目的通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的竞争性内源性核糖核酸(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法从TCGA数据库中下载TNBC ln...目的通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的竞争性内源性核糖核酸(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法从TCGA数据库中下载TNBC lncRNA表达RNAseq数据,对TNBC患者的mRNA,miRNA和lncRNA进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA和lncRNA。同时构建lncRNA-miRNA-mRNA相关ceRNA调控网,再对生存相关lncRNA所相关的mRNA进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库进行验证。结果在TCGA中共找到TNBC差异表达mRNA 2331个、差异miRNA 100个和差异lncRNA 1269个。ceRNA调控网中的mRNA在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1个差异mRNA(NMUR1),1个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2个差异表达的lncRNA(AC104809,LINC01297)的表达量均与TNBC患者的预后相关,差异具有统计学意义(P<0.05)。最后利用HPA数据库对NMUR1蛋白水平和生存分析验证,NMUR1的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论成功构建了促进TNBC发生发展的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA和lncRNA为TNBC发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。展开更多
文摘目的通过分析癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库构建三阴性乳腺癌(triple negative breast cancer,TNBC)预后相关的竞争性内源性核糖核酸(competitive endogenous RNA,ceRNA)调控网络。方法从TCGA数据库中下载TNBC lncRNA表达RNAseq数据,对TNBC患者的mRNA,miRNA和lncRNA进行差异表达分析,并进一步行生存分析,得到与乳腺癌有明显差异表达同时也对生存有相关性的mRNA,miRNA和lncRNA。同时构建lncRNA-miRNA-mRNA相关ceRNA调控网,再对生存相关lncRNA所相关的mRNA进一步功能富集和注释,并构建蛋白质互作网络最终用关键基因通过人类蛋白质图谱(the human protein atlas,HPA)数据库进行验证。结果在TCGA中共找到TNBC差异表达mRNA 2331个、差异miRNA 100个和差异lncRNA 1269个。ceRNA调控网中的mRNA在细胞黏附、唾液分泌和血小板活化、用于IgA产生的肠道免疫网络、补体和凝血级联反应等信号通路中明显富集。生存分析中,1个差异mRNA(NMUR1),1个差异表达miRNA(hsa-miR-6832-3p),2个差异表达的lncRNA(AC104809,LINC01297)的表达量均与TNBC患者的预后相关,差异具有统计学意义(P<0.05)。最后利用HPA数据库对NMUR1蛋白水平和生存分析验证,NMUR1的高表达患者的总生存期显著高于NMUR1低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论成功构建了促进TNBC发生发展的lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,筛选得到生存相关的差异mRNA,miRNA和lncRNA为TNBC发病机制的研究和诊疗生物标志物的探索提供参考依据。
