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苹果实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选 被引量:29
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作者 周兰 张利义 +3 位作者 张彩霞 康国栋 田义 丛佩华 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期965-970,共6页
【目的】为筛选苹果实时荧光定量PCR实验中最适内参基因,【方法】应用实时荧光定量PCR技术,分析5个传统内参基因18SrRNA、ACTB、GAPDH、UBQ、TUB在苹果不同基因型、不同组织、果实不同发育时期的mRNA表达差异情况。供试的6个不同基因型... 【目的】为筛选苹果实时荧光定量PCR实验中最适内参基因,【方法】应用实时荧光定量PCR技术,分析5个传统内参基因18SrRNA、ACTB、GAPDH、UBQ、TUB在苹果不同基因型、不同组织、果实不同发育时期的mRNA表达差异情况。供试的6个不同基因型苹果分别为:新疆野生苹果、八棱海棠、丽江山荆子、‘津轻’、‘国庆’、‘金冠’;6种不同组织为果皮、果肉、叶片、愈伤组织、花瓣、种子;5个果实发育不同时期为花后28、50、74、95、115 d。【结果】经geNorm程序分析发现5种内参基因的表达稳定性各异,UBQ在果实不同基因型和不同发育时期的基因表达分析中最稳定;ACTB和UBQ在6种不同组织中表达均稳定。【结论】UBQ在参试样品中表达均比较稳定,是研究苹果基因表达分析中理想的内参基因。 展开更多
关键词 苹果 实时荧光定量PCR 内参基因 geNorm程序
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柑橘内参基因的稳定性评价 被引量:27
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作者 肖翠 严佳文 +3 位作者 龙桂友 戴素明 李大志 邓子牛 《果树学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期978-984,共7页
【目的】为了筛选在柑橘中稳定表达的内参基因,以确保柑橘基因表达分析结果的可靠性。【方法】选取Actin、18SrRNA、rpII、GAPDH、UBQ10、UBQ1作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder、BestKeeper以及RefFinder软件分析这6个基因在冰糖... 【目的】为了筛选在柑橘中稳定表达的内参基因,以确保柑橘基因表达分析结果的可靠性。【方法】选取Actin、18SrRNA、rpII、GAPDH、UBQ10、UBQ1作为候选内参基因,以geNorm、Normfinder、BestKeeper以及RefFinder软件分析这6个基因在冰糖橙的根、茎、叶、果实以及干旱、低温、溃疡病、衰退病胁迫下叶片中的表达稳定性。【结果】结果表明,在不同柑橘器官及不同胁迫处理下的柑橘叶片中,候选内参基因的表达稳定性确实存在差异。在不同柑橘器官之间比较用UBQ10和rpII;干旱胁迫下用GAPDH、18SrRNA和Actin;低温胁迫下用UBQ10、Actin和18Sr-RNA;溃疡病菌侵染胁迫下用Actin、UBQ10和GAPDH;感染衰退病毒时用18SrRNA和rpII。【结论】为了获得较为稳定的表达分析结果,建议根据不同的试验内容选择不同的内参基因组合。 展开更多
关键词 柑橘 内参基因 稳定性评价 rt-qpcr 基因表达分析
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香鱼凝血因子X基因表达与鳗利斯顿氏菌感染的相关性 被引量:25
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作者 黄左安 陈炯 +2 位作者 陆新江 史雨红 李明云 《Zoological Research》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期492-498,共7页
凝血途径的关键因子--凝血因子X(coagulation factor X,FX),是一种与免疫调控密切相关的维生素K依赖型丝氨酸蛋白酶。该研究克隆了香鱼(Plecoglossus altivelis)FX基因全长cDNA序列,它由1817个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码... 凝血途径的关键因子--凝血因子X(coagulation factor X,FX),是一种与免疫调控密切相关的维生素K依赖型丝氨酸蛋白酶。该研究克隆了香鱼(Plecoglossus altivelis)FX基因全长cDNA序列,它由1817个核苷酸组成,包含一个大的开放阅读框,编码一个由453个氨基酸组成的相对分子质量为5.07×104的蛋白。香鱼FX与已知的哺乳动物FX的结构相似,N端24个残基为信号肽序列。序列比较表明,香鱼FX与斑马鱼FX的氨基酸同一性最高,为53%。在健康香鱼中,FX基因mRNA主要在肝组织中表达,脑和鳃中也有少量表达。实时荧光定量PCR分析揭示,鳗利斯顿氏菌感染后香鱼肝组织中FX基因mRNA表达显著上调,16h时达到5.43倍。通过原核表达系统表达了香鱼FX丝氨酸蛋白酶结构域,并制备了抗血清。Western blotting分析显示,鳗利斯顿氏菌感染后香鱼血清中FX含量显著增加,并随着时间延长上调倍数不断增大,在36h时达到3.68倍。据此,FX基因mRNA及蛋白的表达与鳗利斯顿氏菌感染香鱼的过程紧密相关,揭示它可能在鱼类抗细菌感染的免疫反应中起重要作用。 展开更多
关键词 凝血因子X 香鱼 鳗利斯顿氏菌 实时荧光定量PCR WESTERN BLOTTING
