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生物序列比对算法分析与比较 被引量:2
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作者 钟诚 宋彬 《广西大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 2004年第3期214-221,共8页
序列比对是生物信息学的一个非常重要的操作.它可以预测生物序列的功能、结构和进化过程等.文中首先介绍双序列比对的基本算法;接着分析和比较多序列比对的四个常用模型和三类算法以及并行比对算法;最后,给出一些研究问题.
关键词 生物信息学 双序列比对 多序列比对 精确算法 近似算法 启发式算法
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Exploring the Effects of Gap-Penalties in Sequence-Alignment Approach to Polymorphic Virus Detection 被引量:1
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作者 Vijay Naidu Jacqueline Whalley Ajit Narayanan 《Journal of Information Security》 2017年第4期296-327,共32页
Antiviral software systems (AVSs) have problems in identifying polymorphic variants of viruses without explicit signatures for such variants. Alignment-based techniques from bioinformatics may provide a novel way to g... Antiviral software systems (AVSs) have problems in identifying polymorphic variants of viruses without explicit signatures for such variants. Alignment-based techniques from bioinformatics may provide a novel way to generate signatures from consensuses found in polymorphic variant code. We demonstrate how multiple sequence alignment supplemented with gap penalties leads to viral code signatures that generalize successfully to previously known polymorphic variants of JS. Cassandra virus and previously unknown polymorphic variants of W32.CTX/W32.Cholera and W32.Kitti viruses. The implications are that future smart AVSs may be able to generate effective signatures automatically from actual viral code by varying gap penalties to cover for both known and unknown polymorphic variants. 展开更多
关键词 POLYMORPHIC Malware Variants Gap Penalties Syntactic Approach pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Automatic Signature Generation Smith-Waterman Algorithm JS. Cassandra VIRUS W32.CTX/W32.Cholera VIRUS W32.Kitti VIRUS
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双序列比对基础和应用实例 被引量:3
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作者 罗静初 《生物信息学》 2023年第1期1-19,共19页
首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局... 首先介绍序列比对的分子生物学基础,即核酸序列基本单元核苷酸和蛋白质序列基本单元氨基酸。文中以精心设计的图表列出四种核苷酸和二十种氨基酸的名称、性质和分类。第2节简述序列比对基础,包括相似性和同源性基本概念、整体比对和局部比对、点阵图方法、动态规划和启发式算法、计分矩阵和空位罚分,以及常用软件和分析平台。第3节介绍核酸序列比对中常用计分矩阵DNAfull,蛋白质序列比对中常用计分矩阵BLOSUM62和PAM250。第4-8节则以血红蛋白、多肽毒素、植物转录因子、癌胚抗原和唾液酸酶为例,介绍双序列比对的具体应用。通过这些实例,说明如何选择分析平台和比对程序、如何设置计分矩阵和空位罚分,如何分析比对结果及其生物学意义。文末进行简要总结。 展开更多
