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R-loop功能及应用前沿展望
1
作者
苏思毅
徐莹莹
+1 位作者
张丽媛
任捷
《生命的化学》
CAS
2024年第9期1667-1681,共15页
R-loop是一种特殊的三链结构,由RNA侵入双链DNA形成,包括RNA-DNA杂交链和单链DNA。R-loop广泛存在于原核与真核生物的基因组中,参与调控基因转录、DNA复制和DNA损伤修复等多种生物学过程。然而,异常的R-loop形成和积累可能导致基因组不...
R-loop是一种特殊的三链结构,由RNA侵入双链DNA形成,包括RNA-DNA杂交链和单链DNA。R-loop广泛存在于原核与真核生物的基因组中,参与调控基因转录、DNA复制和DNA损伤修复等多种生物学过程。然而,异常的R-loop形成和积累可能导致基因组不稳定,并与多种疾病发生相关。由于不同染色质环境下R-loop的差异性,区分和研究R-loop的类别变得复杂且具有挑战性。尽管已有研究揭示了R-loop的多功能性,但其形成机制和精细调控功能仍需进一步探讨。因此,本文围绕R-loop的类别、研究方法、功能及其应用前沿展开综述,旨在为该领域的研究提供新的见解和方向。
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关键词
R-loop
rna
-
dna
杂交链
dna
转录
dna
复制
基因组不稳定性
dna
损伤修复
疾病
原文传递
R环对基因组稳定性的影响
2
作者
徐图南
郭燕君
潘巍巍
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1238-1246,共9页
R环是一种由RNA:DNA杂交体和一条DNA单链组成的三链核酸结构。R环可分为生理性和病理性两种类型。生理性R环参与DNA复制、转录和基因表达调控等多个生理学过程,而病理性R环则诱导产生DNA损伤和基因组重排。影响R环形成的因素有许多,不...
R环是一种由RNA:DNA杂交体和一条DNA单链组成的三链核酸结构。R环可分为生理性和病理性两种类型。生理性R环参与DNA复制、转录和基因表达调控等多个生理学过程,而病理性R环则诱导产生DNA损伤和基因组重排。影响R环形成的因素有许多,不受调控的R环通过干扰DNA复制和双链DNA断裂修复等过程破坏基因组的稳定性,严重时可引发癌症。因此,对R环的调控至关重要。RNA/DNA解旋酶Senataxin(SETX),DEAD-box解旋酶5(DDX5),核糖核酸酶H(RNase H)和DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoⅠ)等在调节体内R环平衡过程中发挥了重要作用。其中,SETX是最具特性的R环分解酶之一,能分解在转录终止位点、复制-转录冲突期间和DNA损伤修复过程中产生的R环。SETX突变将导致共济失调伴眼动失用症2型(AOA2)和肌萎缩性侧索硬化症4型(ALS4)。然而,随着对R环研究的深入,仍然存在许多尚未解决的问题。例如,对生理性和病理性R环的结构功能研究仍需深入探索。本文主要针对R环定义和分类、影响R环形成的因素、R环对基因组稳定性的影响和R环相关疾病进行阐述,探索未来将R环作为治疗靶点的可能性。
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关键词
R环
基因组稳定性
Senataxin
rna
:
dna
杂交体
下载PDF
职称材料
R环的形成及对基因组稳定性的影响
被引量:
2
3
作者
潘学峰
姜楠
+3 位作者
陈细芳
周晓宏
丁良
段斐
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期1185-1194,共10页
R-环是由一个RNA:DNA杂交体和一条单链状态的DNA分子共同组成的三链核酸结构。其中,RNA:DNA杂交体的形成起因于基因转录所合成的RNA分子不能与模板分开,或RNA分子重新与一段双链DNA分子中的一条链杂交。在基因转录过程中,当转录泡遇到富...
