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双分子荧光互补技术及其在蛋白质相互作用研究中的应用 被引量:9
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作者 严晶 霍克克 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第6期589-595,共7页
双分子荧光互补(bimolecularfluorescencecomplementation,BiFC)分析技术,是由Hu等在2002年最先报道的一种直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用的新技术.该技术巧妙地将荧光蛋白分子的两个互补片段分别与目标蛋白融合表... 双分子荧光互补(bimolecularfluorescencecomplementation,BiFC)分析技术,是由Hu等在2002年最先报道的一种直观、快速地判断目标蛋白在活细胞中的定位和相互作用的新技术.该技术巧妙地将荧光蛋白分子的两个互补片段分别与目标蛋白融合表达,如果荧光蛋白活性恢复则表明两目标蛋白发生了相互作用.其后发展出的多色荧光互补技术(multicolorBiFC),不仅能同时检测到多种蛋白质复合体的形成,还能够对不同蛋白质间产生相互作用的强弱进行比较.目前,该技术已用于转录因子,G蛋白βγ亚基的二聚体形式,不同蛋白质间产生相互作用强弱的比较以及蛋白质泛素化等方面的研究工作上. 展开更多
关键词 双分子荧光互补(BiFC) 蛋白质相互作用 亚细胞定位
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番茄低温响应WRKY转录因子的鉴定和分析 被引量:10
2
作者 王艺璇 孟庆伟 马娜娜 《植物生理学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1349-1362,共14页
番茄(Solanum lycopersicum)是一种典型的冷敏感蔬菜作物,在生产中极易遭受低温的伤害。WRKY转录因子在植物的生物及非生物胁迫响应中发挥着重要作用,但其低温响应机制并不清楚。本文着重分析了番茄WRKY家族在低温胁迫下的表达模式和潜... 番茄(Solanum lycopersicum)是一种典型的冷敏感蔬菜作物,在生产中极易遭受低温的伤害。WRKY转录因子在植物的生物及非生物胁迫响应中发挥着重要作用,但其低温响应机制并不清楚。本文着重分析了番茄WRKY家族在低温胁迫下的表达模式和潜在的作用机制。研究发现,番茄WRKY家族81个成员中有27个明显受低温诱导。其中SlWRKY2、SlWRKY50等基因的启动子区域存在CRT/DRE元件(CBFs结合位点),这预示着这些WRKY转录因子可能参与了CBFs介导的低温响应途径。此外,我们预测并分析了低温响应WRKY转录因子的互作蛋白,并以此整合、搭建了蛋白互作网络,为研究WRKY转录因子在低温胁迫下的功能及作用机制提供重要参考。 展开更多
关键词 WRKY 低温胁迫 番茄 CBF 互作蛋白
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新基因功能研究的整体策略 被引量:7
3
作者 张岚 李庆章 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2011年第5期109-113,共5页
随着生命科学的发展及研究领域的不断开拓,越来越多的未知新基因和基因的新功能被发现,这些基因功能的研究成为了后基因组时代的首要任务。作者对新基因的研究策略作了一个较为系统全面的综述。
关键词 新基因功能研究 功能预测 基因转导 蛋白质相互作用
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基于分子对接和系统药理学探讨人参汤治疗冠心病的作用机制 被引量:7
4
作者 徐香梅 徐文华 +4 位作者 杨文娜 陈旋 赵阳 赵新望 郑景辉 《世界科学技术-中医药现代化》 CSCD 北大核心 2019年第11期2318-2327,共10页
目的探讨人参汤的功效物质基础和作用机制。方法利用TCMSP平台检索人参汤4味中药人参、甘草,干姜,白术的化学成分和作用靶点,并根据口服生物利用度以及药物相似性对潜在的生物活性成分进行筛选。本研究采用David v6.8数据库对交集靶点进... 目的探讨人参汤的功效物质基础和作用机制。方法利用TCMSP平台检索人参汤4味中药人参、甘草,干姜,白术的化学成分和作用靶点,并根据口服生物利用度以及药物相似性对潜在的生物活性成分进行筛选。本研究采用David v6.8数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共得出126个活性成分,对应81个靶点,与冠心病相关靶点18个,通过GO分析得出85条生物过程(BP,biological process)、10条细胞组分(CC,cellular component)、14条分子功能(MF,molecular function),通过KEGG通路富集得出23条信号通路。结论本研究结果初步分析人参汤防治疾病的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。 展开更多
