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基于网络药理学和分子对接探讨黄芪抗肝癌的作用机制研究 被引量:16
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作者 姚红 任晋宏 +3 位作者 侯宇芯 王禹璇 薛慧清 李青山 《天然产物研究与开发》 CAS CSCD 2021年第6期1020-1031,共12页
基于网络药理学及分子对接探讨黄芪抗肝癌的活性成分与分子作用机制。通过TCMSP数据库获取黄芪活性成分,Swiss Target Prediction预测成分靶点,采用Genecards数据库与OMIM数据库搜集肝癌靶点,Venny相映射黄芪抗肝癌的作用靶点,String数... 基于网络药理学及分子对接探讨黄芪抗肝癌的活性成分与分子作用机制。通过TCMSP数据库获取黄芪活性成分,Swiss Target Prediction预测成分靶点,采用Genecards数据库与OMIM数据库搜集肝癌靶点,Venny相映射黄芪抗肝癌的作用靶点,String数据库结合Cytoscape 3.7.2软件绘制肝癌靶点的蛋白相互作用网络(PPI)及“黄芪-成分-通路-肝癌”相互作用网络,DAVID数据库对核心靶点基因功能富集和通路富集分析。Surflex-Dock软件对黄芪关键成分与核心靶点进行分子对接验证。MTT法检测槲皮素、毛蕊异黄酮、山奈酚、芒柄花素、异鼠李素及华良姜素对肝癌细胞(HepG2)的影响。RT-qPCR法验证华良姜素对TP53、MAPK1、AKT1、IL6、MAPK8与VEGFA基因表达相对水平。本研究筛选出20个黄芪活性成分,涉及202个作用靶点及其100条KEGG信号通路,GO分析为487条生物功能。网络药理学分析黄芪可能是通过TP53、MAPK1、AKT1、IL6、MAPK8与VEGFA等关键靶点起到抗肝癌作用。分子对接表明靶点与成分有一定的结合性。MTT表明华良姜素对肝癌细胞(HepG2)的抑制作用较强于其他五个成分。RT-qPCR验证不同浓度的华良姜素对6个基因的表达量均为上调趋势,与KEGG通路分析所涉及基因一致。本研究初步探讨黄芪治疗肝癌具有多靶点、多通路的潜在作用机制,为后续验证黄芪抗肝癌的分子机制提供了依据。 展开更多
关键词 网络药理学 黄芪 肝癌 作用机制 MTT法 rt-qpcr
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非小细胞肺癌组织中OCT4和miRNA-155的表达及其与临床病理特征的关系 被引量:8
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作者 董翠梅 涂江江 +1 位作者 陶利英 曾红 《肿瘤防治研究》 CAS CSCD 北大核心 2013年第8期776-780,共5页
目的探讨非小细胞肺癌组织中OCT4蛋白、miRNA-155的表达及其与肺癌临床病理特征的关系。方法采用免疫组织化学及RT-qPCR方法,检测60例非小细胞肺癌患者组织中OCT4蛋白和miRNA-155的表达情况,并分析其与临床病理特征相互关系。结果免疫... 目的探讨非小细胞肺癌组织中OCT4蛋白、miRNA-155的表达及其与肺癌临床病理特征的关系。方法采用免疫组织化学及RT-qPCR方法,检测60例非小细胞肺癌患者组织中OCT4蛋白和miRNA-155的表达情况,并分析其与临床病理特征相互关系。结果免疫组织化学检测发现OCT4蛋白在肿瘤组织中的阳性表达率为61.67%。OCT4蛋白在高分化、中分化和低分化的肺癌组织中的阳性表达差异有统计学意义(P=0.021),随着癌组织分化程度的升高,OCT4的表达率逐渐下降。OCT4蛋白在有无淋巴结转移两组中的阳性表达差异有统计学意义(P=0.028)。OCT4的表达在临床病理分期中有统计学意义(P=0.049)。miRNA-155在非小细胞肺癌组织中均有不同程度表达,相对Ct值中位数是20.48。miRNA-155与高分化、中分化和低分化的肺癌组织中的表达有统计学意义(P=0.016),随着癌组织分化程度的升高,miRNA-155相对Ct值减小,说明其表达量升高。miRNA-155在OCT4阳性组中的表达量低于OCT4阴性组。结论非小细胞肺癌组织中OCT4蛋白的表达与组织分化程度、淋巴结转移和临床分期相关。miRNA-155在OCT4蛋白阳性组的表达水平低于OCT4蛋白阴性组(P<0.0001)。miRNA-155和OCT4可能是非小细胞肺癌患者在基因和蛋白两个水平的反方向的改变,并且OCT4蛋白的表达受miRNA-155的影响。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 OCT4 免疫组织化学法 miRNA-155 rt-qpcr
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寨卡病毒荧光定量PCR检测方法的建立与验证 被引量:8
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作者 赵航 李玉佳 +2 位作者 李世林 徐敏 陈利民 《中国输血杂志》 CAS 2019年第2期127-132,共6页
目的建立基于一步法实时荧光定量PCR技术的寨卡病毒检测方法。方法通过分析寨卡病毒全基因组核酸序列,根据其NS5基因片段,设计特异性引物,构建重组质粒,经体外转录后获得寨卡病毒RNA,即阳性标准品,建立标准曲线,利用RT-PCR方法对检测体... 目的建立基于一步法实时荧光定量PCR技术的寨卡病毒检测方法。方法通过分析寨卡病毒全基因组核酸序列,根据其NS5基因片段,设计特异性引物,构建重组质粒,经体外转录后获得寨卡病毒RNA,即阳性标准品,建立标准曲线,利用RT-PCR方法对检测体系做灵敏性、重复性试验,以寨卡病毒GZ01毒株与Huh7.5.1细胞RNA混合或加入寨卡病毒的血浆标本对本方法测试。结果建立的标准曲线线性关系良好,灵敏度较高,检测下限可达0.1 PFU/mL,标准曲线方程:Y=-3.353X+36.345,相关系数(CV)可达0.999。该方法特异性较好,对登革病毒和丙肝病毒核酸检测无交叉反应,可检出寨卡病毒感染的细胞样品和血浆样品中的寨卡病毒。结论成功建立了1种基于实时荧光定量PCR的寨卡病毒核酸检测的高灵敏性方法。 展开更多
关键词 寨卡病毒 荧光定量PCR 核酸检测 一步法 血液筛查
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鹅源星状病毒TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立及初步应用 被引量:7
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作者 苏世博 蒲路莎 +2 位作者 陈肖韩 赵丽丽 陈洪岩 《中国比较医学杂志》 CAS 北大核心 2021年第3期43-48,共6页
目的建立一种可快速诊断鹅源星状病毒的荧光定量PCR方法。方法分析比对NCBI下载的鹅源星状病毒全基因组序列,在其ORF1a保守区设计一对特异性引物及Taq Man探针,优化反应条件,建立标准曲线,并验证其特异性,敏感性和稳定性。结果该方法最... 目的建立一种可快速诊断鹅源星状病毒的荧光定量PCR方法。方法分析比对NCBI下载的鹅源星状病毒全基因组序列,在其ORF1a保守区设计一对特异性引物及Taq Man探针,优化反应条件,建立标准曲线,并验证其特异性,敏感性和稳定性。结果该方法最低检测线限为1.50×10^(2)copies/μL,批内和批间检测变异系数分别小于0.5%和4%,且对其他常见水禽病毒无特异性扩增。临床应用结果显示检出率明显高于常规RT-PCR方法。结论建立了一种鹅源星状病毒的Taq Man荧光定量PCR方法,该方法特异性强,灵敏度高且重复性良好,适用于鹅源星状病毒的早期检测和定量分析。 展开更多
关键词 鹅源星状病毒 荧光定量PCR 雏鹅痛风 检测方法
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犬瘟热病毒和犬腺病毒2型双重TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立
5
作者 扈富哥 宫英杰 +5 位作者 王蕾 莫菲 毕振威 钱晶 孙斌 谭业平 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2024年第9期91-95,共5页
旨在建立犬瘟热病毒(CDV)和犬腺病毒2型(CAdV-2)双重TaqMan荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法。本试验针对CDV的N基因和CAdV-2的E3基因设计两对特异性引物与两条标记不同荧光基团的TaqMan-MGB探针,对引物、探针的浓度、反应体系和反应条件... 旨在建立犬瘟热病毒(CDV)和犬腺病毒2型(CAdV-2)双重TaqMan荧光定量PCR(RT-qPCR)检测方法。本试验针对CDV的N基因和CAdV-2的E3基因设计两对特异性引物与两条标记不同荧光基团的TaqMan-MGB探针,对引物、探针的浓度、反应体系和反应条件进行优化后检测该方法的灵敏度,特异性及重复性。结果:该方法在CDV和CAdV-2阳性参考质粒浓度1×10^(1)~1×10^(7) copies/μL的范围中,R2值为0.997和0.993,表明所建的标准曲线具有良好线性关系,能检测到最低浓度为5 copies/μL,并对其他病原无扩增现象,特异性良好;重复性试验中组内和组间变异系数小于1.54%。综上,建立的双重TaqMan RT-qPCR检测方法具有灵敏度高且特异性好等优点,可用于CDV和CAdV-2临床快速检测和鉴别诊断及流行病学调查等领域。 展开更多
关键词 犬瘟热病毒 犬腺病毒2型 荧光定量PCR 检测方法