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复方苦参注射液抗肿瘤、镇痛活性评价及机制研究 被引量:20
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作者 范琦琦 折改梅 +10 位作者 魏静 李芝奇 陈美琳 董英 于啊香 李建伟 秦文杰 王伟 林瑞超 赵崇军 游蓉丽 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期2712-2720,共9页
该研究基于体内斑马鱼模型评价复方苦参注射液(compound kushen injection,CKI)抗肿瘤及镇痛活性,并探究其抗肿瘤的作用机制。通过斑马鱼卵黄囊显微注射LPC H12肝癌细胞建立斑马鱼肿瘤异种移植模型,实验过程中设置复方苦参注射液高(H-C... 该研究基于体内斑马鱼模型评价复方苦参注射液(compound kushen injection,CKI)抗肿瘤及镇痛活性,并探究其抗肿瘤的作用机制。通过斑马鱼卵黄囊显微注射LPC H12肝癌细胞建立斑马鱼肿瘤异种移植模型,实验过程中设置复方苦参注射液高(H-CKI)、中(M-CKI)、低(L-CKI)剂量组和模型组,给药72 h后以肿瘤面积增长倍数、积分吸光度(integrated absorbance,IA)增长倍数为指标评价CKI对肿瘤的抑制作用;分别以冰乙酸(acetic acid,AA)和佛波酯(phorbol myristate acetate,PMA)建立斑马鱼外周疼痛和中枢疼痛模型,利用行为轨迹分析系统监测斑马鱼行为运动轨迹,以运动次数、运动时间、运动距离、运动速度等运动状态为指标评价CKI的镇痛活性;最后,通过实时定量聚合酶链反应(real-time quantitative polymerasechain reaction,RT-qPCR)检测B淋巴细胞瘤-2基因(B lymphocyte tumor-2,Bcl-2)与磷脂酰肌醇-3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt或PKB)通路相关基因的表达,验证抗肿瘤作用机制。与模型组相比,M-CKI组和H-CKI组肿瘤面积及积分吸光度的增长倍数显著降低,对外周疼痛和中枢疼痛具有明显的缓解作用,机制研究发现CKI能够上调半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(caspase-3,Casp3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶9(caspase-9,Casp9)表达,下调PI3K、Akt表达,且Bcl-2、缺氧诱导因子-1α(hypoxia-inducible factor 1α,HIF-1α)、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)表达水平显著降低。综上,CKI具有显著的抑制肿瘤生长及镇痛的功效,其机制与PI3K/Akt信号通路有关,该通路介导细胞凋亡,抑制肿瘤生长,缓解肿瘤疼痛。 展开更多
关键词 复方苦参注射液 活性 机制 抗肿瘤 镇痛 rt-qpcr
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引经药桔梗对顺铂在原位肺癌移植瘤裸鼠体内分布的影响 被引量:16
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作者 李杨 夏琦 +1 位作者 赵瑞芝 邓时贵 《中药药理与临床》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期71-75,共5页
目的:探讨桔梗(PG)的引经作用对顺铂(DDP)在裸鼠体内的组织分布的影响。方法:60只裸鼠经胸腔穿刺法注射A549构建裸鼠原位肺癌移植模型,随机分为:模型组、DDP 3mg/kg组、DDP+桔梗1g/kg组、DDP+桔梗2g/kg组、DDP+桔梗4g/kg组,连续给药30... 目的:探讨桔梗(PG)的引经作用对顺铂(DDP)在裸鼠体内的组织分布的影响。方法:60只裸鼠经胸腔穿刺法注射A549构建裸鼠原位肺癌移植模型,随机分为:模型组、DDP 3mg/kg组、DDP+桔梗1g/kg组、DDP+桔梗2g/kg组、DDP+桔梗4g/kg组,连续给药30天。取血浆及各脏器,采用高效液相色谱法测定顺铂的药物浓度。PT-q PCR测定肺中AQP1、AQP5、P-gp的mRNA表达量。结果:桔梗显著增加顺铂在肺脏、脾脏中药物浓度(桔梗1g/kg、2g/kg、4g/kg剂量增加幅度分别为31.1%、43.0%、33.0%;51.0%、30.0%、18.9%);并显著降低了顺铂在肝脏、心脏、小肠中的药物浓度。与DDP组比较,联用桔梗1g/kg、2g/kg、4g/kg剂量组对P-gp基因表达分别降低32.62%、28.88%、65.78%。结论:桔梗可能通过降低肺中P-gp表达量增强了顺铂在裸鼠肺组织的药物分布。 展开更多
关键词 桔梗 顺铂 联合化疗 组织分布 rt-qpcr
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无公害人参氮肥精细化栽培关键技术研究 被引量:15
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作者 郭丽丽 郭帅 +4 位作者 董林林 沈亮 李西文 徐江 陈士林 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第7期1427-1433,共7页
