体高度杂合且自交不亲和树种之一。在当前苹果主栽品种中,‘嘎啦’具有早熟、丰产、稳产、多抗的优良性状,是苹果育种的重要种质资源之一。花药单倍体育种也是苹果新品种培育的重要手段。本研究通过‘嘎啦’苹果花药培养诱导胚状体并获得纯合再生植株,为创制新的纯合体种质资源,加速苹果新品种培育进程提供材料。【方法】采集‘嘎啦’苹果单核靠边期到双核早期的花药(未开放的花蕾),低温处理后进行离体培养,经胚状体诱导,分化培养形成再生苗,再经生根培养获得花药再生植株。之后利用FACS流式细胞仪对再生植株进行倍性分析。取再生植株叶片分离DNA,选用80个来源于苹果HIDRAS数据库的SSR标记对所有植株进行PCR扩增,经过凝胶电泳和荧光毛细管电泳鉴定再生植株纯合基因型。移栽成活后,对每个再生株系进行形态学特征观察及统计分析。【结果】过去3年中,共接种的74 200个‘嘎啦’花药,从未被污染的5万多个花药中成功诱导形成386个胚状体(胚状体诱导率0.7%),经分化培养获得64株再生苗(植株再生率16.6%),最终经生根培养、移栽获得30个成活再生株系。其中包括28个二倍体株系,1个单倍体株系和1个四倍体株系。SSR标记用于纯合性鉴定,PAGE结果表明再生株系均为花粉(小孢子)单倍体细胞来源。为了鉴定这些再生植株基因型,从80个SSR中筛选出17个SSR标记(其余SSR标记不具有多态性或带型杂乱)对所获得的30个再生株系进行基因型鉴定。17个SSR标记所对应的PCR扩增物能有效区分鉴定不同再生植株基因型。继代培养60 d后的形态学观察显示不同再生株系的株高、叶长、叶宽等特征差异明显。不同二倍体纯合植株的植物学特征也存在差异:Gala 5植株相 展开更多
关键词 '嘎啦苹果’ 花药离体培养 单倍体育种 ssr标记 纯合基因型
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采用微卫星标记技术研究四川省马铃薯晚疫病菌种群遗传多样性 被引量:7
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作者 陈茜 李颖 +4 位作者 张敏 彭化贤 席亚东 徐成勇 刘波微 《西南农业学报》 CSCD 北大核心 2010年第1期91-97,共7页
从2006年到2007年在四川省8个马铃薯主产区采集的晚疫病样本中单孢分离得到91个晚疫病菌菌株。引用国际上通行的两个微卫星标记Pi4B和Pi4G,对这91个菌株的基因型进行遗传多样性分析,鉴定出8个SSR基因型:D-03、D-05、D-06、F-01、F-03、F... 从2006年到2007年在四川省8个马铃薯主产区采集的晚疫病样本中单孢分离得到91个晚疫病菌菌株。引用国际上通行的两个微卫星标记Pi4B和Pi4G,对这91个菌株的基因型进行遗传多样性分析,鉴定出8个SSR基因型:D-03、D-05、D-06、F-01、F-03、F-06、G-02和H-01;占优势基因型的为F-01和F-06,在群体中所占的比例分别为39.56%和15.38%。不同地区的菌株SSR基因型多样性也不相同。 展开更多
关键词 马铃薯晚疫病 四川 基因型 遗传多样性 ssr—PCR
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番茄和马铃薯晚疫病菌的SSR基因型分析 被引量:6
10
作者 刘蕊 钟进良 +3 位作者 饶小珍 杜小珍 温清英 张雄基 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期149-151,共3页
利用SSR分子标记分析了33株番茄晚疫病菌和12株马铃薯晚疫病菌株的基因型,所测番茄晚疫病菌株共发现B-03和B-052种基因型,其中31个菌株为B-03基因型,占93.9%,2个菌株为B-05基因型菌株,占6.1%;12株马铃薯晚疫病菌株均为F-01基因型。说明... 利用SSR分子标记分析了33株番茄晚疫病菌和12株马铃薯晚疫病菌株的基因型,所测番茄晚疫病菌株共发现B-03和B-052种基因型,其中31个菌株为B-03基因型,占93.9%,2个菌株为B-05基因型菌株,占6.1%;12株马铃薯晚疫病菌株均为F-01基因型。说明两种病菌均只有一种基因型占主导地位,且2种致病疫霉的基因型存在差异。 展开更多
关键词 致病疫霉 ssr 引物 基因型
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RAPD和SSR标记对不同样点(产地)水稻品种分析的比较 被引量:4
11
作者 李莉 杨剑波 +1 位作者 D.J.Mackill P.M.Colowit 《安徽农业科学》 CAS 2000年第2期129-131,共3页