关键词 人参汤 冠心病 系统药理学 蛋白相互作用 信号转导通路
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桑树bHLH转录因子家族全基因组鉴定与分析 被引量:6
5
作者 惠甜 沈兵琪 +5 位作者 王连春 卜晓真 邓浪 包昌艳 周凡 李辰晖 《分子植物育种》 CAS CSCD 北大核心 2019年第17期5624-5637,共14页
本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴... 本研究旨在鉴定桑树bHLH基因,并分析预测其理化性质和保守结构域,以期为研究bHLH转录因子在桑树的生长发育、抗逆胁迫以及信号转导过程中的作用提供参考。本研究使用桑树全基因组数据,通过生物信息学方法对桑树的b HLH转录因子进行了鉴定与系统分析。结果表明,在桑树全基因组中共鉴定出173个b HLH转录因子,经过系统进化分析,将其分为四个进化大组,11个亚组;bHLH转录因子间理化性质差别和跨度较大,59.1%的等电点小于7,呈弱酸性;保守结构域分析表明,bHLH转录因子有两个高度保守的结构域并含有H5-E9-R13保守序列,N端的碱性氨基酸区与DNA结合位点有关,C端的HLH区形成螺旋-环-螺旋结构并且与形成二聚体有关,共含有5种保守元件;保守元件分析表明,bHLH基因家族只含有一个HLH保守结构域结构;蛋白互作分析结果表明,相似的功能或者相近的生理过程可能由不同的蛋白控制。鉴定和分析桑树bHLH转录因子家族,既可以为桑树的抗旱、胁迫等方面的研究提供分子生物学理论基础,又可以为分子改良桑树品种提供理论依据,从而改良桑椹的果实品质,进一步提高桑椹的食用价值和药用价值。 展开更多
关键词 桑树(Morus notabilis) bHLH转录因子 生物信息学分析 全基因组鉴定 蛋白质互作
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薄荷茉莉酸信号抑制子McJAZ8基因的鉴定与功能分析 被引量:1
6
作者 张桂林 唐伟林 +6 位作者 康琴 谌明洋 徐静天 彭丹丹 侯凯 吴卫 徐东北 《中国中药杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期691-701,共11页
薄荷作为药食同源植物,具有重要经济价值。茉莉酸信号抑制子JAZ蛋白在调节植物应答逆境胁迫方面具有重要作用。克隆薄荷McJAZ8基因,并分析其蛋白特征、蛋白互作和表达模式,为薄荷抗逆分子育种提供基因资源。该实验将通过生物信息学、酵... 薄荷作为药食同源植物,具有重要经济价值。茉莉酸信号抑制子JAZ蛋白在调节植物应答逆境胁迫方面具有重要作用。克隆薄荷McJAZ8基因,并分析其蛋白特征、蛋白互作和表达模式,为薄荷抗逆分子育种提供基因资源。该实验将通过生物信息学、酵母双杂交、烟草叶片瞬时表达、qRT-PCR等技术对McJAZ8的蛋白结构特征、亚细胞定位、蛋白互作与基因表达进行分析。结果显示:①McJAZ8基因全长543 bp,编码180个氨基酸,McJAZ8蛋白具有保守的TIFY和Jas结构域,与拟南芥AtJAZ1和AtJAZ2同源性较高。②McJAZ8蛋白定位于细胞核和细胞质。③酵母双杂交结果显示,McJAZ8与其自身或McJAZ1/3/4/5蛋白互作形成同源或异源二聚体。④McJAZ8在不同组织中均有表达,幼叶中表达量最高。在叶序中,McJAZ8在第4片叶中表达量最高,而第2片叶中表达量最低。⑤在叶片和根中,McJAZ8在茉莉酸甲酯(MeJA)、干旱、NaCl处理下的表达呈不同程度地上调;McJAZ8的表达在CdCl2处理下呈先上调而后下调的模式;在叶片中,McJAZ8的表达在CuCl2处理下呈逐渐下调的趋势,而在根中呈先下调后上调再下调的趋势;在叶片和根中,McJAZ8在AlCl3处理下的表达均呈不同程度的下调。该研究丰富了薄荷中茉莉酸信号抑制子JAZ基因的研究,并为薄荷分子育种提供了基因资源。 展开更多
关键词 薄荷 McJAZ8基因 蛋白特征 蛋白互作 非生物胁迫 表达分析
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双分子荧光互补技术的应用与展望 被引量:4
7
作者 史彦薇 孔建强 安建梅 《药物生物技术》 CAS 2013年第5期443-447,共5页
双分子荧光互补技术是近年发展起来的用于体内或体外检测蛋白质相互作用的一项新技术。该技术是将荧光蛋白在合适的位点切开形成不发荧光的2个片段,这2个片段借助融合于其上的目标蛋白的相互作用,彼此靠近,重新构建成完整的具有活性的... 双分子荧光互补技术是近年发展起来的用于体内或体外检测蛋白质相互作用的一项新技术。该技术是将荧光蛋白在合适的位点切开形成不发荧光的2个片段,这2个片段借助融合于其上的目标蛋白的相互作用,彼此靠近,重新构建成完整的具有活性的荧光蛋白分子,从而产生荧光。BiFC方法简单直观,具有可视性的特点,对温度敏感,荧光片段种类较多,被广泛地应用到不同的细胞中,既可以检测蛋白之间的相互作用,也可以定位蛋白质相互作用的位点。此外,BiFC还能在蛋白构型的确定以及RNA的检测方面发挥作用。经过若干年的发展,双色荧光互补技术已经发展成包括多色荧光互补技术,BiFC和FRET联用技术以及BiFC和YTH联用技术在内的多种技术,拓宽了BiFC的应用。 展开更多
