陕西产重楼属种质资源的SCoT遗传多样性分析 被引量：13

1

作者 程虎印 王艳 +5 位作者 颜永刚 杨冰月 杨琳 程江雪 彭亮 张岗 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2019年第16期3917-3922,共6页

目的对陕西产重楼属6个类群的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用SCoT分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对陕西产重楼属6个类群48份样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从82条SCoT引物中共筛选出12条多态性稳定、清晰的引物,4... 目的对陕西产重楼属6个类群的遗传多样性和亲缘关系进行分析。方法采用SCoT分子标记技术和非加权平均距离法(UPGMA)对陕西产重楼属6个类群48份样品进行遗传多样性和聚类分析。结果从82条SCoT引物中共筛选出12条多态性稳定、清晰的引物,48份重楼样品共扩增出152个DNA片段,多态性片段数为135,平均每个引物扩增出12.67个DNA片段,其多态性为88.82%;重楼属植物在物种水平上具有较高的遗传多样性,Nei's基因多样性指数(H)为0.267 4,Shannon指数(I)平均值为0.404 1,居群间遗传分化系数(Gst)为0.517 9,种群间基因流(Nm)为0.465 4;6个类群重楼按遗传多样性水平排序为七叶一枝花>宽叶重楼>具柄重楼>狭叶重楼>宽瓣重楼>北重楼,聚类分析可将北重楼组和其他重楼组区分开来,当遗传距离一定时,重楼属6个类群被完全区分开来。结论SCoT分子标记可获得多态性丰富、清晰的条带扩增图谱,表明该技术可用于陕西产重楼属主要类群物种分子鉴定和亲缘关系研究,为筛选与药典收载种类近缘的可替代资源种类、指导合理利用地方种类自然资源提供了科学依据。 展开更多

关键词 重楼属 种质资源 scot分子标记 遗传多样性 亲缘关系

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基于SCoT分子标记的金花茶组植物种质资源遗传多样性分析 被引量：6

2

作者 卢家仕 李先民 +4 位作者 黄展文 余海娟 李春牛 苏群 卜朝阳 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第20期6357-6364,共8页

目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.... 目的利用SCoT分子标记技术分析27份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源鉴定保护和开发利用提供理论依据。方法从100条SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,用NTsys 2.10e计算种质间的遗传相似系数,用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析,构建系统发育进化树。结果从100条SCoT引物中筛选出13条引物共扩增出566条条带,其中多态性条带549条,多态性比率为97%,平均每条SCoT引物扩增的总条带数和多态性条带数分别为43.54、42.23条,多态性比率为89.74%-100.00%,平均为96.82%;27份金花茶组植物种质间的遗传相似系数为0.367-0.754。聚类分析结果显示,遗传相似系数在0.480处可将27份金花茶种质划分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ 5组,遗传相似系数在0.511处第Ⅰ组被划分为a、b亚组,在0.517处第Ⅱ组被划分为c、d亚组,在0.508处第Ⅳ组被划分为e、f亚组。结论不同金花茶组植物种质间的遗传多样性丰富,SCoT分子标记多态性高,重复性好,可有效用于金花茶组植物种质资源遗传多样性分析,为金花茶组植物种质资源的鉴定保护、分子辅助育种和开发利用提供理论依据。 展开更多

关键词 金花茶组 种质资源 亲缘关系 遗传多样性 scot分子标记

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基于SCoT分子标记的甘薯及其野生种遗传多样性分析 被引量：5

3

作者 冯俊彦 康乐 +4 位作者 郎涛 张聪 李明 赵珊 蒲志刚 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2021年第1期18-26,共9页