无公害农田栽参是人参种植产业化发展的主要模式,氮肥精细化管理是人参无公害农田栽培技术体系的关键环节。为探究氮肥精细化管理对人参生长阶段生物量积累及次生代谢产物合成的影响,试验以两年生营养生长阶段人参为试材,分别施加氮质... 无公害农田栽参是人参种植产业化发展的主要模式,氮肥精细化管理是人参无公害农田栽培技术体系的关键环节。为探究氮肥精细化管理对人参生长阶段生物量积累及次生代谢产物合成的影响,试验以两年生营养生长阶段人参为试材,分别施加氮质量浓度为0,10,20,40 mg·L^-1霍格兰氏培养液,观测叶色、茎粗、叶绿素含量等表性变化,测定光合速率动态变化,定量分析皂苷合成关键基因PgHMGR,PgSQE的时空表达量。结果表明,不同氮浓度处理下人参光合速率和叶绿素含量变化差异显著,根、茎和叶中PgHMGR,PgSQE基因相对表达量差异显著。氮质量浓度为20 mg·L^-1时,人参叶片净光合速率和叶绿素含量最大,叶片净光合速率随时间延长呈先上升后下降趋势。根中PgHMGR与PgSQE基因的相对表达量最高。推测适宜人参营养生长阶段的最适氮质量浓度为20 mg·L^-1(硝酸铵57.14 mg/株,纯氮量20 mg/株),该浓度是人参的最适皂苷合成氮浓度。无公害人参氮肥精细化栽培关键技术研究有利于优质高效人参药材的生产,对减肥增效及环境友好型可持续生态人参种植产业发展提供科学依据。 展开更多
关键词 人参 精细化栽培 氮水平 PgHMGR PGSE rt-qpcr
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飞蝗海藻糖酶基因的分子特性及功能 被引量:14
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作者 刘晓健 孙亚文 +2 位作者 崔淼 马恩波 张建珍 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2016年第22期4375-4386,共12页
【目的】海藻糖酶(trehalase)可专一性地将一分子海藻糖水解成为两分子葡萄糖,在昆虫能量代谢和几丁质合成过程中发挥重要作用,因此,海藻糖酶已成为害虫控制的潜在靶标。本研究以重要农业害虫飞蝗(Locusta migratoria)为材料,探讨海藻... 【目的】海藻糖酶(trehalase)可专一性地将一分子海藻糖水解成为两分子葡萄糖,在昆虫能量代谢和几丁质合成过程中发挥重要作用,因此,海藻糖酶已成为害虫控制的潜在靶标。本研究以重要农业害虫飞蝗(Locusta migratoria)为材料,探讨海藻糖酶基因的分子特性及生理功能,为飞蝗的有效治理提供理论依据。【方法】通过搜索飞蝗转录组和基因组数据库,获得4个海藻糖酶基因cDNA全长序列,运用blast、TMHMM和SignalP等相关软件分析其序列特征;利用ClustalW进行海藻糖酶全长氨基酸序列比对,MEGA7构建海藻糖酶的系统进化树;运用reverse transcription-quantitative PCR(RT-qPCR)技术研究4个海藻糖酶基因在5龄若虫不同组织及发育日龄的表达特性;体外合成4个基因的dsRNA后,分别注射5龄第2天若虫,同时注射dsGFP作为对照,收集注射dsRNA 48 h后的整虫提取RNA,反转录成cDNA后,采用RT-qPCR技术检测海藻糖酶基因以及几丁质合成关键基因UDP-N-乙酰葡糖胺焦磷酸化酶基因LmUAP1和几丁质合成酶1基因LmCHS1的表达量,并观察记录表型。【结果】飞蝗4个海藻糖酶均含有海藻糖酶的2个功能保守区以及1个甘氨酸富集区,其中1个海藻糖酶具有跨膜结构域,将其命名为LmTre(GenBank M登录号:KX371563),1个海藻糖酶具有类跨膜结构,将其命名为Lm Tre M-like(Gen Bank登录号:KX371565),其余2个均为可溶性海藻糖酶,分别命名为LmTreS1和LmTreS2(GenBank登录号:KX371564和FJ795020);系统发育分析结果显示,LmTreM和LmTreM-like与膜结合型海藻糖酶聚为一支,而LmTreS1和LmTreS2与可溶性海藻糖酶聚为一支;对4个基因在5龄若虫不同组织部位和发育日龄表达量的分析表明LmTreM、LmTreS1和LmTreS2具有组织特异表达特性,而LmTreM-like在所有组织部位中均表达,且4个海藻糖酶基因呈现出不同的发育变化趋势;RNAi结果表明,分别注射飞蝗4个海藻糖酶基因dsRNA至5龄若虫后,与� 展开更多
关键词 飞蝗 海藻糖酶基因 表达特性 rt-qpcr RNA干扰
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饲粮中燕麦干草含量对绵羊瘤胃液pH及微生物区系的影响 被引量:15
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作者 周瑞 赵生国 +2 位作者 刘立山 王川 吴建平 《动物营养学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第5期1589-1597,共9页
本试验旨在研究饲粮燕麦干草含量对绵羊瘤胃液p H及微生物区系的影响。选取9只体况和体重[(70.32±2.14)kg]相近、装有永久性瘘管的德国美利奴与蒙古羊杂种公羊,采用3×3拉丁方设计,随机分为3组,每组3只,各组分别采用全株玉米... 本试验旨在研究饲粮燕麦干草含量对绵羊瘤胃液p H及微生物区系的影响。选取9只体况和体重[(70.32±2.14)kg]相近、装有永久性瘘管的德国美利奴与蒙古羊杂种公羊,采用3×3拉丁方设计,随机分为3组,每组3只,各组分别采用全株玉米青贮、全株玉米青贮+燕麦干草(1∶1)(混合组)、燕麦干草为粗饲料。饲粮精粗比34.50∶65.50。进行3期饲养试验,每期20 d,15 d预试期,5 d采样期。采集饲喂前(0 h)和饲喂后1、3、5和7 h的瘤胃液,测定p H,采用实时定量PCR方法测定微生物相对含量。结果表明:1)全株玉米青贮组的瘤胃液p H在1、5 h均显著低于燕麦干草组(P<0.05),在3 h极显著低于混合组(P<0.01);2)混合组和燕麦干草组瘤胃液真菌的相对含量在0 h均极显著高于全株玉米青贮组(P<0.01),燕麦干草组在5 h真菌相对含量显著高于全株玉米青贮组(P<0.05);3)混合组原虫的相对含量在1、5 h显著低于全株玉米青贮组(P<0.05);4)饲喂后5 h,混合组和燕麦干草组的纤维分解菌相对含量均较高,其中燕麦干草组黄色瘤胃球菌相对含量显著高于全株玉米青贮组(P<0.05),白色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌的相对含量极显著高于全株玉米青贮组(P<0.01)。综上所述,在精粗比为34.50∶65.50的饲粮中采用全株玉米青贮+燕麦干草(1∶1)的粗饲料,有利于维持绵羊瘤胃内环境的稳态及瘤胃微生物的生长,白色瘤胃球菌和产琥珀酸丝状杆菌为优势菌。 展开更多
关键词 绵羊 粗饲料 瘤胃 微生物区系 实时定量PCR
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松墨天牛化学感受组织荧光定量PCR内参基因的鉴定与筛选 被引量:15
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作者 冯波 郭前爽 +1 位作者 毛必鹏 杜永均 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第4期427-437,共11页
【目的】本研究拟选择适合用于分析松墨天牛Monochamus alternatus化学感受组织中基因表达的内参基因。【方法】依据转录组测序结果进行内参基因鉴定,利用RT-q PCR技术分析内参基因在松墨天牛不同发育阶段和不同性别化学感受组织间的表... 【目的】本研究拟选择适合用于分析松墨天牛Monochamus alternatus化学感受组织中基因表达的内参基因。【方法】依据转录组测序结果进行内参基因鉴定,利用RT-q PCR技术分析内参基因在松墨天牛不同发育阶段和不同性别化学感受组织间的表达差异,并利用软件ge Norm,Norm Finder和Best Keeper比较其表达的稳定性。【结果】松墨天牛转录组中鉴定出9个候选内参基因(Actin,TUB,18S rRNA,RPS27A,RPS3,RPL10,AK,GAPDH和EF1A),其中后7个候选内参基因在松墨天牛中被首次鉴定,松墨天牛候选内参基因和其他昆虫相应基因的同源性很高。9个候选内参基因引物均具有良好的扩增效率,18S rRNA的表达水平最高,EF1A的表达水平最低;18S rRNA和Actin在不同样品间的表达水平差异最大,GAPDH和TUB表达水平在不同样品间差异最小。ge Norm和Norm Finder软件分析认为,GAPDH是最稳定的内参基因,TUB是较为稳定的内参基因,18S rRNA和Actin是最不稳定的内参基因;Best Keeper软件分析认为,GAPDH和TUB是合适的内参基因,18S rRNA和Actin是不适合的内参基因。最适合校正松墨天牛化学感受组织中基因表达数据的内参基因数量为2个,即GAPDH和TUB,并且这样的内参基因组合可以用于不同发育阶段和不同性别的不同化学感受组织。【结论】本研究结果为利用RT-q PCR技术准确分析松墨天牛和其他天牛基因包括化学感受组织基因相对表达量的内参基因选择提供了重要参考。 展开更多
关键词 松墨天牛 内参基因 化学感受 发育 荧光定量PCR
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RT-qPCR法定量检测乳腺癌FFPE样本ER、PR、HER2、Ki-67表达的初步分析 被引量:13
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作者 韦晓霞 姜瑞瑞 +2 位作者 雷婷 叶丰 步宏 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期968-971,共4页
目的初步探索实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)法与免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)法检测乳腺癌福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed and paraffin embedded,FFPE)样本ER、PR、HER... 目的初步探索实时荧光定量PCR(real-time quantitative polymerase chain reaction,RT-qPCR)法与免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)法检测乳腺癌福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed and paraffin embedded,FFPE)样本ER、PR、HER2、Ki-67的一致性及评估RT-qPCR法的应用前景。方法纳入术前穿刺诊断为乳腺浸润性导管癌、临床病理资料完整、肿瘤成分大于20%的FFPE样本73例。RT-qPCR采用人乳腺癌分子分型定量检测试剂盒(MammaTyper)检测。结果 RT-qPCR法与IHC法一致率ER、PR、HER2、Ki-67分别为90. 41%、87. 67%、84. 93%、94. 52%;一致性分析Kappa值分别为0. 777 5、0. 752 2、0. 701 2、0. 800 8。结论 RT-qPCR法与IHC法检测ER、PR、HER2、Ki-67具有较高的一致性;但在检测ER、PR和HER2时应注意导管原位癌和残存乳腺组织的可能影响,并进一步扩大检测样本量,不断优化RT-qPCR的截断值。与ER、PR和HER2相比,RT-qPCR法检测Ki-67可能具有更好的应用前景。 展开更多
关键词 乳腺肿瘤 分子分型 rt-qpcr 免疫组织化学
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二斑叶螨内参基因的筛选及解毒酶基因的表达水平 被引量:13
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作者 岳秀利 高新菊 +2 位作者 王进军 吕娟娟 沈慧敏 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第21期4542-4549,共8页
