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一株鼠冠状病毒的全基因组序列特征分析
1
作者
赵静
马晓华
+3 位作者
南晓伟
柴萨萨
李利利
段招军
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期1037-1043,共7页
目的确定一株新型鼠冠状病毒全基因组序列特征及系统进化特征。方法采用高通量测序在内蒙地区采集的鼠肠道组织发现与已知冠状病毒差异较大的冠状病毒,拼接获得部分基因组序列,采用PCR验证扩增病毒基因组并采用RACE方法扩增基因组末端...
目的确定一株新型鼠冠状病毒全基因组序列特征及系统进化特征。方法采用高通量测序在内蒙地区采集的鼠肠道组织发现与已知冠状病毒差异较大的冠状病毒,拼接获得部分基因组序列,采用PCR验证扩增病毒基因组并采用RACE方法扩增基因组末端序列。采用MEGA软件进行多序列比对并构建系统发育树。结果本研究中发现的鼠冠状病毒经扩增获得其全基因组长度为27674 bp,命名为NMR-13,包括两端非编码区和8个开放阅读框,依次为5′UTR-ORF1ab-S-ORF3-E-M-ORF6-N-ORF8-3′UTR,其中ORF8仅在部分鼠类Alpha冠状病毒存在,功能尚不清楚,并且缺乏许多鼠类Alpha冠状病毒存在的NS2基因。同源性分析结果显示该病毒株属于Alpha冠状病毒属成员,与美国发现的FiCoV/UMN2020病毒株具有最高同源性,核苷酸同源性为91.3%,其次与我国浙江省发现的Lucheng/Lijiang-170,Lucheng/Ruian-83和Lucheng/Lijiang-71病毒株核苷酸同源性较高,分别为79.5%,80.6%和81.0%。系统发育分析也显示NMR-13与FiCoV/UMN2020具有最近的亲缘关系。重组分析未发现重组现象。结论本研究发现了一株鼠冠状病毒,丰富了鼠类中Alpha冠状病毒的多样性,为了解国内鼠冠状病毒的分子遗传特征及分子进化提供了参考依据。
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关键词
鼠冠状病毒
全基因组
系统进化分析
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职称材料
感染冠状病毒的大鼠胸腺组织超微结构观察
被引量:
2
2
作者
朴英杰
徐锡金
朴仲贤
《第一军医大学学报》
CSCD
北大核心
2003年第5期414-415,420,共3页
目的通过对感染大鼠冠状病毒(rat coronavirus,RCV)的大鼠胸腺组织进行超微结构的研究,阐明RCV在细胞内形成的形态学机制.方法用在进行自噬性形态学研究中的Wistar大鼠做模型,常规电镜取材、固定、包埋、切片和观察.结果胸腺上皮细胞的...
目的通过对感染大鼠冠状病毒(rat coronavirus,RCV)的大鼠胸腺组织进行超微结构的研究,阐明RCV在细胞内形成的形态学机制.方法用在进行自噬性形态学研究中的Wistar大鼠做模型,常规电镜取材、固定、包埋、切片和观察.结果胸腺上皮细胞的胞质内出现大小不等的内质网池,并相互融合形成巨大的内质网湖,湖内充满RCV颗粒,称为病毒包涵体.病毒在内质网囊壁上通过出芽方式进入内质网湖基质,发育为成熟的RCV,最终排出于细胞外.病毒颗粒呈圆形,直径约100~130 nm.病毒胞浆成均质状,病毒的膜蛋白有二层,外层为包膜,内层为核衣壳.包膜与核衣壳之间为低电子密度的中间层,其内有时可见1~2层较薄的膜样结构.钉突成放射状贯穿包膜,其内侧端连于核衣壳,外侧端膨大,由一层絮状的糖蛋白包绕,形成日冕状.病毒颗粒分布在胸腺上皮细胞的内质网湖、胞浆、内吞体/溶酶体以及胸腺上皮细胞间,溶酶体内的病毒无包膜和核衣壳.结论内质网湖参与RCV包膜的形成,从细胞外侵入的RCV均在内吞体/溶酶体内脱去包膜和核衣壳,脱下的包膜和核衣壳被其降解,而RCV在胸腺上皮细胞基质中进行复制.在胸腺细胞内未见有RCV.