为揭示甘薯及其野生种之间的遗传多样性,分析甘薯及其野生种之间的遗传关系,利用SCoT分子标记对22份甘薯及其野生种三浅裂野牵牛和三裂叶薯的PCR扩增结果、遗传多样性、进化关系、群体结构进行分析。结果表明:43条SCoT引物共检测到278... 为揭示甘薯及其野生种之间的遗传多样性,分析甘薯及其野生种之间的遗传关系,利用SCoT分子标记对22份甘薯及其野生种三浅裂野牵牛和三裂叶薯的PCR扩增结果、遗传多样性、进化关系、群体结构进行分析。结果表明:43条SCoT引物共检测到278条稳定条带,每条引物可检测4~12个条带;SCoT-8、SCoT-20、SCoT-26、SCoT-36、SCoT-355条引物多态性丰富,可用于甘薯及其野生种研究的分子标记。基于分子标记的遗传多样性分析表明,三浅裂野牵牛的遗传多样性最高,甘薯次之,三裂叶薯最小。遗传聚类和群体遗传结构分析结果将参试22份种质材料分为三大类群,各材料归类基本和其所属物种一致,不同物种间的血缘交流少,遗传组成相对单一,比较而言,甘薯与三浅裂野牵牛之间的血缘交流比三裂叶薯之间的血缘交流多,其与三浅裂野牵牛之间的遗传关系较三裂叶薯更近。综上,研究结果初步证明SCoT分子标记在甘薯进化研究中具有潜在应用价值,同时揭示了甘薯与其近缘野生种之间的不同遗传关系,为今后甘薯育种中引入三浅裂野牵牛等野生种血缘,提高甘薯遗传多样性提供了理论支持。 展开更多

关键词 甘薯 scot分子标记 遗传多样性 遗传结构

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濒危植物领春木天然群体遗传多样性的SCoT分析 被引量：5

4

作者 吴琼 张峰 +1 位作者 张谨华 武玉珍 《北方园艺》 CAS 北大核心 2020年第13期77-82,共6页

以领春木天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究了山西中条山领春木天然群体的遗传多样性,以期为领春木种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:23条SCoT共扩增出108条,其中多态性条带80条,多态性比例为74.07%;观察等位... 以领春木天然群体为试材,采用SCoT分子标记技术,研究了山西中条山领春木天然群体的遗传多样性,以期为领春木种质资源的评价和保护提供分子生物学依据。结果表明:23条SCoT共扩增出108条,其中多态性条带80条,多态性比例为74.07%;观察等位基因数平均为1.71,有效等位基因数平均为1.50,Nei′s基因多样性平均为0.2817,香农信息指数平均为0.4117;38份供试材料的平均相似系数为0.855。这说明38份领春木种质资源的遗传多样性不高,遗传基础相对较为狭窄。 展开更多

关键词 濒危植物 scot标记 领春木 天然群体 遗传多样性

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不同地域来源牡丹的亲缘关系分析

5

作者 杨坤梅 杨璧嘉 +2 位作者 胡梦露 任书娴 李宗艳 《西北农林科技大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2023年第2期118-127,共10页

【目的】探究西南牡丹品种群与不同种源牡丹品种的亲缘关系,为其栽培起源研究提供基础资料。【方法】以50个中原牡丹品种、20个西南牡丹品种、18个西北牡丹品种、6个国外牡丹品种、1个江南牡丹品种和2个野生种共计96份不同地理种源牡丹... 【目的】探究西南牡丹品种群与不同种源牡丹品种的亲缘关系,为其栽培起源研究提供基础资料。【方法】以50个中原牡丹品种、20个西南牡丹品种、18个西北牡丹品种、6个国外牡丹品种、1个江南牡丹品种和2个野生种共计96份不同地理种源牡丹为材料,利用36个目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)引物进行PCR扩增,筛选多态性比率好的条带,利用NTSYS-pc软件计算品种间的遗传相似性系数,在此基础上,采用UPGMA聚类分析个体间的亲缘关系。【结果】多态性好的引物共有18个,用其对96个牡丹样本进行扩增,共获得182条扩增条带,其中多态性条带172个,多态性比率为94.50%;96个样本间的遗传相似性系数在0.5523~0.8681,品种间遗传差异较大,其中遗传相似性系数最大的是西北牡丹品种2与品种3,而紫斑牡丹与豆绿和中甸紫2的遗传相似性系数最小。在遗传相似性系数为0.6931时,96个牡丹样本聚为8支,第1支由15个中原牡丹品种、4个西南牡丹品种和1个江南品种组成;第2支由2个西南牡丹品种丽江紫3和昭通粉1组成;第3支由35个中原传统牡丹品种聚成;第4支包括3个日本品种、1个法国品种和14个西南品种;第5支由17个紫斑牡丹杂交品种聚成;第6支仅有紫斑牡丹1个样本;第7支仅有黄牡丹1个样本;第8支由美国品种海黄和法国品种金晃聚成。【结论】西南牡丹品种与日本牡丹关系最近,与中原牡丹也有着近缘关系,而与其他种源的品种群关系较远。产地对西南牡丹品种的亲缘关系影响较大。 展开更多