【目的】筛选二斑叶螨(Tetranychus urticae)敏感(SS)和抗甲氰菊酯品系(Fe-R)中合适的内参基因,并通过基因相对表达定量PCR研究二斑叶螨抗性品系解毒酶基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-... 【目的】筛选二斑叶螨(Tetranychus urticae)敏感(SS)和抗甲氰菊酯品系(Fe-R)中合适的内参基因,并通过基因相对表达定量PCR研究二斑叶螨抗性品系解毒酶基因表达水平的变化。【方法】采用实时荧光定量PCR(quantitative real time PCR,RT-qPCR)技术,分析二斑叶螨5.8S rRNA、α-tubulin、β-actin、ELF、GAPDH、RPL13a、SDHA和TBP共8个候选内参基因mRNA表达水平的稳定性,并分析二斑叶螨酯酶(Carboxyl/cholinesterases,CCEs)、谷胱甘肽转移酶(Glutathione s-transferase,GSTs)及细胞色素P450单加氧酶(Cytocheome P450 monooxygenases,P450s)等主要解毒酶基因相对表达量。用GeNorm和NormFinder软件进行内参基因稳定性评估,通过比较Ct值的方法进行基因相对表达量计算。【结果】8个内参基因中稳定性最高的为α-tubulin;以α-tubulin为内参基因,二斑叶螨Fe-R品系GSTs基因TuGSTo1、TuGSTd1及P450s基因CYP3D2相对表达量均显著高于SS品系,而CCEs基因TuCCE1的表达量有所降低。【结论】在二斑叶螨SS和Fe-R品系中α-tubulin为理想的内参基因,RT-qPCR研究表明TuGSTo1、TuGSTd1和CYP3D2相对表达量的升高可能是二斑叶螨对甲氰菊酯产生高抗性的分子机理。 展开更多
关键词 内参基因 rt-qpcr CCES GSTS P450s 二斑叶螨
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山新杨PdPapGH12基因克隆及其响应胁迫的组织表达 被引量:14
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作者 李素 陈芳 +6 位作者 殷缘 田广宇 陈晓璇 王天真 范诺 ABDUL WAHID BALOCH 张荣沭 《森林工程》 北大核心 2021年第4期11-21,共11页
为筛选林木抗性基因,培育高抗转基因林木,以山新杨(Populus davidiana×P.alba var.pyramidlis)为试材,采用RT-PCR技术克隆获得1560 bp的PdPapGH12(Potri.004G109200.1)基因cDNA,生物信息学分析表明该基因编码519个氨基酸,该蛋白属... 为筛选林木抗性基因,培育高抗转基因林木,以山新杨(Populus davidiana×P.alba var.pyramidlis)为试材,采用RT-PCR技术克隆获得1560 bp的PdPapGH12(Potri.004G109200.1)基因cDNA,生物信息学分析表明该基因编码519个氨基酸,该蛋白属于亲水性酸性蛋白。依据亚细胞定位预测结果推测其在胞内发挥水解的作用。蛋白结构分析发现PdPapGH12与4个杨树品种的9条GHs序列具有高度一致性。qRT-PCR分析显示,PdPapGH12在茎基、老叶和根中表达量更高。并发现200 mmol/L NaCl、pH为10的Na_(2)CO_(3)溶液和聚乙二醇6000(PEG 6000;质量分数30%)胁迫48 h其在茎尖、叶和根中均上调表达;5种植物致病病原真菌胁迫48 h均使其在茎尖的表达下调。只有核盘菌使其在叶中表达显著上调;尖孢镰刀菌、链格孢菌和立枯丝核菌使其在根内表达显著上调。受激素诱导48 h,ABA(100μmol/L)仅使其在根部表达上调;SA(100μmol/L)仅使其在叶中表达上调,而JA(100μmol/L)使其在叶和根中的表达均上调。结果表明PdPapGH12参与植物抵抗逆境胁迫和激素诱导的信号途径。 展开更多
关键词 糖苷水解酶 非生物胁迫 生物胁迫 激素诱导 Qrt-PCR
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肺癌患者血清和单个核细胞9种miRNAs表达差异及其意义 被引量:13
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作者 陈旭 王琳 +3 位作者 蒋敏 史进方 马海涛 顾国浩 《中华检验医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第2期165-172,共8页
【摘要】目的探讨肺癌患者血清/外周血单个核细胞(PBMC)mieroRNA(miltNAs)表达谱的变化及其意义。方法本研究属于临床病例对照研究。建立基于实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测miRNA的方法,对其进行定量研究;2011年11月至2012... 【摘要】目的探讨肺癌患者血清/外周血单个核细胞(PBMC)mieroRNA(miltNAs)表达谱的变化及其意义。方法本研究属于临床病例对照研究。建立基于实时荧光定量PCR(RT-qPCR)技术检测miRNA的方法,对其进行定量研究;2011年11月至2012年9月收集苏州大学附属第一医院住院及门诊肺癌患者61例,肺部良性疾病及健康对照各48例,各组间性别、年龄匹配,年龄为64(40-85)岁;采用RT-qPCR技术检测血清及配对PBMC中miR.20a、miR-21、mitl-25、mitl-29a、miR-31、miR-126、miR-129、miR-145、miR-205的表达水平,以U6为内参,用F=2^△Ct法计算。其中△Ct=CtmiRNA-CtU6。F表示目标miRNA表达量相对于同一样本u6的变化倍数。