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题名人源OR51E2基因家族全基因组进化和功能分析
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作者
蒙爱
魏思昂
丁志文
冯焱
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机构
山西农业大学生命科学学院
复旦大学中山医院心血管病研究所
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出处
《科学技术与工程》
北大核心
2022年第2期504-510,共7页
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基金
山西省回国留学项目(2017-067)
国家自然科学基金(81700245)。
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文摘
短链脂肪酸(SCFAs)是膳食纤维在肠道细菌发酵过程中的代谢产物,主要包括乙酸、丙酸和丁酸,可通过结合SCFAs受体影响宿主健康。OR51E2为一种新发现的SCFAs受体,关于OR51E2的系统发育及其功能研究相对缺乏。利用生物信息学方法分析人源OR51E2基因家族基因的氨基酸组成、保守基序、蛋白结构、理化特性和系统进化关系,利用geneMANIA软件分析OR51E2相互作用蛋白的关系,GEPIA2分析OR51E2在直肠腺癌患者的表达和预后分析。结果表明,人源OR51E2基因家族包含OR51E1、OR51E2两种基因,OR51E1、OR51E2在氨基酸组成、开放阅读框保守基序、蛋白结构整体上基本保守,亮氨酸和色氨酸含量分别为最高和最低的氨基酸,包含三个保守基序,皆为单链氨基酸,但也存在部分差异。系统进化树表明,OR51E2基因家族分为三类,即OR51E1、OR51E2、OR51E2_,进化关系呈水生动物到陆生动物功能结构复杂化。OR51E2在直肠腺癌患者显著性低表达,预后分析显示OR51E2高表达与低表达直肠腺癌患者风险比值为1.5,logrank P=0.38。对OR51E2基因家族全基因组进化和功能分析,为进一步研究OR51E2肠道代谢和疾病调控机制奠定了基础。
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关键词
OR51E2
scfas受体
理化特性
相互作用
表达和预后分析
直肠腺癌
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Keywords
OR51E2
scfas receptor
physicochemical properties
interaction
expression and prognosis analysis
rectal adenocarcinoma
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分类号
Q517
[生物学—生物化学]
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