关键词 双序列比对 相似性和同源性 整体比对和局部比对 点阵图 计分矩阵 空位罚分 血红蛋白 多肽毒素 植物转录因子 癌胚抗原 唾液酸酶
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EMBOSS软件包序列分析程序应用实例 被引量:2
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作者 罗静初 《生物信息学》 2021年第1期1-25,共25页
本文介绍欧洲分子生物学开放软件包EMBOSS序列分析程序应用实例。第1节简单介绍EMBOSS软件包的概况和基本用法。第2节介绍格式转换、序列提取、序列变换和序列显示等常用序列处理程序。第3节介绍序列比对程序,包括双序列比对、多序列比... 本文介绍欧洲分子生物学开放软件包EMBOSS序列分析程序应用实例。第1节简单介绍EMBOSS软件包的概况和基本用法。第2节介绍格式转换、序列提取、序列变换和序列显示等常用序列处理程序。第3节介绍序列比对程序,包括双序列比对、多序列比对和点阵图程序。第4节介绍常用核酸序列分析程序,可用于核苷酸组分统计、开放读码框分析、CpG岛识别、密码子使用统计和重复序列寻找等。第5节介绍常用蛋白质序列分析程序,包括氨基酸组分统计、序列特征位点识别、二级结构分析等。文中结合教学实例,选择部分常用程序,给出具体运行方式,并扼要说明分析结果的生物学意义。文末对程序运行过程中需要注意的地方加以讨论,并用表格列出部分常用程序的名称和用途,以便读者查阅。 展开更多
关键词 EMBOSS软件包 双序列比对 多序列比对 点阵图 核酸序列分析 蛋白质序列分析
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基于分布特征统计的说话人识别 被引量:2
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作者 李邵梅 郭云飞 卫红权 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第34期118-120,共3页
给出了基于公共码书的说话人分布特征的定义。提出了基于分布特征统计的说话人识别算法,根据所有参考说话人的训练语音建立公共码书,实现对语音特征空间的分类,统计各参考说话人训练语音的在公共码字上的分布特征进行建模。识别中引入... 给出了基于公共码书的说话人分布特征的定义。提出了基于分布特征统计的说话人识别算法,根据所有参考说话人的训练语音建立公共码书,实现对语音特征空间的分类,统计各参考说话人训练语音的在公共码字上的分布特征进行建模。识别中引入双序列比对方法进行识别语音的分布特征统计与参考说话人模型间的相似度匹配,实现对说话人的辨认。实验表明,该方法保证识别率的情况下,进一步提高了基于VQ的说话人识别的速度。 展开更多
关键词 说话人识别 矢量量化技术(VQ) 分布特征 公共码书 双序列比对
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基于布尔逻辑的双序列比对协处理器的设计与实现 被引量:2
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作者 王进科 冯萍 +1 位作者 康继昌 陈亚东 《西北工业大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第1期1-5,共5页
文章针对基因研究中的快速完成双序列比对工作的需要,设计了一种双序列比对协处理器。该协处理器通过USB接口与主机进行通信,采用基于布尔逻辑的比对算法完成双序列的比对。对碱基进行优化编码,使得用简单的门电路实现比对规则;使用流... 文章针对基因研究中的快速完成双序列比对工作的需要,设计了一种双序列比对协处理器。该协处理器通过USB接口与主机进行通信,采用基于布尔逻辑的比对算法完成双序列的比对。对碱基进行优化编码,使得用简单的门电路实现比对规则;使用流水寄存器,使得读碱基和序列比对并行工作,从而快速地完成具有显著相似性的DNA序列的比对。实验表明该协处理器具有结构简单、高效稳定、升级方便等特点。 展开更多
关键词 双序列比对 协处理器 布尔逻辑 算法
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DNA双序列比对问题的算法 被引量:2
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作者 曹莉 许玉龙 邓崇彬 《计算机系统应用》 2015年第9期112-117,共6页
随着生物序列数据库中序列数据的激增,开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法显得极为迫切.通过对生物序列比对问题中Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法深入分析,提出了Smith-Waterman算法的改进算法,并通过实验验证该算法,对... 随着生物序列数据库中序列数据的激增,开发兼有高度生物敏感性和高效率的算法显得极为迫切.通过对生物序列比对问题中Needleman-Wunsch算法和Smith-Waterman算法深入分析,提出了Smith-Waterman算法的改进算法,并通过实验验证该算法,对改进前后的运行性能进行比较分析.实验证明,改进后的算法实现了双序列局部最优解个数的优化,有效降低了生物序列比对算法时间与空间的复杂性,提高序列比对的得分率和准确率. 展开更多
关键词 生物信息学 双序列比对 算法
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基于混合行为的蚁群双序列比对方法
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作者 骆嘉伟 陈斐 彭东海 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2009年第11期150-153,共4页
针对基本蚁群算法在双序列比对中存在的易陷入局部最优解及收敛慢的问题,提出了一种新的基于混合行为的蚁群双序列比对算法,该算法通过增加蚂蚁行为模式来增大搜索空间,并且通过改变信息素更新策略来加快收敛速度。实验表明,该算法得到... 针对基本蚁群算法在双序列比对中存在的易陷入局部最优解及收敛慢的问题,提出了一种新的基于混合行为的蚁群双序列比对算法,该算法通过增加蚂蚁行为模式来增大搜索空间,并且通过改变信息素更新策略来加快收敛速度。实验表明,该算法得到的解的全局性和收敛速度相对基本蚁群算法都有较大提高。 展开更多
关键词 蚁群算法 混合行为 双序列比对
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基于高分片段对的双序列比对分治算法SPDCA
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作者 吕艳萍 陈水利 陈国龙 《集美大学学报(自然科学版)》 CAS 2007年第1期68-72,共5页
针对传统双序列比对算法的高时空复杂性,在动态规划比对算法的基础上,引入了片段对和分治思想,提出了一个新型的基于高分片段对的分治算法.模拟结果表明:该算法在降低了双序列比对算法的时空需求的同时,还能发现双序列之间微弱的相似关... 针对传统双序列比对算法的高时空复杂性,在动态规划比对算法的基础上,引入了片段对和分治思想,提出了一个新型的基于高分片段对的分治算法.模拟结果表明:该算法在降低了双序列比对算法的时空需求的同时,还能发现双序列之间微弱的相似关系,可适用于序列数据库相似性的搜索. 展开更多
关键词 生物詹息学 双序列比对 动态规划 高分片段对 分治
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两序列比对算法与软件研究进展 被引量:7
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作者 焦雅 高静 张文广 《计算机应用与软件》 CSCD 2015年第6期5-8,13,共5页
两序列比对是一种基本序列分析方法,广泛用于序列之间的相似性分析和数据库同源性搜索。现今,用于两序列的软件有上百种,它们应用不同的算法或针对不同的序列类型,在比对速度和比对质量等方面也有很大的差异。根据要比对的序列情况以及... 两序列比对是一种基本序列分析方法,广泛用于序列之间的相似性分析和数据库同源性搜索。现今,用于两序列的软件有上百种,它们应用不同的算法或针对不同的序列类型,在比对速度和比对质量等方面也有很大的差异。根据要比对的序列情况以及要达到的目的选择合适的比对软件是非常有必要的。对现有两序列比对的算法和常用软件进行归类和比较,为研究人员了解现今序列比对情况,筛选合适的比对算法和软件提供参考。 展开更多
关键词 序列比对 两序列比对算法 两序列比对软件 生物信息学
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基于动态规划的双序列比对算法构件设计与实现 被引量:3
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作者 石海鹤 周卫星 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2019年第9期1907-1917,共11页
双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以... 双序列比对算法是生物信息学中的一个关键算法,广泛应用于序列相似性分析以及基因组序列数据库搜索.现有研究主要针对特定应用问题优化和使用相对应比对算法,缺乏高抽象层算法框架的细致研究,在一定程度上导致了序列比对算法的冗余性以及人为选择算法可能造成的误差等问题,也使得人们难以有效地了解算法结构.通过深入分析基于动态规划的双序列比对算法(dynamic programming-based pairwise sequence alignment algorithm, DPPSAA)领域,在建立该算法领域的特征模型以及对应算法构件交互模型基础上,利用PAR 平台形式化实现双序列比对算法构件库,并装配生成具体算法,保证了形式化装配算法的可靠性,为序列相似性分析算法应用提供了一条有价值的参考途径.最后,利用PAR平台 C++程序生成系统将组装的比对算法转换为 C++程序,运行结果表明DPPSAA算法构件库具有一定的实用性. 展开更多
关键词 双序列比对算法 动态规划 特征模型 构件交互模型 PAR平台
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