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高通量测序同时检测样本中RNA病毒与DNA病毒混合感染
1
作者
于诗筠
崔鹤馨
+7 位作者
文会淇
喻鑫婷
吕金晖
张雅倩
张湘莉兰
崔玉军
米志强
黄海龙
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期675-679,共5页
传统病原学检测方法对于兽医临床感染病原的鉴定具有一定的局限性,尽管高通量测序技术极大地提高了未知病原感染的检测水平,但是对于无DNA复制周期的RNA病毒的捕获,仍存在一定难度。基于此,本研究利用RNA建库技术对1例猫传染性腹膜炎的...
传统病原学检测方法对于兽医临床感染病原的鉴定具有一定的局限性,尽管高通量测序技术极大地提高了未知病原感染的检测水平,但是对于无DNA复制周期的RNA病毒的捕获,仍存在一定难度。基于此,本研究利用RNA建库技术对1例猫传染性腹膜炎的腹水与血清样本进行了高通量测序,并对所得数据进行分析以判断感染病原,结果提示病猫腹水样本中携带猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猫星状病毒(FeAstV)与犬细小病毒(CPV),血清样本中携带猫传染性腹膜炎病毒(FIPV),其中,FIPV与FeAstV为正链RNA病毒,CPV为单链DNA病毒。总之,本研究不仅证实基于RNA建库的高通量测序技术能够同时检测到DNA与RNA病毒混合感染,而且能够为动物未知病原感染的检测提供新思路与参考。
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关键词
rna
建
库
高通量测序
DNA病毒
rna
病毒
猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)
猫星状病毒(FeAstV)
犬细小病毒(CPV)
原文传递
用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较
被引量：
5
2
作者
何雨琦
李桂梅
+1 位作者
周鑫
丁昭莉
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期4607-4615,共9页
RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RN...
RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RNA文库制备、NEBNext RNA文库制备以及KAPA RNA文库制备3种方法,首次系统地对这3种建库方法得到的片段长度,浓度和建库流程进行了比较分析。研究显示,3种文库的片段长度都集中在300~1 000 bp之间,KAPA RNA文库制备得到的文库浓度最高,该制备方法只需要进行一次磁珠纯化,操作简便,成本低,所需要的起始量低,适用于进行大规模的建库实验。
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关键词
新一代测序
Illumina测序平台
rna
-seq
建
库
方法比较
原文传递
题名
高通量测序同时检测样本中RNA病毒与DNA病毒混合感染
1
作者
于诗筠
崔鹤馨
文会淇
喻鑫婷
吕金晖
张雅倩
张湘莉兰
崔玉军
米志强
黄海龙
机构
吉林农业大学动物科学技术学院
长春市农业科学院
军事科学院军事医学研究院微生物流行病研究所病原微生物生物安全国家重点实验室
出处
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第4期675-679,共5页
基金
国家重点研发计划资助项目(2017YFF0108605,2018YFC1602500)
国家自然科学基金资助项目(31900489)。
文摘
传统病原学检测方法对于兽医临床感染病原的鉴定具有一定的局限性,尽管高通量测序技术极大地提高了未知病原感染的检测水平,但是对于无DNA复制周期的RNA病毒的捕获,仍存在一定难度。基于此,本研究利用RNA建库技术对1例猫传染性腹膜炎的腹水与血清样本进行了高通量测序,并对所得数据进行分析以判断感染病原,结果提示病猫腹水样本中携带猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)、猫星状病毒(FeAstV)与犬细小病毒(CPV),血清样本中携带猫传染性腹膜炎病毒(FIPV),其中,FIPV与FeAstV为正链RNA病毒,CPV为单链DNA病毒。总之,本研究不仅证实基于RNA建库的高通量测序技术能够同时检测到DNA与RNA病毒混合感染,而且能够为动物未知病原感染的检测提供新思路与参考。
关键词
rna
建
库
高通量测序
DNA病毒
rna
病毒
猫传染性腹膜炎病毒(FIPV)
猫星状病毒(FeAstV)
犬细小病毒(CPV)
Keywords
rna
library construction
high-throughput sequencing
DNA virus
rna
virus
feline infectious peritonitis virus(FIPV)
feline astrovirus(FeAstV)
canine parvovirus(CPV)
分类号
S852.65 [农业科学—基础兽医学]
原文传递
题名
用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较
被引量：
5
2
作者
何雨琦
李桂梅
周鑫
丁昭莉
机构
中国科学院昆明动物研究所公共技术服务中心
中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心
中国科学院昆明动物研究所遗传资源与进化国家重点实验室进化与功能基因组
出处
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017年第11期4607-4615,共9页
文摘
RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RNA文库制备、NEBNext RNA文库制备以及KAPA RNA文库制备3种方法,首次系统地对这3种建库方法得到的片段长度,浓度和建库流程进行了比较分析。研究显示,3种文库的片段长度都集中在300~1 000 bp之间,KAPA RNA文库制备得到的文库浓度最高,该制备方法只需要进行一次磁珠纯化,操作简便,成本低,所需要的起始量低,适用于进行大规模的建库实验。
关键词
新一代测序
Illumina测序平台
rna
-seq
建
库
方法比较
Keywords
Next generation sequencing, Illumina sequencing platform,
rna
-seq library preparation, Methods comparison
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
高通量测序同时检测样本中RNA病毒与DNA病毒混合感染
于诗筠
崔鹤馨
文会淇
喻鑫婷
吕金晖
张雅倩
张湘莉兰
崔玉军
米志强
黄海龙
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
0
原文传递
2
用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较
何雨琦
李桂梅
周鑫
丁昭莉
《基因组学与应用生物学》
CAS
CSCD
北大核心
2017
5
原文传递
已选择
0
条
导出题录
引用分析
参考文献
引证文献
统计分析
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