目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨优化新生脉散方抗慢性心力衰竭心肌纤维化的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和...目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨优化新生脉散方抗慢性心力衰竭心肌纤维化的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和本草组鉴数据库获取优化新生脉散方9味中药的化学成分,再通过SwissADME平台以肠道吸收度(GI absorption)为Yes、DL为2个Yes及以上为条件进行复筛,最终得到优化新生脉散方的有效成分。通过SEA数据库获取优化新生脉散方有效成分的靶蛋白;通过GeneCards数据库分别筛选慢性心力衰竭与心肌纤维化的靶蛋白,且与有效成分靶蛋白取交集;利用Rx644.0.2软件对交集蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,获取通路富集蛋白并筛选其核心蛋白,并对“通路-靶点”进行拓扑分析。采用Cytoscape-v3.8.2软件构建“成分-靶点”网络。以富集核心蛋白为受体、对应中药成分为配体,利用AutoDock Vina进行分子对接,选取与靶蛋白对接结合能最低的成分,利用PyMOLWin.exe将对接结果进行可视化。结果:优化新生脉散方含83种活性成分,有效成分靶蛋白769种;获得慢性心力衰竭相关蛋白5913种,心肌纤维化相关蛋白725种,将慢性心力衰竭、心肌纤维化及优化新生脉散方的相关蛋白取交集后得到119个交集靶点;GO功能富集分析共获得2388个功能条目,包括2178条生物过程、52条细胞组分及158条分子功能;KEGG通路富集分析获得154条信号通路;“通路-靶点”拓扑分析富集核心蛋白为组蛋白乙酰转移酶p300(histone acetyltransferase p300,EP300)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen activated protein kinase 1,MAPK1)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)等;“成分-靶点”拓扑分析发现该方主要成分为异鼠李素、山奈酚、槲皮素、�展开更多
文摘目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨优化新生脉散方抗慢性心力衰竭心肌纤维化的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)和本草组鉴数据库获取优化新生脉散方9味中药的化学成分,再通过SwissADME平台以肠道吸收度(GI absorption)为Yes、DL为2个Yes及以上为条件进行复筛,最终得到优化新生脉散方的有效成分。通过SEA数据库获取优化新生脉散方有效成分的靶蛋白;通过GeneCards数据库分别筛选慢性心力衰竭与心肌纤维化的靶蛋白,且与有效成分靶蛋白取交集;利用Rx644.0.2软件对交集蛋白进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,获取通路富集蛋白并筛选其核心蛋白,并对“通路-靶点”进行拓扑分析。采用Cytoscape-v3.8.2软件构建“成分-靶点”网络。以富集核心蛋白为受体、对应中药成分为配体,利用AutoDock Vina进行分子对接,选取与靶蛋白对接结合能最低的成分,利用PyMOLWin.exe将对接结果进行可视化。结果:优化新生脉散方含83种活性成分,有效成分靶蛋白769种;获得慢性心力衰竭相关蛋白5913种,心肌纤维化相关蛋白725种,将慢性心力衰竭、心肌纤维化及优化新生脉散方的相关蛋白取交集后得到119个交集靶点;GO功能富集分析共获得2388个功能条目,包括2178条生物过程、52条细胞组分及158条分子功能;KEGG通路富集分析获得154条信号通路;“通路-靶点”拓扑分析富集核心蛋白为组蛋白乙酰转移酶p300(histone acetyltransferase p300,EP300)、丝裂原活化蛋白激酶1(mitogen activated protein kinase 1,MAPK1)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)等;“成分-靶点”拓扑分析发现该方主要成分为异鼠李素、山奈酚、槲皮素、�
