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牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析
1
作者
周芳廷
保志鹏
+6 位作者
赵学成
李卫真
杜平
康定富
董书承
余选富
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2018年第1期47-55,共9页
【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、...
【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊和绵羊的同源序列,对牛科物种FSHβ基因同义密码子使用的偏好性及其差异进行了深入分析。【结果】各牛科物种共同偏好使用UUC、CUG、AUC、GUG、UCC、AGC、CCC、CCA、ACC、ACG、GCA、UAC、CAG、ACC、GAC、GAG、UGC、AGA、AGG、GGC等20种密码子。除CCA、GCA和AGA之外,其余密码子均以G/C结尾。编码His的两个同义密码子CAU、CAC在沼泽型水牛中无偏好性,在河流型水牛中则偏好使用CAU。编码Lys的两个密码子AAA、AAG在河流型和沼泽型水牛中无偏好性,在野牛和山羊中偏好使用AAG,而牦牛、普通牛、大额牛和绵羊则偏好使用AAA。基于密码子的RSCU值构建的聚类树显示:河流型与沼泽型水牛聚为一类,牦牛、普通牛、大额牛和绵羊聚为一类,野牛与山羊聚为一类。【结论】各牛科物种FSHβ基因在密码子使用上均存在一定的偏好性,但差异较小,且都偏好性使用以G/C结尾的密码子,其中河流型与沼泽型水牛的偏好性最相似。
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关键词
牛科物种
槟榔江水牛
FSHΒ基因
密码子偏好性
rscu
值
聚类分析
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职称材料
题名
牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析
1
作者
周芳廷
保志鹏
赵学成
李卫真
杜平
康定富
董书承
余选富
苗永旺
机构
云南农业大学动物科学技术学院
云南农业职业技术学院畜牧兽医学院
云南省大理州家畜繁育指导站
腾冲市巴福乐槟榔江水牛良种繁育有限公司
出处
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2018年第1期47-55,共9页
基金
国家自科学基金项目(31460582
31760659
+4 种基金
31460649)
云南省应用基础研究重点项目(2014FA032
2007C0003Z)
云南省应用基础研究计划面上项目(2006C0034M
2010ZC243)
文摘
【目的】为了确定牛科物种FSHβ基因密码子使用上的偏好性及差异。【方法】采用PCR产物直接测序法对36头槟榔江水牛、32头滇东南水牛、26头大额牛和29头中甸牦牛的FSHβ基因编码区序列进行了群体变异检测,并结合已发表的普通牛、野牛、山羊和绵羊的同源序列,对牛科物种FSHβ基因同义密码子使用的偏好性及其差异进行了深入分析。【结果】各牛科物种共同偏好使用UUC、CUG、AUC、GUG、UCC、AGC、CCC、CCA、ACC、ACG、GCA、UAC、CAG、ACC、GAC、GAG、UGC、AGA、AGG、GGC等20种密码子。除CCA、GCA和AGA之外,其余密码子均以G/C结尾。编码His的两个同义密码子CAU、CAC在沼泽型水牛中无偏好性,在河流型水牛中则偏好使用CAU。编码Lys的两个密码子AAA、AAG在河流型和沼泽型水牛中无偏好性,在野牛和山羊中偏好使用AAG,而牦牛、普通牛、大额牛和绵羊则偏好使用AAA。基于密码子的RSCU值构建的聚类树显示:河流型与沼泽型水牛聚为一类,牦牛、普通牛、大额牛和绵羊聚为一类,野牛与山羊聚为一类。【结论】各牛科物种FSHβ基因在密码子使用上均存在一定的偏好性,但差异较小,且都偏好性使用以G/C结尾的密码子,其中河流型与沼泽型水牛的偏好性最相似。
关键词
牛科物种
槟榔江水牛
FSHΒ基因
密码子偏好性
rscu
值
聚类分析
Keywords
bovine species
Binglangjiang buffalo
FSHβ gene
codon usage bias
rscu
cluster analysis
分类号
S823.2 [农业科学—畜牧学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
牛科物种FSHβ基因密码子偏好性分析
周芳廷
保志鹏
赵学成
李卫真
杜平
康定富
董书承
余选富
苗永旺
《云南农业大学学报(自然科学版)》
CSCD
北大核心
2018
0
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职称材料
已选择
0
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参考文献
引证文献
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