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乳腺癌高表达基因FAM83A的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
刘镭
黄亮
+4 位作者
车清海
赵恩宏
黄旭
程露阳
肖丽君
《重庆医学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第3期243-245,共3页
目的筛选乳腺癌高表达基因,用生物信息学方法预测FAM83A生物学功能。方法使用肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具,在乳腺癌组织和乳腺良性肿瘤组织中筛选差异表达的基因。生物信息学方法预测FAM83A基因及其编码蛋白的序列...
目的筛选乳腺癌高表达基因,用生物信息学方法预测FAM83A生物学功能。方法使用肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具,在乳腺癌组织和乳腺良性肿瘤组织中筛选差异表达的基因。生物信息学方法预测FAM83A基因及其编码蛋白的序列同源性、理化性质、亚细胞定位、结构和表达谱。RT-PCR方法测定FAM83A在乳腺癌、乳腺纤维瘤和正常乳腺组织中的表达。结果筛选出差异表达基因FAM83A。发现其有3个不同的剪接体,基因进化保守,亚细胞定位于线粒体的可能性大。预测有PK,PKA等磷酸化位点,MAPK作用识别位点,SH2、SH3,RPEL和WH2结合基序。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。RT-PCR证实FAM83A在乳腺癌组织中高表达,而在乳腺良性肿瘤和正常乳腺组织中均无表达。结论 FAM83A是一个乳腺癌高表达基因,可能作为乳腺癌分子机制研究的靶点。
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关键词
乳腺肿瘤
生物信息学
sage
库
FAM83A
下载PDF
职称材料
乳腺癌高表达基因c11 orf 59的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
杨辉
朱涛
+3 位作者
蒋学锋
周剑峰
卢运萍
马丁
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2007年第7期509-513,共5页
背景与目的:生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学,在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用。本研究主要应用此方法对乳腺增生症病变组织与乳腺癌组织的基因表达差异进行研究,发现其中一...
背景与目的:生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学,在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用。本研究主要应用此方法对乳腺增生症病变组织与乳腺癌组织的基因表达差异进行研究,发现其中一乳腺癌高表达基因c11orf59,对其进行初步的生物信息学分析。方法:使用肿瘤基因组解剖计划(cancer genome anatomy project,CGAP)数据库的数字基因表达演示(digital gene expression displayer,DGED)工具,筛选在乳腺增生症病变组织和乳腺癌组织来源基因表达系列分析(serial analysis of gene ex-pression,SAGE)文库中差异表达的基因,并用生物信息学方法对其中一条功能未知基因c11orf59进行初步分析,预测其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、表达谱、蛋白质结构功能域及在其他物种中的相似蛋白等。最后通过半定量RT-PCR对c11orf59在乳腺增生症病变组织及乳腺癌中的表达进行初步论证。结果:通过上述方法共找出差异表达基因185条,对c11 orf59序列进行了初步的生物学分析,明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,可能参与了细胞周期的调控,使其增殖活跃并产生恶变。并初步用实验方法证实了其在乳腺癌中的表达情况。结论:以生物信息学挖掘公共SAGE文库是研究肿瘤基因差异表达的新方法,c11 orf59是一个有意义的乳腺癌分子机理研究靶点。
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关键词
生物信息学
sage
库
乳腺癌
c11
orf59基因
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职称材料
乳腺癌高表达基因CKAP2L的生物信息学分析
被引量：
1
3
作者
许亚娜
许倩
刘镭
《承德医学院学报》
2013年第4期341-342,共2页
乳腺癌是严重威胁妇女健康的恶性肿瘤，筛查肿瘤生物标记物对早期诊断具有重要意义。本研究通过肿瘤基因组解剖计划（CGAP）SAGE数据库，筛选新的乳腺癌高表达基因，并对其中一条功能未知的新基因CKAP2L进行了初步的生物学分析，为进一...