关键词 双分子荧光互补技术 蛋白质片段互补 荧光蛋白 蛋白质相互作用
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基于分子对接和系统药理学探讨苓甘五味姜辛汤治疗肺心病的作用机制 被引量:5
8
作者 徐香梅 徐文华 +3 位作者 杨文娜 陈旋 赵阳 郑景辉 《辽宁中医杂志》 CAS 2021年第8期175-180,256-257,共8页
目的探讨苓甘五味姜辛汤的功效物质基础和作用机制。方法利用TCMSP平台检索苓甘五味姜辛汤5味中药的化学成分和作用靶点,并根据口服生物利用度以及药物相似性对潜在的生物活性成分进行筛选。该研究采用David数据库对交集靶点进行GO功能... 目的探讨苓甘五味姜辛汤的功效物质基础和作用机制。方法利用TCMSP平台检索苓甘五味姜辛汤5味中药的化学成分和作用靶点,并根据口服生物利用度以及药物相似性对潜在的生物活性成分进行筛选。该研究采用David数据库对交集靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果共得出128个活性成分,对应173个靶点,与冠心病相关靶点44个,通过GO分析得出172条生物过程、28条细胞组分、32条分子功能,通过KEGG通路富集得出53条信号通路。结论该研究结果初步分析苓甘五味姜辛汤防治疾病的分子机制,为进一步深入探讨其作用机制提供先导信息和基础。 展开更多
关键词 苓甘五味姜辛汤 肺心病 系统药理学 蛋白相互作用 信号转导通路
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深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用进展 被引量:1
9
作者 朱景勇 李钧翔 +2 位作者 李旭辉 张瑾 毋文静 《合成生物学》 CSCD 北大核心 2024年第1期88-106,共19页
蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随... 蛋白质-蛋白质相互作用在细胞信号转导、基因表达和代谢调控等生物过程中发挥重要作用,鉴定蛋白质间的相互作用对于理解复杂生物过程至关重要。预测蛋白质间的相互作用可以为药物发现、蛋白质功能研究和设计等领域提供帮助。近年来,随着人工智能技术的蓬勃发展,深度学习技术在预测蛋白质互作领域做出巨大贡献,其中基于序列的深度学习模型通过学习蛋白质序列信息的深层特征进行互作预测。本文综述了深度学习在基于序列的蛋白质互作预测中的应用,按照算法框架和时间线对该领域进展进行分类归纳,介绍了数据处理、序列编码方法、算法架构以及模型的评估指标等内容,并分析了当前面临的问题以及未来的发展方向。随着深度学习技术的发展,预测蛋白质互作的效率大幅提高,未来需要发展泛化能力更强的预测模型,助力蛋白质互作的预测。 展开更多
关键词 蛋白质互作 深度学习 人工智能 序列编码 神经网络
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猪睾丸Dickkopf样顶体蛋白1基因的转录调控分析
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作者 许静 代红梅 +6 位作者 张霞 刘志朋 杨忠 李卫真 付仕颖 克比努尔·库尔班 霍金龙 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期79-88,共10页
【目的】Dickkopf样顶体蛋白1(DKKL1)是一种重要的顶体蛋白,为发掘其重要功能及潜在的临床价值,以版纳微型猪近交系(BMI)为对象,研究其睾丸组织中DKKL1的分子结构、转录调控特征和蛋白质功能。【方法】通过全转录组测序获得BMI DKKL1的... 【目的】Dickkopf样顶体蛋白1(DKKL1)是一种重要的顶体蛋白,为发掘其重要功能及潜在的临床价值,以版纳微型猪近交系(BMI)为对象,研究其睾丸组织中DKKL1的分子结构、转录调控特征和蛋白质功能。【方法】通过全转录组测序获得BMI DKKL1的表达量,使用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)获得DKKL1编码区序列并分析其基因结构和蛋白质特征,使用UniProt数据库对DKKL1进行功能注释并分析DKKL1与微小RNA(miRNA)、长链非编码RNA(lncRNA)间的竞争性内源RNA(ceRNA)转录调控。【结果】获得的BMI DKKL1编码区全长为702 bp,位于基因第6号染色体上,有5个外显子和4个内含子;蛋白质功能分析表明,DKKL1包含233个氨基酸,具有疏水性,含磷酸化位点、信号肽和较多的无规则卷曲亚结构;系统进化和同源性分析表明,DKKL1氨基酸序列在哺乳动物间高度保守;蛋白互作分析显示,DKKL1与含螺旋结构域的蛋白155(CCDC155)、转录增强缔合域蛋白2(TEAD2)、RAS癌基因家族成员11B(RAB11B)等多种蛋白互作;基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析表明,这些蛋白富集在典型Wnt信号等通路上;GO功能注释表明,DKKL1在睾酮生物合成过程的负向调控、透明带穿透、顶体泡生成等方面具有重要功能;ceRNA转录调控网络分析表明,DKKL1被miR-15a和miR-15b靶向调控。【结论】本研究获得了BMI睾丸全转录数据,阐明了DKKL1的分子特征、蛋白质功能并构建了转录调控网络。 展开更多
