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结核分枝杆菌调节蛋白RelA结构和功能的生物信息学分析
被引量：
13
1
作者
宋通
付玉荣
伊正君
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2017年第5期402-406,共5页
目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌调节蛋白RelA的结构及功能。方法从NCBI数据库获取结核分枝杆菌RelA蛋白的氨基酸序列,采用ProtParam工具预测蛋白质理化性质,采用Predict-Protein工具预测二级结构和疏水性,采用TMHMM软件包...
目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌调节蛋白RelA的结构及功能。方法从NCBI数据库获取结核分枝杆菌RelA蛋白的氨基酸序列,采用ProtParam工具预测蛋白质理化性质,采用Predict-Protein工具预测二级结构和疏水性,采用TMHMM软件包和TMpred程序对跨膜区预测,采用SignalP 4.1Server,用神经网络模型对信号肽预测,分析亚细胞定位、结构域和功能,运用SWISS-MODEL工具在线预测三维结构等。结果结核分枝杆菌RelA蛋白含有894个氨基酸,为不稳定性疏水性分泌蛋白,二级结构以螺旋结构和环状结构为主,无跨膜区,包含5个保守域,在胞浆中发挥生物学效应,调节(p)ppGpp合成。结论结核分枝杆菌RelA基因编码蛋白为不稳定性疏水性分泌蛋白,作为调节蛋白,主要参与细菌在生存压力下引起的严紧反应,调节(p)ppGpp的合成,因此可作为抗结核潜伏、持续感染治疗靶点。
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关键词
结核分枝杆菌
rela
蛋白
严紧反应
潜伏结核感染
结构
原文传递
大肠埃希菌严谨反应蛋白RelA的表达载体构建及生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
徐本锦
刘玲
+3 位作者
宋彬裕
杜淼
宣焱
寇妍祺
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2020年第12期1427-1435,1441,共10页
目的构建大肠埃希菌严谨反应蛋白编码基因relA的原核表达载体,通过生物信息学方法分析RelA蛋白的结构和功能,为阐明RelA介导细菌严谨反应的分子机制奠定基础。方法利用分子克隆技术得到relA的CDS序列,利用基因工程手段将CDS序列连接到...
目的构建大肠埃希菌严谨反应蛋白编码基因relA的原核表达载体,通过生物信息学方法分析RelA蛋白的结构和功能,为阐明RelA介导细菌严谨反应的分子机制奠定基础。方法利用分子克隆技术得到relA的CDS序列,利用基因工程手段将CDS序列连接到原核表达载体pET-22b中,通过抗性基因筛选和双向测序验证,得到重组表达载体pET-22b-relA。采用Protparam、TMHMM、ProtScale ExPASy、PSORTⅡ、SignalP、InterPro、UniProt、NetPhos 3.1、NetNGlyc 1.0、NetOGlyc 4.0、Blast等生物信息学软件和数据库对大肠埃希菌RelA蛋白的理化性质、功能位点、翻译后修饰、三维结构及蛋白相互作用网络等生物学特性进行系统分析;利用Clustal X2和MEGA7.0软件对RelA蛋白进行基于氨基酸序列的同源性分析和系统进化分析。结果成功构建relA基因的原核表达载体pET-22b-relA。生物信息学分析RelA蛋白由744个氨基酸组成,相对分子质量84×103 Da,等电点6.29,有两个卷曲螺旋结构,无跨膜螺旋区,为亲水性蛋白。RelA的N-末端结构域包括PH和SYNTH,C-末端结构域包括TGS、α螺旋区、CC及ACT亚结构域;该蛋白主要在细胞质发挥功能,含有10个NTP结合位点,2个金属离子结合位点,16个合成酶活性位点,53个潜在的磷酸化位点和8个可能的糖基化位点;RelA在细菌之间高度保守,与大肠埃希菌RelA亲缘关系最近的是福氏志贺菌,其次是柯氏柠檬酸杆菌。结论RelA在细菌之间高度保守,提示其在细胞生命活动中具有重要功能,RelA通过与核糖体和tRNA的相互作用介导细菌的严谨反应,因此RelA是一种重要的翻译因子。本研究为全面揭示RelA分子的生物学功能,设计和筛选靶向RelA的新型抗菌药物提供了线索和依据。
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关键词
大肠埃希菌
rela
蛋白
严谨反应
原核表达载体
生物信息学分析
原文传递
人类Grx3蛋白与转录因子p65相互作用的研究
3
作者
胡可越
程宁辉
王新泉
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期1-6,共6页
巯基氧化还原酶在生物体的系统内担当着非常重要的角色,其主要介导的是巯基和二硫键之间的相互转化的反应。人类Grx3蛋白作为一种巯基氧化还原酶在谷氧还蛋白系统中有着非常重要的作用。已有的研究表明,Grx3蛋白对NF-κB信号通路的活性...