R-环是由一个RNA:DNA杂交体和一条单链状态的DNA分子共同组成的三链核酸结构。其中,RNA:DNA杂交体的形成起因于基因转录所合成的RNA分子不能与模板分开,或RNA分子重新与一段双链DNA分子中的一条链杂交。在基因转录过程中,当转录泡遇到富含G碱基的非模板链区或位于某些与人类疾病有关的三核苷酸卫星DNA时,转录泡后方累积的负超螺旋可促进R环形成。同时,新生RNA分子未被及时加工、成熟或未被快速转运到细胞质等因素也会催生R环。研究表明,细胞拥有多种管理R环的方法,可以有效地管理R环的形成和处理已经形成的R环,以尽量避免R环对DNA复制、基因突变和同源重组产生不利影响。文章重点分析了R-环的形成机制及R环对DNA复制、基因突变和同源重组的影响,并针对R-环诱导的DNA复制在某些三核苷酸重复扩增有关的神经肌肉退行性疾病发生过程中的作用进行了分析和讨论。
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关键词
rna
:
dna
杂交体
R-环
基因转录
dna
复制
基因组稳定性
下载PDF
职称材料
小麦细胞核仁中DNA原位位置与rRNA基因转录位点的研究
4
作者
赫杰
陶伟
郝水
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第2期231-236,共6页
以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术和DNA细胞化学特异染色NAMA-Ur技术,在原位水平对核仁中DNA的分布和特征进行了直观的观察。结果表明,小麦细胞核仁中DNA位于纤维中心(Fibrillar Centers,FC)、致密纤维组分(Dense Fibrillar...
以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术和DNA细胞化学特异染色NAMA-Ur技术,在原位水平对核仁中DNA的分布和特征进行了直观的观察。结果表明,小麦细胞核仁中DNA位于纤维中心(Fibrillar Centers,FC)、致密纤维组分(Dense Fibrillar Component,DFC)以及两者的过渡区域,并呈现出环绕FC排布的构型;应用RNP优先染色(Benhard staining)技术分析了核仁中RNP的分布及其原位位置,直观的显示了小麦细胞核仁中RNP颗粒主要集中在FC与DFC的过渡区域及DFC和颗粒组分(Granular Component,GC)中;并且在FC与DFC的过渡区域,它们不太均匀也不太连续地半围绕着FC而排布;进一步借助于RNA/DNA杂合体抗体在原位水平标记和分析了细胞核仁中活跃基因转录的精细位点,结果表明小麦细胞核仁rRNA基因的转录位点位于FC与DFC的过渡区域及DFC中。
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关键词
dna
特异染色
RNP优先染色
rna
/
dna
杂合体
小麦
下载PDF
职称材料
不同方法提取寡聚RNA-DNA杂合体效果比较
5
作者
薛勇
付汉江
+2 位作者
葛常辉
李清
郑晓飞
《军事医学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期110-113,共4页
目的比较TRI试剂法、水饱和酚法和Tris饱和酚法提取小RNA-DNA杂合体片段的效果,为开展RNADNA杂合体的生物学功能研究提供方法。方法合成5'端荧光分子修饰的短RNA和DNA片段,形成小RNADNA杂合体。分别采用上述3法提取寡聚RNA-DNA杂合...
目的比较TRI试剂法、水饱和酚法和Tris饱和酚法提取小RNA-DNA杂合体片段的效果,为开展RNADNA杂合体的生物学功能研究提供方法。方法合成5'端荧光分子修饰的短RNA和DNA片段,形成小RNADNA杂合体。分别采用上述3法提取寡聚RNA-DNA杂合体,电泳分析提取结果。结果与结论水饱和酚和Tris饱和酚法均能提取到小RNA-DNA杂合体。该研究为小RNA-DNA杂合体功能研究和检测分析提供了基础。
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关键词
rna
-
dna
杂合体
酚
TRI
提取
基因表达调控
原文传递
小麦细胞核仁中rRNA基因转录的超微定位(简报)
被引量:
1
6
作者
赫杰
陶伟
郝水
《实验生物学报》
CSCD
北大核心
2002年第1期71-75,共5页
真核细胞核仁中rRNA基因转录位点是长期以来未能解决的问题。以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术,观察了小麦细胞核仁纤维中心(Fibrillar centers,FC)内染色质的超微结构;并通过DNA抗体阐明了核仁中DNA位于纤维中心、致密纤...
