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Identification of a novel frameshift mutation in PITX2 gene in a Chinese family with Axenfeld-Rieger syndrome 被引量:5
1
作者 Hou-fa YIN Xiao-yun FANG +5 位作者 Chong-fei JIN Jin-fu YIN Jin-yu LI Su-juan ZHAO Qi MIAO Feng-wei SONG 《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》 SCIE CAS CSCD 2014年第1期43-50,共8页
Objective: Axenfeld-Rieger syndrome (ARS) is phenotypically and genetically heterogeneous. In this study we identified the underlying genetic defect in a Chinese family with ARS. Methods: A detailed family history... Objective: Axenfeld-Rieger syndrome (ARS) is phenotypically and genetically heterogeneous. In this study we identified the underlying genetic defect in a Chinese family with ARS. Methods: A detailed family history and clinical data were recorded. The ocular phenotype was documented using slit-lamp photography and systemic anomalies were also documented where available. The genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes. All coding exons and intron-exon junctions of paired-like homeodomain transcription factor 2 (PITX2) gene and the forkhead box C1 (FOXC1) gene were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and screened for mutation by direct DNA sequencing. Variations detected in exon 5 of PITX2 were further evaluated with cloning sequencing. The exon 5 of PITX2 was also sequenced in 100 healthy controls, unrelated to the family, for comparison. Structural models of the wild type and mutant homeodomain of PITX2 were investigated by SWISS-MODEL. Results: Affected individuals exhibited variable ocular phenotypes, whereas the systemic anomalies were similar. After direct sequencing and cloning sequencing, a heterozygous deletion/insertion mutation c. 198_201delinsTTTCT (p.M661fs*133) was revealed in exon 5 of PITX2. This mutation co-segregated with all affected individuals in the family and was not found either in unaffected family members or in 100 unrelated controls. Conclusions: We detected a novel frameshift mutation p.M661fs*133 in PITX2 in a Chinese family with ARS. Although PITX2 mutations and polymorphisms have been re- ported from various ethnic groups, we report for the first time the identification of a novel deletion/insertion mutation that causes frameshift mutation in the homeodomain of PITX2 protein. 展开更多
关键词 Axenfeld-Rieger syndrome pitx2 gene FOXC1 gene Frameshift mutation HOMEODOMAIN
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小家鼠Pitx2基因的生物信息学分析 被引量:3
2
作者 郝爱平 熊超超 《生物技术》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期13-16,共4页
目的:对小家鼠Pitx2基因编码蛋白质进行结构和功能预测。方法:利用生物信息学方法和工具对PITX2蛋白质的理化性质、结构功能域和功能分类进行分析。结果:氨基酸残基的组成中丝氨酸含量最高,分子式为C1549H2430N460O483S17,相对分子质量3... 目的:对小家鼠Pitx2基因编码蛋白质进行结构和功能预测。方法:利用生物信息学方法和工具对PITX2蛋白质的理化性质、结构功能域和功能分类进行分析。结果:氨基酸残基的组成中丝氨酸含量最高,分子式为C1549H2430N460O483S17,相对分子质量35.8kD,等电点为9.63,具有一定的亲水性;可能为非跨膜蛋白;主要构件为α-螺旋和无规则卷曲;含有一个Hox结构域,推测该蛋白为转录调节因子。结论:通过生物信息学分析,为进一步研究该基因功能奠定基础,也为小鼠作为模式生物在人类的积累性遗传病的研究上提供了理论依据。 展开更多
关键词 小家鼠 pitx2基因 生物信息学
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基于外显子组测序的Axenfeld-Rieger综合征致病突变筛查 被引量:1
3
作者 王琦 刘鑫娜 +1 位作者 邵正波 原慧萍 《中华实验眼科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第10期929-934,共6页
