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非洲猪瘟病毒微滴式数字PCR检测用引物和探针的筛选 被引量：2
1
作者 郑腾 邹晨伟 +7 位作者 张体银 罗兆飞 王武军 唐寰宇 李宋钰 林杰 郑洁 林素洁 《福建畜牧兽医》 2023年第3期1-6,共6页
本试验针对非洲猪瘟病毒基因保守序列设计了四对引物和探针用于微滴式数字PCR检测,经过数字PCR梯度反应体系及条件优化、特异性试验、灵敏度和线性范围试验,最终确认了一对引物和探针结果较为理想,其中引物浓度为900 nmol/L,探针浓度450... 本试验针对非洲猪瘟病毒基因保守序列设计了四对引物和探针用于微滴式数字PCR检测,经过数字PCR梯度反应体系及条件优化、特异性试验、灵敏度和线性范围试验,最终确认了一对引物和探针结果较为理想,其中引物浓度为900 nmol/L,探针浓度450 nmol/L,最适退火温度为54.2℃。 展开更多
关键词 非洲猪瘟病毒 微滴式数字PCR 引物 探针 退火温度
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靶向鉴别、检测动物双歧杆菌的引物探针及应用
2
作者 杜丽霞 李典 +4 位作者 禚惠荣 石梦楠 陈延宁 李岚芳 侯少阳 《中国药科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期255-262,共8页
为解决目前应用于鉴别动物双歧杆菌的方法的用时长、操作复杂、实验环境低适配性等缺点,开发了一种基于ERIC-PCR技术设计特异性引物探针以靶向鉴别、检测动物双歧杆菌的方法。以动物双歧杆菌HP-B1124基因组DNA为基础,优化动物双歧杆菌HP... 为解决目前应用于鉴别动物双歧杆菌的方法的用时长、操作复杂、实验环境低适配性等缺点,开发了一种基于ERIC-PCR技术设计特异性引物探针以靶向鉴别、检测动物双歧杆菌的方法。以动物双歧杆菌HP-B1124基因组DNA为基础,优化动物双歧杆菌HP-B1124的ERIC-PCR反应条件,对ERIC-PCR片段逐一回收并进行测序,针对测序结果设计两对特异性引物探针,对两对引物探针设计结果的准确性、特异性、可检测基因组DNA的含量限度、普适性进行检验,并运用所设计的两对特异性引物探针检验市售公示配方中含有动物双歧杆菌的产品。本研究设计的两对特异性引物探针可简单、快速、靶向的用于动物双歧杆菌的鉴定。此方法优化了目前相对传统的动物双歧杆菌纯培养及平板计数鉴定方法,一定程度上解决了SNP基因分型技术及实时荧光定量PCR法等方法在鉴定动物双歧杆菌方面对实验设备及试剂的高要求,具有成本低、特异性强的特点,有较为广阔的市场开发前景。 展开更多
关键词 动物双歧杆菌 ERIC-PCR 细菌鉴定 引物探针
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特异性检测、鉴别乳酸片球菌的引物探针及其应用
3
作者 孙林慧 韩仁皓 +4 位作者 彭倩 孙瑞敏 陈文骋 李岚芳 侯少阳 《食品科技》 CAS 北大核心 2023年第4期17-23,共7页
为解决现有方法在检测乳酸片球菌时表现出耗时长、检测不灵敏的缺点,拟制备并运用2对特异性引物探针快速准确地从复杂生境中检测乳酸片球菌。提取乳酸片球菌HP-B1099基因组DNA,通过4因素3水平正交实验寻找ERIC-PCR最佳反应程序,并得到... 为解决现有方法在检测乳酸片球菌时表现出耗时长、检测不灵敏的缺点,拟制备并运用2对特异性引物探针快速准确地从复杂生境中检测乳酸片球菌。提取乳酸片球菌HP-B1099基因组DNA,通过4因素3水平正交实验寻找ERIC-PCR最佳反应程序,并得到乳酸片球菌有代表性的2条ERIC基因片段,设计获得2对引物探针1099-750-F/1099-750-R、1099-3-F/1099-3-R,并对2对引物的特异性、普适性、检测限度进行验证与检验。结果表明:基于ERIC-PCR技术设计的2对引物探针,可简便快速地实现混合样本中乳酸片球菌的检出,具有特异性、普适性的特点,并在多达8种基因组DNA或8种菌株混合样本中特异性地鉴别痕量乳酸片球菌,最终实现在多株近缘菌株或复杂生境中检出极低浓度的乳酸片球菌。 展开更多
关键词 乳酸片球菌 ERIC-PCR 特异性 引物探针 检测限度
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基于茎环引物探针法定量检测乙型肝炎病毒miR-3的方法学建立 被引量：1
4
作者 陈希 崔毅峙 王通 《中国病理生理杂志》 CAS CSCD 北大核心 2020年第9期1721-1728,共8页
目的:本研究拟通过广泛筛选特异性引物探针组,建立一套乙型肝炎病毒(HBV)微小RNA-3(miR-3)的绝对定量PCR检测方法。方法:基于茎环引物RT-qPCR方法原理,设计茎环引物进行逆转录,结合SYBR Green法qPCR进行特异性初筛,选择特异性较佳的引物... 目的:本研究拟通过广泛筛选特异性引物探针组,建立一套乙型肝炎病毒(HBV)微小RNA-3(miR-3)的绝对定量PCR检测方法。方法:基于茎环引物RT-qPCR方法原理,设计茎环引物进行逆转录,结合SYBR Green法qPCR进行特异性初筛,选择特异性较佳的引物组,再结合TaqMan MBG探针,确定最佳的引物探针组,实现对HBV miR-3的定量检测。结果:共设计和测试了25套茎环引物组,利用基于SYBR Green的RT-qPCR方法,筛选出6套具有良好特异性的引物组,并进一步针对这些引物组设计和测试了相应的探针,获得了可精准定量HBV miR-3的引物探针组。测试结果表明,该引物探针组不但保证了高特异性,而且定量线性范围达到每个反应102~108拷贝,其扩增效率约为88%。结论:本研究确立了一套可用于绝对定量检测HBV miR-3的特异性引物探针组。 展开更多
关键词 乙型肝炎病毒 微小RNA-3 RT-QPCR 引物探针 精准定量
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牛结核病荧光定量PCR引物探针的组合筛选比较
5
作者 毛迎雪 亓菲 +9 位作者 张皓博 曲瑶 南文龙 刘蒙达 苏华彬 姜志强 刘建柱 孙淑芳 胡莉萍 樊晓旭 《中国动物检疫》 CAS 2024年第8期105-111,共7页
为比较牛结核病荧光定量PCR(qPCR)不同引物探针组合的特异性和敏感性,验证其临床检测效果,选取国际、国家、行业、地方标准及文献报道的11组qPCR鉴定引物探针组合,采用牛分枝杆菌基因组DNA国家二级标准物质、参考菌株核酸和临床奶样对... 为比较牛结核病荧光定量PCR(qPCR)不同引物探针组合的特异性和敏感性,验证其临床检测效果,选取国际、国家、行业、地方标准及文献报道的11组qPCR鉴定引物探针组合,采用牛分枝杆菌基因组DNA国家二级标准物质、参考菌株核酸和临床奶样对其进行比较、验证。结果显示:11组引物探针均无非特异性扩增,表现出良好的特异性;国标IS1081引物检测灵敏度最高,最低检测限可达1.4×10^(-1);除国标Mtb(结核分枝杆菌)引物外,其他引物探针组合重复性良好(CV<10%);30份临床样品中国标IS1081引物阳性样品检出率明显高于其他引物。结果表明,国标IS1081引物探针组合特异、灵敏、临床检测效果更优,推荐用于实验室qPCR检测牛结核病。 展开更多
关键词 牛结核病 结核分枝杆菌复合群 牛分枝杆菌 荧光定量PCR 引物探针
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从粪便样品中检测动物冠状病毒的分子技术研究
6
作者 魏桂芳 张宇镭 +1 位作者 刘惠莉 赵立平 《中国微生态学杂志》 CAS CSCD 2005年第4期249-251,253,共4页
目的感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不... 目的感染冠状病毒的动物向环境排毒主要是通过粪便,建立直接从粪便样品对动物冠状病毒进行检测的分子技术具有重要的公共卫生学意义。方法通过计算机模拟和实验方法对已报道的2对针对冠状病毒pol基因的通用引物的通用性进行了验证。不经传统的病毒分离,直接从环境样品中提取病毒RNA,通过一步法RT-PCR进行检测,并通过分子杂交和NestedPCR扩增结合TaqMan探针实时荧光检测的PCR技术,提高对冠状病毒检测的灵敏度和准确度,并对猪、禽冠状病毒感染的临床样品进行分析检测。结果2对引物可以覆盖所有已知的冠状病毒,包括SARS,RT-PCR产物通过测序可以确定冠状病毒种类;实时荧光定量NestedPCR有很高的灵敏度,可以灵敏地检出所有供试的阳性样品,而荧光增量实时监测可以排除凝胶电泳检查的假阳性。结论该研究为从环境中普查和鉴定冠状病毒提供了可靠的技术方法。 展开更多
关键词 冠状病毒 通用引物 TiaqMan探针
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