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小鼠仙台病毒TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 孙权麟 马跃宇 +5 位作者 孙莉 费东亮 白杰英 张旭 李明 马鸣潇 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期144-152,共9页
仙台病毒(Sendai virus, SeV)能够引起啮齿类动物呼吸道疾病,引起免疫应答,严重影响SPF级动物模型实验结果,实验动物质量国家标准T/CALAS49-2017也将其作为SPF级大小鼠质量检测必检项目之一。为了开发用于快速检测及日常监测SeV的分子... 仙台病毒(Sendai virus, SeV)能够引起啮齿类动物呼吸道疾病,引起免疫应答,严重影响SPF级动物模型实验结果,实验动物质量国家标准T/CALAS49-2017也将其作为SPF级大小鼠质量检测必检项目之一。为了开发用于快速检测及日常监测SeV的分子生物学诊断方法,本研究基于TaqMan-MGB探针荧光技术,根据GenBank中SeV的L基因的保守区段(8 556-15 242)序列,设计了1对特异性引物与1条5‵端携带羧基荧光素(FAM)与3‵端为淬灭基团(Eclipse)标记的TaqMan探针,标准品进行稀释建立标准曲线,并经反应条件优化,建立了TaqMan-MGB探针荧光定量RT-PCR检测方法,并对其特异性、敏感性与重复性进行评估。结果显示,最佳优化反应条件为:反应体系,20μmol/L;引物和探针浓度,10μmol/L和15μmol/L;退火温度,54℃;在特异性试验中,除SeV检测出现特异性曲线外,其他鼠类常见病毒均未出现特异性曲线;在敏感性试验中,Sev最低检测限为5.29×10^(1)拷贝/μL。在重复性试验中,其批内变异系数为0.44%~0.77%,批间变异系数为0.44%~1.03%。对临床样本进行检测,检出率高于常规的RT-PCR方法。因此,以SeV L基因保守序列为靶基因建立的TaqMan探针荧光定量RT-PCR方法具有敏感性高、特异性强、良好的重复性等优点,适用于对SPF级实验动物的SeV定期监测以及对野生鼠类的SeV日常监测和流行病学调查,为相关研究提供了良好的技术支持。 展开更多
关键词 仙台病毒(SeV) TAQMAN-MGB探针 qrt-PCR方法
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积雪草酸促进成骨细胞分化的机制 被引量:4
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作者 许燕 肖明 +4 位作者 李涛 彭明政 强磊 王金武 翁杰 《华西药学杂志》 CAS CSCD 2019年第4期347-351,共5页
目的研究积雪草酸在体外对成骨细胞分化的影响,并初步探讨其作用机制。方法使用小鼠胚胎成骨细胞前体细胞(MC3T3-E1)进行成骨分化相关实验,将积雪草酸作为成骨诱导条件下的附加刺激,用CCK8法检测药物对成骨细胞活力的影响;采用碱性磷酸... 目的研究积雪草酸在体外对成骨细胞分化的影响,并初步探讨其作用机制。方法使用小鼠胚胎成骨细胞前体细胞(MC3T3-E1)进行成骨分化相关实验,将积雪草酸作为成骨诱导条件下的附加刺激,用CCK8法检测药物对成骨细胞活力的影响;采用碱性磷酸酶(ALP)染色评价成骨细胞的早期分化能力;采用茜素红染色观察钙结节的形成数量,评估成骨细胞的矿化能力;用实时荧光定量PCR法检测成骨细胞标志物的水平;采用蛋白免疫印迹法检测MAPKAKT信号通路及凋亡相关蛋白的表达。结果1~40μmol·L^-1积雪草酸对细胞无毒性作用;随着积雪草酸刺激浓度的增加,ALP和茜素红的染色强度也随之增加。经积雪草酸刺激3d后,Ⅰ型胶原蛋白基因的表达水平出现明显变化;第7天时,ALP、骨形态发生蛋白2、转录因子、核心结核因子α1和骨钙素的表达水平显著增加。经积雪草酸刺激后,MC3T3-E1细胞内MAK-AKT信号通路激活;同时,抗凋亡蛋白的表达上调,促凋亡蛋白的表达下降。结论积雪草酸以浓度依赖的方式促进成骨细胞分化,抑制成骨细胞凋亡,该效应可能是通过激活MAPK-AKT信号介导。 展开更多
关键词 积雪草酸 成骨分化 小鼠 胚胎成骨细胞前体细胞 碱性磷酸酶 茜素红 实时荧光定量PCR 蛋白免疫印迹法 MAPK-AKT Ⅰ型胶原蛋白 骨形态发生蛋白2 转录因子 核心结核因子α1 骨钙素
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新城疫病毒核酸提取方法的优化与比较 被引量:1
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作者 卢运战 程帮照 +3 位作者 杨金兵 诸亚平 赵宏波 刘鹏义 《畜牧与饲料科学》 2017年第4期11-13,共3页
