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PAIP1结合RNA测序及整合分析
被引量：
2
1
作者
郑剑锋
杨峻
+3 位作者
李金平
杨小洁
邵文华
秘思思
《实验与检验医学》
CAS
2019年第6期991-994,1014,共5页
目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RN...
目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RNA结合活性,结合显著富集在CDS和Intron区域;KEGG分析表明,PAIP1结合的RNA分子主要参与了焦点粘连、剪切体、RNA转运、蛋白多糖在癌症中的作用、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论PAIP1具有结合RNA分子的功能,是一个新的RNA结合蛋白,可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥作用。
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关键词
PAIP1
rna
结合蛋白富集测序
rna
结合蛋白
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职称材料
SRSF6在大鼠胰岛细胞中结合的靶标及测序分析
2
作者
马艳荣
罗蕴之
+1 位作者
马福慧
周忠凯
《中华保健医学杂志》
2022年第4期336-338,共3页
目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA ...
目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA Binding Protein Immunoprecipitation highthroughput sequencing,iRIP-seq)技术在大鼠胰岛细胞中鉴定SRSF6调控的基因及功能通路,对SRSF6直接作用的靶标和调控通路及可变剪接事件进行鉴定。结果SRSF6富集性地结合编码区和内含子区域,KEGG分析发现SRSF6结合的靶标在胰岛素信号通路显著富集。结论SRSF6可能通过与胰岛素通路相关重要基因的m RNA前体结合,调控它们的剪接和加工,进而成为影响胰岛素分泌的潜在因素。
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关键词
富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6
rna
结合蛋白富集测序
rna
结合蛋白
改进的
rna
结合蛋白免疫共沉淀高通量测序
下载PDF
职称材料
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
被引量：
1
3
作者
于志君
袁琼
+5 位作者
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期765-772,共8页
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗...
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。
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关键词
心肌素相关转录因子A
rna
结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序
脑缺血再灌注损伤
差异基因分析
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职称材料
题名
PAIP1结合RNA测序及整合分析
被引量：
2
1
作者
郑剑锋
杨峻
李金平
杨小洁
邵文华
秘思思
机构
深圳市宝安区中心医院
桂林医学院
出处
《实验与检验医学》
CAS
2019年第6期991-994,1014,共5页
基金
国家自然基金项目,编号81860438
文摘
目的分析PAIP1结合RNA的分子特征,探讨PAIP1的新功能。方法采用Illumina Xten测序平台对HeLa细胞进行建库测序,通过对PAIP1结合RNA进行整合分析,分析PAIP1结合RNA的分子特征,对PAIP1结合靶基因进行KEGG聚类分析。结果PAIP1具有广泛的RNA结合活性,结合显著富集在CDS和Intron区域;KEGG分析表明,PAIP1结合的RNA分子主要参与了焦点粘连、剪切体、RNA转运、蛋白多糖在癌症中的作用、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论PAIP1具有结合RNA分子的功能,是一个新的RNA结合蛋白,可能在肿瘤的发生、发展过程中发挥作用。
关键词
PAIP1
rna
结合蛋白富集测序
rna
结合蛋白
Keywords
PAIP1
rna
binding
protein
immunoprecipitation
sequencing
rna
binding
protein
s
分类号
R446 [医药卫生—诊断学]
Q78 [医药卫生—临床医学]
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职称材料
题名
SRSF6在大鼠胰岛细胞中结合的靶标及测序分析
2
作者
马艳荣
罗蕴之
马福慧
周忠凯
机构
新疆维吾尔自治区人民医院内分泌与代谢病科新疆糖尿病临床医学研究中心
出处
《中华保健医学杂志》
2022年第4期336-338,共3页
基金
新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2021D01C169)。
文摘
目的研究富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6(serine and arginine rich splicing factor 6,SRSF6,又称SRp55)作为RNA剪切因子在大鼠胰腺β细胞中对胰岛素分泌影响的具体机制。方法通过改进的RNA结合蛋白免疫共沉淀高通量测序(improved RNA Binding Protein Immunoprecipitation highthroughput sequencing,iRIP-seq)技术在大鼠胰岛细胞中鉴定SRSF6调控的基因及功能通路,对SRSF6直接作用的靶标和调控通路及可变剪接事件进行鉴定。结果SRSF6富集性地结合编码区和内含子区域,KEGG分析发现SRSF6结合的靶标在胰岛素信号通路显著富集。结论SRSF6可能通过与胰岛素通路相关重要基因的m RNA前体结合,调控它们的剪接和加工,进而成为影响胰岛素分泌的潜在因素。
关键词
富含丝氨酸和精氨酸的剪接因子6
rna
结合蛋白富集测序
rna
结合蛋白
改进的
rna
结合蛋白免疫共沉淀高通量测序
Keywords
SRSF6
rna
binding
protein
immunoprecipitation
sequencing
rna
binding
protein
s
iRIP-seq
分类号
R587 [医药卫生—内分泌]
下载PDF
职称材料
题名
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
被引量：
1
3
作者
于志君
袁琼
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
机构
武汉科技大学医学院
华润武钢总医院
上海健康医学院
出处
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020年第6期765-772,共8页
基金
国家自然科学基金(81770377)
湖北省自然科学杰出青年基金(2020CFA076)
湖北省卫生计生委科研项目(WJ2019H164)。
文摘
目的应用RIP-Seq测序技术检测小鼠MCAO/R模型中心肌素相关转录因子A(MRTF-A)结合RNA的表达差异,探讨MRTF-A潜在的作用机制。方法将C57BL/6小鼠随机分成假手术组及I/R组,线栓法构建MCAO模型,再灌注24 h后,提取脑组织总蛋白,利用MRTF-A抗体免疫共沉淀后,进行RNA高通量测序,获得MRTF-A结合RNA的表达谱,继而对差异RNA进行GO、KEGG分析。结果与假手术组相比,I/R组有429个RNA发生差异表达(上调203,下调226),并且在功能元件和染色体分布上均具有显著差异。GO分子功能分析显示,差异表达RNA主要富集RNA结合、Poly(A)RNA结合等注释。KEGG通路分析显示10条通路被显著富集,其中雌激素信号通路富集最显著。结论在脑I/R损伤时MRTF-A结合RNA表达谱发生差异改变,为深入探讨MRTF-A的分子机制提供理论依据。
关键词
心肌素相关转录因子A
rna
结合蛋白免疫共沉淀-高通量测序
脑缺血再灌注损伤
差异基因分析
Keywords
myocardin-related
transcription
factor
A
rna
-
binding
protein
immunoprecipitation
-high
throughput
sequencing
cerebral
ischemia/reperfusion
injury
differential
gene
analysis
分类号
Q95-33 [生物学—动物学]
下载PDF
职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
PAIP1结合RNA测序及整合分析
郑剑锋
杨峻
李金平
杨小洁
邵文华
秘思思
《实验与检验医学》
CAS
2019
2
下载PDF
职称材料
2
SRSF6在大鼠胰岛细胞中结合的靶标及测序分析
马艳荣
罗蕴之
马福慧
周忠凯
《中华保健医学杂志》
2022
0
下载PDF
职称材料
3
基于RIP-Seq技术检测MRTF-A结合RNA在小鼠MCAO/R模型中表达
于志君
袁琼
金志刚
向梓非
龙萍
朱明
杨越旺
胡霞敏
《中国实验动物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2020
1
下载PDF
职称材料
已选择
0
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