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饶河地区野生动物携带病毒的基因分型及序列特征分析 被引量:1
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作者 王奥男 党蕴琦 +2 位作者 李博琦 李永久 刘铸 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期206-210,共5页
目的确定当前饶河地区宿主动物所携带病原体的基因型别,分析其变异情况,对该地区自然宿主动物的感染情况进行监测。方法使用TRIZOL法提取待测样本RNA,经RT-PCR扩增后对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用DNAStar软件包对核苷酸序列进行同... 目的确定当前饶河地区宿主动物所携带病原体的基因型别,分析其变异情况,对该地区自然宿主动物的感染情况进行监测。方法使用TRIZOL法提取待测样本RNA,经RT-PCR扩增后对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用DNAStar软件包对核苷酸序列进行同源性比较,构建系统进化树和氨基酸序列的比对。结果在饶河地区,除褐家鼠(Rattus norvegicus)以外,松鼠(Sciurus vulgaris)也携带SEOV。本次从3只褐家鼠和1只松鼠体内分离出汉城型汉坦病毒(Seoul virus,SEOV),4株SEOV的遗传距离范围为0.00~0.01,与黑龙江地区常见SEOV病毒株亲缘关系较近。结论黑龙江地区的气候和自然地理条件非常适合携带汉坦病毒(HV)宿主动物的生存和繁殖,但是随着人们生活条件的改善,禁止伐木狩猎,家鼠和野鼠与人类交集的逐渐减小,肾综合征出血热(HFRS)在黑龙江省暴发的概率也越来越小。 展开更多
关键词 seov 松鼠 褐家鼠 系统进化树
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辽宁省汉城型汉坦病毒基因亚型分析 被引量:11
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作者 耿英芝 田疆 +4 位作者 刘芸 王博 孙英伟 李鑫 姚文清 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1594-1596,共3页
目的分析辽宁省汉城型汉坦病毒(HV)的基因亚型及其分布情况。方法收集辽宁省内主要肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段... 目的分析辽宁省汉城型汉坦病毒(HV)的基因亚型及其分布情况。方法收集辽宁省内主要肾综合征出血热(HFRS)流行地区的鼠肺和病人血清标本,采用间接免疫荧光法(IFA)检测鼠肺中HV抗原,应用HV特异性引物以RT-PCR方法扩增标本中M和S基因片段的特异性核苷酸序列,测序后与已知病毒序列进行比较分析,构建系统发生树,以明确其型别和亚型及其地理分布情况。结果辽宁省HFRS疫区褐家鼠携带的病毒均为汉城型病毒(SEOV);对鼠肺及病人携带HV的部分M片段及部分S片段进行核苷酸序列分析表明,发现SEOV的同源性较高,变异较小,稳定性较高,而且地理位置相近地区基因组核苷酸序列的同源性很高(>98.8%),具有小范围的地理聚集现象。结论辽宁省流行的SEOV均为S3亚型,基因亚型分布比较单一。 展开更多
关键词 汉坦病毒(HV) 汉城型病毒(seov) 基因亚型 系统发生分析 分布
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Monitoring Neutralization Property Change of Evolving Hantaan and Seoul Viruses with a Novel Pseudovirus-Based Assay 被引量:9
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作者 Tingting Ning Ling Wang +6 位作者 Shuo Liu Jian Ma Jianhui Nie Weijin Huang Xuguang Li Yuhua Li Youchun Wang 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2021年第1期104-112,共9页
The Hantaan virus(HTNV)and Seoul virus(SEOV)mutants have accumulated over time.It is important to determine whether their neutralizing epitopes have evolved,thereby making the current vaccine powerless.However,it is i... The Hantaan virus(HTNV)and Seoul virus(SEOV)mutants have accumulated over time.It is important to determine whether their neutralizing epitopes have evolved,thereby making the current vaccine powerless.However,it is impossible to determine by using traditional plaque reduction neutralization test(PRNT),because it requires large numbers of live mutant strains.Pseudovirus-based neutralization assays(PBNA)were developed by employing vesicular stomatitis virus(VSV)backbone incorporated with HTNV or SEOV glycoproteins(VSVDG*-HTNVG or VSVDG*-SEOVG).56 and 51 single amino acid substitutions of glycoprotein(GP)in HTNV and SEOV were selected and introduced into the reference plasmid.Then the mutant pseudoviruses were generated and tested by PBNA.The PBNA results were highly correlated with PRNT ones with R2 being 0.91 for VSVDG*-HTNVG and 0.82 for VSVDG*-SEOVG.53 HTNV mutant pseudoviruses and 46 SEOV mutants were successfully generated.Importantly,by using PBNA,we found that HTNV or SEOV immunized antisera could neutralize all the corresponding 53 HTNV mutants or the 46 SEOV mutants respectively.The novel PBNA enables us to closely monitor the effectiveness of vaccines against large numbers of evolving HTNV and SEOV.And the current vaccine remains to be effective for the naturally occurring mutants. 展开更多
关键词 Hemorrhagic fever with renal syndrome(HFRS) Hantaan virus(HTNV) Seoul virus(seov) Pseudovirus-based neutralization assay(PBNA) Amino acid substitution Vaccine
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吉林省汉坦病毒宿主动物携带病毒的遗传进化分析 被引量:8
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作者 范胜涛 高晓龙 +10 位作者 李元果 应瑛 国娇 张钊伟 刘红 吴静 杨松涛 赵永坤 秦川 高玉伟 夏咸柱 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2014年第4期467-471,475,共6页
目的对吉林省汉坦病毒(Hantavirus,Hv)宿主动物携带病毒进行遗传进化分析。方法采集吉林省不同地区鼠肺样品,应用间接免疫荧光法(indirect immunofluorescence assay,IFA)鉴定出HV感染的阳性样本,利用Trizol试剂提取病毒RNA,RT... 目的对吉林省汉坦病毒(Hantavirus,Hv)宿主动物携带病毒进行遗传进化分析。方法采集吉林省不同地区鼠肺样品,应用间接免疫荧光法(indirect immunofluorescence assay,IFA)鉴定出HV感染的阳性样本,利用Trizol试剂提取病毒RNA,RT-PCR法扩增阳性样本中M和S片段基因,并进行测序,应用DNASTAR软件对M和S片段基因的核苷酸同源性进行分析,并与汉城病毒(Seoulvirus,SEOV)参考株进行比较;利用MegAligh软件进行蛋白序列中氨基酸差异性分析;利用MEGA5.0软件进行系统发生分析。结果共捕获719只啮齿动物,其中褐家鼠(R.norvegicus)555只,黑线姬鼠(A.agrarius)74只,小家鼠(胍m12sclzllzs)90只,HV抗原阳性率为1.39%(10/719);10份阳性样本中,7份来自褐家鼠,2份来自小家鼠,1份来自黑线姬鼠。用全长s引物扩增得到的10株病毒全长s基因片段,经同源性分析比较发现,各序列间的核苷酸同源性在92.8%~95.1%之间,与其他SEOV核苷酸同源性在90.2%~94.7%之间;用M引物扩增得到的部分基因片段,经同源性分析比较发现,各序列间的核苷酸同源性在96.5%~99.5%之间,而与其他SEOV核苷酸同源性在91.5%~97.7%之间;10株病毒全部属于SEOV。黑线姬鼠G蛋白365~769位点问有5个氨基酸差异位点(V494L、C546S、Y626C、M630L和V637I),小家鼠G蛋白365~769位点问主要有5个氨基酸差异位点(C378G/R、F420L、Q436P/R、E535G/A和C589G/W),但同种间在378、436、535和589位点也有差异;黑线姬鼠N蛋白1~430位点间存在P298L变异;小家鼠N蛋白变异位点较多,主要在M24K/N、A37D、1140M、M173K、D192E、L219V、P229A、D237E、H265Y、V284L、T333S、A389G和V425E变异。分离得到的10株病毒根据不同的来源地可分为两个不同的进化分支。结论研究表明吉林省宿主动物携带的HV仍以SEOV为主,其遗传进化呈现多 展开更多
关键词 汉坦病毒 遗传 进化 汉城病毒
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泉州市肾综合征出血热疑似病例与部分地区宿主动物监测结果
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作者 郑丹凤 陈志扬 +1 位作者 龚彩婷 林满芳 《海峡预防医学杂志》 CAS 2024年第2期32-35,共4页