为提高新城疫病毒荧光RT-PCR检测灵敏度,对柱式提取法提取新城疫病毒核酸的裂解液(异硫氰酸胍)、洗液1(盐酸胍)浓度进行了优化;探索Triton-100和EDTA对病毒裂解效果的影响;采用荧光RT-PCR检测方法比较优化后的柱式提取法和Trizol经典法... 为提高新城疫病毒荧光RT-PCR检测灵敏度,对柱式提取法提取新城疫病毒核酸的裂解液(异硫氰酸胍)、洗液1(盐酸胍)浓度进行了优化;探索Triton-100和EDTA对病毒裂解效果的影响;采用荧光RT-PCR检测方法比较优化后的柱式提取法和Trizol经典法提取新城疫病毒核酸的效率。结果显示,柱式提取法提取新城疫核酸裂解液(异硫氰酸胍)的最佳浓度为5 mol/L,洗液1(盐酸胍)最佳浓度为5.5 mol/L;将20 mmol/L EDTA加入裂解液对新城疫病毒核酸的提取有抑制作用,将0.8%Triton-100加入裂解液能提高核酸提取效率;优化后的柱式提取法比经典Trizol提取法提取效率高。该试验优化了适合从新城疫病毒中高效提取核酸的方法。 展开更多
关键词 新城疫病毒 荧光rt-PCR 核酸 提取方法
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Detection of microRNA expressions in tissues and exfoliative cells reveals the potential role of miR-203 in oral lichen planus 被引量:1
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作者 冯震东 史闻 +2 位作者 蔡志刚 华红 周德敏 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS CSCD 2014年第5期279-286,共8页
Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disorder and premalignantlesion, of which the mechanisms are still obscure. In the present study, the expression levels of miR-96/182/183 cluster, miR-203, miR-375,... Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disorder and premalignantlesion, of which the mechanisms are still obscure. In the present study, the expression levels of miR-96/182/183 cluster, miR-203, miR-375, and miR-769-5p in both tissues and exfoliative cells of OLP patients as well as healthy volunteers were detected, differentially expressed miRNAs were identified and their correlation with OLP was evaluated by a biplot method. Experimental results show that miR-203 is significantly up-regulated in patient lesion tissues in comparison to volunteer mucosa tissues. Moreover, the contra- dictory insignificant expression changes of miR-203 as well as miR-96/182/183 cluster in comparisons of exfoliative cell samples suggest that different cell compositions in OLP lesion have distinct miRNA regulation, which accords with the histological heterogeneity of OLP. Finally, biplot analyses indicate the expression of miR-203 and miR-96/182/183 cluster are positively correlated in patient lesions. These results provide miR-203 as a molecular indicator of heterogeneity of OLP, and also a potential diagnostic biomarker or therapeutic target that deserves further studies. 展开更多
关键词 Oral lichen planus MICRORNA rt-qpcr Biplot method miR-203
