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焦亡相关基因与胃癌预后及免疫浸润的相关性分析
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作者 吴云青 王承霞 谢东宇 《中国医药导报》 CAS 2024年第21期35-45,共11页
目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及... 目的通过生物信息学筛选胃癌预后焦亡相关基因(PRGs),构建和评估风险模型并分析PRGs与免疫浸润的相关性,验证胃癌治疗的新靶点。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库获取胃癌的转录组和临床数据并筛选差异表达的PRGs。采用单因素Cox回归及LASSO回归分析差异表达的PRGs并构建预后模型。Kaplan-Meier生存曲线、受试者操作特征曲线评估模型的准确性及预后价值。根据风险评分中位数将患者分为高、低风险组,Cox回归风险模型评估风险评分与预后的相关性。胃癌基因芯片数据集GSE84437作为预测模型的外部验证。RT-qPCR和Western blot检测SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量。结果筛选35个差异表达PRGs,其中5个PRGs(CRTAC1、GPX3、IRGM、RGS2和SERPINE1)被纳入风险模型构建。年龄、M分期、N分期和风险评分是TCGA队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05);年龄、T分期和N分期是基因表达综合(GEO)队列患者生存率的独立影响因素(P<0.05)。TCGA、GEO队列中高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体均高于低风险组(P<0.05)。CRTAC1与CD4+T细胞(r=0.488)、巨噬细胞(r=0.588)和树突状细胞(r=0.332)的浸润水平呈正相关(P<0.01);GPX3与CD4+T细胞(r=0.372)、巨噬细胞(r=0.572)和树突状细胞(r=0.406)的浸润水平呈正相关(P<0.01);RGS2与CD4+T细胞(r=0.343)、巨噬细胞(r=0.526)和树突状细胞(r=0.326)的浸润水平呈正相关(P<0.01);IRGM(r=0.327)、SERPINE1(r=0.310)与巨噬细胞的浸润水平呈正相关(P<0.01)。胃癌组织中SERPINE1表达水平高于正常胃组织(P<0.05);高表达SERPINE1组的生存时间短于低表达SERPINE1组(P<0.01)。干扰组SERPINE1、Caspase-1、NLRP3 mRNA和蛋白表达量均低于阴性对照组(P<0.05)。结论通过生物信息学方法筛选5个PRGs构建胃癌预后模型,SERPINE1高表达与胃癌不良预后相关,可能参与调控NLRP3/Caspase-1细胞焦亡途径。 展开更多
关键词 胃癌 焦亡相关基因 癌症基因组图谱数据库 预后风险模型 免疫浸润
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基于焦亡相关基因构建肾细胞癌预后风险模型
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作者 陈驰 何思萍 +5 位作者 杨夏威 李海滨 吴基华 陆兵 李明虎 孙煦勇 《临床医学研究与实践》 2023年第1期1-5,共5页
目的基于焦亡相关基因构建肾细胞癌(RCC)预后风险模型。方法从TCGA数据库下载RCC组及正常组mRNA数据及临床数据,筛选焦亡相关差异基因,将单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出的焦亡相关基因用于预后风险模型的构建。根据风险评分中... 目的基于焦亡相关基因构建肾细胞癌(RCC)预后风险模型。方法从TCGA数据库下载RCC组及正常组mRNA数据及临床数据,筛选焦亡相关差异基因,将单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出的焦亡相关基因用于预后风险模型的构建。根据风险评分中位数将患者分为高风险组、低风险组。通过基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)及单样本基因集富集分析(ssGSEA)进行差异表达基因功能分析与免疫分析。结果共筛选出了42个焦亡相关差异基因,通过单因素Cox回归分析和Lasso回归最终筛选出5个焦亡相关基因用作预后风险模型的构建。GO与KEGG分析表明,差异表达基因主要与适应性免疫反应、病毒介导的细胞免疫和炎性细胞的趋化等有关;ssGSEA表明,高风险组免疫细胞浸润水平、免疫相关途径活性总体高于低风险组。结论基于5个焦亡相关基因构建的预后风险模型为RCC的诊断、治疗和靶点预测提供了新的方向。 展开更多
关键词 肾细胞癌 焦亡相关基因 预后风险模型
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铁死亡相关复发风险模型预测胶质母细胞瘤患者的临床结局与免疫浸润 被引量：1
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作者 廖永珍 梁禄 +1 位作者 李意 丛丽 《肿瘤防治研究》 CAS 2023年第3期249-257,共9页
目的构建铁死亡相关胶质母细胞瘤(GBM)复发预后风险模型并评价患者预后。方法通过CGGA和FerrDb数据库筛选复发GBM中铁死亡相关差异表达基因,经过Lasso分析构建nomogram模型,并利用TCGA数据验证预测效能。基因本体功能和信号通路富集分... 目的构建铁死亡相关胶质母细胞瘤(GBM)复发预后风险模型并评价患者预后。方法通过CGGA和FerrDb数据库筛选复发GBM中铁死亡相关差异表达基因,经过Lasso分析构建nomogram模型,并利用TCGA数据验证预测效能。基因本体功能和信号通路富集分析影响患者预后的机制,通过ESTIMATE算法和TIMER数据库研究肿瘤免疫浸润与免疫检测点表达情况。结果WWTR1、PLIN2、BID是GBM复发的重要铁死亡相关基因,结合性别、年龄构建的nomogram校正曲线一致性良好,1、3、5年AUC分别为0.65、0.66、0.63(CGGA)和0.68、0.76、0.79(TCGA)。高风险亚型中上皮间充质转化、KRAS和炎性反应通路活性明显上调(P<0.05),免疫细胞浸润较少(P<0.05),且风险评分与免疫抑制检测点呈正相关(r=0.43~0.57,P<0.05)。结论基于3个铁死亡相关复发风险基因构建预后评分模型,发现浸润性免疫细胞和免疫检测点影响GBM患者预后。 展开更多