真核细胞核仁中rRNA基因转录位点是长期以来未能解决的问题。以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术,观察了小麦细胞核仁纤维中心(Fibrillar centers,FC)内染色质的超微结构;并通过DNA抗体阐明了核仁中DNA位于纤维中心、致密纤维组分(Dense fibrillar component,DFC)以及两者的过渡区域;应用RNA聚合酶I相关转录因子UBF(Upstream binding factor)抗体所做的分析显示,小麦细胞核仁中UBF位于FC与DFC的过渡区域以及DFC中,在FC中没有UBF的存在;进一步借助于RNA/DNA杂合体抗体选择性地直接标记核仁中rRNA基因的转录位点,结果表明了小麦细胞核仁rRNA基因的转录位点是在FC与DFC的过渡区域及DFC中。
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关键词
小麦
核仁
r
rna
基因转录
转录因子UBF
rna
/
dna
杂合体
转录位点
超微定位
下载PDF
职称材料
题名
R-loop功能及应用前沿展望
1
作者
苏思毅
徐莹莹
张丽媛
任捷
机构
核糖核酸功能与应用重点实验室
中国科学院北京基因组研究所
出处
《生命的化学》
CAS
2024年第9期1667-1681,共15页
基金
中国科学院战略性先导B项目(XDB0570100)
中国科学院稳定支持基础研究领域青年团队项目(YSBR-076)
+1 种基金
国家重点研发计划项目(2019YFA0802202,2020YFA0803401)
国家自然科学基金项目(32171446,32121001)。
文摘
R-loop是一种特殊的三链结构,由RNA侵入双链DNA形成,包括RNA-DNA杂交链和单链DNA。R-loop广泛存在于原核与真核生物的基因组中,参与调控基因转录、DNA复制和DNA损伤修复等多种生物学过程。然而,异常的R-loop形成和积累可能导致基因组不稳定,并与多种疾病发生相关。由于不同染色质环境下R-loop的差异性,区分和研究R-loop的类别变得复杂且具有挑战性。尽管已有研究揭示了R-loop的多功能性,但其形成机制和精细调控功能仍需进一步探讨。因此,本文围绕R-loop的类别、研究方法、功能及其应用前沿展开综述,旨在为该领域的研究提供新的见解和方向。
关键词
R-loop
rna
-
dna
杂交链
dna
转录
dna
复制
基因组不稳定性
dna
损伤修复
疾病
Keywords
R-loop
rna
-
dna
hybrid
dna
transcription
dna
replication
genome
instability
dna
damage
repair
disease
分类号
G63 [文化科学—教育学]
原文传递
题名
R环对基因组稳定性的影响
2
作者
徐图南
郭燕君
潘巍巍
机构
浙江工业大学药学院
嘉兴学院医学生物实验室
出处
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023年第9期1238-1246,共9页
基金
国家自然科学基金(No.31871402)
浙江省自然科学基金(No.LY17H160060)
+2 种基金
浙江省鲲鹏项目
“创新嘉兴·优才支持计划”先锋型创新团队
浙江省医学电子与数字健康重点实验室资助
文摘
R环是一种由RNA:DNA杂交体和一条DNA单链组成的三链核酸结构。R环可分为生理性和病理性两种类型。生理性R环参与DNA复制、转录和基因表达调控等多个生理学过程,而病理性R环则诱导产生DNA损伤和基因组重排。影响R环形成的因素有许多,不受调控的R环通过干扰DNA复制和双链DNA断裂修复等过程破坏基因组的稳定性,严重时可引发癌症。因此,对R环的调控至关重要。RNA/DNA解旋酶Senataxin(SETX),DEAD-box解旋酶5(DDX5),核糖核酸酶H(RNase H)和DNA拓扑异构酶Ⅰ(topoⅠ)等在调节体内R环平衡过程中发挥了重要作用。其中,SETX是最具特性的R环分解酶之一,能分解在转录终止位点、复制-转录冲突期间和DNA损伤修复过程中产生的R环。SETX突变将导致共济失调伴眼动失用症2型(AOA2)和肌萎缩性侧索硬化症4型(ALS4)。然而,随着对R环研究的深入,仍然存在许多尚未解决的问题。例如,对生理性和病理性R环的结构功能研究仍需深入探索。本文主要针对R环定义和分类、影响R环形成的因素、R环对基因组稳定性的影响和R环相关疾病进行阐述,探索未来将R环作为治疗靶点的可能性。
