植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基...植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC(Effective Number of Codons)值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU(Relative Synonymous Codon Usage)值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。展开更多
文摘植物叶绿体psbA基因的启动子是叶绿体基因工程中常用的启动子,研究该基因的编码特点对完善叶绿体基因工程的研究设计、提高外源基因在受体物种中高效、稳定的表达具有重要作用。本研究综合运用了多种分析软件,对11种植物的叶绿体psbA基因进行了分析。结果表明,11种植物psbA基因的ENC(Effective Number of Codons)值都小于40,显示出了明显的密码子偏好性,即在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子。RSCU(Relative Synonymous Codon Usage)值表明共有20个密码子在编码使用上具有偏好性,其中有8个表现出较强的偏好性;另有12个密码子在psbA中出现率极低或没有出现。在聚类分析中,基于密码子偏好性参数RSCU的聚类不能正确反映物种间的进化关系,而基于基因序列的聚类更适合作为系统发育分析的参考。