关键词 牡丹 遗传多样性 scot标记 亲缘关系

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基于SCoT分子标记的黄河鲤抗嗜水气单胞菌不同群体遗传多样性分析 被引量：1

6

作者 张岚 姜淑泓 +6 位作者 陈玉函 常乐 管俊翔 林强 于淼 乔志刚 王磊 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2748-2755,共8页

【目的】基于SCoT分子标记探讨黄河鲤遗传多样性与其抗嗜水气单胞菌能力的关系,为黄河鲤的抗病育种提供理论依据。【方法】通过腹腔注射对300尾黄河鲤进行人工感染嗜水气单胞菌,按死亡顺序分为最先死亡群体(FP)、最后死亡群体(LP)和存... 【目的】基于SCoT分子标记探讨黄河鲤遗传多样性与其抗嗜水气单胞菌能力的关系,为黄河鲤的抗病育种提供理论依据。【方法】通过腹腔注射对300尾黄河鲤进行人工感染嗜水气单胞菌,按死亡顺序分为最先死亡群体(FP)、最后死亡群体(LP)和存活群体(SP),每个群体选取30尾。从80条SCoT引物中筛选出多态性好、重复性高、条带清晰的引物,对3个黄河鲤群体进行多态性扩增,采用PopGene32和Arlequin 3.5计算3个群体的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性指数(H)及Shannon’s信息指数(I)等遗传参数,基于Nei’s遗传距离(Ds)利用MEGA 7.0中的非加权组平均法(UPGMA)构建系统发育进化树,并以Structure 2.3进行群体间的遗传结构分析。【结果】黄河鲤感染嗜水气单胞菌的死亡率为40.0%。从80条SCoT引物中筛选出18条扩增条带清晰、多态性好的引物,从3个黄河鲤群体中共扩增出103条条带,其中多态性条带97条,占94.17%。3个黄河鲤群体的Na范围为1.7961~1.8155,Ne范围为1.3828~1.4029,H范围为0.2258~0.2467,I范围为0.3453~0.3804;群体间的遗传分化指数(Gst)为0.0972,即90.28%的遗传多样性分布在群体内部。3个黄河鲤群体的遗传分化指数(Fst)为0.1299,属于轻度遗传分化;群体间的Ds分布在0.0248~0.0835,其中FP群体与SP群体的遗传距离最大。基于Ds的UPGMA聚类分析结果显示,FP群体和LP群体聚为一支,SP群体单独聚为一支;遗传结构分析结果表明,3个黄河鲤群体可分为2个亚群[抗病群体(SP)和易感群体(FP和LP)]。可见,通过黄河鲤死亡时间划分的群体与通过聚类分析及遗传结构分析得出的群体基本一致。【结论】黄河鲤抗嗜水气单胞菌的能力随着群体遗传多样性的增大而增强。因此,在黄河鲤抗病品种(系)选育过程中应保证足够的群体数量,在提高生长、营养等经济性状的同时保证一定的基因杂合度。 展开更多

关键词 黄河鲤 嗜水气单胞菌 scot分子标记 遗传多样性 抗病能力

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金花茶SCoT-PCR反应体系的正交优化及引物筛选

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作者 陶伟 李先民 +3 位作者 余海娟 黄展文 卜朝阳 卢家仕 《中药材》 CAS 北大核心 2022年第12期2839-2845,共7页

目的:建立适用于金花茶的SCoT-PCR反应体系,为金花茶组植物遗传多样性研究提供技术支持。方法:以金花茶基因组DNA为模板,采用SCoT分子标记方法,通过正交试验设计法对影响PCR反应体系的引物、DNA模板、2×Taq PCR Master Mix用量以... 目的:建立适用于金花茶的SCoT-PCR反应体系,为金花茶组植物遗传多样性研究提供技术支持。方法:以金花茶基因组DNA为模板,采用SCoT分子标记方法,通过正交试验设计法对影响PCR反应体系的引物、DNA模板、2×Taq PCR Master Mix用量以及扩增程序进行筛选和优化。结果:最佳PCR反应体系为20μL:10 ng/μL的DNA模板1μL,10μmol/L的引物0.8μL,2×Taq PCR Master Mix 12μL,ddH_(2)O 6.2μL。PCR扩增程序为94℃预变性4 min;94℃变性35 s,退火60 s,72℃延伸80 s,30个循环,72℃延伸5 min,扩增产物4℃保存。结论:该研究所建立的SCoT-PCR反应体系经16份金花茶组样品的验证,反应体系稳定可靠,适于金花茶的SCoT分子标记研究。筛选出的10个引物均具有较高的多态性,为进一步深入开展金花茶遗传亲缘关系、品种鉴定、遗传育种等工作奠定了实验基础。 展开更多