关键词
R环
基因组稳定性
Senataxin
rna
:
dna
杂交体
Keywords
R-loop
genomic
stability
senataxin
rna
:
dna
hybrid
分类号
R34 [医药卫生—基础医学]
下载PDF
职称材料
题名
R环的形成及对基因组稳定性的影响
被引量:
2
3
作者
潘学峰
姜楠
陈细芳
周晓宏
丁良
段斐
机构
北京理工大学生命学院
河北大学基础医学院
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第12期1185-1194,共10页
基金
北京理工大学自然科学基础基金项目(编号:3160012211215)
北京市自然科学基金项目(编号:5132014)资助
文摘
R-环是由一个RNA:DNA杂交体和一条单链状态的DNA分子共同组成的三链核酸结构。其中,RNA:DNA杂交体的形成起因于基因转录所合成的RNA分子不能与模板分开,或RNA分子重新与一段双链DNA分子中的一条链杂交。在基因转录过程中,当转录泡遇到富含G碱基的非模板链区或位于某些与人类疾病有关的三核苷酸卫星DNA时,转录泡后方累积的负超螺旋可促进R环形成。同时,新生RNA分子未被及时加工、成熟或未被快速转运到细胞质等因素也会催生R环。研究表明,细胞拥有多种管理R环的方法,可以有效地管理R环的形成和处理已经形成的R环,以尽量避免R环对DNA复制、基因突变和同源重组产生不利影响。文章重点分析了R-环的形成机制及R环对DNA复制、基因突变和同源重组的影响,并针对R-环诱导的DNA复制在某些三核苷酸重复扩增有关的神经肌肉退行性疾病发生过程中的作用进行了分析和讨论。
关键词
rna
:
dna
杂交体
R-环
基因转录
dna
复制
基因组稳定性
Keywords
rna
:
dna
hybrid
R-loop
gene
transcription
dna
replication
genome
stability
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
下载PDF
职称材料
题名
小麦细胞核仁中DNA原位位置与rRNA基因转录位点的研究
4
作者
赫杰
陶伟
郝水
机构
哈尔滨工业大学生命科学与工程系
北京大学生命科学学院
东北师范大学遗传与细胞研究所
出处
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第2期231-236,共6页
基金
国家自然科学基金(编号:39770367)资助~~
文摘
以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术和DNA细胞化学特异染色NAMA-Ur技术,在原位水平对核仁中DNA的分布和特征进行了直观的观察。结果表明,小麦细胞核仁中DNA位于纤维中心(Fibrillar Centers,FC)、致密纤维组分(Dense Fibrillar Component,DFC)以及两者的过渡区域,并呈现出环绕FC排布的构型;应用RNP优先染色(Benhard staining)技术分析了核仁中RNP的分布及其原位位置,直观的显示了小麦细胞核仁中RNP颗粒主要集中在FC与DFC的过渡区域及DFC和颗粒组分(Granular Component,GC)中;并且在FC与DFC的过渡区域,它们不太均匀也不太连续地半围绕着FC而排布;进一步借助于RNA/DNA杂合体抗体在原位水平标记和分析了细胞核仁中活跃基因转录的精细位点,结果表明小麦细胞核仁rRNA基因的转录位点位于FC与DFC的过渡区域及DFC中。
关键词
dna
特异染色
RNP优先染色
rna
/
dna
杂合体
小麦
Keywords
dna
specific
staining
RNP
preference
staining
rna
/
dna
hybrid
wheat
分类号
Q943 [生物学—植物学]
S512.1 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
不同方法提取寡聚RNA-DNA杂合体效果比较
5
作者
薛勇
付汉江
葛常辉
李清
郑晓飞
机构
