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题名PAIP1结合RNA测序及整合分析
被引量：2
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作者
郑剑锋
杨峻
李金平
杨小洁
邵文华
秘思思
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机构
深圳市宝安区中心医院
桂林医学院
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出处
《实验与检验医学》
CAS
2019年第6期991-994,1014,共5页
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基金
国家自然基金项目,编号81860438
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文摘
目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RNA结合活性,结合显著富集在CDS和Intron区域;KEGG分析表明,PAIP1结合的RNA分子主要参与了焦点粘连、剪切体、RNA转运、蛋白多糖在癌症中的作用、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论PAIP1具有结合RNA分子的功能,是一个新的RNA结合蛋白,可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥作用。
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关键词
PAIP1
rna结合蛋白富集测序
rna结合蛋白
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Keywords
PAIP1
rna Binding Protein Immunoprecipitation sequencing
rna Binding Proteins
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分类号
R446
[医药卫生—诊断学]
Q78
[医药卫生—临床医学]
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题名SRSF6在大鼠胰岛细胞中结合的靶标及测序分析
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作者
马艳荣
罗蕴之
马福慧
周忠凯
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机构
新疆维吾尔自治区人民医院内分泌与代谢病科新疆糖尿病临床医学研究中心
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出处
《中华保健医学杂志》
2022年第4期336-338,共3页
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基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2021D01C169)。
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文摘
目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA Binding Protein Immunoprecipitation highthroughput sequencing,iRIP-seq)技术在大鼠胰岛细胞中鉴定SRSF6调控的基因及功能通路,对SRSF6直接作用的靶标和调控通路及可变剪接事件进行鉴定。结果SRSF6富集性地结合编码区和内含子区域,KEGG分析发现SRSF6结合的靶标在胰岛素信号通路显著富集。结论SRSF6可能通过与胰岛素通路相关重要基因的m RNA前体结合,调控它们的剪接和加工,进而成为影响胰岛素分泌的潜在因素。
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关键词
富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6
rna结合蛋白富集测序
rna结合蛋白
改进的rna结合蛋白免疫共沉淀高通量测序
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Keywords
SRSF6
rna Binding Protein Immunoprecipitation sequencing
rna Binding Proteins
iRIP-seq
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分类号
R587
[医药卫生—内分泌]
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