目的分析泉州市肾综合征出血热(HFRS)疑似病例及部分地区宿主动物监测结果,为出血热防控提供依据。方法用描述性流行病学方法分析2020年3月至2024年2月泉州市779例HFRS疑似病例血清学及部分地区宿主动物监测结果。结果泉州市2020—2023... 目的分析泉州市肾综合征出血热(HFRS)疑似病例及部分地区宿主动物监测结果,为出血热防控提供依据。方法用描述性流行病学方法分析2020年3月至2024年2月泉州市779例HFRS疑似病例血清学及部分地区宿主动物监测结果。结果泉州市2020—2023年HFRS发病率总体呈下降趋势(趋势χ^(2)=9.95,P<0.01);HFRS疑似病例抗体阳性率14.9%(116/779),其中汉坦病毒(HV)核酸检出率69.8%(81/116);基因分型中汉城病毒(SEOV)型占97.5%(79/81);发病高峰在春夏季;抗体阳性病例主要在晋江市、南安市和石狮市;男女性别比1.5:1,以50~69岁组为主;职业分布以农民为主,其次为家务/待业人员;宿主动物监测点共捕获鼠形动物652只,褐家鼠为优势种;鼠形动物HV感染率5.8%(38/652),均为SEOV型;各鼠种中感染率最高者是褐家鼠9.9%(36/365,χ^(2)=24.68,P<0.01)。结论泉州地区HFRS疫情总体呈下降趋势,主要由SEOV型引起,褐家鼠为优势鼠种。建议加强重点地区和人群监测,及时采取针对性的防控措施。 展开更多
关键词 肾综合征出血热(HFRS) 基因分型 汉城病毒(seov)型 褐家鼠
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Phylogenetic analysis based on mitochondrial DNA sequences of wild rats, and the relationship with Seoul virus infection in Hubei, China 被引量:2
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作者 Dong-Ying Liu Jing Liu +4 位作者 Bing-Yu Liu Yuan-Yuan Liu Hai-Rong Xiong Wei Hou Zhan-Qiu Yang 《Virologica Sinica》 SCIE CAS CSCD 2017年第3期235-244,共10页
Seoul virus(SEOV), which is predominantly carried by Rattus norvegicus, is one of the major causes of hemorrhagic fever with renal syndrome(HFRS) in China. Hubei province, located in the central south of China, has ex... Seoul virus(SEOV), which is predominantly carried by Rattus norvegicus, is one of the major causes of hemorrhagic fever with renal syndrome(HFRS) in China. Hubei province, located in the central south of China, has experienced some of the most severe epidemics of HFRS. To investigate the mitochondrial DNA(mt DNA)-based phylogenetics of wild rats in Hubei, and the relationship with SEOV infection, 664 wild rats were captured from five trapping sites in Hubei from2000–2009 and 2014–2015. Using reverse-transcription(RT)-PCR, 41(6.17%) rats were found to be positive for SEOV infection. The SEOV-positive percentage in Yichang was significantly lower than that in other areas. The mt DNA D-loop and cytochrome b(cyt-b) genes of 103 rats were sequenced.Among these animals, 37 were SEOV-positive. The reconstruction of the phylogenetic relationship(based on the complete D-loop and cyt-b sequences) allowed the rats to be categorized into two lineages, R. norvegicus and Rattus nitidus, with the former including the majority of the rats. For both the D-loop and cyt-b genes, 18 haplotypes were identified. The geographic distributions of the different haplotypes were significantly different. There were no significant differences in the SEOVpositive percentages between different haplotypes. There were three sub-lineages for the D-loop,and two for cyt-b. The SEOV-positive percentages for each of the sub-lineages did not significantly differ. This indicates that the SEOV-positive percentage is not related to the mt DNA D-loop or cyt-b haplotype or the sub-lineage of rats from Hubei. 展开更多
关键词 Seoul virus(seov Rattus norvegicus mitochondrial DNA phylogenetic analysis
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