采用SPSS19.0软件进行统计分析,两组样本的比较采用成组设计的两样本t检验,多组数据的比较采用单因素方差分析,若差异有统计学意义,多组数据两两间的比较采用S-N-K检验,两变量之间关系采用Pearson相关性分析,对各样本中u6的ct值是否相等作Brown-Forsythe检验。结果肺癌患者血清miR.20a(F=271.64,P〈0.01)、mill-21(F=2232.51,P〈0.01)、miR-205(F=45.13,P〈0.01)、miR-29a(F=19.98,P〈0.01)、miR-25(F=313.19,P〈0.01)、miR-126(F=32.38,P〈0.叭)与健康对照组、肺部良性疾病组之间差异有统计学意义,且其中miR-29a(健康对照组3.27±2.44,肺部良性疾病组3.19±0.32,肺癌组0.99±2.31)、miR-25(健康对照组3.88±0.62,肺部良性疾病组3.42±0.51,肺癌组1.79±0.37)、miR-126(健康对照组3.19±1.77,肺部良性疾病组2.67±1.55,肺癌组0.96±0.84)在肺部疾病恶性化发展中呈下调趋势;肺癌miR-31(比值=1.85,P〈0.01)与健康对照相比升高,miR.145(比值=-3.00,P〈0.05)则下降;不同分化程度的肺癌患者血清mill-31(F=5.22,P〈0.01)表达差� 展开更多
关键词 微RNAS 肺癌 血清 单核 实时荧光定量PCR
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啤酒花矮化类病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 被引量:11
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作者 赵晓丽 周琦 +1 位作者 孙宁 邓丛良 《植物保护学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第4期309-314,共6页
为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,设计了2对引物及特异探针,体外转录制备了RNA标准品,绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。建... 为建立一种快速、灵敏、特异的定量检测啤酒花矮化类病毒(Hop stunt viroid,HSVd)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法,设计了2对引物及特异探针,体外转录制备了RNA标准品,绘制标准曲线,并对该方法的特异性、灵敏度和重复性进行评估。建立的定量标准曲线C t值与模板拷贝数对数之间呈良好的线性关系,相关系数R2为0.9988,扩增效率为95%;该方法的特异性好,与啤酒花潜隐类病毒(HLVd)、葡萄黄斑类病毒1(GYSVd-1)、葡萄黄斑类病毒2(GYSVd-2)和桃潜隐花叶类病毒(PLMVd)均无交叉反应;灵敏度为1.0×102拷贝/μL,比普通RT-PCR高10倍;试验内及试验间重复性试验的变异系数均小于3%。研究表明该方法适用于实际样品中HSVd的快速定量检测。 展开更多
关键词 啤酒花矮化类病毒 定量 检测 实时荧光定量rt—PCR
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棉花根系分泌物对枯草芽胞杆菌NCD-2菌株趋化性的影响 被引量:10
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作者 董丽红 郭庆港 +6 位作者 张晓云 赵卫松 王培培 苏振贺 鹿秀云 李社增 马平 《植物病理学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期399-407,共9页
枯草芽胞杆菌NCD-2菌株在不同棉花品种根际定殖能力表现不同,在感黄萎病品种冀棉11根际的定殖能力最强,而在耐病品种中棉所41根际的定殖能力最弱。本研究收集了5个不同棉花品种的根系分泌物,测定了NCD-2菌株对根系分泌物的趋化作用,结... 枯草芽胞杆菌NCD-2菌株在不同棉花品种根际定殖能力表现不同,在感黄萎病品种冀棉11根际的定殖能力最强,而在耐病品种中棉所41根际的定殖能力最弱。本研究收集了5个不同棉花品种的根系分泌物,测定了NCD-2菌株对根系分泌物的趋化作用,结果表明NCD-2菌株对冀棉11根系分泌物的趋化作用最强,而对中棉所41根系分泌物的趋化作用最差。通过柱前衍生高效液相色谱法(AccQ-Tag-HPLC)测定了根系分泌物中氨基酸的成分及含量,结果表明不同氨基酸在不同棉花品种中含量不同。冀棉11的根系分泌物中氨基酸种类最多,可达17种。在中棉所41的根系分泌物中氨基酸种类最少且大多数氨基酸含量均为最低。测定了NCD-2菌株对14种氨基酸标准品的趋化性,结果表明NCD-2菌株对精氨酸(Arg)、丙氨酸(Ala)和赖氨酸(Lys)趋化性最强,但对甘氨酸(Gly)呈现负趋化性。RT-qPCR试验表明冀棉11的根系分泌物可提高cheA和cheD基因在NCD-2菌株中的表达量。室内防治试验表明,NCD-2菌株对冀棉11黄萎病的防效最好,防治效果可达到66.68%。本研究明确了棉花根系分泌物中氨基酸对NCD-2菌株趋化性的影响,该菌株在棉花根际定殖能力与棉花根系分泌物中氨基酸对本菌株的趋化性相一致。 展开更多
关键词 枯草芽胞杆菌 根系分泌物 液相色谱 趋化性 rt-qpcr
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葡萄蚕豆萎蔫病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法及应用 被引量:9
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作者 张梦妍 张尊平 +3 位作者 任芳 胡国君 范旭东 董雅凤 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第1期187-194,共8页
