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北京、山东、陕西部分地区番茄褐色皱纹果病毒的检测及同源性分析 被引量:5
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作者 高文征 范丽娜 +9 位作者 李晓东 陈一帆 邱卓瑶 黄泽军 李君明 舒金帅 刘磊 国艳梅 杜永臣 王孝宣 《中国蔬菜》 北大核心 2021年第4期48-52,共5页
番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)于2015年在约旦被首次报道,随即迅速在全世界蔓延。本试验对北京南口、山东寿光及陕西白水出现的疑似ToBRFV典型症状的感病植株的保守结构域进行RT-PCR扩增检测,结果表明ToB... 番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)于2015年在约旦被首次报道,随即迅速在全世界蔓延。本试验对北京南口、山东寿光及陕西白水出现的疑似ToBRFV典型症状的感病植株的保守结构域进行RT-PCR扩增检测,结果表明ToBRFV已经在北京、山东和陕西发生。对ToBRFV保守基因RdRP测序发现,北京、山东、陕西感病材料的ToBRFV RdRP基因遗传距离较近,与其他国家的ToBRFV RdRP基因遗传距离较远。 展开更多
关键词 番茄褐色皱纹果病毒 烟草花叶病毒属 RT-PCR rdrp基因
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基于恒温隔绝式荧光RT-PCR技术现场检测牛纽布病毒方法的建立及应用 被引量:3
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作者 崔雨晨 岳华 汤承 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期1310-1316,共7页
纽布病毒(nebovirus,NeV)是引起犊牛腹泻的新发病原,本试验旨在建立基于恒温隔绝式RT-PCR(insulated isothermal RT-PCR,iiRT-PCR)技术现场检测NeV的方法。根据NeV的RdRp基因的保守区域,设计并合成引物和探针,优化检测体系和检测试剂预... 纽布病毒(nebovirus,NeV)是引起犊牛腹泻的新发病原,本试验旨在建立基于恒温隔绝式RT-PCR(insulated isothermal RT-PCR,iiRT-PCR)技术现场检测NeV的方法。根据NeV的RdRp基因的保守区域,设计并合成引物和探针,优化检测体系和检测试剂预混方法,建立检测NeV的iiRT-PCR方法。结果显示,成功建立了检测NeV的iiRT-PCR方法,该方法只特异性检出NeV,对牛冠状病毒、牛诺如病毒、A群牛轮状病毒、牛病毒性腹泻病毒、牛凸隆病毒、牛大肠杆菌、牛沙门菌、牛瑞氏隐孢子虫和牛艾美尔球虫等无关病原不检出,批间变异系数为3.07%~3.12%,批内变异系数为2.45%~3.01%,检测下限为5.38 copies·μL^(-1)。应用此方法对2020—2021年采集自红原县、若尔盖县、凉山彝族自治州西昌市和阆中市的101份犊牛腹泻样本进行检测,NeV的检出率为64.36%。本研究成功建立了检测NeV的iiRT-PCR方法,具有特异性强、稳定性好和灵敏度高的特点,检测试剂预混后配合使用PetNAD核酸萃取试剂盒,可实现NeV的现场检测,从核酸提取到报告检测结果仅需1 h,操作方便,为NeV的快速诊断提供了有力的工具。 展开更多
关键词 纽布病毒 rdrp基因 恒温隔绝PCR 现场检测
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戊型肝炎病毒RdRp基因真核表达质粒的构建及表达 被引量:1
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作者 黄芬 禹文海 +3 位作者 马天武 井申荣 曾韦锟 华修国 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2012年第3期290-293,共4页
目的构建戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RdRp基因真核表达质粒,并检测其在PLC/PRF/5、A549和HepG2 3种细胞中的表达,为后续RdRp的研究提供实验依据。方法利用RT-nPCR法从阳性HEV粪便中扩增RdRp基因片段,插入pcDNA3.0真核表达载体... 目的构建戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)RdRp基因真核表达质粒,并检测其在PLC/PRF/5、A549和HepG2 3种细胞中的表达,为后续RdRp的研究提供实验依据。