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O型口蹄疫病毒和塞内卡病毒双重荧光定量RT-PCR检测方法的建立
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作者 张展 陈信全 +2 位作者 冯国金 黄慧贤 利光辉 《中国预防兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期601-607,共7页
为建立O型口蹄疫病毒(FMDV-O)和塞内卡病毒(SVV)快速鉴别检测方法,本实验根据FMDV-O VP2基因序列和SVV P3基因序列,采用Primer Express3.0软件分别设计引物与探针,并经各反应条件的优化初步建立了可同时鉴别检测FMDV-O和SVV的双重荧光定... 为建立O型口蹄疫病毒(FMDV-O)和塞内卡病毒(SVV)快速鉴别检测方法,本实验根据FMDV-O VP2基因序列和SVV P3基因序列,采用Primer Express3.0软件分别设计引物与探针,并经各反应条件的优化初步建立了可同时鉴别检测FMDV-O和SVV的双重荧光定量RT-PCR方法。利用该方法检测临床常见猪病毒,结果显示可同时检测出FMDV-O和SVV核酸,且与猪水泡性口炎病毒(VSV)、猪水疱病毒(SVDV)、猪瘟病毒(CSFV)、猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)、猪细小病毒(PPV)、A型口蹄疫病毒(FMDV-A)、A-1型口蹄疫病毒(FMDVA-1)核酸均无交叉反应,并可检测到FMDV-O PanAsia株、cathay株、Ind-2001株和Mya-98株等主要流行株,特异性强;该方法对含FMDV-O和SVV拼接质粒标准品的最低检测限为7.17×10^(2)拷贝/μL,敏感性高;利用该方法检测了同一时间和不同时间提取的3种不同浓度的质粒标准品,结果显示批内和批间重复性试验Ct值的变异系数均小于3%,重复性好。利用本实验所建立的方法对30份临床样品进行检测,结果与各病毒单一荧光定量RT-PCR检测结果一致。本研究建立的FMDV-O和SVV双重荧光定量RT-PCR方法能够快速准确的鉴别检测FMDV-O和SVV,为口岸检疫的快速通关提供了技术手段。 展开更多
关键词 O型口蹄疫病毒 塞内卡病毒 双重rt-qpcr方法 P3基因 VP2基因
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D型流感病毒实时荧光定量PCR方法的建立与应用
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作者 王旭阳 卢刚 +13 位作者 程娇娇 蔡思棋 钟林涛 赖志颖 贾斌 徐亮 欧嘉俊 肖雨晴 胡学瑞 王芳 赖悯婷 邵冉 郑飞燕 远立国 《黑龙江畜牧兽医》 北大核心 2023年第18期83-89,137,共8页
为了建立一种可以快捷、灵敏、安全地检测D型流感病毒(Influenza D virus,IDV)的实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)方法,试验首先将IDV NP基因作为检测目标,根据其序列的保守区设计了一对RT-qPCR引物,然后采用单一... 为了建立一种可以快捷、灵敏、安全地检测D型流感病毒(Influenza D virus,IDV)的实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)方法,试验首先将IDV NP基因作为检测目标,根据其序列的保守区设计了一对RT-qPCR引物,然后采用单一变量法对RT-qPCR反应条件中的引物浓度和退火温度进行优化,建立了一种可检测IDV的RT-qPCR方法,并对该方法的灵敏度、重复性和特异性进行检测,最后应用该方法进行临床样本检测。结果表明:所建立的RT-qPCR方法的最佳引物浓度和退火温度分别为400 nmol/L和61℃,标准曲线为y=-3.572x+42.02(R^(2)=0.9993);该方法能检测到的最低拷贝数为8.30×10^(1)copies,灵敏度是常规PCR的100倍左右;组内重复和组间重复变异系数(CV)值均小于3%;同时检测牛呼吸道合胞体病毒(BRSV)、牛传染性鼻气管炎病毒(IBRV)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛副流感病毒3型(BPIV-3)、牛疱疹病毒4型(BHV-4)和牛流行热病毒(BEFV)的结果均为阴性;应用该方法对收集到的244份有呼吸道症状的牛鼻拭子样品进行检测,阳性率为1.23%。说明成功建立了IDV RT-qPCR检测方法,该方法具有灵敏度高、重复性和特异性好的特点,为IDV的防控提供了可靠的技术支撑。 展开更多
关键词 D型流感病毒(IDV) 实时荧光定量PCR(rt-qpcr) SYBR GreenⅠ染料 方法 建立 临床检测
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