大连大学生命科学与技术学院
大连大学教务处
军事科学院军事医学研究院辐射医学研究所
出处
《军事医学》
CAS
CSCD
北大核心
2018年第2期110-113,共4页
基金
国家自然科学基金资助项目(31470782,91540202)
国家重点研发计划资助项目(2016YFC1303604)
文摘
目的比较TRI试剂法、水饱和酚法和Tris饱和酚法提取小RNA-DNA杂合体片段的效果,为开展RNADNA杂合体的生物学功能研究提供方法。方法合成5'端荧光分子修饰的短RNA和DNA片段,形成小RNADNA杂合体。分别采用上述3法提取寡聚RNA-DNA杂合体,电泳分析提取结果。结果与结论水饱和酚和Tris饱和酚法均能提取到小RNA-DNA杂合体。该研究为小RNA-DNA杂合体功能研究和检测分析提供了基础。
关键词
rna
-
dna
杂合体
酚
TRI
提取
基因表达调控
Keywords
rna
-
dna
hybrid
phenol
TRI
reagent
extraction
gene
expression
regulation
分类号
Q522 [生物学—生物化学]
Q523
原文传递
题名
小麦细胞核仁中rRNA基因转录的超微定位(简报)
被引量:
1
6
作者
赫杰
陶伟
郝水
机构
哈尔滨工业大学生命科学与工程系
北京大学生命科学学院
东北师范大学遗传与细胞研究所
出处
《实验生物学报》
CSCD
北大核心
2002年第1期71-75,共5页
基金
国家重点基础研究发展规划(973计划)资助项目(项目编号J1999053902)
文摘
真核细胞核仁中rRNA基因转录位点是长期以来未能解决的问题。以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术,观察了小麦细胞核仁纤维中心(Fibrillar centers,FC)内染色质的超微结构;并通过DNA抗体阐明了核仁中DNA位于纤维中心、致密纤维组分(Dense fibrillar component,DFC)以及两者的过渡区域;应用RNA聚合酶I相关转录因子UBF(Upstream binding factor)抗体所做的分析显示,小麦细胞核仁中UBF位于FC与DFC的过渡区域以及DFC中,在FC中没有UBF的存在;进一步借助于RNA/DNA杂合体抗体选择性地直接标记核仁中rRNA基因的转录位点,结果表明了小麦细胞核仁rRNA基因的转录位点是在FC与DFC的过渡区域及DFC中。
关键词
小麦
核仁
r
rna
基因转录
转录因子UBF
rna
/
dna
杂合体
转录位点
超微定位
Keywords
heat.
Nucleolus.
Transcription
of
r
rna
genes.
Transcription
factor
UBF.
rna
/
dna
hybrid
分类号
S512.1 [农业科学—作物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
R-loop功能及应用前沿展望
苏思毅
徐莹莹
张丽媛
任捷
《生命的化学》
CAS
2024
0
原文传递
2
R环对基因组稳定性的影响
徐图南
郭燕君
潘巍巍
《中国生物化学与分子生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2023
0
下载PDF
职称材料
3
R环的形成及对基因组稳定性的影响
潘学峰
姜楠
陈细芳
周晓宏
丁良
段斐
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2014
2
下载PDF
职称材料
4
小麦细胞核仁中DNA原位位置与rRNA基因转录位点的研究
赫杰
陶伟
郝水
《遗传》
CAS
CSCD
北大核心
2008
0
下载PDF
职称材料
5
不同方法提取寡聚RNA-DNA杂合体效果比较
薛勇
付汉江
葛常辉
李清
郑晓飞
《军事医学》
CAS
CSCD
北大核心
2018
0
原文传递
6
小麦细胞核仁中rRNA基因转录的超微定位(简报)
赫杰
陶伟
郝水
《实验生物学报》
CSCD
北大核心
2002
1
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职称材料
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