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蛋白磷酸酶-1催化亚基β在结直肠癌诊断、预后及免疫浸润中的生物信息学分析
1
作者
朱兴墅
郑师尧
+6 位作者
王庆惠
陈力
刘旺武
纪辉涛
王瑜
赵虎
方永超
《中华细胞与干细胞杂志（电子版）》
2023年第6期321-330,共10页
目的 基于生物信息学探讨蛋白磷酸酶-1催化亚基β(PPP1CB)在结直肠癌(CRC)中的表达、预后、功能富集、免疫浸润及药物敏感性分析。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库GSE41258下载CRC转录组及相应临床数据。根据PPP1CB表达中...
目的 基于生物信息学探讨蛋白磷酸酶-1催化亚基β(PPP1CB)在结直肠癌(CRC)中的表达、预后、功能富集、免疫浸润及药物敏感性分析。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库GSE41258下载CRC转录组及相应临床数据。根据PPP1CB表达中位数分组,确定两组间临床数据的差异情况。利用R语言survminer包分析PPP1CB高低表达组间的生存差异;对PPPICB表达与临床特征进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选出影响肿瘤进展的独立预后因素;基于独立预后因素构建预测预后情况的列线图,并通过矫正曲线和ROC对模型进行内外部评估;采用R语言limma包对PPP1CB高低组进行差异分析,在DAVID数据库中进行差异表达基因(DEGs)的功能富集分析;采用R语言cibersort包进行免疫浸润丰度的评估;利用OncoPredict包进行药物敏感性预测。两组间比较采用独立样本t检验,分类变量间比较采用卡方检验。结果 与正常组比较,PPP1CB在肿瘤组中表达降低(P<0.001):其低表达与患者预后不良相关(P=0.021),在M0-1和N1-2亚组的生存分析中也得到相似结果(P=0.012,P=0.024)。ROC曲线下面积为0.746,提示其具有良好的诊断价值。单因素和多因素Cox回归分析结果显示,PPP1CB、年龄、T分期、N分期以及M分期可作为CRC的独立预后因素。模型的矫正曲线拟合度良好,1、3和5年的ROC曲线下面积均大于0.75。在PPP1CB高低表达组中,共有303个DEGs,其中297个基因表达增加,6个基因表达降低。功能富集分析显示,该差异基因主要富集在细胞周期、细胞肌动蛋白骨架调节等多个通路。免疫细胞浸润结果显示,在两组之间存在6种免疫细胞的表达差异,其中与Treg细胞相关性最高为-0.416。OncoPredict包进一步筛选出9种可能针对CRC的治疗药物。结论 PPP1CB在CRC发生发展中可能扮演关键的抑癌基因角色,为CRC患者靶向治疗提供新的潜在靶点。
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关键词
ppp
1
cb
结直肠癌
生物信息学
预后
免疫细胞浸润
原文传递
PPP1CB基因多态性与西门塔尔牛肉质性状相关性分析
被引量：
3
2
作者
姜颖
闫守庆
+3 位作者
杨润军
卢春燕
张永宏
赵志辉
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期493-496,共4页
选用134头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对PPP1CB基因的第一内含子进行检测,利用SPSS软件对该基因内含子1的多态性与肉质性状进行相关性分析。分析结果表明:PPP1CB基因的第一内含子第14 434bp碱基处存在C/T基因突变,该基因...
