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一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析
被引量:
1
1
作者
魏峦峦
沈斌
+3 位作者
沈和定
陈诚
方磊
吴文健
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第8期188-194,213,共8页
石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G...
石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G、35.72%T;由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和25个长度为2-118 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和5个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为GTG以外,均为典型的起始密码子ATN。ND2和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer和TrnaAsn缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有两个类似于的tRNAGln和tRNAPhy的二级结构。
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关键词
石磺科
platevindex
mortoni
线粒体基因组
基因组成
基因结构
序列分析
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职称材料
高效液相色谱法测定4种石磺中牛磺酸的含量
被引量:
8
2
作者
孙变娜
沈和定
+1 位作者
吴洪喜
姚理想
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015年第1期93-98,共6页
利用高效液相色谱邻苯二甲醛(OPA)柱前衍生法测定瘤背石磺(Onchidium struma)(上海崇明)、里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)和平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)(福建厦门)、紫色疣石磺(Peronia verruculata)(广东湛江)肌肉组织中牛...
利用高效液相色谱邻苯二甲醛(OPA)柱前衍生法测定瘤背石磺(Onchidium struma)(上海崇明)、里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)和平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)(福建厦门)、紫色疣石磺(Peronia verruculata)(广东湛江)肌肉组织中牛磺酸的含量。结果表明,瘤背石磺、紫色疣石磺、里氏拟石磺、平疣桑椹石磺的肌肉组织中牛磺酸平均质量浓度分别为6 740.42、7 168.96、5 545.42、5 263.33 mg·kg-1。紫色疣石磺和瘤背石磺的牛磺酸含量均较高,两者无明显差异。
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关键词
瘤背石磺
里氏拟石磺
平疣桑椹石磺
紫色疣石磺
高效液相色谱法
邻苯二甲醛
牛磺酸
含量测定
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职称材料
中国沿海平疣桑椹石磺COI基因的遗传多样性与遗传分化
被引量:
3
3
作者
姚理想
周娜
+1 位作者
沈和定
刘宸
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期729-739,共11页
基于CO I序列,对中国沿海5个平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析,84个样本中共检测出单倍型41个,多态性位点117个。总体来说,平疣桑椹石磺具有高的单倍型多样性(0.835±0.039)和核苷酸多样性(0...
基于CO I序列,对中国沿海5个平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析,84个样本中共检测出单倍型41个,多态性位点117个。总体来说,平疣桑椹石磺具有高的单倍型多样性(0.835±0.039)和核苷酸多样性(0.0572±0.0060)。分子方差分析(AMOVA)表明,65.98%的变异存在于种群间,34.02%的变异发生在种群内。群体间遗传分化固定指数(Fst)、基因流(Nem)及遗传距离分析表明,平疣桑椹石磺已产生了明显的群体间分化。厦门(XM)、湛江(ZJ)和广西(GX)群体间无明显分化,基因流较大(Nem>5),而海南(HN)、苍南(CN)群体分别与其他群体存在显著的分化。单倍型网络图及谱系树同样证实了群体遗传差异的存在。遗传距离模式(IBD)检测显示出,平疣桑椹石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。中性检验及历史动态检验推断,ZJ和GX群体可能经历过历史上的瓶颈效应,XM群体经历过历史上的种群扩张,扩张时间推测大约为0.12 Ma BP,可能伴随更新世冰期的气候变暖,海平面上升发生。本研究通过对平疣桑椹石磺mt DNA的CO I基因进行分析,探讨其遗传多样性及遗传分化过程,旨在为该物种种质保护,资源合理开发及生物进化方面研究提供基础资料和理论依据。
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关键词
平疣桑椹石磺
细胞色素c氧化酶亚基I(COI)
遗传多样性
遗传分化
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职称材料
平疣桑椹石磺精子结构观察
被引量:
2
4
作者
钱静
沈和定
王成暖
《生物学杂志》
CAS
CSCD
2014年第5期41-44,共4页
通过电光学显微镜和透射电子显微镜观察了平疣桑椹石磺精子的形态及其超微结构。平疣桑椹石磺成熟精子属于进化型,由头部、中段和末段组成。头部由顶体和精核构成,顶体长约0.7μm,呈细奶嘴状,内含物分布均匀,电子密度稍低于细胞核。顶...