选用 10个随机寡核苷酸引物和 10对微卫星引物 ,分别对 5个水稻品种不同产地的样本进行RAPD和SSR标记分析。结果表明 ,SSR标记分析具有稳定可靠的特点 ,可以直接应用特征性标记去进行种性的区别与鉴定研究。而RAPD标记分析 ,虽然简单方... 选用 10个随机寡核苷酸引物和 10对微卫星引物 ,分别对 5个水稻品种不同产地的样本进行RAPD和SSR标记分析。结果表明 ,SSR标记分析具有稳定可靠的特点 ,可以直接应用特征性标记去进行种性的区别与鉴定研究。而RAPD标记分析 ,虽然简单方便 ,但就整体而言 ,重复性与可靠性显得明显不足。然而 ,通过大量的筛选和严格的验证 。 展开更多
关键词 分子标记 水稻 品种 RAPD ssr 产地 种质
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杂交粳稻亲本产量性状优异配合力的标记基因型检测 被引量:6
12
作者 刘二宝 刘洋 +4 位作者 刘晓丽 刘强明 赵凯铭 EDZESI Wisdom Mawuli 洪德林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期473-481,共9页
加快杂交粳稻发展的关键在于提高杂交粳稻组合的竞争优势,而竞争优势的提高取决于恢复系产量性状配合力的改良。选用152个SSR引物扩增11个粳稻雄性不育系和9个恢复系的标记基因型,并按NCⅡ遗传设计配制99个F1组合,分析20个亲本的抽穗期... 加快杂交粳稻发展的关键在于提高杂交粳稻组合的竞争优势,而竞争优势的提高取决于恢复系产量性状配合力的改良。选用152个SSR引物扩增11个粳稻雄性不育系和9个恢复系的标记基因型,并按NCⅡ遗传设计配制99个F1组合,分析20个亲本的抽穗期、株高、单株有效穗数、穗长、单穗总粒数、单穗实粒数、结实率、粒长、粒宽、粒厚、千粒重和单位面积日产量等12个性状的配合力,结合亲本SSR分子标记数据和性状配合力数据检测12个性状优异配合力的标记基因型。结果表明,1004S是综合评价最优的不育系;LR5、盐恢R50、LC64是较优恢复系。筛选到112个SSR标记基因型与亲本产量及其构成性状配合力显著相关,其中30个与亲本单个性状配合力相关;与亲本2个性状、3个性状、4个性状和5个性状配合力相关的标记基因型个数分别为14、6、3和3;标记基因型RM215-170/180与亲本7个性状的配合力相关。RM2439-150/170为单位面积日产量优异配合力效应最大的标记基因型,能使F1增产32.6%。 展开更多
关键词 粳稻 产量 配合力 ssr标记 标记基因型
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基于SSR标记的广东含笑等11个含笑属物种亲缘关系研究 被引量:5
13
作者 徐放 朱报著 +4 位作者 潘文 朱政财 钟乃盛 李文业 赵强民 《广东农业科学》 CAS 2021年第1期87-93,共7页
【目的】含笑属植物是我国南方地区重要的园林绿化和用材树种,但目前种间的遗传关系尚不明确,以开发高效的基因分型手段进行各物种亲缘关系研究,可为含笑属的保护和开发利用提供理论和技术支撑。【方法】以广东含笑等11个物种为研究材料... 【目的】含笑属植物是我国南方地区重要的园林绿化和用材树种,但目前种间的遗传关系尚不明确,以开发高效的基因分型手段进行各物种亲缘关系研究,可为含笑属的保护和开发利用提供理论和技术支撑。【方法】以广东含笑等11个物种为研究材料,筛选高多态性SSR引物,利用基于M13序列的荧光标记方法获取基因分型数据,计算遗传多样性参数,并利用Neighbor-Joining(NJ)方法构建进化树,分析种间的亲缘关系。【结果】12对SSR引物均具有较高的多态性,扩增成功率为90.9%,可以高效地完成基因分型,12个标记的平均等位基因数为8.17;Shannon多样性指数(I)平均值为1.836;观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)的平均值分别是0.365、0.839和0.796。聚类分析结果显示,分属不同亚属的物种在NJ进化树上可以被明显区分开来,其中后生含笑亚属物种被聚类在两个主要分支上,含笑亚属的3个物种被聚类在一个主要分支上,亲缘关系分析结果与以往的分类学研究结果一致。【结论】SSR标记基因分型体系可以较好地完成广东含笑等11个物种的基因分型,在未来的杂交亲本评选、亲本选配和杂交子代亲缘关系鉴定等方面均可以发挥重要作用。 展开更多
关键词 含笑属 简单重复序列 基因型 亲缘关系
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西瓜回交世代酸味株系基因型分析 被引量:4
14
作者 高磊 赵胜杰 +5 位作者 路绪强 何楠 朱红菊 豆峻岭 张莉 刘文革 《中国瓜菜》 CAS 北大核心 2016年第4期5-9,共5页