关键词 金花茶 scot分子标记 正交设计法 体系优化 引物筛选

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SCoT分子标记对茶枝柑及近缘种遗传多态性分析 被引量：6

8

作者 席秀利 黄海波 +2 位作者 楼步青 詹若挺 王浩涵 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2018年第10期2426-2431,共6页

目的采用SCoT分子标记方法对茶枝柑及近缘种进行遗传多态性分析。方法使用正交设计方法,对Mg^(2+)、dNTPs、ExTaq DNA聚合酶、引物浓度及模板DNA用量5个因素进行筛选,筛选适合茶枝柑及近缘种的SCoT-PCR反应体系,同时通过梯度温度筛选最... 目的采用SCoT分子标记方法对茶枝柑及近缘种进行遗传多态性分析。方法使用正交设计方法,对Mg^(2+)、dNTPs、ExTaq DNA聚合酶、引物浓度及模板DNA用量5个因素进行筛选,筛选适合茶枝柑及近缘种的SCoT-PCR反应体系,同时通过梯度温度筛选最佳退火温度,并验证其多态性引物。结果得到适于茶枝柑的SCoT标记PCR反应体系,最终筛选出12条清晰、条带丰富的作为茶枝柑及近缘种SCoT分子标记的引物,同时通过NTSYS软件分析得到茶枝柑及近缘种的相似系数表和UPGMA聚类树。结论运用3个不同地域柑橘基因组DNA对优化的SCoT-PCR反应体系进行验证,获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明茶枝柑SCoT分子标记技术体系稳定可靠。而聚类分析结果能够直观、科学地从分子角度对茶枝柑及近缘种13种材料进行初步区分。 展开更多

关键词 茶枝柑 scot分子标记 正交设计 遗传多样性 PCR反应

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木奶果种质资源的遗传多样性分析及DNA指纹图谱构建 被引量：3

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作者 周彩霞 罗培四 +5 位作者 孔方南 蒋娟娟 卓福昌 李文砚 周婧 韦优 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期1207-1215,共9页

【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带... 【目的】对来自广西、云南、海南和广东的63份木奶果种质资源进行遗传多样性分析,并构建对应的DNA指纹图谱,为木奶果种质资源的分类鉴定、保护和利用提供理论参考。【方法】选取3份地理位置相差较远的种质,从75条SCoT引物中筛选出条带清晰、重复性好和多态性丰富的引物,对63份供试种质进行多态性扩增,利用Popgene 1.32和NTsys 2.10e进行遗传多样性和聚类分析,并依据扩增结果构建DNA指纹图谱。【结果】筛选出的6条SCoT引物从63份木奶果种质资源中共扩增出192条带,其中多态性条带188条,多态性比率为97.86%;每条引物扩增的条带数为26~36条,平均为32条,多态性条带数为26~36条,平均每条引物可扩增出31.33条多态性条带,多态性比率为90.00%~100.00%;多态性信息含量值(PIC)为0.9052~0.9527,平均0.9319,Shannon’s信息指数(I)在0.2459~0.3878,Nei’s基因多样性(H’)为0.1476~0.2412,等位基因数(Na)为1.9000~2.0000,有效等位基因数(Ne)为1.2324~1.3700。6条SCoT引物扩增出的多态性条带存在明显差异,单条引物可区分的种质份数为49~63份,平均为58份。供试材料间的遗传相似系数(GS)为0.5781~0.9115,平均为0.7496,在遗传相似性系数为0.7100处被分为5个组,其中A组为2份广西的种质、B组为1份广西的种质;C组为4份云南的种质;D组为海南和广东的全部种质;E组为剩余的50份种质。将进一步筛选出的5条SCoT引物(SCoT32、SCoT66、SCoT68、SCoT73和SCoT74)用于初步构建63份木奶果种质资源的DNA指纹图谱,每份种质均有唯一对应的图谱。【结论】供试的63份木奶果种质资源具有丰富的遗传多样性,种质间的亲缘关系与地域有一定的相关性。所筛选的6条SCoT引物具有较强的多态性,适用于木奶果种质资源的评价鉴定、遗传多样性分析及指纹图谱构建等研究。 展开更多

