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油菜EST资源的SSR信息分析 被引量:67
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作者 李小白 张明龙 崔海瑞 《中国油料作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第1期20-25,共6页
从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷... 从NCBI公共数据库获得63 334条油菜EST,通过前处理得到全长为12 165.38kb的无冗余EST17 987条。在这些序列中搜索出2 803个SSR,分布于2 443条EST中,出现频率是15.58%。这些EST-SSR的平均长度为18.84bp,平均分布频率是1/4.34kb。二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的类型,二者出现的频率基本相近,占总SSR的89.05%。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复类型,分别占二、三核苷酸重复的84.04%和35.71%,同时对这些SSR的可用性进行了评价。 展开更多
关键词 油菜 EST ssr 频率 特性
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云南金花茶转录组SSR的分布及其序列特征 被引量:25
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作者 叶鹏 李显煌 +5 位作者 唐军荣 李斌 张贵良 刘成 雷瀚 辛培尧 《中南林业科技大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第9期86-91,共6页
分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础。利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30435个SSR位点,出现频率为19.63%,平均... 分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础。利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30435个SSR位点,出现频率为19.63%,平均3.46kb就出现1个SSR位点。而重复基元类型从二核苷酸到六核苷酸均有出现,其中二核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的71.44%;其次是三核苷酸,占SSR总数的25.48%;四核苷酸到六核苷酸仅占3.08%。AG/TC与CT/GA是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的26.75%与25.17%;CTT/GAA与AGA/TCT是三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的2.64%与2.23%。根据云南金花茶转录组测序结果,云南金花茶转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。随机选出50对设计的SSR引物用于检测,其中有14对引物能扩增出清晰且单一的谱带。对云南金花茶转录组数据中SSR位点信息进行分析,可为其SSR引物的设计与筛选、SSR遗传多样性分析以及种质资源的保护提供理论依据。 展开更多
关键词 云南金花茶 转录组 ssr特征
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萝卜EST资源的SSR信息分析及EST-SSRs标记开发 被引量:19
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作者 崔娜 邱杨 +3 位作者 李锡香 沈镝 王海平 宋江萍 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第7期1303-1312,共10页
从NCBI数据库下载了287349条萝卜EST序列,经预处理后得到无冗余EST序列58105条,全长38 22.476kb。利用MISA搜索SSR位点,得到含有SSR位点的EST序列3523条,共3718个SSR,平均每 10.39kb就出现1个SSR。分析发现萝卜EST序列中存在265种重复... 从NCBI数据库下载了287349条萝卜EST序列,经预处理后得到无冗余EST序列58105条,全长38 22.476kb。利用MISA搜索SSR位点,得到含有SSR位点的EST序列3523条,共3718个SSR,平均每 10.39kb就出现1个SSR。分析发现萝卜EST序列中存在265种重复基元类型,其中二、三、六核苷酸重复是主导的重复基元类型,二核苷酸中以比例高达91.34%的AG/CT重复基元为主;三核苷酸中主导的重复基元类型是AAG/CTT,比例为35.86%;六核苷酸中,存在两种主要的重复基元,分别为AAGGAG/CCTCTT和AAGAGG/CCTTCT,所占比例为12.78%。这些结果表明,萝卜 EST-SSRs出现频率较高,类型丰富,具有良好的多态性潜能和开发利用价值。使用primer3.0 批量设计,并以不同主导重复基元类型初步合成183对EST-SSR引物,以12份典型萝卜种质、1对亲本及其F1的基因组DNA为模板,对其有效性进行验证,筛选出有清晰扩增产物的引物159 对,其中具多态性引物64对;在试验亲本及其F1中表现多态性的引物30对,共显性引物27对。 展开更多