关键词 版纳微型猪近交系 Dickkopf样顶体蛋白1 分子特征 蛋白互作 调控网络
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“Stop Ne(c)king around”: How interactomics contributes to functionally characterize Nek family kinases 被引量:3
11
作者 Gabriela Vaz Meirelles Arina Marina Perez +5 位作者 Edmárcia Elisa de Souza Ferna Luisa Basei Priscila Ferreira Papa Talita Diniz Melo Hanchuk Vanessa Bomfim Cardoso Jrg Kobarg 《World Journal of Biological Chemistry》 CAS 2014年第2期141-160,共20页
Aside from Polo and Aurora, a third but less studied kinase family involved in mitosis regulation is the never in mitosis-gene A(NIMA)-related kinases(Neks). The founding member of this family is the sole member NIMA ... Aside from Polo and Aurora, a third but less studied kinase family involved in mitosis regulation is the never in mitosis-gene A(NIMA)-related kinases(Neks). The founding member of this family is the sole member NIMA of Aspergillus nidulans, which is crucial for the initiation of mitosis in that organism. All 11 human Neks have been functionally assigned to one of the three core functions established for this family in mammals:(1) centrioles/mitosis;(2) primary ciliary function/ciliopathies; and(3) DNA damage response(DDR). Recent findings, especially on Nek 1 and 8, showed however, that several Neks participate in parallel in at least two of these contexts: primary ciliary function and DDR. In the core section of this in-depth review, we report the current detailed functional knowledge on each of the 11 Neks. In the discussion, we return to the cross-connections among Neks and point out how our and other groups' functional and interactomics studies revealed that most Neks interact with protein partners associated with two if not all three of the functional contexts. We then raise the hypothesis that Neks may be the connecting regulatory elements that allow the cell to fine tune and synchronize the cellular events associated with these three core functions. The new and exciting findings on the Nek family open new perspectives and should allow the Neks to finally claim the attention they deserve in the field of kinases and cell cycle biology. 展开更多