关键词 木奶果 种质资源 scot分子标记 遗传多样性 DNA指纹图谱

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酸枣选育新品种遗传多样性的SCoT标记分析

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作者 王琳 赵红艳 +3 位作者 王云达 杜宪臣 曹岩 郭庆梅 《中药材》 CAS 北大核心 2023年第10期2425-2429,共5页

目的:利用SCoT分子标记技术分析酸枣选育新品种及酸枣栽培品种的遗传多样性和亲缘关系,为酸枣种质资源的保护、品种改良和优化夯实研究基础。方法:从100个SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,计算不同... 目的:利用SCoT分子标记技术分析酸枣选育新品种及酸枣栽培品种的遗传多样性和亲缘关系,为酸枣种质资源的保护、品种改良和优化夯实研究基础。方法:从100个SCoT引物中筛选出条带重复性好、多态性高的引物对供试材料进行PCR扩增,计算不同酸枣品种间的遗传相似系数,用非加权组平均距离法(UPGMA)进行聚类分析。结果:从100个SCoT引物中筛选出17个引物,共扩增出210条片段,每个引物平均产生12.35条片段。多态性条带187条,多态性比率为89.05%。22个酸枣品种间的遗传相似系数为0.561~0.941。聚类分析结果显示,在遗传相似系数为0.72处22个酸枣品种聚为三组。结论:该研究对酸枣种质资源的鉴定保护,分子辅助育种和开发利用提供了理论依据。 展开更多

关键词 酸枣 新品种 亲缘关系 遗传多样性 scot分子标记

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基于CiteSpace的SCoT分子标记技术研究热点和前沿分析

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作者 庞敏霞 姚国祥 +1 位作者 戚勇 谢雄杰 《安徽农业科学》 CAS 2024年第9期212-219,共8页

采用文献计量学可视化分析的方法分析SCoT分子标记技术研究进程与现状,揭示研究热点及演化过程。检索中国知网(CNKI)和Web of Science(WOS)核心合集数据库中2000—2022年相关文献,通过Citespace 6.2.R2软件分析文献作者、机构、关键词... 采用文献计量学可视化分析的方法分析SCoT分子标记技术研究进程与现状,揭示研究热点及演化过程。检索中国知网(CNKI)和Web of Science(WOS)核心合集数据库中2000—2022年相关文献,通过Citespace 6.2.R2软件分析文献作者、机构、关键词、引文情况。结果表明,CNKI检索出297篇文献,WOS检索出319篇文献,SCoT分子标记技术研究发文量呈逐年增加趋势。中文文献大都呈散点状,没有形成复杂的网络合作关系,发文量以广西大学何新华教授居多,其次是陕西理工大学的张羽教授。英文文献发文量以Islamic Azad University的Etminan Alireza教授居多,但没有形成复杂的网络合作关系;而来自四川农业大学的张宇(Zhang Yu)教授与其他团队交流紧密,形成较大的研究团队和合作网络。高频关键词有种质资源、亲缘关系、体系优化、genetic diversity(遗传多样性)、scot(start codon targeted)(靶向起始密码子)、polymorphism(多态性)等,近年频率突现关键词为指纹图谱、猕猴桃、葛根、variability(可变性)、gene flow(基因流)、genotype(基因型)、traits(特性)等。英文分析高被引文章大都为遗传多样性分析文献,引文关键词为callus(愈伤组织)、spectral fingerprinting(光谱指纹)。综上所述,中文和英文文献对SCoT分子标记技术研究的关键词相似,前沿热点稍有不同,作者机构间应继续加强合作,促进同专业的学术交流,共同推动SCoT分子标记技术的应用发展。 展开更多

关键词 scot分子标记技术 CITESPACE 研究热点 前沿分析 可视化分析

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几种DNA分子标记技术及其在茶树种质资源研究中的应用 被引量：4

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作者 晏嫦妤 李家贤 +3 位作者 黄华林 吴华玲 乔小燕 何玉媚 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期63-67,共5页

对近年来发展的几种DNA分子标记技术ACGM、SRAP、TRAP、SCAR、RSAP及SCoT的原理、特点进行介绍,综述这些DNA分子标记技术在茶树种质资源研究中的应用,并对其在茶树种质资源研究中的应用前景进行了分析。

关键词 ACGM SRAP TRAP SCAR RSAP scot 分子标记 茶树种质资源

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