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关键词
重症急性呼吸综合征
上皮细胞
胸腺
冠状病毒
内质网湖
内吞体
溶酶体
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职称材料
大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用
被引量:
2
3
作者
孟钰榕
郑龙
+7 位作者
祝岩波
王璇
尤红煜
刘健敏
栗彦宁
连伟光
张东明
王俊霞
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期181-186,共6页
目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验...
目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验动物组织样本,并与ELISA方法比对。结果双重PCR扩增出大鼠冠状病毒(168 bp)和仙台病毒(262 bp)目的条带,PCR扩增产物测序结果利用核酸BLAST功能进行同源序列对比,仙台病毒和大鼠冠状病毒同源性分别为100%和99%。仙台病毒和大鼠冠状病毒的检测下限为1.56×10~2 copies/μL。特异性检测对小鼠肝炎病毒扩增,产生片段大小近似大鼠冠状病毒产物。应用建立的双重PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本,30份DNA标本均被检出;检测94份实验动物肺组织样本,结果均阴性。结论建立的双重PCR方法操作简单、快速、特异性强、灵敏度高,能够实现对实验动物仙台病毒和大鼠冠状病毒病原体的快速检测。
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关键词
大鼠冠状病毒
仙台病毒
双重PCR
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职称材料
题名
一株鼠冠状病毒的全基因组序列特征分析
1
作者
赵静
马晓华
南晓伟
柴萨萨
李利利
段招军
机构
甘肃中医药大学公共卫生学院
甘肃省疾病预防控制中心
内蒙古自治区综合疾病预防控制中心病媒生物防治科
中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
出处
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第11期1037-1043,共7页
基金
国家重点研发计划(No.2021YHC2301001)。
文摘
目的确定一株新型鼠冠状病毒全基因组序列特征及系统进化特征。方法采用高通量测序在内蒙地区采集的鼠肠道组织发现与已知冠状病毒差异较大的冠状病毒,拼接获得部分基因组序列,采用PCR验证扩增病毒基因组并采用RACE方法扩增基因组末端序列。采用MEGA软件进行多序列比对并构建系统发育树。结果本研究中发现的鼠冠状病毒经扩增获得其全基因组长度为27674 bp,命名为NMR-13,包括两端非编码区和8个开放阅读框,依次为5′UTR-ORF1ab-S-ORF3-E-M-ORF6-N-ORF8-3′UTR,其中ORF8仅在部分鼠类Alpha冠状病毒存在,功能尚不清楚,并且缺乏许多鼠类Alpha冠状病毒存在的NS2基因。同源性分析结果显示该病毒株属于Alpha冠状病毒属成员,与美国发现的FiCoV/UMN2020病毒株具有最高同源性,核苷酸同源性为91.3%,其次与我国浙江省发现的Lucheng/Lijiang-170,Lucheng/Ruian-83和Lucheng/Lijiang-71病毒株核苷酸同源性较高,分别为79.5%,80.6%和81.0%。系统发育分析也显示NMR-13与FiCoV/UMN2020具有最近的亲缘关系。重组分析未发现重组现象。结论本研究发现了一株鼠冠状病毒,丰富了鼠类中Alpha冠状病毒的多样性,为了解国内鼠冠状病毒的分子遗传特征及分子进化提供了参考依据。
关键词
鼠冠状病毒
全基因组
系统进化分析
Keywords
rat
coronavirus
complete
genome
phylogenetic
analysis
分类号
R373.1 [医药卫生—病原生物学]
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职称材料
题名
感染冠状病毒的大鼠胸腺组织超微结构观察
被引量:
2
2
作者
朴英杰
徐锡金
朴仲贤
机构
第一军医大学组织胚胎学教研室
出处
《第一军医大学学报》
CSCD
北大核心
2003年第5期414-415,420,共3页
基金
国家自然科学基金(39870382)~~
文摘
目的通过对感染大鼠冠状病毒(rat coronavirus,RCV)的大鼠胸腺组织进行超微结构的研究,阐明RCV在细胞内形成的形态学机制.方法用在进行自噬性形态学研究中的Wistar大鼠做模型,常规电镜取材、固定、包埋、切片和观察.结果胸腺上皮细胞的胞质内出现大小不等的内质网池,并相互融合形成巨大的内质网湖,湖内充满RCV颗粒,称为病毒包涵体.病毒在内质网囊壁上通过出芽方式进入内质网湖基质,发育为成熟的RCV,最终排出于细胞外.病毒颗粒呈圆形,直径约100~130 nm.病毒胞浆成均质状,病毒的膜蛋白有二层,外层为包膜,内层为核衣壳.包膜与核衣壳之间为低电子密度的中间层,其内有时可见1~2层较薄的膜样结构.钉突成放射状贯穿包膜,其内侧端连于核衣壳,外侧端膨大,由一层絮状的糖蛋白包绕,形成日冕状.病毒颗粒分布在胸腺上皮细胞的内质网湖、胞浆、内吞体/溶酶体以及胸腺上皮细胞间,溶酶体内的病毒无包膜和核衣壳.结论内质网湖参与RCV包膜的形成,从细胞外侵入的RCV均在内吞体/溶酶体内脱去包膜和核衣壳,脱下的包膜和核衣壳被其降解,而RCV在胸腺上皮细胞基质中进行复制.在胸腺细胞内未见有RCV.
关键词
重症急性呼吸综合征
上皮细胞
胸腺
冠状病毒
内质网湖
内吞体
溶酶体
Keywords
severe
acute
respi
rat
ory
syndrome
epithelia
l
cells,
thymus
rat
coronavirus
endoplasmic
reticulum
endosome
lysosome
分类号
R361 [医药卫生—病理学]
下载PDF
职称材料
题名
大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用
被引量:
2
3
作者
孟钰榕
郑龙
祝岩波
王璇
尤红煜
刘健敏
栗彦宁
连伟光
张东明
王俊霞
机构
河北省实验动物重点实验室河北医科大学实验动物学部
河北医科大学第二医院
出处
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019年第2期181-186,共6页
基金
国家科技支持计划(2015BAI07B02)~~
文摘
目的建立快速检测实验大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR方法。方法根据大鼠冠状病毒N基因、仙台病毒L基因设计特异性引物;经过双重PCR优化,特异性和敏感性的检测,建立双重PCR体系。应用该PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本和实验动物组织样本,并与ELISA方法比对。结果双重PCR扩增出大鼠冠状病毒(168 bp)和仙台病毒(262 bp)目的条带,PCR扩增产物测序结果利用核酸BLAST功能进行同源序列对比,仙台病毒和大鼠冠状病毒同源性分别为100%和99%。仙台病毒和大鼠冠状病毒的检测下限为1.56×10~2 copies/μL。特异性检测对小鼠肝炎病毒扩增,产生片段大小近似大鼠冠状病毒产物。应用建立的双重PCR体系检测人工感染仙台病毒组织DNA样本,30份DNA标本均被检出;检测94份实验动物肺组织样本,结果均阴性。结论建立的双重PCR方法操作简单、快速、特异性强、灵敏度高,能够实现对实验动物仙台病毒和大鼠冠状病毒病原体的快速检测。
关键词
大鼠冠状病毒
仙台病毒
双重PCR
Keywords
rat
coronavirus
Sendai
virus
duplex
PCR
分类号
Q95-33 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一株鼠冠状病毒的全基因组序列特征分析
赵静
马晓华
南晓伟
柴萨萨
李利利
段招军
《中国人兽共患病学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
2
感染冠状病毒的大鼠胸腺组织超微结构观察
朴英杰
徐锡金
朴仲贤
《第一军医大学学报》
CSCD
北大核心
2003
2
下载PDF
职称材料
3
大鼠冠状病毒和仙台病毒的双重PCR检测方法的建立与应用
孟钰榕
郑龙
祝岩波
王璇
尤红煜
刘健敏
栗彦宁
连伟光
张东明
王俊霞
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2019
2
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职称材料
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