关键词 Cell cycle MITOSIS DNA damage response protein interactions KINASES
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评估蛋白质相互作用可信度的生物信息学方法 被引量:2
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作者 欧阳玉梅 方若森 马志强 《生命科学》 CSCD 2008年第3期408-414,共7页
随着基因组规模的高通量实验鉴定技术和计算预测方法的发展,出现了大量蛋白质相互作用数据,但大规模蛋白质相互作用数据中的较高比例的假阳性影响了相互作用数据的质量。生物信息学方法能够从已有的数据和知识出发,通过计算方法系统评... 随着基因组规模的高通量实验鉴定技术和计算预测方法的发展,出现了大量蛋白质相互作用数据,但大规模蛋白质相互作用数据中的较高比例的假阳性影响了相互作用数据的质量。生物信息学方法能够从已有的数据和知识出发,通过计算方法系统评估大规模蛋白质相互作用的可信度。本文从过程模型设计、数据集构建、特征选择与综合属性抽取、一些算法使用、实例概述等方面介绍了生物信息学方法评估蛋白质相互作用可信度的研究特点与进展。 展开更多
关键词 蛋白质相互作用 PPI可信度 生物信息学
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梨DREB基因家族全基因组鉴定及分析 被引量:4
13
作者 周凡 李丹 +5 位作者 周军 王大玮 沈兵琪 邓浪 纪晴 高晓宇 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期3889-3902,共14页
本研究为鉴定梨DREB基因,分析其生理特性和结构,并研究DREB蛋白的相互作用以及在不同逆境中的表达差异,通过生物信息学方法,对梨DREB转录因子进行了鉴定与分析。如利用本地BLAST、Pfam等搜索、鉴定DREB蛋白;采用Protparam、Signal P、SP... 本研究为鉴定梨DREB基因,分析其生理特性和结构,并研究DREB蛋白的相互作用以及在不同逆境中的表达差异,通过生物信息学方法,对梨DREB转录因子进行了鉴定与分析。如利用本地BLAST、Pfam等搜索、鉴定DREB蛋白;采用Protparam、Signal P、SPOMA、MEME数据库、DNAMAN、MEGA6.0等对蛋白进行结构特性和进化关系分析;基于String数据库对DREB蛋白进行功能互作分析;并运用拟南芥Illumia RNA-Seq数据进行同源表达分析。从梨全基因组中鉴定了60个DREB基因,通过与拟南芥DREB基因聚类分析,共分为6个亚组(A1-A6)。编码的氨基酸残基数在99-496个之间,平均含有250个氨基酸残基,整体呈弱酸性。系统分析了Pbr DREBs蛋白的保守基序和基因结构,发现这些Pbr DREBs蛋白都含有一个典型的AP2/ERF结构域,这个结构域含有55个左右的氨基酸残基,大部分以YRG保守元件开始,到RAYD保守元件终止。对Pbr DREBs蛋白之间的功能联系网络进行了系统的研究,发现DREB转录因子在梨的生长发育过程及其多种逆境反应的信号转导中发挥着重要作用,且在逆境调控中各亚组成员之间也可能存在交叉作用,其中,A1亚组即CBF转录因子在蛋白质相互调控中起重要作用。并利用同源拟南芥RNASeq数据对Pbr DREBs蛋白进行了低温、干旱等非生物胁迫下的同源分析,表明DREB蛋白在多种胁迫中都起到了重要作用。初步鉴定出的梨60个DREB基因在功能、结构、特性等方面与拟南芥及其它已报道的物种DREB基因相似,并在低温、干旱等逆境中起到重要作用。 展开更多
关键词 DREB基因 全基因组鉴定 生物信息学分析 蛋白质互作
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PGC-1α基因MEF2C结构域482G/A变异参与2型糖尿病发病的机制研究 被引量:4
14
作者 路文盛 颜晓东 +5 位作者 黄勤 胡映玉 钟玫 黄忠 陈晖 程桦 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期616-623,共8页
目的了解中国人PGC-1α基因肌肉增强因子2C(muscle enhance factor 2C,MEF2C)结构域内的482G/A变异与2型糖尿病的关系,探讨该位点变异对PGC-1α与其生物学配体MEF2C间结合力的影响,评估PGC-1α.MEF2C—GLUT4通路参与糖尿病发病... 目的了解中国人PGC-1α基因肌肉增强因子2C(muscle enhance factor 2C,MEF2C)结构域内的482G/A变异与2型糖尿病的关系,探讨该位点变异对PGC-1α与其生物学配体MEF2C间结合力的影响,评估PGC-1α.MEF2C—GLUT4通路参与糖尿病发病的可能性。方法从350例2型糖尿病先证者及其一级亲属外周血抽提DNA。应用聚合酶链反应一限制性片段长度多态性分析结合DNA直接测序技术鉴定PGC-1α基因型。基于2型糖尿病家庭,采用单倍型相对危险度分析(haplotype relative risk,HRR)和传递不平衡检验(transmission disequilibriumtest,TDT)分析482G/A变异与2型糖尿病的相关性。大肠杆菌双杂交实验定性、定量检测482位点变异所导致的PGC-1α与其配体MEF2C间结合力的变化。结果HRR分析显示,在2型糖尿病家系中,基于等位基因,传递与未传递组比较,PGC-1α基因482G/A变异的A等位基因由父母更多地向患者传递,差异具有统计学意义(Y07.2170,P=0.0072,HRR=1.4496);TDT-扩展传递不平衡检验分析显示482A等位基因由杂合子父母传递给患病子代的频率显著偏离0.5(219个家庭,P=0.0310;350个家庭,P=0.0292)。大肠杆菌双杂交实验显示482A可引起PGC-1α与其配体MEF2C间结合力明显下降(62.1±8.97,P〈0.05)。结论482A变异可能增加了中国人患2型糖尿病的风险,这一作用可能是通过降低PGC-1α-MEF2C.GLUT4通路活性,进而影响骨骼肌对葡萄糖摄取而实现的。 展开更多
关键词 PGC-1Α基因 单核苷酸多态性 2型糖尿病 大肠杆菌双杂交 蛋白质相互作用
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布鲁氏菌IV型分泌系统效应蛋白BPE043的功能和致病机制研究 被引量:4
15
作者 罗文博 付梦姣 +8 位作者 焦俊 冯俊霞 卢志宇 胡雪媛 温博海 赵晓冬 熊小路 周冬生 柯跃华 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期618-623,共6页
目的研究布鲁氏菌IV型分泌系统效应蛋白BPE043在布鲁氏菌感染和胞内生存过程中的作用。方法以羊种布鲁氏菌104株为起始菌株,通过同源重组的方法构建布鲁氏菌BPE043基因缺失株。将布鲁氏菌野生株104和突变株104ΔBPE043在相同的起始浓度... 目的研究布鲁氏菌IV型分泌系统效应蛋白BPE043在布鲁氏菌感染和胞内生存过程中的作用。方法以羊种布鲁氏菌104株为起始菌株,通过同源重组的方法构建布鲁氏菌BPE043基因缺失株。将布鲁氏菌野生株104和突变株104ΔBPE043在相同的起始浓度下培养,观察它们生长变化的趋势;用野生株和突变株分别感染小鼠,构建小鼠体内感染模型,测定小鼠脾重并计算脾脏细菌载量;利用免疫共沉淀技术筛选BPE043蛋白的宿主互作蛋白。结果成功构建了布鲁氏菌BPE043基因缺失株。与野生株相比,突变株104ΔBPE043在体外培养的生长趋势和野生株基本相同;小鼠感染实验显示,在感染1周后,两组小鼠脾均肿大,但突变株104ΔBPE043感染组小鼠脾重低于野生株104感染组小鼠脾重;在感染后两周,两组小鼠脾肿大现象开始减轻。在细菌载量方面,在感染1周后,突变株104ΔBPE043感染小鼠的脾脏细菌载量低于野生株104感染小鼠;在感染后2周,突变株感染组的脾细菌载量下降趋势更明显。免疫共沉淀实验显示BPE043蛋白与鼠源小分子GTP结合蛋白Rab4和Rab11存在相互作用。结论布鲁氏菌IV型分泌系统效应蛋白BPE043是布鲁氏菌重要的毒力因子。本研究为进一步探索BPE043基因在布鲁氏菌感染和胞内生存中的作用奠定了基础。 展开更多
关键词 布鲁氏菌 BPE043基因 生长曲线 体内感染 互作蛋白
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拟南芥液泡分拣蛋白AtVPS25调控植物生长素响应的功能分析 被引量:4
16
作者 郭萌萌 陈明 +4 位作者 刘荣榜 马有志 李连成 徐兆师 张小红 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第17期3501-3512,共12页
【目的】鉴定生长素胁迫条件下纯合突变体vps25的表型,获得拟南芥液泡分选蛋白AtVPS25的互作蛋白,并分析AtVPS25和其互作蛋白在生长素响应过程中的功能及其分子机制。【方法】根据"三引物法"鉴定突变体;通过观察拟南芥vps25... 【目的】鉴定生长素胁迫条件下纯合突变体vps25的表型,获得拟南芥液泡分选蛋白AtVPS25的互作蛋白,并分析AtVPS25和其互作蛋白在生长素响应过程中的功能及其分子机制。【方法】根据"三引物法"鉴定突变体;通过观察拟南芥vps25突变体在外加生长素的培养基上的表型,鉴定AtVPS25的功能;以AtVPS25为诱饵蛋白,采用泛素分离系统筛选在拟南芥中与其互作的蛋白;利用酵母互作试验和双分子荧光互补试验(BiFC)验证AtVPS25与AtAIR12(for Auxin-Induced in Root cultures)的互作关系;鉴定AtVPS25和AtAIR12蛋白在植物细胞中的定位情况;采用Real-time PCR方法,分析在生长素处理条件下,部分生长素运输相关基因在拟南芥vps25突变体中的表达变化。【结果】Real-time PCR结果显示,10μmol·L-1 IAA处理条件下,在野生型拟南芥(WT)中,AtVPS25的表达量随着胁迫时间的增长而增高,并在12 h达到最高,约为0 h的40倍,证明AtVPS25受生长素处理的诱导表达。利用泛素分离系统筛库获得AtVPS25的互作蛋白AtAIR12、AtVPS25与AtAIR12全长蛋白序列的酵母双杂交试验证明AtVPS25与AtAIR12互作。亚细胞定位试验证明AtVPS25定位在细胞膜和细胞质中,AtAIR12定位在细胞膜及叶绿体膜上。