巯基氧化还原酶在生物体的系统内担当着非常重要的角色,其主要介导的是巯基和二硫键之间的相互转化的反应。人类Grx3蛋白作为一种巯基氧化还原酶在谷氧还蛋白系统中有着非常重要的作用。已有的研究表明,Grx3蛋白对NF-κB信号通路的活性有十分显著的影响。p65(RELA)是人类机体内十分重要的一种蛋白质,其在NF-κB信号通路有着重要的调控作用,几乎调控着NF-κB信号通路中的所有下游反应。通过大肠杆菌提纯表达的p65与Grx3在体外条件下进行偶联实验,为p65与Grx3存在相互作用提供了强有力的证据,同时也为Grx3蛋白对NF-κB信号通路的影响机制提供了一个可能的解释。
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关键词
人类谷氧还
蛋白
Grx3
人类p65(
rela
)
蛋白
蛋白
质偶联
原文传递
题名
结核分枝杆菌调节蛋白RelA结构和功能的生物信息学分析
被引量：
13
1
作者
宋通
付玉荣
伊正君
机构
潍坊医学院医学检验学系
潍坊医学院病原生物学教研室
出处
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2017年第5期402-406,共5页
基金
国家自然科学基金项目(No.30972639)
山东省自然科学基金项目(No.ZR2016HM09)
文摘
目的应用生物信息学方法分析预测结核分枝杆菌调节蛋白RelA的结构及功能。方法从NCBI数据库获取结核分枝杆菌RelA蛋白的氨基酸序列,采用ProtParam工具预测蛋白质理化性质,采用Predict-Protein工具预测二级结构和疏水性,采用TMHMM软件包和TMpred程序对跨膜区预测,采用SignalP 4.1Server,用神经网络模型对信号肽预测,分析亚细胞定位、结构域和功能,运用SWISS-MODEL工具在线预测三维结构等。结果结核分枝杆菌RelA蛋白含有894个氨基酸,为不稳定性疏水性分泌蛋白,二级结构以螺旋结构和环状结构为主,无跨膜区,包含5个保守域,在胞浆中发挥生物学效应,调节(p)ppGpp合成。结论结核分枝杆菌RelA基因编码蛋白为不稳定性疏水性分泌蛋白,作为调节蛋白,主要参与细菌在生存压力下引起的严紧反应,调节(p)ppGpp的合成,因此可作为抗结核潜伏、持续感染治疗靶点。
关键词
结核分枝杆菌
rela
蛋白
严紧反应
潜伏结核感染
结构
Keywords
Mycobacterium tuberculosis
rela
protein
stringent response
latent tuberculosis infection
function
分类号
R378.91 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
大肠埃希菌严谨反应蛋白RelA的表达载体构建及生物信息学分析
被引量：
3
2
作者
徐本锦
刘玲
宋彬裕
杜淼
宣焱
寇妍祺
机构
山西医科大学汾阳学院医学检验系
出处
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2020年第12期1427-1435,1441,共10页
基金
山西医科大学汾阳学院引进人才启动金项目(No.2020A01)
山西省高等学校科技创新项目(No.2020L0749)
+1 种基金
山西省高等学校大学生创新创业训练计划重点项目(No.2020777)
吕梁市科技计划项目(No.2020SHFZ29)。
文摘