方法利用RT-nPCR法从阳性HEV粪便中扩增RdRp基因片段,插入pcDNA3.0真核表达载体中,并在其3′端插入EGFP报告基因,构建融合表达质粒pcDNA3.0-RdRp-EGFP,脂质体法转染PLC/PRF/5、A549和HepG2细胞,荧光显微镜观察报告基因的表达,RT-nPCR检测RdRp基因mRNA的转录情况,Westernblot检测RdRp蛋白的表达。结果重组表达质粒经酶切鉴定和测序证实构建正确;RdRp基因和蛋白在A549和HepG2细胞中可高效、特异性表达。结论成功构建了RdRp基因真核表达质粒,并在A549和HepG2培养细胞中大量表达,为进一步研究RdRp在HEV复制过程中的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 戊型肝炎病毒属 rdrp基因 真核细胞 基因表达
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猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp基因的克隆与原核表达 被引量:1
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作者 蔡汝健 宋长绪 +2 位作者 郝永清 杨鼎 何锦玲 《动物医学进展》 CSCD 北大核心 2009年第2期16-18,共3页
将猪繁殖与呼吸综合征病毒RNA依赖性的RNA聚合酶(RdRp)基因进行克隆、表达,并获得纯化重组蛋白,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp的功能奠定基础。以RdRp基因cDNA为模板,用PCR扩增出RdRp基因片段,应用定向克隆策略将扩增后片段... 将猪繁殖与呼吸综合征病毒RNA依赖性的RNA聚合酶(RdRp)基因进行克隆、表达,并获得纯化重组蛋白,为进一步研究猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp的功能奠定基础。以RdRp基因cDNA为模板,用PCR扩增出RdRp基因片段,应用定向克隆策略将扩增后片段与高效表达载体pET32a(+)重组,阳性克隆重组质粒经酶切及测序鉴定,IPTG诱导高效表达。PCR法扩增出720 bp的片段,酶切及测序鉴定获得正确的重组质粒,在大肠埃希菌LB21中表达得到分子质量约为46 ku的融合蛋白。成功克隆及表达了猪繁殖与呼吸综合征病毒RdRp基因。 展开更多
关键词 猪繁殖与呼吸综合征病毒 rdrp基因 克隆 原核表达
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白狐源星状病毒RdRp基因的鉴定及遗传演化分析 被引量:1
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作者 冀锦朝 黄勉 +4 位作者 卢刚 欧嘉俊 彭仕明 萨家祺 李守军 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期12-16,共5页
【目的】探究广州动物园一例死亡白狐Alopex lagopus肾脏中鉴定出的星状病毒的遗传变异情况。【方法】对死亡白狐进行剖检,利用半巢式RT-PCR对内脏器官进行病原学检测,对扩增出的病毒株的RdRp基因序列进行相似性分析。【结果】死亡白狐... 【目的】探究广州动物园一例死亡白狐Alopex lagopus肾脏中鉴定出的星状病毒的遗传变异情况。【方法】对死亡白狐进行剖检,利用半巢式RT-PCR对内脏器官进行病原学检测,对扩增出的病毒株的RdRp基因序列进行相似性分析。【结果】死亡白狐的肾脏苍白肿大,被膜难以剥离,肾脏中检测出的星状病毒RdRp基因呈阳性。RdRp基因与9株参考毒株的核苷酸相似性为67.5%~96.2%,其中与香港猫源星状病毒1637F的核苷酸相似性(96.2%)最高。【结论】本研究为星状病毒在野生哺乳动物间的跨种传播及肠外器官中的感染提供了依据。 展开更多
关键词 白狐 星状病毒 肾脏 野生哺乳动物 rdrp基因
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鸡Ⅱ型星状病毒绝对定量real-time PCR的建立及应用 被引量:1
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作者 赵伟 武宗仪 +1 位作者 秦爱建 钱琨 《中国家禽》 北大核心 2020年第12期30-35,共6页