BiFC(双分子荧光互补)试验结果显示,AtVPS25蛋白与AtAIR12蛋白互作,并且互作位点在细胞膜和细胞质中。突变体鉴定获得纯合突变体vps25。vps25在0.1 mg·L-1 IAA条件下生长,表现为主根伸长受到抑制,并且相对同一条件下的WT的主根长度差异极显著(P<0.01),而同时侧根数无明显差异,这与已报道的air12-1突变体在生长素处理条件下的表型相似。10μmol·L-1 IAA处理时,在WT背景条件下,AtAIR12的表达量对IAA响应明显,并且随着胁迫时间的增长而增高,在12 h时达到最高,约为0 h的80倍,证明10μmol·L-1 IAA处理条件下,WT中AtAIR12表达量的变化趋势与AtVPS25完全相同。同时在vps25突变体背景条 展开更多
关键词 拟南芥 生长素运输 内体分选复合物 蛋白互作 泛素分离系统 双分子荧光互补试验
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空肠弯曲菌双分子荧光互补系统构建及其在蛋白质互作研究中的应用
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作者 郭嘉乐 任方哲 +3 位作者 李晓飞 郭长彬 焦新安 黄金林 《扬州大学学报(农业与生命科学版)》 CAS 北大核心 2024年第4期1-10,共10页
为研究空肠弯曲菌中蛋白质的相互作用,建立适合于该菌稳定高效表达的双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation,BiFC)系统,通过构建基于基因启动子、荧光蛋白以及基因回补方式等不同条件的重组载体,分别导入空肠弯曲菌... 为研究空肠弯曲菌中蛋白质的相互作用,建立适合于该菌稳定高效表达的双分子荧光互补(bimolecular fluorescence complementation,BiFC)系统,通过构建基于基因启动子、荧光蛋白以及基因回补方式等不同条件的重组载体,分别导入空肠弯曲菌进行荧光数值比较分析,确定荧光表达最优的参数,建立以porA启动子和Venus荧光蛋白的质粒回补的BiFC体系。用该体系探究空肠弯曲菌鞭毛表达蛋白的互作。结果表明:已知flhF与flhG互作的BiFC-flhF-flhG载体在菌体内表达的荧光值显著高于阴性对照载体,而BiFC-flhF-fliM和BiFC-flhF-fliG与阴性对照无差异,说明BiFC体系建立成功,且flhF与fliG、fliM不存在互作关系。综上,本研究建立了适用于空肠弯曲菌的BiFC体系,可为该菌蛋白质互作研究提供高效便捷的方法。 展开更多
关键词 空肠弯曲菌 BIFC 荧光值 蛋白质互作
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蛋白hSav1和Mst1之间的相互作用 被引量:3
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作者 罗学来 李兆明 +4 位作者 严群 李小兰 陶德定 龚建平 胡俊波 《华中科技大学学报(医学版)》 CAS CSCD 北大核心 2008年第6期761-763,841,共4页
目的探讨hSav1(human salvador1)和Mst1(Mammalian STE20-like 1)存在的相互作用,为进一步研究Mst1的功能及相关机制奠定基础。方法以Mst1cDNA全长构建诱饵蛋白载体pGBKT7-Mst1,并对其自身转录活性进行鉴定,利用酵母双杂交系统筛选人胎... 目的探讨hSav1(human salvador1)和Mst1(Mammalian STE20-like 1)存在的相互作用,为进一步研究Mst1的功能及相关机制奠定基础。方法以Mst1cDNA全长构建诱饵蛋白载体pGBKT7-Mst1,并对其自身转录活性进行鉴定,利用酵母双杂交系统筛选人胎肝文库,挑选单克隆,从而初步筛选出与Mst1相互作用的蛋白。然后构建初步筛选出的蛋白hSav1的载体pCMV-HA-hSav1,与蛋白Mst1的载体pcDNA/4TO-Flag-Mst1共转染HEK293T细胞,利用相应抗体做二者的免疫共沉淀,以验证蛋白hSav1和Mst1之间的相互作用。其次构建pEGFP-hSav1质粒转染HEK293T,利用免疫荧光观察二者在细胞内的定位。结果以Mst1为诱饵蛋白在人胎肝文库筛选到包括hSav1在内的与之存在相互作用的蛋白。免疫共沉淀结果显示,hSav1蛋白可以在FLAG抗体的免疫沉淀物中检测出来,同样在hSav1抗体的免疫沉淀物中也能检测到蛋白Mst1。免疫荧光的结果显示二者荧光在细胞内存在共定位,二者的荧光可充分融合。结论蛋白hSav1与Mst1在哺乳细胞内存在某种相互作用,为进一步研究Mst1的功能及相关机制提供了线索。 展开更多
关键词 hSav1 Mst1 蛋白相互作用
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基于TurboID的植物蛋白邻近标记实验方法 被引量:3
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作者 邝嘉怡 李洪清 +1 位作者 沈文锦 高彩吉 《植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第5期584-593,共10页