建立了葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus,GFabV)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系(扩增效率103.8%,相关系数0.998),灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍,并具有特异性。采用RT-q... 建立了葡萄蚕豆萎蔫病毒(Grapevine fabavirus,GFabV)的实时荧光定量RT-PCR(RT-qPCR)检测技术。该技术标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系(扩增效率103.8%,相关系数0.998),灵敏度是常规RT-PCR的1 000倍,并具有特异性。采用RT-qPCR和常规RT-PCR方法对葡萄不同发育时期及不同部位的316个样品进行检测,结果表明RT-qPCR方法对GFabV的检出率(96.8%)明显高于RT-PCR(70.8%)。RT-qPCR对休眠枝条中GFabV的检出率达100%,对其他部位样品的检出率均在92%以上,明显高于RT-PCR(42%~97%)。各个发育时期样品GFabV的RT-qPCR检出率(85%~95%)也普遍高于RT-PCR(70%~90%)。该技术对于田间样品的检测适用范围广。 展开更多
关键词 葡萄 葡萄蚕豆萎蔫病毒 实时荧光定量rt-PCR rt-PCR
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Diaphorobacter sp.PDB3菌好氧反硝化脱氮特性 被引量:11
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作者 许涛 王国英 岳秀萍 《中国环境科学》 EI CAS CSSCI CSCD 北大核心 2018年第6期2321-2328,共8页
研究了Diaphorobacter sp.PDB3菌在发酵罐内好氧反硝化特性.经过分析比较确定柠檬酸钠是好氧反硝化最佳碳源,采用响应面法对影响好氧反硝化的条件(温度、p H值、发酵罐转速、碳氮比)进行优化,构建出好氧反硝化数学模型.本模型预测值与... 研究了Diaphorobacter sp.PDB3菌在发酵罐内好氧反硝化特性.经过分析比较确定柠檬酸钠是好氧反硝化最佳碳源,采用响应面法对影响好氧反硝化的条件(温度、p H值、发酵罐转速、碳氮比)进行优化,构建出好氧反硝化数学模型.本模型预测值与实测值相关性非常好,预测PDB3菌发酵罐内好氧反硝化最佳条件:p H值、碳氮比、温度、转速分别为7.3、8.1、30.1℃、299.9r/min,最佳好氧反硝化比速率为2.25h^(-1).验证实验表明,PDB3菌在发酵罐内好氧反硝化比速率为2.12h^(-1),误差仅为5.8%.通过氮平衡分析表明,29.0%的总氮去除量转化为胞内氮,氮损失占总氮去除量的67.3%,细胞主要通过好氧反硝化作用和细胞同化作用脱氮.荧光定量PCR分析测定好氧反硝化过程中脱氮基因(nap A,nir S,cnor B,nos Z)的表达水平以进一步解释脱氮特征,为Diaphorobacter sp.PDB3菌的实际应用提供一定的理论依据. 展开更多
关键词 Diaphorobacter 好氧反硝化 响应面 氮平衡 荧光定量PCR
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Effect of surfactant Tween-80 on sulfur oxidation and expression of sulfur metabolism relevant genes of Acidithiobacillus ferrooxidans 被引量:9
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作者 彭安安 刘红昌 +1 位作者 聂珍媛 夏金兰 《Transactions of Nonferrous Metals Society of China》 SCIE EI CAS CSCD 2012年第12期3147-3155,共9页
The effects of surfactant Tween-80 on the growth, sulfur oxidation, and expression of selected typical sulfur metabolism relevant genes of Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 were investigated. The results showe... The effects of surfactant Tween-80 on the growth, sulfur oxidation, and expression of selected typical sulfur metabolism relevant genes of Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 were investigated. The results showed that in the presence of 10-2 g/L Tween-80, the growth of A. ferrooxidans and its metabolism on the insoluble substrate S0 and CuFeS2 were promoted. After 24 d of bioleaching, the copper extraction yield of chalcopyrite at 10-2 g/L Tween-80 increased by 16% compared with the bioleaching