研究旨在建立一种检测鸡Ⅱ型星状病毒(CAstV)绝对定量的检测方法。采用PCR方法扩增Ⅱ型CAstV保守区域基因RdRp部分基因,将其克隆至pGEM-T载体作为阳性标准质粒,并根据获得的RdRp基因设计合成一对133 bp引物,成功建立了Ⅱ型CAstV的绝对定... 研究旨在建立一种检测鸡Ⅱ型星状病毒(CAstV)绝对定量的检测方法。采用PCR方法扩增Ⅱ型CAstV保守区域基因RdRp部分基因,将其克隆至pGEM-T载体作为阳性标准质粒,并根据获得的RdRp基因设计合成一对133 bp引物,成功建立了Ⅱ型CAstV的绝对定量real-time PCR的检测方法。结果显示:研究构建的检测方法线性关系良好,检测灵敏度为10copies/μL,且对常见的禽源病毒均无非特异性扩增,特异性好。应用建立的绝对定量real-time PCR检测了病毒感染1日龄雏鸡不同组织样品,掌握了鸡Ⅱ型星状病毒在鸡体内不同组织内的分布及增殖情况。试验成功建立了Ⅱ型CAstV绝对定量real-time PCR检测方法,该方法特异性强、灵敏度高、重复性好,为进一步深入研究Ⅱ型CAstV的生物学特性提供了检测手段。 展开更多
关键词 鸡Ⅱ型星状病毒 rdrp基因 绝对定量 real-time PCR
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家蚕质型多角体病毒RDRP基因的序列测定及同源性分析 被引量:1
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作者 孙京臣 杨艺峰 +4 位作者 戴伟君 谭玉蓉 张勤奋 张景强 徐兴耀 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期53-58,共6页
应用分段RTPCR方法和分子克隆技术从家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoricytoplasmicpolyhedrosisvirus,BmCPV)中国株的dsRNA中成功地分3段克隆了RDRP基因(RNAdependentRNApolymerase),大小分别为1442、827、1675bp,进行了基因全序列拼接,获... 应用分段RTPCR方法和分子克隆技术从家蚕质型多角体病毒(Bombyxmoricytoplasmicpolyhedrosisvirus,BmCPV)中国株的dsRNA中成功地分3段克隆了RDRP基因(RNAdependentRNApolymerase),大小分别为1442、827、1675bp,进行了基因全序列拼接,获得37kb的全长RDRP基因(GenBank序列号为AY496445)。通过在线blast分析,与BmCPV1、DpCPV1、LdCPV1、LdCPV14、TnCPV15核苷酸同源性分别为89%、81%、81%、541%和509%,氨基酸同源性分别为965%、931%、929%、411%和335%。根据核苷酸同源性与氨基酸同源性构建的进化树具有较好的一致性。通过ClustalX软件分析,定位了该病毒RDRP基因的3个保守区域(酸性区,核苷酸结合的核心区和催化功能核心区)。 展开更多
关键词 家蚕质型多角体病毒 DSRNA rdrp基因 同源性
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犬诺如病毒RT-PCR检测方法的建立及应用
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作者 马会强 岳华 汤承 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期626-632,共7页
犬诺如病毒(CNV)是一种致犬腹泻的病原,目前中国大陆尚无关于CNV的报道,为建立特异灵敏的检测CNV的RT-PCR方法,本研究选择CNV RdRp基因作为靶基因,设计引物,并通过对反应体系及条件的优化,建立了检测CNV的RT-PCR方法。利用该方法同时检... 犬诺如病毒(CNV)是一种致犬腹泻的病原,目前中国大陆尚无关于CNV的报道,为建立特异灵敏的检测CNV的RT-PCR方法,本研究选择CNV RdRp基因作为靶基因,设计引物,并通过对反应体系及条件的优化,建立了检测CNV的RT-PCR方法。利用该方法同时检测CNV、犬瘟热病毒、犬冠状病毒、犬轮状病毒、犬星状病毒、犬库布病毒、犬细小病毒2型、犬腺病毒2型、犬微小病毒、犬圆环病毒和犬源大肠杆菌、犬源沙门氏菌等致犬腹泻的病原,结果显示该方法仅对CNV检测为阳性,而对其他病原检测均为阴性,特异性较强;将pMD-RdRp标准品10倍倍比稀释后利用该方法检测,结果显示对pMD-RdRp标准品的检测下限为4.64×10^(3)拷贝/μL,敏感性较高;批内、批间重复性试验结果一致,重复性较好。利用该方法和国外文献报道的3种RT-PCR方法同时对107份犬腹泻样品进行检测,结果显示该方法对CNV的检出率为4.67%(5/107),其他3种方法的检出率分别为0(0/107)、0.93%(1/107)、0.93%(1/107)。从5份CNV阳性样品中扩增了4条完整的RdRp基因,测序并且比对结果显示,4个完整RdRp基因序列聚为2个大支,表明中国大陆流行的CNV至少有2种不同的RdRp基因型。本实验建立了检测CNV的RT-PCR方法,并首次证明CNV在中国大陆存在,为国内犬腹泻的防控提供了重要参考。 展开更多
关键词 犬诺如病毒 RT-PCR rdrp基因
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