有机酸的组分与含量是影响西瓜果实品质的重要因素,对果实的营养品质和代谢起重要作用。本试验以野生种西瓜‘PI 271769’为供体亲本,栽培种西瓜‘203Z’为轮回亲本进行高代回交,在BC7F1世代发现了果实变酸的材料。通过SSR分子标记和图... 有机酸的组分与含量是影响西瓜果实品质的重要因素,对果实的营养品质和代谢起重要作用。本试验以野生种西瓜‘PI 271769’为供体亲本,栽培种西瓜‘203Z’为轮回亲本进行高代回交,在BC7F1世代发现了果实变酸的材料。通过SSR分子标记和图示基因型软件GGT对酸味株系进行基因型分析,发现有2~4个含有供体亲本的外源片段,推测外源片段上存在与有机酸合成途径相关的关键基因。研究结果为有机酸合成途径关键基因的精细定位和克隆提供了良好的试验材料,同时也丰富了西瓜的种质资源类型,有助于选育酸甜风味的西瓜新品种。 展开更多
关键词 西瓜 果实酸味 ssr标记 基因型分析
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我国北方马铃薯主产区致病疫霉群体遗传结构分析 被引量:4
15
作者 胡珍珠 杨志辉 +2 位作者 丁明亚 杨玉荣 朱杰华 《河南农业科学》 CSCD 北大核心 2015年第7期83-89,共7页
将细胞核染色体DNA和细胞质线粒体DNA遗传多态性相结合,利用SSR分子标记和以PCR为基础的线粒体单倍型测定技术,对我国北方5个省(区)的82株致病疫霉群体的分子遗传多样性进行了测定与评价。结果表明,82株供试致病疫霉中发现G-01—G-18等1... 将细胞核染色体DNA和细胞质线粒体DNA遗传多态性相结合,利用SSR分子标记和以PCR为基础的线粒体单倍型测定技术,对我国北方5个省(区)的82株致病疫霉群体的分子遗传多样性进行了测定与评价。结果表明,82株供试致病疫霉中发现G-01—G-18等18个SSR基因型和ⅠR3、ⅡR3、ⅠR1、ⅡR2、ⅠR25种线粒体单倍型。华北、东北和西北3个地区的致病疫霉各具有其优势SSR基因型,分别为G-01、G-04和G-18。除宁夏外,河北、黑龙江、吉林和内蒙古各省(区)又分别具有几个独特的SSR基因型。ⅠR3、ⅡR3和ⅠR1为供试菌株中主要的线粒体单倍型。华北与东北地区的致病疫霉以R3型为主,而西北地区则以R1型为主。Ⅰ型和Ⅱ型在华北和东北地区比例相差不大,而在西北地区除1株菌株为Ⅱ型外,其余均为Ⅰ型。这表明我国北方马铃薯主产区致病疫霉群体存在着较为丰富的遗传多样性,且其多样性与地理来源密切相关。 展开更多
关键词 马铃薯 致病疫霉 ssr基因型 线粒体单倍型 遗传多样性
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甜樱桃品种中新多态性SSR的鉴定、指纹图谱构建及聚类分析 被引量:4
16
作者 王晶 张开春 +4 位作者 张晓明 闫国华 周宇 段续伟 陈玲 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1619-1629,共11页
【目的】应对迅速增加的甜樱桃品种及其分子鉴定需求,储备一批新多态性SSR,并获得其在甜樱桃品种中的基因型数据。【方法】从甜樱桃基因组测序开发的SSR库中,根据重复单元和重复次数在8条染色体上一共选择了96个SSR。用ABI3730,鉴定出其... 【目的】应对迅速增加的甜樱桃品种及其分子鉴定需求,储备一批新多态性SSR,并获得其在甜樱桃品种中的基因型数据。【方法】从甜樱桃基因组测序开发的SSR库中,根据重复单元和重复次数在8条染色体上一共选择了96个SSR。用ABI3730,鉴定出其中9个SSR在4个代表甜樱桃品种中具有多态性。另外从305个李属SSR中又鉴定出9个多态性SSR。用S基因和多态性SSR排除了52个品种122个单株中S基因型不正确和混杂的品种或单株,然后用多态性信息比价高的11个SSR(其中包括8个新SSR)和S基因标记,构建了48个甜樱桃品种的指纹图谱库,并获得了可以区分48个品种的最少标记组合。【结果】聚类分析表明,48个甜樱桃品种组成了短低温组、中国组、北美组和东欧组。聚类分析结果可以和品种间亲缘关系及地域来源互相验证。【结论】鉴定了3个从未报道的甜樱桃品种的S基因型,验证了一种可以有效获得多态性SSR的途径,提供了9个新的多态性SSR及其等位基因大小,用12个分子标记构建了48个甜樱桃品种指纹图谱。本文提供的新SSR及其构建的甜樱桃品种指纹图谱真实可靠。 展开更多
关键词 甜樱桃 ssr 指纹图谱 S基因型
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黑龙江省马铃薯晚疫病菌的交配型和multi-locus基因型分析 被引量:3
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作者 张铉哲 韩晓旭 +2 位作者 郭衍锦 李璐 李媛媛 《中国蔬菜》 北大核心 2018年第4期58-64,共7页