选用134头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对PPP1CB基因的第一内含子进行检测,利用SPSS软件对该基因内含子1的多态性与肉质性状进行相关性分析。分析结果表明:PPP1CB基因的第一内含子第14 434bp碱基处存在C/T基因突变,该基因多态性与屠宰率呈显著相关,对其他性状的影响差异不显著。本文首次揭示了PPP1CB基因与牛肉质性状的相关性,为西门塔尔牛利用该基因的多态性进行分子育种提供了试验依据。
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关键词
西门塔尔牛
ppp
1
cb
基因
多态性
肉质性状
原文传递
题名
蛋白磷酸酶-1催化亚基β在结直肠癌诊断、预后及免疫浸润中的生物信息学分析
1
作者
朱兴墅
郑师尧
王庆惠
陈力
刘旺武
纪辉涛
王瑜
赵虎
方永超
机构
中国人民解放军联勤保障部队第九〇〇医院普通外科
福建中医药大学中西医结合学院
福建医科大学福总临床医学院
福建医科大学肿瘤临床医学院
出处
《中华细胞与干细胞杂志（电子版）》
2023年第6期321-330,共10页
基金
福建省科技厅引导基金资助项目(2021Y0061)。
文摘
目的 基于生物信息学探讨蛋白磷酸酶-1催化亚基β(PPP1CB)在结直肠癌(CRC)中的表达、预后、功能富集、免疫浸润及药物敏感性分析。方法 分别从癌症基因组图谱(TCGA)和GEO数据库GSE41258下载CRC转录组及相应临床数据。根据PPP1CB表达中位数分组,确定两组间临床数据的差异情况。利用R语言survminer包分析PPP1CB高低表达组间的生存差异;对PPPICB表达与临床特征进行单因素和多因素Cox回归分析,筛选出影响肿瘤进展的独立预后因素;基于独立预后因素构建预测预后情况的列线图,并通过矫正曲线和ROC对模型进行内外部评估;采用R语言limma包对PPP1CB高低组进行差异分析,在DAVID数据库中进行差异表达基因(DEGs)的功能富集分析;采用R语言cibersort包进行免疫浸润丰度的评估;利用OncoPredict包进行药物敏感性预测。两组间比较采用独立样本t检验,分类变量间比较采用卡方检验。结果 与正常组比较,PPP1CB在肿瘤组中表达降低(P<0.001):其低表达与患者预后不良相关(P=0.021),在M0-1和N1-2亚组的生存分析中也得到相似结果(P=0.012,P=0.024)。ROC曲线下面积为0.746,提示其具有良好的诊断价值。单因素和多因素Cox回归分析结果显示,PPP1CB、年龄、T分期、N分期以及M分期可作为CRC的独立预后因素。模型的矫正曲线拟合度良好,1、3和5年的ROC曲线下面积均大于0.75。在PPP1CB高低表达组中,共有303个DEGs,其中297个基因表达增加,6个基因表达降低。功能富集分析显示,该差异基因主要富集在细胞周期、细胞肌动蛋白骨架调节等多个通路。免疫细胞浸润结果显示,在两组之间存在6种免疫细胞的表达差异,其中与Treg细胞相关性最高为-0.416。OncoPredict包进一步筛选出9种可能针对CRC的治疗药物。结论 PPP1CB在CRC发生发展中可能扮演关键的抑癌基因角色,为CRC患者靶向治疗提供新的潜在靶点。
关键词
ppp
1
cb
结直肠癌
生物信息学
预后
免疫细胞浸润
Keywords
ppp
1
cb
Colorectal cancer
Bioinformatics
Prognosis
Immune cell infiltration
分类号
R735.34 [医药卫生—肿瘤]
原文传递
题名
PPP1CB基因多态性与西门塔尔牛肉质性状相关性分析
被引量：
3
2
作者
姜颖
闫守庆
杨润军
卢春燕
张永宏
赵志辉
机构
吉林大学动物科学学院
出处
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015年第3期493-496,共4页
基金
国家"863"计划资助项目(2013AA102505)
吉林省科技支撑重点资助项目(20110229)
文摘
选用134头西门塔尔牛为试验材料,采用PCR-RFLP的方法对PPP1CB基因的第一内含子进行检测,利用SPSS软件对该基因内含子1的多态性与肉质性状进行相关性分析。分析结果表明:PPP1CB基因的第一内含子第14 434bp碱基处存在C/T基因突变,该基因多态性与屠宰率呈显著相关,对其他性状的影响差异不显著。本文首次揭示了PPP1CB基因与牛肉质性状的相关性,为西门塔尔牛利用该基因的多态性进行分子育种提供了试验依据。
关键词
西门塔尔牛
ppp
1
cb
基因
多态性
肉质性状
Keywords
Simmental cows
ppp
1
cb
gene
polymorphism
meat quality
分类号
S823 [农业科学—畜牧学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
蛋白磷酸酶-1催化亚基β在结直肠癌诊断、预后及免疫浸润中的生物信息学分析
朱兴墅
郑师尧
王庆惠
陈力
刘旺武
纪辉涛
王瑜
赵虎
方永超
《中华细胞与干细胞杂志（电子版）》
2023
0
原文传递
2
PPP1CB基因多态性与西门塔尔牛肉质性状相关性分析
姜颖
闫守庆
杨润军
卢春燕
张永宏
赵志辉
《中国兽医学报》
CAS
CSCD
北大核心
2015
3
原文传递
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