关键词 胶质母细胞瘤 铁死亡 复发预后风险模型 免疫浸润
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黑素瘤免疫微环境相关特征基因预后风险评分模型的构建
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作者 田毅 潘意 +4 位作者 向丽萍 刘宁 刘文 魏露 杨志波 《中国皮肤性病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期629-636,共8页
目的挖掘黑素瘤中与免疫微环境相关的关键基因,并建立风险预后模型,有针对性的为患者制定个体化免疫治疗方案。方法从TCGA-SKCM(the cancer genome atlas-skin cutaneous melanoma)数据库中下载黑素瘤基因表达谱,用Estimate筛选差异表... 目的挖掘黑素瘤中与免疫微环境相关的关键基因,并建立风险预后模型,有针对性的为患者制定个体化免疫治疗方案。方法从TCGA-SKCM(the cancer genome atlas-skin cutaneous melanoma)数据库中下载黑素瘤基因表达谱,用Estimate筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),对DEGs进行KM(Kaplan-Meier)生存分析和功能富集分析。利用单因素、多因素Cox回归模型和套索(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归构建黑素瘤预后风险评分模型。绘制受试者工作特征曲线(receiver operator characteristic curve,ROC)得到风险评分的最佳临界值,计算ROC曲线下面积(area under the curve,AUC)和绘制KM生存曲线对模型性能进行评价,并通过外部数据集验证。通过TIMER(tumor immune estimation resource,TIMER)验证免疫微环境相关基因与B细胞的相关性。结果共筛选出53个与免疫微环境显著相关的DEGs,Cox回归和LASSO回归分析构建了由2个DEGs(CR1、CD97)组成的黑素瘤风险预后评分模型。模型中低风险评分组患者生存时间显著高于高风险评分组(P<0.001),且在训练集和两个外部数据集GSE54467、GSE65904中均展现出良好的预测性能。Cox回归分析中显示,风险评分与黑素瘤患者预后显著相关(P<0.001),TIMER分析进一步验证了CR1、CD97与B细胞具有显著相关性,提示风险评分可作为黑素瘤潜在的独立预后因素。结论成功构建了含两个与免疫微环境相关的特征基因的黑素瘤风险预后模型,可为改善黑素瘤患者预后,及其早期筛查和免疫治疗提供参考。 展开更多
关键词 黑素瘤 免疫微环境 生物信息学分析 预后模型
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胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型的构建
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作者 田莲莲 朱军 +4 位作者 马骞 彭涵 章屹然 王兆熹 陈睿 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第2期252-257,共6页
目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素... 目的验证Wnt信号通路在胃癌发生发展中的作用,建立胃癌Wnt信号通路相关基因预后模型,评价模型的预测价值。方法下载TCGA胃癌基因转录数据和生存资料,使用GSEA富集分析方法验证Wnt信号通路在胃癌组织样品和癌旁样品富集情况。采用单因素COX回归分析和生存曲线分析初步筛选胃癌预后相关基因;使用多因素COX比例风险回归模型确定Wnt信号通路相关基因的预后模型;结合受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)和森林图验证该模型的临床预测价值;该模型在GEO外部数据集中进行验证;应用实时荧光定量PCR(quantitative real-time PCR,qPCR)在8对临床胃癌和癌旁组织中检测Wnt信号通路相关基因的表达水平。结果下载32例胃癌癌旁的正常样品和375例癌组织样品及其相应的临床数据。GSEA富集分析显示,与正常组织相比,Wnt信号通路在胃癌组织中显著富集(P<0.05)。单因素COX分析结果表明,13个Wnt信号通路的基因与胃癌预后息息相关。多因素COX确定了模型由ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1与其相应的系数β相乘累加得到。生存曲线和ROC曲线证明该模型可准确预测胃癌患者的预后,其中1年、3年和5年ROC下面积(area under curve,AUC)分别为68.0%、69.4%和78.5%。临床单因素和多因素COX分析表明,该模型可以成为独立于胃癌分级分期系统以外的独立预后因素。胃癌外部数据集(GSE84437)验证结果显示,该模型可以较好地预测胃癌患者预后。qPCR结果显示,与癌旁组织相比,ETV2、SERPINE1、CPZ、VPS35和IGFBP1在胃癌组织中表达上调。结论本研究从生物信息学角度进一步确定了Wnt信号通路在胃癌发生发展过程中的重要作用,并且建立了预后相关的预后模型,为临床基因检测、靶向治疗和个体化治疗提供了新的视角。 展开更多
关键词 胃癌 WNT信号通路 预后模型
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