关键词 萝卜 EST ssr特征 标记开发
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油茶转录组测序与SSR特征分析 被引量:19
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作者 张震 许彦明 +9 位作者 陈永忠 李志钢 王湘南 陈隆升 彭邵锋 马力 王瑞 李美群 唐炜 彭映赫 《西南林业大学学报(自然科学)》 CAS 北大核心 2018年第6期63-68,共6页
以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价。结果表明:油茶转录组中发现104 515个SSR,分布在80 724条Unigene中,分布密度为1/1. 48 kb,平均出现频率为33. 58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二... 以油茶转录组测序数据为基础,利用MISA软件对SSR进行搜索,并对SSR特征进行分析评价。结果表明:油茶转录组中发现104 515个SSR,分布在80 724条Unigene中,分布密度为1/1. 48 kb,平均出现频率为33. 58%。主要的核酸重复类型是单核苷酸和二核苷酸,A/T和AG/CT是优势重复基元,重复比例最高的是10次。基序长度主要分布在12~20 bp之间,占总数的51. 71%。油茶转录组SSR位点具有显著的数量优势、丰富的类型和较好的多态性潜力。 展开更多
关键词 油茶 转录组 测序 ssr特征
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花生EST资源的SSR信息分析 被引量:17
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作者 柳展基 孙萍 步迅 《花生学报》 2008年第4期6-11,共6页
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗... 微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1~6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。 展开更多
关键词 花生 EST ssr 频率 特性
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大豆EST资源的SSR信息分析 被引量:15
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作者 陈相艳 李伟 +1 位作者 戴海英 张礼凤 《大豆科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第3期394-399,共6页
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中。为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除... 微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中。为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为51332.21kb的无冗余EST80735条。在这些序列中搜索出7754个SSR,分布于6674条EST中,出现频率是8.27%。这些EST-SSR的平均长度为15.26bp,平均分布频率是1/6.62kb。在1~6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(43.72%),其次是二核苷酸(37.34%)、单核苷酸(15.92%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的62.83%和25.22%。本研究为开发多态性大豆微卫星标记提供了候选序列。 展开更多
关键词 大豆 EST ssr 频率 特性
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抑制次同步谐振的串补方案仿真研究 被引量:16
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作者 白菲菲 和鹏 +1 位作者 张鹏 王晓茹 《电力系统保护与控制》 EI CSCD 北大核心 2011年第19期121-125,149,共6页