邻近标记作为近些年发展起来的一项检测活细胞内蛋白互作关系和亚细胞结构蛋白组的新型技术,已成功应用于多种动植物体系的研究。该技术通过给诱饵蛋白融合一个具有特定催化连接活性的酶,在酶的催化作用下将小分子底物(如生物素)共价连... 邻近标记作为近些年发展起来的一项检测活细胞内蛋白互作关系和亚细胞结构蛋白组的新型技术,已成功应用于多种动植物体系的研究。该技术通过给诱饵蛋白融合一个具有特定催化连接活性的酶,在酶的催化作用下将小分子底物(如生物素)共价连接到酶邻近的内源蛋白,通过富集和分析被标记的蛋白可获得与诱饵互作的蛋白组。经定向进化产生的生物素连接酶TurboID具有无蛋白毒性及催化效率高的优势。利用TurboID介导的邻近标记技术分析感兴趣蛋白的邻近蛋白组,可研究细胞内瞬时发生或微弱的蛋白互作网络,进而解析复杂的生物学过程。该文详细描述了在拟南芥(Arabidopsisthaliana)中基于TurboID的邻近标记实验方法及注意事项,旨在为利用这一新技术研究植物蛋白互作关系提供参考。 展开更多
关键词 TurboID 邻近标记 生物素 蛋白互作
原文传递
Role of Tat-Mediated PDZ Peptide Delivery in Pain Therapy
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作者 Haiying Wu Feng Tao 《Journal of Biomaterials and Nanobiotechnology》 2011年第5期596-600,共5页
Delivery of therapeutic peptides or proteins into tissues is severely limited by the size and biochemical properties of the molecules. Protein transduction domain (PTD)-mediated cargo transduction represents a novel a... Delivery of therapeutic peptides or proteins into tissues is severely limited by the size and biochemical properties of the molecules. Protein transduction domain (PTD)-mediated cargo transduction represents a novel and promising strategy to deliver biologically active peptides in vivo. The first PTD was identified from the HIV-1 transactivating transcriptional activator protein Tat in 1988. Since then, other PTDs have also been identified, including the third α-helix of the antennapedia homeotic transcription factor and synthetic peptide carriers. However, Tat PTD (amino acids 47 - 57) has shown markedly better ability for intracellular delivery than other PTDs. It has been demonstrated that fusion peptides containing the Tat PTD enter the central nervous system after systemic administration. Our previous study has shown that i.p. injected Tat-PSD-95 PDZ2 expresses in the central nervous system and significantly disrupts PDZ domain-mediated protein interactions between PSD-95 and N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR2A/2B, thereby alleviating chronic pain. Therefore, Tat-mediated intracellular delivery can be used for systemic administration of analgesics in pain management. 展开更多
关键词 TAT PEPTIDES protein TRANSDUCTION Domain protein interactions PDZ DOMAINS Chronic Pain
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