目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO...目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)等数据库检索强直性脊柱炎相关芯片,利用R语言分析得到差异表达基因。借助人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因数据库(DisGeNET)、孟德尔遗传综合数据库(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、疾病数据库(MalaCards)、遗传药理学和药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)等数据库对强直性脊柱炎已知靶基因进行检索与筛选,与差异表达基因去重取并集,对强直性脊柱炎的疾病靶基因进行预测。运用中药药理学平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库对羌活胜湿汤七味中药的主要有效成分及作用靶基因进行筛选和挖掘,构建药物与疾病映射靶基因的蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过基因注释(database for annotation,visualization and integrated discovery,David)数据库对药物-疾病关键靶基因进行生物通路及富集分析。最终将羌活胜湿汤中主要有效成分与关键靶基因进行分子对接。结果:羌活胜湿汤有效成分-靶基因网络图包含176个有效成分,相对应靶点137个;GEO数据库获得差异表达基因704个,通过疾病数据库检索与强直性脊柱炎发生发展相关的已知疾病靶标1323个,合并去重后共获得1950个已知疾病靶基因;最终获得映射靶基因46个,关键靶基因13个。羌活胜湿汤主要通过肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、氯霉素乙酰转移酶基因(chloramphnicol acetyltransferase,CAT)、雌激�展开更多
文摘目的:利用生物信息学及分子对接技术探究羌活胜湿汤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过美国国家生物技术信息中心数据库(national center for biotechnology information,NCBI)、高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)等数据库检索强直性脊柱炎相关芯片,利用R语言分析得到差异表达基因。借助人类基因数据库(GeneCards)、疾病基因数据库(DisGeNET)、孟德尔遗传综合数据库(online Mendelian inheritance in man,OMIM)、疾病数据库(MalaCards)、遗传药理学和药物基因组学数据库(pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base,PharmGKB)等数据库对强直性脊柱炎已知靶基因进行检索与筛选,与差异表达基因去重取并集,对强直性脊柱炎的疾病靶基因进行预测。运用中药药理学平台(traditional chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)数据库对羌活胜湿汤七味中药的主要有效成分及作用靶基因进行筛选和挖掘,构建药物与疾病映射靶基因的蛋白质互作(protein-protein interaction,PPI)网络,通过基因注释(database for annotation,visualization and integrated discovery,David)数据库对药物-疾病关键靶基因进行生物通路及富集分析。最终将羌活胜湿汤中主要有效成分与关键靶基因进行分子对接。结果:羌活胜湿汤有效成分-靶基因网络图包含176个有效成分,相对应靶点137个;GEO数据库获得差异表达基因704个,通过疾病数据库检索与强直性脊柱炎发生发展相关的已知疾病靶标1323个,合并去重后共获得1950个已知疾病靶基因;最终获得映射靶基因46个,关键靶基因13个。羌活胜湿汤主要通过肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、白细胞介素6(interleukin-6,IL-6)、白细胞介素1β(interleukin-1β,IL-1β)、血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、氯霉素乙酰转移酶基因(chloramphnicol acetyltransferase,CAT)、雌激�
