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题名葡萄PPR基因家族鉴定与生物信息学分析
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作者
袁诚
郑焕
洪奔
陶建敏
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机构
南京农业大学园艺学院
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出处
《分子植物育种》
CAS
北大核心
2023年第12期3857-3865,共9页
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基金
国家自然科学基金项目(Grant NO.31901975)
中国博士后科学基金项目(2019M651858)
+4 种基金
江苏省“双创计划”
国家现代农业葡萄产业技术体系项目(CARS-29)
江苏农业产业技术体系项目(JATS[2020]398)
江苏省农业重大新品种创制项目(PZCZ201723)
江苏省农业科技自主创新资金项目(CX(19)2029)共同资助。
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文摘
为了研究葡萄PPR(Pentatricopeptide repeats)家族,本研究利用全基因组信息鉴定了葡萄501个PPR家族成员,并对PPR家族成员进行染色体定位,基因功能和进化分析以及组织表达分析。结果表明,葡萄全基因组上501个PPR家族成员中有459个在19条染色体上分布,主要分布在1、18号染色体上,其中1号染色体上数目最多为36个;其中118个PPR基因属于P亚家族,383个基因属于PLS亚家族。PPR基因家族中有47.7%的基因属于无内含子基因。亚细胞定位表明大部分PPR基因定位于线粒体。基因功能预测结果表明,葡萄PPR家族主要富集到锌离子结合以及蛋白质结合功能,参与的生物过程主要与细胞壁修饰、细胞成分组织、碳水化合物代谢过程以及氧化还原过程有关。依照系统分化可以把家族成员分成两部分,不同组织的表达水平分析得到的结果显示PPR基因家族基因的表达模式存在差异。
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关键词
葡萄
ppr基因家族
亚细胞定位
功能预测
基因表达
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Keywords
Grape
ppr genes family
Subcellular localization
Functional prediction
Gene expression
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分类号
TQ3
[化学工程]
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