2015~2017年在黑龙江省哈尔滨市、绥化市和齐齐哈尔市各马铃薯主产区共采集分离了126株马铃薯晚疫病菌菌株,测定交配型、mtDNA单倍型、SSR基因型并进行multi-locus基因型分析。结果显示,126株菌株中发现了A1、A2、自育型3种交配型,分别... 2015~2017年在黑龙江省哈尔滨市、绥化市和齐齐哈尔市各马铃薯主产区共采集分离了126株马铃薯晚疫病菌菌株,测定交配型、mtDNA单倍型、SSR基因型并进行multi-locus基因型分析。结果显示,126株菌株中发现了A1、A2、自育型3种交配型,分别占分离菌株总数的88.1%、6.3%和5.6%。126株菌株中共鉴定出Ⅰa和Ⅱa两种mt DNA单倍型,分别占分离菌株总数的17.5%和82.5%。126株菌株中共鉴定出7种SSR基因型,分别为F-01、F-02、F-03、F-05、F-06、D-03和G-02,其中F-01基因型(77.8%)为优势基因型。根据马铃薯晚疫病菌的mt DNA单倍型和SSR基因型,共划分了9种multi-locus基因型,其中multi-locus基因型A(65.1%)是黑龙江省发现的优势基因型。2015~2017年黑龙江省马铃薯晚疫病菌群体结构逐年复杂,绥化市马铃薯晚疫病菌群体结构最为复杂。 展开更多
关键词 马铃薯晚疫病菌 交配型 mtDNA单倍型 ssr基因型 multi-locus基因型
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Analysis of an Applied Core Collection of Adzuki Bean Germplasm by Using SSR Markers 被引量:3
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作者 WANG Li-xia CHENG Xu-zhen +1 位作者 WANG Su-hua TIAN Jing 《Journal of Integrative Agriculture》 SCIE CAS CSCD 2012年第10期1601-1609,共9页
Genetic diversity of 158 accessions of an applied core collection of adzuki bean (Vigna angularis) and 18 wild genotypes were assessed by using 85 microsatellite markers. With an average of 5.81 alleles per locus, 4... Genetic diversity of 158 accessions of an applied core collection of adzuki bean (Vigna angularis) and 18 wild genotypes were assessed by using 85 microsatellite markers. With an average of 5.81 alleles per locus, 493 alleles were detected, and their distribution frequencies lower than 5% accounted for 73.02% of the total number. The distributions of alleles between the cultivated and the wild adzuki bean germplasm are different, with a higher allelic diversity in the wild germplasm than that of the cultivated ones. An obvious genetic differentiation was also observed between the wild and the cultivated adzuki beans, and SSR markers may be useful in study identification and classification of them. Among cultivated adzuki bean, the genetic similarity coefficient varied from 0.366 to 0.939. Genetic structure analysis can clearly separate the wild genotypes from the cultivated adzuki bean, and also can divide the cultivated ones into different populations, as these