目的构建大肠埃希菌严谨反应蛋白编码基因relA的原核表达载体,通过生物信息学方法分析RelA蛋白的结构和功能,为阐明RelA介导细菌严谨反应的分子机制奠定基础。方法利用分子克隆技术得到relA的CDS序列,利用基因工程手段将CDS序列连接到原核表达载体pET-22b中,通过抗性基因筛选和双向测序验证,得到重组表达载体pET-22b-relA。采用Protparam、TMHMM、ProtScale ExPASy、PSORTⅡ、SignalP、InterPro、UniProt、NetPhos 3.1、NetNGlyc 1.0、NetOGlyc 4.0、Blast等生物信息学软件和数据库对大肠埃希菌RelA蛋白的理化性质、功能位点、翻译后修饰、三维结构及蛋白相互作用网络等生物学特性进行系统分析;利用Clustal X2和MEGA7.0软件对RelA蛋白进行基于氨基酸序列的同源性分析和系统进化分析。结果成功构建relA基因的原核表达载体pET-22b-relA。生物信息学分析RelA蛋白由744个氨基酸组成,相对分子质量84×103 Da,等电点6.29,有两个卷曲螺旋结构,无跨膜螺旋区,为亲水性蛋白。RelA的N-末端结构域包括PH和SYNTH,C-末端结构域包括TGS、α螺旋区、CC及ACT亚结构域;该蛋白主要在细胞质发挥功能,含有10个NTP结合位点,2个金属离子结合位点,16个合成酶活性位点,53个潜在的磷酸化位点和8个可能的糖基化位点;RelA在细菌之间高度保守,与大肠埃希菌RelA亲缘关系最近的是福氏志贺菌,其次是柯氏柠檬酸杆菌。结论RelA在细菌之间高度保守,提示其在细胞生命活动中具有重要功能,RelA通过与核糖体和tRNA的相互作用介导细菌的严谨反应,因此RelA是一种重要的翻译因子。本研究为全面揭示RelA分子的生物学功能,设计和筛选靶向RelA的新型抗菌药物提供了线索和依据。
关键词
大肠埃希菌
rela
蛋白
严谨反应
原核表达载体
生物信息学分析
Keywords
Escherichia coli
rela
protein
stringent response
prokaryotic expression vector
bioinformatic analysis
分类号
R378.21 [医药卫生—病原生物学]
原文传递
题名
人类Grx3蛋白与转录因子p65相互作用的研究
3
作者
胡可越
程宁辉
王新泉
机构
清华大学生命科学学院
出处
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第9期1-6,共6页
文摘
巯基氧化还原酶在生物体的系统内担当着非常重要的角色,其主要介导的是巯基和二硫键之间的相互转化的反应。人类Grx3蛋白作为一种巯基氧化还原酶在谷氧还蛋白系统中有着非常重要的作用。已有的研究表明,Grx3蛋白对NF-κB信号通路的活性有十分显著的影响。p65(RELA)是人类机体内十分重要的一种蛋白质,其在NF-κB信号通路有着重要的调控作用,几乎调控着NF-κB信号通路中的所有下游反应。通过大肠杆菌提纯表达的p65与Grx3在体外条件下进行偶联实验,为p65与Grx3存在相互作用提供了强有力的证据,同时也为Grx3蛋白对NF-κB信号通路的影响机制提供了一个可能的解释。
关键词
人类谷氧还
蛋白
Grx3
人类p65(
rela
)
蛋白
蛋白
质偶联
Keywords
Human Grx3
Human p65
Protein crosslinking
分类号
Q819 [生物学—生物工程]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
结核分枝杆菌调节蛋白RelA结构和功能的生物信息学分析
宋通
付玉荣
伊正君
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2017
13
原文传递
2
大肠埃希菌严谨反应蛋白RelA的表达载体构建及生物信息学分析
徐本锦
刘玲
宋彬裕
杜淼
宣焱
寇妍祺
《中国病原生物学杂志》
CSCD
北大核心
2020
3
原文传递
3
人类Grx3蛋白与转录因子p65相互作用的研究
胡可越
程宁辉
王新泉
《中国生物工程杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2017
0
原文传递
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