针对IEEE次同步谐振第一标准测试系统,提出抑制次同步谐振的串补方案。利用PSCAD/EMTDC仿真软件,建立可控串补及其控制仿真模型,仿真研究得到能抑制次同步谐振的可控串补和固定串补组合方案。采用测试信号法从系统电气阻尼特性角度对这... 针对IEEE次同步谐振第一标准测试系统,提出抑制次同步谐振的串补方案。利用PSCAD/EMTDC仿真软件,建立可控串补及其控制仿真模型,仿真研究得到能抑制次同步谐振的可控串补和固定串补组合方案。采用测试信号法从系统电气阻尼特性角度对这些方案抑制次同步谐振的性能进行理论分析。结合可控串补成本费用,得出了能够较好地满足电网安全性和经济性要求的方案。 展开更多
关键词 次同步谐振 可控串补 电气阻尼 测试信号法 阻尼特性 TCSC的成本费用
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基于454GS FLX高通量测序的团头鲂ESTs中微卫星特征分析 被引量:14
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作者 曾聪 高泽霞 +2 位作者 罗伟 刘肖莲 王卫民 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期982-988,共7页
微卫星或简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)广泛存在真核生物的基因组中,因其数量丰富、多态性高、共显性等特点,SSR标记被公认为目前遗传学研究中最令人信赖的分子标记之一,被广泛应用于动植物的遗传研究和育种实践中。
关键词 团头鲂 EST-ssr 特征
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基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计 被引量:12
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作者 郝广婧 祁银燕 +1 位作者 张得芳 朱春云 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第13期4342-4350,共9页
为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi Seq TM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-... 为了全面了解独特、珍稀植物黑果枸杞果实中简单重复序列的分布特征及分布规律,为西北特有的珍稀种质资源的保存及合理的开发和利用提供遗传学和分子生物学理论依据,本研究利用Illumina Hi Seq TM4000高通量测序平台对黑果枸杞进行RNA-seq测序,再通过专业数据分析MISA对测序所获得的Unigene进行SSR深入挖掘和特征分析。结果显示,黑果枸杞转录组测序共获得101 466条Unigenes,筛选搜索到含SSR位点的序列15 494条,共得到20 269个SSR,发生频率为19.98%。平均约每4 kb出现1个SSR位点。黑果枸杞SSR中主要重复单元类型为单碱基和二碱基重复,分别占SSR总数的74.83%和12.68%,在统计的46种重复类型中(C/G)n所占比例最高(14 652, 72.15%),其次是(AG/CT)n(1 195, 5.90%)、(AT/AT)n(3.72%)和(AC/GT)n(3.04%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为三碱基重复(15~39 bp),其次是单碱基重复(10~32 bp),SSR位点的频率与分布长度呈负相关。黑果枸杞转录组中SSR位点分布频率较高,重复单元类型丰富,分布密度大,具有较高的特异性和多态性,为研究黑果枸杞的遗传多样性及分子标记辅助育种等方面提供可靠的理论依据。 展开更多
关键词 黑果枸杞(Lycium ruthenicum) 转录组 ssr特征 引物设计
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珍贵树种火力楠转录组SSR特征分析 被引量:10
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作者 李清莹 仲崇禄 +4 位作者 姜清彬 张勇 陈羽 魏永成 陈珍 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期1674-1682,共9页