experiment without Tween-80. FT-IR spectra analysis revealed that the result was probably caused by the extracellular polymeric substances whose composition could be changed by the surfactant addition. RT-qPCR was used to analyze the differential expressions of 17 selected sulfur metabolism relevant genes in response to the addition of Tween-80. Down-regulation of the extracellular protein genes indicated the influence of Tween-80 on bacteria-sulfur adsorption. Variation of the expression level of the enzymes provided a supplement to sulfur metabolism investigation. 展开更多
关键词 Acidithiobacillus ferrooxidans sulfur metabolism surfactant Tween-80 rt-qpcr
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沙葱萤叶甲海藻糖酶基因GdTre1的克隆、分子特性和表达分析 被引量:9
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作者 陈龙 谭瑶 +3 位作者 周晓榕 庞保平 格希格都仁 孙志鹏 《昆虫学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期271-281,共11页
【目的】海藻糖酶(trehalase,Tre)作为昆虫体内海藻糖代谢的关键性酶,在昆虫能量调节和生长发育中具有重要作用。本研究旨在克隆获得沙葱萤叶甲Galeruca daurica海藻糖酶基因,并对其表达模式进行定量分析,以期探究海藻糖酶在沙葱萤叶甲... 【目的】海藻糖酶(trehalase,Tre)作为昆虫体内海藻糖代谢的关键性酶,在昆虫能量调节和生长发育中具有重要作用。本研究旨在克隆获得沙葱萤叶甲Galeruca daurica海藻糖酶基因,并对其表达模式进行定量分析,以期探究海藻糖酶在沙葱萤叶甲生长发育和成虫夏滞育中的作用。【方法】根据沙葱萤叶甲转录组数据,采用RACE技术,克隆得到Tre基因的c DNA全长,并进行生物信息学分析;应用实时荧光定量PCR(RT-q PCR)技术检测其在沙葱萤叶甲不同发育阶段[卵、1-3龄幼虫、预蛹、蛹、成虫(羽化后3,7,10,15,25,40,60,80和100 d)]、成虫不同组织(头、胸和腹)以及3日龄成虫在不同温度(15,20,25,30,35和40℃)胁迫下的表达水平;采用3,5-二硝基水杨酸法测定不同日龄成虫体内海藻糖酶活性。【结果】克隆获得了沙葱萤叶甲可溶性海藻糖酶基因,并命名为Gd Tre1(Gen Bank登录号:KY697913),该基因全长1 933 bp,开放阅读框1 704bp,编码567个氨基酸;蛋白预测分子量为66.56 k D,等电点为6.62;编码蛋白具有海藻糖酶超基因家族典型的功能结构域,包含1条信号肽,不具有跨膜结构。同源序列比对和系统发育分析表明,Gd Tre1与马铃薯甲虫Leptinotarsa decemlineata Tre1b的同源性最高,氨基酸序列一致性达70.25%。RT-q PCR检测结果表明,Gd Tre1在沙葱萤叶甲各发育阶段均有表达,其中在卵期和成虫滞育期间高表达,而在幼虫、预蛹、蛹及成虫滞育前低表达;在成虫不同组织中,通常在腹部中表达量最高,其次为胸部,最低为头部;Gd Tre1表达量随着温度升高而上升,30℃达最高值,而后随温度升高略有下降。沙葱萤叶甲不同日龄成虫体内Gd Tre1表达量及Tre活性存在显著差异,且Gd Tre1表达量与Tre活性变化趋势一致。【结论】海藻糖酶与沙葱萤叶甲生长发育和成虫夏滞育有密切的关系。该结果为进一步揭示该虫的夏滞育分子机理提供了必要的基 展开更多
关键词 沙葱萤叶甲 海藻糖酶 基因克隆 夏滞育 rt-qpcr
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桂花多酚氧化酶(PPO)基因的克隆及表达分析 被引量:9
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作者 母洪娜 王良桂 孙陶泽 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期441-446,共6页
为阐明桂花PPO基因在其代谢活动及经济性状形成过程中可能发挥的作用,本研究综合运用RT-PCR、RACE、生物信息学和荧光实时定量方法,从桂花花瓣中克隆出了多酚氧化酶(PPO)基因,并证实本实验所克隆的基因(长1 866 bp)是PPO基因家族的成员... 为阐明桂花PPO基因在其代谢活动及经济性状形成过程中可能发挥的作用,本研究综合运用RT-PCR、RACE、生物信息学和荧光实时定量方法,从桂花花瓣中克隆出了多酚氧化酶(PPO)基因,并证实本实验所克隆的基因(长1 866 bp)是PPO基因家族的成员之一;荧光实时定量分析其时空表达发现PPO基因在幼根中表达量最高,花瓣、花梗中较低,当年生革质化叶片中表达量最低,而且PPO基因在开花过程中的表达谱变化趋势呈"高-低-高"。综上所述,桂花PPO基因的时空表达谱揭示了该基因的表达水平与器官的发育阶段、组织类型密切相关。 展开更多
关键词 桂花 多酚氧化酶 rt-q PCR 表达分析
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