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药用美洲大蠊全基因组测序分析 被引量：12
1
作者 晋家正 李午佼 +4 位作者 牟必琴 沈咏梅 耿福能 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2018年第2期121-126,共6页
以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,... 以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,并进行基因组组装、注释和分析。原始测序数据经过滤后得到1.4 Tb的二代测序数据和33.81 Gb的三代测序数据。组装结果表明,美洲大蠊基因组大小为3.26 Gb,这在已报道的昆虫基因组中仅次于东亚飞蝗Locusta migratoria。基因组重复序列含量为62.38%,杂合度为0.635%,表明其为复杂基因组。组装的Contig N50和scaffold N50长度分别为28.2 kb、315 kb,单拷贝基因完整性为88.1%,小片段文库测序数据平均比对率为99.8%,测序和组装质量满足后续分析要求。采用De novo预测、同源预测和基于转录本预测3种方法共注释到14 568个基因,其中92.4%的基因获得了功能注释。本研究首次完成了美洲大蠊的全基因组测序,也是大蠊属Periplaneta昆虫的第一个基因组,为美洲大蠊遗传进化分析和药用基因资源挖掘打下了重要基础。 展开更多
关键词 美洲大蠊 药用昆虫 全基因组测序 基因组装 基因注释
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蜚蠊肠道放线菌的卤化酶基因检测及初步分析 被引量：1
2
作者 沈娟 陈至里 +4 位作者 林培彬 陈志宇 刘凌燕 曾还雄 金小宝 《生物技术》 北大核心 2017年第5期466-471,共6页
[目的]对159株蜚蠊肠道内生放线菌的卤化酶等相关基因进行检测和初步分析。[方法]活化蜚蠊肠道内生放线菌,制备各菌株基因组DNA,根据依赖黄素腺嘌呤二核苷酸FADH2的卤化酶基因保守区设计简并引物,通过PCR扩增卤化酶基因片段,TA克隆后进... [目的]对159株蜚蠊肠道内生放线菌的卤化酶等相关基因进行检测和初步分析。[方法]活化蜚蠊肠道内生放线菌,制备各菌株基因组DNA,根据依赖黄素腺嘌呤二核苷酸FADH2的卤化酶基因保守区设计简并引物,通过PCR扩增卤化酶基因片段,TA克隆后进行测序鉴定。在此基础上,对卤化酶阳性菌株进行聚酮合酶PKSⅠ和非核糖体多肽合成酶NRPS等2个次级代谢产物生物合成主要基因进行检测。[结果]159株蜚蠊肠道放线菌有84株含有卤化酶基因,占比52.83%;卤化酶基因阳性放线菌中71株含有PKSⅠ基因,70株含有NRPS,占比分别为84.52%、83.33%。[结论]蜚蠊肠道含有较丰富的卤化酶基因阳性放线菌,可作为未来分离卤化活性物质的微生物资源。 展开更多
关键词 蜚蠊 放线菌 卤化酶 基因检测 分析
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