乳腺癌是严重威胁妇女健康的恶性肿瘤，筛查肿瘤生物标记物对早期诊断具有重要意义。本研究通过肿瘤基因组解剖计划（CGAP）SAGE数据库，筛选新的乳腺癌高表达基因，并对其中一条功能未知的新基因CKAP2L进行了初步的生物学分析，为进一步深入研究该基因的生物学功能及其参与乳腺癌发生、发展的分子机制奠定基础。
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关键词
乳腺癌
生物信息学
sage
库
CKAP2L
下载PDF
职称材料
题名
乳腺癌高表达基因FAM83A的生物信息学分析
被引量：
3
1
作者
刘镭
黄亮
车清海
赵恩宏
黄旭
程露阳
肖丽君
机构
承德医学院基础医学部免疫教研室
承德医学院附属医院肿瘤诊治中心
吉林市龙潭区妇幼保健院妇产科
出处
《重庆医学》
CAS
CSCD
北大核心
2013年第3期243-245,共3页
基金
河北省人口与计划生育委员会资助项目(2009-B21)
河北省卫生厅资助项目(20090579)
文摘
目的筛选乳腺癌高表达基因,用生物信息学方法预测FAM83A生物学功能。方法使用肿瘤基因组解剖计划数据库的数字基因表达演示工具,在乳腺癌组织和乳腺良性肿瘤组织中筛选差异表达的基因。生物信息学方法预测FAM83A基因及其编码蛋白的序列同源性、理化性质、亚细胞定位、结构和表达谱。RT-PCR方法测定FAM83A在乳腺癌、乳腺纤维瘤和正常乳腺组织中的表达。结果筛选出差异表达基因FAM83A。发现其有3个不同的剪接体,基因进化保守,亚细胞定位于线粒体的可能性大。预测有PK,PKA等磷酸化位点,MAPK作用识别位点,SH2、SH3,RPEL和WH2结合基序。二级结构主要是α螺旋和无规则卷曲。RT-PCR证实FAM83A在乳腺癌组织中高表达,而在乳腺良性肿瘤和正常乳腺组织中均无表达。结论 FAM83A是一个乳腺癌高表达基因,可能作为乳腺癌分子机制研究的靶点。
关键词
乳腺肿瘤
生物信息学
sage
库
FAM83A
Keywords
breast neoplasms
bioinformatics
sage
library
FAM83A
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
乳腺癌高表达基因c11 orf 59的生物信息学分析
被引量：
2
2
作者
杨辉
朱涛
蒋学锋
周剑峰
卢运萍
马丁
机构
华中科技大学同济医学院附属同济医院肿瘤生物医学中心
出处
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2007年第7期509-513,共5页
基金
国家自然科学基金资助项目(30371657)
文摘
背景与目的:生物信息学是一门由数学、统计学、计算机科学与生物医学交叉结合的新兴科学,在研究肿瘤差异表达基因方面起到越来越重要的作用。本研究主要应用此方法对乳腺增生症病变组织与乳腺癌组织的基因表达差异进行研究,发现其中一乳腺癌高表达基因c11orf59,对其进行初步的生物信息学分析。方法:使用肿瘤基因组解剖计划(cancer genome anatomy project,CGAP)数据库的数字基因表达演示(digital gene expression displayer,DGED)工具,筛选在乳腺增生症病变组织和乳腺癌组织来源基因表达系列分析(serial analysis of gene ex-pression,SAGE)文库中差异表达的基因,并用生物信息学方法对其中一条功能未知基因c11orf59进行初步分析,预测其基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位、表达谱、蛋白质结构功能域及在其他物种中的相似蛋白等。最后通过半定量RT-PCR对c11orf59在乳腺增生症病变组织及乳腺癌中的表达进行初步论证。结果:通过上述方法共找出差异表达基因185条,对c11 orf59序列进行了初步的生物学分析,明确了该基因编码蛋白为一核蛋白,可能参与了细胞周期的调控,使其增殖活跃并产生恶变。并初步用实验方法证实了其在乳腺癌中的表达情况。结论:以生物信息学挖掘公共SAGE文库是研究肿瘤基因差异表达的新方法,c11 orf59是一个有意义的乳腺癌分子机理研究靶点。
关键词
生物信息学
sage
库
乳腺癌
c11
orf59基因
Keywords
bioinformatics
sage
library
breast neoplasms
gene c11 or f59
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
R730.2 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
乳腺癌高表达基因CKAP2L的生物信息学分析
被引量：
1
3
作者
许亚娜
许倩
刘镭
机构
承德市妇幼保健院
承德医学院
出处
《承德医学院学报》
2013年第4期341-342,共2页
基金
河北省人口与计划生育委员会资助项目(2009-B21)
河北省卫生厅资助项目(20090579)
文摘
乳腺癌是严重威胁妇女健康的恶性肿瘤，筛查肿瘤生物标记物对早期诊断具有重要意义。本研究通过肿瘤基因组解剖计划（CGAP）SAGE数据库，筛选新的乳腺癌高表达基因，并对其中一条功能未知的新基因CKAP2L进行了初步的生物学分析，为进一步深入研究该基因的生物学功能及其参与乳腺癌发生、发展的分子机制奠定基础。
关键词
乳腺癌
生物信息学
sage
库
CKAP2L
分类号
R737.9 [医药卫生—肿瘤]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
乳腺癌高表达基因FAM83A的生物信息学分析
刘镭
黄亮
车清海
赵恩宏
黄旭
程露阳
肖丽君
《重庆医学》
CAS
CSCD
北大核心
2013
3
下载PDF
职称材料
2
乳腺癌高表达基因c11 orf 59的生物信息学分析
杨辉
朱涛
蒋学锋
周剑峰
卢运萍
马丁
《中国癌症杂志》
CAS
CSCD
2007
2
下载PDF
职称材料
3
乳腺癌高表达基因CKAP2L的生物信息学分析
许亚娜
许倩
刘镭
《承德医学院学报》
2013
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
统计分析
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