populations are closely agreeable with the ecological regions where they originally grow. The results of this study will be useful in arranging local breeding programs, especially in the aspect of parental combinations or identification of progenies. These SSR markers can also provide important information to explain the genetic relationship between the cultivated and wild adzuki beans, and to accelerate the wild gene resources in broadening the gene pool in breeding program. 展开更多
关键词 adzuki bean applied core collection genetic variations ssr marker wild genotype
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重庆马铃薯致病疫霉(Phytophthora infestans)的SSR基因型分析 被引量:3
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作者 石纹豪 黄振霖 +4 位作者 杨水英 洪枫 李振轮 欧建龙 赵雨佳 《西南大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2014年第12期36-41,共6页
利用从Pi4B,Pi4G,Pi26,Pi02,PiG11和Pi16 6个基因位点对应的SSR引物中筛选出的两对引物Pi4G和Pi16对重庆134个致病疫霉菌株进行了SSR基因型分析.Pi4G位点扩增出1个大小为201bp的清晰条带,Pi16位点处扩增出1或2个清晰的条带,大小为217bp... 利用从Pi4B,Pi4G,Pi26,Pi02,PiG11和Pi16 6个基因位点对应的SSR引物中筛选出的两对引物Pi4G和Pi16对重庆134个致病疫霉菌株进行了SSR基因型分析.Pi4G位点扩增出1个大小为201bp的清晰条带,Pi16位点处扩增出1或2个清晰的条带,大小为217bp和180bp,在这2个SSR基因位点共发现3个等位基因,2种基因型,命名为CQ-01,CQ-02.其中,CQ-01基因型数量占总数的93.3%,CQ-02基因型占6.7%.重庆各马铃薯主产区之间致病疫霉SSR基因型并未呈现出明显的差异,SSR基因型较单一. 展开更多
关键词 致病疫霉 ssr 等位基因 基因型
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用SSR标记分析‘赞皇大枣’遗传变异 被引量:2
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作者 高姣 刘君 +7 位作者 申连英 褚新房 徐超群 杜增峰 李登科 王哲 张振东 庞晓明 《中国农学通报》 2015年第16期94-100,共7页
研究旨在从分子水平揭示‘赞皇大枣’的遗传变异,以期为‘赞皇大枣’新品种选育提供有效的理论基础。利用SSR标记对395份‘赞皇大枣’样品进行PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳技术检测,通过分析样品的指纹图谱数据,来评价样品间的遗传关系... 研究旨在从分子水平揭示‘赞皇大枣’的遗传变异,以期为‘赞皇大枣’新品种选育提供有效的理论基础。利用SSR标记对395份‘赞皇大枣’样品进行PCR扩增,扩增产物经毛细管电泳技术检测,通过分析样品的指纹图谱数据,来评价样品间的遗传关系。16对SSR标记共扩增出51个等位基因,每个位点的等位基因数从2-9不等,平均每位点3.2个。产物片段大小范围为104-304 bp。稀有等位基因为16个,多态位点百分率为75%。395份样品中共得到28种两两相异的‘赞皇大枣’指纹图谱数据,即28种不同的基因型。对28种基因型进行聚类分析的结果表明,它们的遗传相似系数在0.7500-0.9804之间,平均值为0.9047。在遗传相似系数0.90处这些基因型被划分为5个类群。结果表明,‘赞皇大枣’群体内存在较丰富的的遗传变异,还有较大的选育出新品种的潜力。 展开更多
关键词 '赞皇大枣’ 遗传变异 ssr 基因型 新品种选育
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