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题名小鼠精子发生中环形RNA生成和功能分析
被引量：3
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作者
宋逸钒
倪挺
魏刚
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机构
复旦大学生命科学学院
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出处
《生物信息学》
2020年第1期22-30,共9页
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基金
国家重点研发计划项目(No.2018YFC1003500)
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文摘
小鼠精子发生过程中存在大量环状RNA(circRNA,circular RNA),其来源和功能尚不清楚。利用生物信息学手段分析小鼠精子发生过程中5个时期(精原干细胞,原始精原细胞、前细线期精母细胞,粗线期精母细胞及圆形精子细胞)的cir⁃cRNA,共发现3万余个circRNA。对circRNA两侧内含子中的重复序列分析发现:circRNA两侧内含子中显著富集反向互补重复序列。这些重复序列不仅包括已报道的SINE/Alu序列,还包括SINE/B2、SINE/B4、LINE/L1,LTR/ERVL⁃MaLR和LTR/ERVK,暗示多种类别的反向互补序列有可能参与了精子发生过程中的circRNA形成。采用sailfish⁃cir和maSigPro对获得的circRNA进一步定量和差异表达分析,发现5个不同时期的精子细胞中共存在409个差异表达circRNA,它们所在基因能够富集在与精子发生密切相关的功能类群上。对差异表达的circRNA进行miRNA结合预测,共发现有137个circRNA⁃miRNA结合位点。精子发生相关基因来源的circRNA序列中有93%含有与翻译有关的m6A基序,暗示精子发生进程中的部分circRNA有形成多肽的潜力。研究发现小鼠精子发生过程中许多circRNA具有RNA结合蛋白(RBP)结合位点,提示circRNA可能具有“RBP海绵”的潜在功能。
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关键词
精子发生
circRNA
反向重复序列
RBP海绵
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Keywords
Spermatogenesis
circRNA
reverse repeated sequence
RBP sponge
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分类号
R318.04
[医药卫生—生物医学工程]
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