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西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性与进化分析
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作者 蔺悦 陈俊兴 +7 位作者 红梅 陈一潇 徐宛玉 张雅茜 包福海 乌云塔娜 王淋 包文泉 《内蒙古农业大学学报（自然科学版）》 CAS 2023年第1期13-25,共13页
对西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性进行分析,为PsSOC1-like基因的功能验证及完善其遗传转化体系提供理论依据。研究利用CondoW、SPSS27、Origin64等软件及EMBOSS在线程序分析PsSOC1-like密码子偏好性,对不同物种SOC1基因密码子... 对西伯利亚杏PsSOC1-like基因密码子偏好性进行分析,为PsSOC1-like基因的功能验证及完善其遗传转化体系提供理论依据。研究利用CondoW、SPSS27、Origin64等软件及EMBOSS在线程序分析PsSOC1-like密码子偏好性,对不同物种SOC1基因密码子进行聚类分析、中性绘图、ENc绘图和PR2分析,推测SOC1基因密码子偏好性形成的影响因素,比较PsSOC1与模式生物的密码子使用频率,确定最佳异源表达转化受体及表达载体。PsSOC1-like密码子中GC、GC3、ENc和CAI均值分别为45.50%、48.07%、54.01和0.18,PsSOC1-1密码子偏好性较强的有21个(RSCU>1),其中13个以A/T结尾;PsSOC1-2密码子偏好性较强的有26个,以A/T结尾的有14个;PsSOC1-3密码子偏好性较强的有26个,18个以A/T结尾。进化分析及RSCU聚类分析表明,PsSOC1-like基因与梅花和桃SOC1基因密码子使用偏好性相似且同源关系较近;密码子碱基成分及相关性分析表明,PsSOC1-like密码子偏好性主要受突变压力影响;密码子使用频率分析表明,模式生物中拟南芥和烟草适合作为遗传转化受体,酵母菌表达系统适合作为PsSOC1-like异源表达载体。本研究初步探明了PsSOC1-like基因密码子的使用规律,为后续PsSOC1-like基因功能研究奠定理论基础,并为西伯利亚杏遗传转化体系构建提供参考。 展开更多
关键词 西伯利亚杏 pssoc1 密码子偏好性 进化分析 异源表达
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