通过电光学显微镜和透射电子显微镜观察了平疣桑椹石磺精子的形态及其超微结构。平疣桑椹石磺成熟精子属于进化型,由头部、中段和末段组成。头部由顶体和精核构成,顶体长约0.7μm,呈细奶嘴状,内含物分布均匀,电子密度稍低于细胞核。顶体基部与精核前端紧密相连,无间隙。精核长约3.8μm,宽约1.0μm,核质高度浓缩,电子密度高,无核泡,纵切似辣椒状,核后端内凹形成核后窝。中段加长,结构复杂,线粒体演化成线粒体鞘,螺旋状包绕轴丝。精子末段由轴丝及包绕轴丝的质膜组成,轴丝为典型的"9+2"结构。比较了平疣桑椹石磺精子与相关腹足类精子结构的异同,进一步证实了腹足纲贝类精子结构之间的区别主要在于顶体有无及形态,精核的长短与外形、中段线粒体的数目及其排列方式等。
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关键词
平疣桑椹石磺
精子
超微结构
分类
下载PDF
职称材料
平疣桑椹石磺生殖系统结构及精子储存场所
5
作者
钱静
沈和定
管菊
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期600-606,共7页
雌雄同体贝类精子的储存和利用规律一直是国内外贝类生物学研究的难点之一,本文利用活体解剖、显微观察、组织切片和扫描电镜技术,综合研究了平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)的生殖系统及精子储存场所。结果显示,其生殖系统包括生殖...
雌雄同体贝类精子的储存和利用规律一直是国内外贝类生物学研究的难点之一,本文利用活体解剖、显微观察、组织切片和扫描电镜技术,综合研究了平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)的生殖系统及精子储存场所。结果显示,其生殖系统包括生殖器本部、雌性生殖部分和雄性生殖部分。生殖器本部由两性腺、两性输送管、蛋白腺、黏液腺、支囊组成;雌性生殖部分包括输卵管、受精囊、阴道,位于身体中后方体腔内;雄性生殖部分包括输精管、刺激器、阴茎、阴茎鞘和阴茎牵引肌,位于身体前端右侧体腔内;其阴茎有阴茎鞘,阴茎表面布满倒刺。平疣桑椹石磺阴茎为直线状,无雄性附属腺。未交配的性成熟个体支囊内充满细长精子,受精囊内无精子;而交配后充当雌性个体的支囊内均为细长的自体精子,受精囊内有大量活力较强的粗短精子,其支囊为自体精子的存储场所,而受精囊为异体精子的存储场所。其精子储运情况为:两性腺内精子成熟后暂存于支囊,交配时通过输精管运输至阴茎,由阴茎输送精子至对方的阴道,异体精子进入受精囊内存储待用。
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关键词
平疣桑椹石磺
生殖系统
精子储存
原文传递
两种石磺胚胎发育比较
6
作者
钱静
沈和定
+1 位作者
管菊
王成暖
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期498-504,共7页
实验室内对平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)和里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)的胚胎发育过程进行了详细观察,比较了两种石磺受精卵生物学数据之间的差异。结果表明,平疣桑椹石磺和里氏拟石磺的受精卵生物学数据存在显著性差异(P&...