为了全面了解珍贵乡土树种火力楠转录组SSR位点的分布及序列特征,为火力楠遗传资源的保存和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。利用Illumina Hiseq2000高通量测序平台对火力楠进行转录组... 为了全面了解珍贵乡土树种火力楠转录组SSR位点的分布及序列特征,为火力楠遗传资源的保存和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。利用Illumina Hiseq2000高通量测序平台对火力楠进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。分析的结果显示发现含SSR的序列21 218条,共得到27 379个SSR,出现频率为28.08%,平均约每3 kb出现1个SSR。单碱基和二碱基重复为火力楠SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的42.18%和35.66%,所有重复基元共85种,其中(A/T) n所占比例最高41.65%,然后是(AG/CT)n(29.47%)、(AAG/CTT)n (6.83%)和(AC/GT)n (4.11%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现24 668个SSR位点,其中3 805个位于编码区,出现频率为0.099 SSR/kb,而非编码区为0.287 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(2 030, 53.35%)。在SSR序列长度方面,长度变化范围最大的为单碱基重复SSR,其次是二碱基重复。火力楠转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。 展开更多
关键词 火力楠 转录组 ssr特征 多态性
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4份野生瓜类材料抗病性及形态特征和SSR亲缘关系研究 被引量:10
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作者 张楠 栾非时 高鹏 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期905-914,共10页
对4份野生瓜类材料进行抗病性鉴定、形态学性状调查、细胞学鉴定及SSR亲缘关系分析。结果表明,4份野生材料分别为野生红瓜[Coccinia grandis(L.)Voigt],野生小马泡(Cucumisbis exualis A.M.Lu et G.C.Wang ex Lu et Z.Y.Zhang),野... 对4份野生瓜类材料进行抗病性鉴定、形态学性状调查、细胞学鉴定及SSR亲缘关系分析。结果表明,4份野生材料分别为野生红瓜[Coccinia grandis(L.)Voigt],野生小马泡(Cucumisbis exualis A.M.Lu et G.C.Wang ex Lu et Z.Y.Zhang),野生栝楼(Trichosanthes L.)和野生红籽瓜(Citrullus lanatus ssp.vulgaris var.megalaspermus Li net Chao),染色体数依次为2n=24,2n=24,2n=22,2n=22。4份野生材料野生性状明显,部分食用价值低劣,难以直接利用,但其表现出植株生长茂盛,其中野生红瓜、野生栝楼和野生红籽瓜材料高抗枯萎病和白粉病,野生小马泡材料感枯萎病和白粉病。从130对SSR引物组合中筛选出15对引物分析供试材料,共得到271条清晰可辨条带,其中多态性条带124条,多态性条带百分率为45.8%。4份野生材料与4种瓜类(甜瓜、黄瓜、西瓜、南瓜)栽培品系间的相似系数为0.62~0.96。WINBOOT程序聚类分析表明,野生红瓜、野生小马泡、野生栝楼和野生红籽瓜分别与黄瓜、甜瓜、南瓜和西瓜亲缘关系最近。 展开更多
关键词 野生瓜类 形态学性状 抗病性 染色体 ssr标记 亲缘关系
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铁皮石斛新品种“仙斛3号”的选育及特征特性研究 被引量:8
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作者 徐靖 王晓彤 +3 位作者 胡凌娟 李明焱 邵清松 贾宸 《中国现代中药》 CAS 2017年第3期337-341,共5页
目的:在以往研究工作基础上,选育出铁皮石斛优良品种,促进铁皮石斛产业健康发展。方法:通过杂交、诱变、筛选等方法,选育出高产、优质的铁皮石斛新品种。结果:获得了适应性及抗逆性强、产量高的铁皮石斛新品种"仙斛3号"。与... 目的:在以往研究工作基础上,选育出铁皮石斛优良品种,促进铁皮石斛产业健康发展。方法:通过杂交、诱变、筛选等方法,选育出高产、优质的铁皮石斛新品种。结果:获得了适应性及抗逆性强、产量高的铁皮石斛新品种"仙斛3号"。与对照品种"新黑"、"仙斛1号"比较,"仙斛3号"新鲜茎叶、茎产量以及浸出物含量均显著高于对照品种。SSR分子标记分析表明"仙斛3号"与石斛属其他品种(系)存在明显遗传差异。结论:"仙斛3号"是继"仙斛2号"之后又一个铁皮石斛新品种,为铁皮石斛的合理开发利用与保护提供方向与依据。 展开更多
关键词 铁皮石斛 仙斛3号 ssr标记 选育 特征特性
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云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析 被引量:8