实验室内对平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)和里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)的胚胎发育过程进行了详细观察,比较了两种石磺受精卵生物学数据之间的差异。结果表明,平疣桑椹石磺和里氏拟石磺的受精卵生物学数据存在显著性差异(P<0.05)。分别记录两种石磺受精卵、分裂期、囊胚期、原肠期、膜内担轮幼虫期、膜内面盘幼虫期、孵化期7个发育阶段的胚胎大小和孵化所需时间,观察各期胚胎发育特征,并与瘤背石磺胚胎发育做比较。发现不同种石磺胚胎发育各期的主要形态结构并无明显区别,但是发育各期胚胎大小及孵化所需时间均有较大差异。在平均水温28℃,静水微充气,平均盐度15的条件下,平疣桑椹石磺、里氏拟石磺和瘤背石磺从受精卵到膜内面盘幼虫孵化分别需要210 h、253 h和270 h;死亡时间分别为产卵后的第25天、22天和24天。孵化后的自由面盘幼虫发育至匍匐幼虫期开始死亡,未完成幼虫培育过程,面盘幼虫的变态过程和变态条件仍有待研究。
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关键词
平疣桑椹石磺
里氏拟石磺
胚胎发育
原文传递
题名
一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析
被引量:
1
1
作者
魏峦峦
沈斌
沈和定
陈诚
方磊
吴文健
机构
上海海洋大学水产与生命学院
上海外国语大学附属外国语学校
出处
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2010年第8期188-194,213,共8页
基金
国家自然科学基金项目(30972259)
上海市教委重点学科项目(J50701)
文摘
石磺线粒体基因组全序列对研究石磺科分子系统进化具有重要意义。利用LA-PCR技术对一种石磺Platevin-dexmortoni线粒体基因组全序列进行了测定和分析。结果表明,线粒体基因组序列全长13 991 bp,碱基组成分别为27.27%A、16.78%C、20.23%G、35.72%T;由22个tRNA、2个rRNA、13个蛋白编码基因和25个长度为2-118 bp的非编码区组成。4个蛋白质编码基因和5个tRNA基因从L链编码,其余基因均从H链编码。蛋白质基因的起始密码子,除ND2为GTG以外,均为典型的起始密码子ATN。ND2和Cytb基因使用了不完全终止密码子T,其余基因均使用典型的TAA或TAG。预测了22个tRNA基因的二级结构,发现tRNASer和TrnaAsn缺少DHU臂,tRNASer和tRNAThr的反密码子环上有9个碱基,而不是通常的7个碱基。最长的非编码区含有两个类似于的tRNAGln和tRNAPhy的二级结构。
关键词
石磺科
platevindex
mortoni
线粒体基因组
基因组成
基因结构
序列分析
Keywords
Onchidiidae
platevindex
mortoni Mitochondrial genome Genome organization Gene structure Sequence analysis
分类号
Q78 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
高效液相色谱法测定4种石磺中牛磺酸的含量
被引量:
8
2
作者
孙变娜
沈和定
吴洪喜
姚理想
机构
上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
浙江省海洋水产养殖研究所
浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点试验室
出处
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015年第1期93-98,共6页
基金
国家自然科学基金项目(41276157)
上海高校水产学一流学科建设项目资助
文摘
利用高效液相色谱邻苯二甲醛(OPA)柱前衍生法测定瘤背石磺(Onchidium struma)(上海崇明)、里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)和平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)(福建厦门)、紫色疣石磺(Peronia verruculata)(广东湛江)肌肉组织中牛磺酸的含量。结果表明,瘤背石磺、紫色疣石磺、里氏拟石磺、平疣桑椹石磺的肌肉组织中牛磺酸平均质量浓度分别为6 740.42、7 168.96、5 545.42、5 263.33 mg·kg-1。紫色疣石磺和瘤背石磺的牛磺酸含量均较高,两者无明显差异。
关键词
瘤背石磺
里氏拟石磺
平疣桑椹石磺
紫色疣石磺
高效液相色谱法
邻苯二甲醛
牛磺酸
含量测定
Keywords
Onchidium struma
Paraoncidium reevesii
platevindex
mortoni
Peronia verruculata
taurine
HPLC
OPA
content determination
分类号
Q175 [生物学—水生生物学]
下载PDF
职称材料
题名
中国沿海平疣桑椹石磺COI基因的遗传多样性与遗传分化
被引量:
3
3
作者
姚理想
周娜
沈和定
刘宸
机构
上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
出处
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期729-739,共11页
基金
国家自然科学基金资助项目(41276157)
上海高校水产学一流学科建设项目
文摘
基于CO I序列,对中国沿海5个平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)群体的遗传多样性及遗传分化进行了分析,84个样本中共检测出单倍型41个,多态性位点117个。总体来说,平疣桑椹石磺具有高的单倍型多样性(0.835±0.039)和核苷酸多样性(0.0572±0.0060)。分子方差分析(AMOVA)表明,65.98%的变异存在于种群间,34.02%的变异发生在种群内。群体间遗传分化固定指数(Fst)、基因流(Nem)及遗传距离分析表明,平疣桑椹石磺已产生了明显的群体间分化。厦门(XM)、湛江(ZJ)和广西(GX)群体间无明显分化,基因流较大(Nem>5),而海南(HN)、苍南(CN)群体分别与其他群体存在显著的分化。单倍型网络图及谱系树同样证实了群体遗传差异的存在。遗传距离模式(IBD)检测显示出,平疣桑椹石磺群体的遗传距离与地理距离之间不存在明显的线性关系。中性检验及历史动态检验推断,ZJ和GX群体可能经历过历史上的瓶颈效应,XM群体经历过历史上的种群扩张,扩张时间推测大约为0.12 Ma BP,可能伴随更新世冰期的气候变暖,海平面上升发生。本研究通过对平疣桑椹石磺mt DNA的CO I基因进行分析,探讨其遗传多样性及遗传分化过程,旨在为该物种种质保护,资源合理开发及生物进化方面研究提供基础资料和理论依据。
关键词
平疣桑椹石磺
细胞色素c氧化酶亚基I(COI)
遗传多样性
遗传分化
Keywords
platevindex
mortoni
cytochrome c oxidase subunit I (CO I)
genetic diversity
genetic differentiation
分类号
S94 [农业科学—水产养殖]
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职称材料
题名
平疣桑椹石磺精子结构观察
被引量:
2
4
作者
钱静
沈和定
王成暖
机构
上海海洋大学水产与生命学院
出处
《生物学杂志》
CAS
CSCD
2014年第5期41-44,共4页
基金
国家自然科学基金项目(30972259和41276157)资助
文摘
通过电光学显微镜和透射电子显微镜观察了平疣桑椹石磺精子的形态及其超微结构。平疣桑椹石磺成熟精子属于进化型,由头部、中段和末段组成。头部由顶体和精核构成,顶体长约0.7μm,呈细奶嘴状,内含物分布均匀,电子密度稍低于细胞核。顶体基部与精核前端紧密相连,无间隙。精核长约3.8μm,宽约1.0μm,核质高度浓缩,电子密度高,无核泡,纵切似辣椒状,核后端内凹形成核后窝。中段加长,结构复杂,线粒体演化成线粒体鞘,螺旋状包绕轴丝。精子末段由轴丝及包绕轴丝的质膜组成,轴丝为典型的"9+2"结构。比较了平疣桑椹石磺精子与相关腹足类精子结构的异同,进一步证实了腹足纲贝类精子结构之间的区别主要在于顶体有无及形态,精核的长短与外形、中段线粒体的数目及其排列方式等。
关键词
平疣桑椹石磺
精子
超微结构
分类
Keywords
platevindex
mortoni
spermatozoon
ultrastructure
classification
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
Q959.215 [生物学—动物学]
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职称材料
题名
平疣桑椹石磺生殖系统结构及精子储存场所
5
作者
钱静
沈和定
管菊
机构
上海海洋大学省部共建水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室
出处
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第4期600-606,共7页
基金
国家自然科学基金项目(No.41276157
30972259)
上海高校水产学一流学科建设项目
文摘
雌雄同体贝类精子的储存和利用规律一直是国内外贝类生物学研究的难点之一,本文利用活体解剖、显微观察、组织切片和扫描电镜技术,综合研究了平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)的生殖系统及精子储存场所。结果显示,其生殖系统包括生殖器本部、雌性生殖部分和雄性生殖部分。生殖器本部由两性腺、两性输送管、蛋白腺、黏液腺、支囊组成;雌性生殖部分包括输卵管、受精囊、阴道,位于身体中后方体腔内;雄性生殖部分包括输精管、刺激器、阴茎、阴茎鞘和阴茎牵引肌,位于身体前端右侧体腔内;其阴茎有阴茎鞘,阴茎表面布满倒刺。平疣桑椹石磺阴茎为直线状,无雄性附属腺。未交配的性成熟个体支囊内充满细长精子,受精囊内无精子;而交配后充当雌性个体的支囊内均为细长的自体精子,受精囊内有大量活力较强的粗短精子,其支囊为自体精子的存储场所,而受精囊为异体精子的存储场所。其精子储运情况为:两性腺内精子成熟后暂存于支囊,交配时通过输精管运输至阴茎,由阴茎输送精子至对方的阴道,异体精子进入受精囊内存储待用。
关键词
平疣桑椹石磺
生殖系统
精子储存
Keywords
platevindex
mortoni
Reproductive system
Sperm storage
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
原文传递
题名
两种石磺胚胎发育比较
6
作者
钱静
沈和定
管菊
王成暖
机构
上海海洋大学水产与生命学院
出处
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014年第4期498-504,共7页
基金
国家自然科学基金(30972259和41276157)
文摘
实验室内对平疣桑椹石磺(Platevindex mortoni)和里氏拟石磺(Paraoncidium reevesii)的胚胎发育过程进行了详细观察,比较了两种石磺受精卵生物学数据之间的差异。结果表明,平疣桑椹石磺和里氏拟石磺的受精卵生物学数据存在显著性差异(P<0.05)。分别记录两种石磺受精卵、分裂期、囊胚期、原肠期、膜内担轮幼虫期、膜内面盘幼虫期、孵化期7个发育阶段的胚胎大小和孵化所需时间,观察各期胚胎发育特征,并与瘤背石磺胚胎发育做比较。发现不同种石磺胚胎发育各期的主要形态结构并无明显区别,但是发育各期胚胎大小及孵化所需时间均有较大差异。在平均水温28℃,静水微充气,平均盐度15的条件下,平疣桑椹石磺、里氏拟石磺和瘤背石磺从受精卵到膜内面盘幼虫孵化分别需要210 h、253 h和270 h;死亡时间分别为产卵后的第25天、22天和24天。孵化后的自由面盘幼虫发育至匍匐幼虫期开始死亡,未完成幼虫培育过程,面盘幼虫的变态过程和变态条件仍有待研究。
关键词
平疣桑椹石磺
里氏拟石磺
胚胎发育
Keywords
platevindex
mortoni
Paraoncidium reevesii
embryonic development
分类号
S917.4 [农业科学—水产科学]
S968.9
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
一种石磺科贝类线粒体基因组全序列分析
魏峦峦
沈斌
沈和定
陈诚
方磊
吴文健
《生物技术通报》
CAS
CSCD
北大核心
2010
1
下载PDF
职称材料
2
高效液相色谱法测定4种石磺中牛磺酸的含量
孙变娜
沈和定
吴洪喜
姚理想
《海洋渔业》
CSCD
北大核心
2015
8
下载PDF
职称材料
3
中国沿海平疣桑椹石磺COI基因的遗传多样性与遗传分化
姚理想
周娜
沈和定
刘宸
《中国水产科学》
CAS
CSCD
北大核心
2015
3
下载PDF
职称材料
4
平疣桑椹石磺精子结构观察
钱静
沈和定
王成暖
《生物学杂志》
CAS
CSCD
2014
2
下载PDF
职称材料
5
平疣桑椹石磺生殖系统结构及精子储存场所
钱静
沈和定
管菊
《动物学杂志》
CAS
CSCD
北大核心
2015
0
原文传递
6
两种石磺胚胎发育比较
钱静
沈和定
管菊
王成暖
《上海海洋大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2014
0
原文传递
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