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作者 辛静 辛雅萱 +5 位作者 董章宏 瞿绍宏 姚国琼 李凤 屈亚亚 唐军荣 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1634-1641,共8页
【目的】分析云南火焰兰转录组中SSR分布及其序列分布特征,为大量开发EST-SSR引物及开展火焰兰属乃至兰科植物的SSR遗传多样性分析、种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种提供理论依据。【方法】以云南火焰兰无菌苗幼嫩叶片为材料,利... 【目的】分析云南火焰兰转录组中SSR分布及其序列分布特征,为大量开发EST-SSR引物及开展火焰兰属乃至兰科植物的SSR遗传多样性分析、种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种提供理论依据。【方法】以云南火焰兰无菌苗幼嫩叶片为材料,利用高通量测序技术进行转录组测序,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并以MISA对获得的Unigene进行SSR位点搜索,然后利用Excel 2010对云南火焰兰转录组中SSR出现频率、平均分布距离、基元类型及其重复类型组成等进行统计分析。【结果】从77888条去冗余的Unigenes序列中搜索到5051个SSR位点,其中有414个属于复合型SSR位点,实际以4637个SSR位点进行分析,SSR出现频率为5.95%,平均分布距离13.53 kb。SSR位点中,二核苷酸为主要重复基元类型,数量最多,占SSR总数的52.21%,其次是三核苷酸重复基元,占39.42%,四核苷酸重复基元~六核苷酸重复基元数量较少。其中,二核苷酸重复基元中的主要重复类型为CT/GA,占SSR总数的20.64%,三核苷酸重复基元的主要重复类型为CTT/GAA,占SSR总数的4.70%。SSR基元各重复类型的重复次数以5~8次居多,占SSR总数的73.35%,其中,占比最多的是6次重复,占SSR总数的26.98%,其次是5次和7次,分别占SSR总数的23.08%和14.02%,且SSR数量随各基元重复次数的增加而降低。云南火焰兰转录组中SSR基序的平均长度是18.28 bp,其中大小为12~20 bp的SSR基序占SSR总数的77.49%,21~30 bp基序占SSR总数的17.88%,大于30 bp的基序占SSR总数的4.63%,且SSR分布频率随基序长度的增加而下降。【结论】云南火焰兰转录组SSR中低级基元类型较丰富,开发出多态性高的SSR引物潜力较高,可用于云南火焰兰乃至火焰兰属植物的遗传多样性及种质资源评价、遗传图谱构建及遗传育种等研究。 展开更多
关键词 云南火焰兰 转录组 ssr 分布 序列特征 重复基元
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五叶草莓与凤梨草莓种间杂交F_1代的形态学及SSR标记鉴定 被引量:7
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作者 董静 张运涛 +4 位作者 王桂霞 金万梅 钟传飞 王丽娜 常琳琳 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第11期145-148,共4页
运用传统杂交方法,以五叶草莓为母本、凤梨草莓品种‘达赛莱克特’为父本进行远缘杂交,获得了11个F1代株系,利用形态学性状与分子标记相结合进行种间杂种鉴定。对父母本、F1代主要的植物学特征、生物学特性的调查分析结果表明,F1代在叶... 运用传统杂交方法,以五叶草莓为母本、凤梨草莓品种‘达赛莱克特’为父本进行远缘杂交,获得了11个F1代株系,利用形态学性状与分子标记相结合进行种间杂种鉴定。对父母本、F1代主要的植物学特征、生物学特性的调查分析结果表明,F1代在叶、花、果实等方面的很多性状不同于父母本,其中大部分介于双亲之间;植株长势明显强于父母本,具有明显的杂种优势。采用草莓属46对SSR引物进行分子鉴定,利用3对引物鉴定出种间杂种。形态学与SSR标记综合鉴定结果表明,全部F1代株系均为五叶草莓与凤梨草莓的种间杂种。 展开更多
关键词 五叶草莓 凤梨草莓 ssr标记 形态性状 杂种鉴定
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基于表型性状和SSR标记的20份香蕉材料遗传多样性研究 被引量:8
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作者 余智城 何雪娇 曹明华 《中国南方果树》 北大核心 2014年第3期10-14,共5页
应用表型性状和SSR分子标记对20份香蕉材料进行了遗传多样性分析。表型聚类结果表明,供试材料可分为3组,分别是香牙蕉组、粉蕉组和大蕉组,香牙蕉组因假茎的高度差异,进一步细分成3个亚组。13对多态性较好的SSR引物在这些品种中共产生52... 应用表型性状和SSR分子标记对20份香蕉材料进行了遗传多样性分析。表型聚类结果表明,供试材料可分为3组,分别是香牙蕉组、粉蕉组和大蕉组,香牙蕉组因假茎的高度差异,进一步细分成3个亚组。13对多态性较好的SSR引物在这些品种中共产生525个条带,平均每对引物产生多态性条带6.08条,产物片段大小99~360bp。利用Jaccard系数评估了品种间的相似性,这些香蕉品种的相似性数值0.48~1。用UPGMA进行聚类分析,可将供试材料分为3组,分别是香牙蕉组、粉蕉组和大蕉组,其中香牙蕉组的遗传多样性较低。所用的13对SSR引物不能将所有材料区分开。 展开更多
关键词 香蕉 表型特征 ssr 遗传多样性
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柴胡转录组SSR的分布及序列特征分析 被引量:6
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作者 刘迪 欧阳艳飞 +4 位作者 徐鹏 甄军波 刘琳琳 张利超 迟吉娜 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第3期676-683,共8页
【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到... 【目的】分析柴胡转录组中SSR的分布及序列特征,为开发多态性良好的、功能基因相关的SSR标记提供理论依据。【方法】以不同温度处理的柴胡种子为材料,经高通量转录组测序后,使用Trinity对测序结果进行de novo组装,并利用MISA对组装得到的Unigenes进行SSR位点搜索,最后统计分析SSR的分布及序列特征。【结果】从转录组数据组装获得244194条Unigenes,其N50值为1036 bp,平均长度791 bp,总长度193138105 bp。从Unigenes序列中共检测到50303个SSR位点,去除20405个复合型SSR位点,以29898个单一型SSR位点为后续分析对象。转录组SSR的出现频率为12.24%,平均分布距离6.46 kb,主要重复基元类型为二核苷酸,共17105个,占SSR总数的57.21%,其次为三核苷酸和单核苷酸,分别占SSR总数的20.75%和20.46%,四核苷酸~六核苷酸重复基元数量均较少。转录组SSR中,共有97种重复基元,其中二核苷酸和三核苷酸重复基元分别以AT/AT和ATC/GAT为主,分别占SSR总数的33.33%和3.98%;重复次数5~10次的SSR位点数量最多,共27942个,占SSR总数的93.46%。转录组SSR序列长度存在明显差异(12~76 bp),平均长度15.28 bp。【结论】柴胡转录组的SSR位点出现频率较高,类型较丰富,具有开发出高多态性SSR分子标记的潜力,将其用于柴胡的遗传多样性分析、种质资源评价及分子标记辅助育种等研究。 展开更多
关键词 柴胡 转录组 ssr 分布 序列特征
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基于转录组的防风SSR分子标记开发及应用 被引量:1
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作者 李爽 寇佩雯 +4 位作者 许祎珂 刘长乐 孙晓春 李铂 黄文静 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期717-727,共11页
采用转录组测序的方法挖掘防风SSR位点信息并设计特异引物,以期为防风的种质资源遗传多样性研究提供有力依据。对防风种子净度、千粒重、发芽率、活力等种子特性进行统计,并对转录组数据库中长度1 kb以上的12606条unigene,利用MISA软件... 采用转录组测序的方法挖掘防风SSR位点信息并设计特异引物,以期为防风的种质资源遗传多样性研究提供有力依据。对防风种子净度、千粒重、发芽率、活力等种子特性进行统计,并对转录组数据库中长度1 kb以上的12606条unigene,利用MISA软件搜索SSR位点信息,使用Primer 3设计引物,以筛选得到的43对SSR引物分析28份不同来源防风材料的多态性。结果显示不同种源防风在净度、千粒重、发芽率、活力、种子长宽等方面存在差异,其中发芽率、活力的差异较为明显,HB-ZJK1、NMG-CF4、NMG-BT、NMG-HLE1、NMG-CF2的千粒重、发芽率、活力方面明显高于其他种源。在得到的86233条unigene序列中利用MISA软件发现有12606条unigene序列上共包含了15958个SSR位点,SSR位点unigene数占unigene总数的14.62%,平均每5009 bp出现1个SSR位点,SSR位点的重复类型以单核苷酸和二核苷酸为主,G/C、TC/AG是单核苷酸和二核苷酸的优势基元,利用28个不同产地防风材料对所有引物进行筛选,得到条带清晰、稳定多态性好的引物。聚类分析表明,28份防风种质资源的生物性状及遗传多样性的聚类结果大致吻合,相同产地(HB-AG1、HB-AG2、HB-ZJK1、HB-ZJK2)的大多聚在一起,亲缘关系较近。防风转录组中SSR出现频率较高、类型丰富且多态性高,为其种质资源鉴别、遗传图谱构建和分子辅助育种等提供了候选分子标记。 展开更多
关键词 防风 转录组 ssr标记 种子特性 遗传多样性
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中国芭蕉属野生种表型性状和SSR多样性分析 被引量:7
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作者 冯慧敏 陈友 +2 位作者 李博 邓长娟 武耀廷 《热带作物学报》 CSCD 2011年第4期708-714,共7页
采用表型性状和SSR分子标记2种聚类方法对中国分布的3组12份野生蕉进行多样性分析,表型聚类以芭蕉属种质资源25核心表型性状为依据.将供试材料分为两大类,其中染色体数为10对的红花蕉组分为一组.染色体数为11对的真蕉组和观赏蕉组... 采用表型性状和SSR分子标记2种聚类方法对中国分布的3组12份野生蕉进行多样性分析,表型聚类以芭蕉属种质资源25核心表型性状为依据.将供试材料分为两大类,其中染色体数为10对的红花蕉组分为一组.染色体数为11对的真蕉组和观赏蕉组分为一组。除胍60400分到观赏蕉组外,其他的材料因形态特征的明显差异分为真蕉组和观赏蕉组两个亚类。SSR分子标记采用12对多态性较好的SSR引物,共产生51个多态性条带.供试的12个材料相似系数范围为0.60~0.96,供试材料分为3类,供试的真蕉组材料和M.paracoccinea, M. yunnanensis聚为一组,观赏蕉组的材料聚为一组,红花蕉组的M.coccinea聚为一组。研究结果表明.我同野生蕉种质资源丰富.对其分类需将形态特征与分子标记相结合进行综合分析。 展开更多
关键词 野生蕉 表型性状 ssr 多样性
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132份爆裂玉米自交系的相关性状鉴定及杂种优势类群划分 被引量:2
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作者 王雪飞 李婷婷 +6 位作者 郑云霄 李召辉 贾晓艳 赵永锋 祝丽英 宋伟彬 郭晋杰 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期25-33,共9页
为筛选爆裂玉米不同类群的优异种质资源,采用40对玉米核心SSR分子标记对来源广泛、遗传多样性丰富的132份爆裂玉米自交系进行杂种优势类群划分,并测定爆裂相关性状指标。结果表明:不同爆裂玉米自交系间的籽粒膨爆特性和穗部性状遗传变... 为筛选爆裂玉米不同类群的优异种质资源,采用40对玉米核心SSR分子标记对来源广泛、遗传多样性丰富的132份爆裂玉米自交系进行杂种优势类群划分,并测定爆裂相关性状指标。结果表明:不同爆裂玉米自交系间的籽粒膨爆特性和穗部性状遗传变异系数为3.34%~42.26%,具有丰富的遗传多样性。膨爆特性、果穗性状间的相关性分析表明,爆花率与膨爆倍数呈极显著正相关,与穗行数、行粒数均呈显著负相关;膨爆倍数与穗行数、行粒数均呈显著负相关;穗长与穗粗、穗行数、行粒数、秃尖长均呈极显著正相关;穗粗与穗行数和行粒数呈极显著正相关;穗行数与行粒数呈极显著正相关,与百粒重呈显著负相关。利用核心标记将爆裂玉米自交系分为5个杂种优势类群,结合表型性状鉴定,各类群共筛选出21个优良自交系,其中Ⅱ类群的‘XF 133’在所有优良自交系中膨爆倍数最高,是最优异的种质资源。 展开更多
关键词 爆裂玉米 膨爆特性 穗部性状 ssr 杂种优势类群
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脆木耳转录组EST-SSR标记特征及多态性分析
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作者 王艺琴 张素勤 +4 位作者 郭豪 田怀志 熊兴伟 刘进平 耿广东 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第8期2611-2619,共9页
为开发脆木耳EST-SSR标记,本试验从脆木耳转录组测序数据挖掘SSR位点,并设计引物对木耳DNA进行多态性分析,为木耳的遗传育种提供理论基础。结果发现,在脆木耳转录组的52 954条unigene序列中共搜寻到4 600个SSR位点,SSR发生频率为6.85%,... 为开发脆木耳EST-SSR标记,本试验从脆木耳转录组测序数据挖掘SSR位点,并设计引物对木耳DNA进行多态性分析,为木耳的遗传育种提供理论基础。结果发现,在脆木耳转录组的52 954条unigene序列中共搜寻到4 600个SSR位点,SSR发生频率为6.85%,分布频率为8.69%。脆木耳SSR位点共包括112种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复为主要类型,占SSR总数的92.86%。三核苷酸重复最多(66.64%),其优势重复单元为CCG/GGC (8.71%)。从设计引物中随机挑选30对进行PCR扩增,6对引物在3份木耳种质中均能扩增出清晰的目标条带。本试验所获得的EST-SSR可为木耳种质资源鉴定、遗传结构分析及遗传图谱构建等提供参考。 展开更多
关键词 脆木耳 EST-ssr 特征 PCR体系优化 多态性
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