目的对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测,寻找致病突变。方法采用家系调查研究方法,纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系,该家系3代共15人,其中患者3例。详细记录家族史,进行眼科及... 目的对Axenfeld-Rieger综合征(ARS)一家系进行临床检查和基因检测,寻找致病突变。方法采用家系调查研究方法,纳入2018年于哈尔滨医科大学附属第二医院就诊的中国汉族ARS一家系,该家系3代共15人,其中患者3例。详细记录家族史,进行眼科及全身一般检查。采集受检者外周静脉血2~5 ml并提取淋巴细胞基因组DNA和RNA。对先证者DNA进行外显子测序,利用人群数据库及生物信息学分析筛选可疑突变,Sanger测序和实时荧光定量PCR进行验证,对可疑突变进行保守性和有害性预测,参照美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)遗传变异分类标准与指南对候选罕见变异进行致病性评估。结果3例患者均存在ARS典型的眼部、牙齿和肚脐发育异常,且均携带PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs^(*))杂合突变,家系中其他人员无相应临床表型且未检测到该变异位点,符合家系共分离。3例患者PITX2 mRNA相对表达量为0.672±0.063,明显低于健康对照的1.015±0.179,差异有统计学意义(t=8.847,P<0.001)。dbSNP、1000G、gnomeAD、ExAC、Korea1K、EVS数据库中均未收录该变异,MutationTaster评为有害,受影响的氨基酸序列在9种动物中保守存在。ACMG遗传变异分类标准和指南评价该变异位点为致病变异。结论PITX2基因c.525delC(p.Asp175Glufs*)变异为该家系患者的致病变异,首次在中国ARS家系中报道。 展开更多
关键词 AXENFELD-RIEGER综合征 家系 基因检测 全外显子组测序 pitx2基因 移码突变
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Studies of a pedigree with limbal dermoid cyst 被引量:1
4
作者 Jing Zhu, Xu-Yang Liu 《International Journal of Ophthalmology(English edition)》 SCIE CAS 2012年第5期641-643,共3页
AIM: To study clinical features and gene mutations within the paired-like homeodomain transcription factor 2 (PITX2) gene in a pedigree of bilateral limbal dermoids. METHODS: Complete eye examinations have been perfor... AIM: To study clinical features and gene mutations within the paired-like homeodomain transcription factor 2 (PITX2) gene in a pedigree of bilateral limbal dermoids. METHODS: Complete eye examinations have been performed on each individual of the family. Exons of paired-like homeodomain transcription factor 2 ( PITX2)were amplified by polymerase chain reaction, sequenced, and compared with a reference database. RESULTS: We described the phenotype, clinic findings in a family with two affected members. The masses of the proband's eyes were excised surgically demonstrating a dermoid cyst by histopathological examination. No mutation was detected in the gene PITX2 in this pedigree. CONCLUSION: A family of limbal dermoid cyst was reported. In addition, no pathogenic sequence variations were found in PITX2, indicating that this phenotype in this family is a distinctive entity. 展开更多
关键词 PEDIGREE dermoid cyst LIMBUS pitx2 gene
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Peters异常PITX2及PAX6基因型表型分析 被引量:1
5
作者 孟永 卢国华 +2 位作者 谢阳 孙新成 黄丽琴 《国际眼科杂志》 CAS 北大核心 2019年第12期2118-2122,共5页
目的:分析中国人Peters异常(PA)患者的临床特征,研究Peters异常患者PITX2及PAX6基因变异情况。方法:选取2016/2019年在常州市第二人民医院及第三人民医院眼科就诊的15例Peters异常患者,并收集详细的相关临床资料。征得患者及其家系成员... 目的:分析中国人Peters异常(PA)患者的临床特征,研究Peters异常患者PITX2及PAX6基因变异情况。方法:选取2016/2019年在常州市第二人民医院及第三人民医院眼科就诊的15例Peters异常患者,并收集详细的相关临床资料。征得患者及其家系成员的同意后抽血制备基因组DNA,用聚合酶链反应(PCR)对致病基因PITX2及PAX6的编码区及其临接内含子进行扩增后,直接测序筛查中国人群Peters异常患者PITX2及PAX6基因变异,异源双链-单链构象多态性分析(HA-SSCP)的方法对突变患者及其家系成员及80例正常对照进行验证;分析比较国内已报道的Peters异常患者PITX2及PAX6基因突变并研究其相关表型。结果:Peters异常患者15例PITX2基因突变筛查结果发现了1种新PITX2的突变c.296delG(P.R99fsx56),导致该基因的功能异常,分析突变患者临床特征,该患者右眼诊断为Axenfeld-Rieger综合征(ARS),左眼诊断为Peters异常。而家系成员中该患者父母及无亲缘关系的正常对照者均未发现相同突变,故此突变为新生突变。PAX6基因突变筛查未能发现突变。结论:PA患者15例中检测到1个新PITX2基因突变,丰富了PITX2基因突变频谱,进一步明确了PA合并ARS眼病的临床特点,为该种少见眼病的临床诊断和发病原因提供了依据。 展开更多
关键词 Peters异常 AXENFELD-RIEGER综合征 pitx2基因 PAX6基因 突变
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PITX2 shRNA对卵巢癌细胞H08910裸鼠移植瘤凋亡的影响 被引量:1
6
作者 王治鸿 王丽媛 段瑞云 《中国药物与临床》 CAS 2014年第9期1168-1171,共4页
目的探讨PITX2基因沉默对人卵巢癌细胞株H08910裸鼠移植瘤凋亡的影响。方法将重组PITX2 shRNA plasmid转染人卵巢癌细胞株H08910细胞,通过裸鼠移植瘤实验观察PITX2基因沉默对裸鼠移植瘤的生长抑制作用,同时,利用荧光定量聚合酶链反应(RT... 目的探讨PITX2基因沉默对人卵巢癌细胞株H08910裸鼠移植瘤凋亡的影响。方法将重组PITX2 shRNA plasmid转染人卵巢癌细胞株H08910细胞,通过裸鼠移植瘤实验观察PITX2基因沉默对裸鼠移植瘤的生长抑制作用,同时,利用荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)和蛋白印迹法检测PITX2基因沉默对caspase-3、cytochrome-c和caspase-9表达的影响。结果与对照组(空载体组和未转染组)相比,PITX2 shRNA plasmid转染组人卵巢癌细胞株H08910细胞生长速度减慢,肿瘤体积缩小(P<0.05),而且caspase-3、cytochrome-c和caspase-9的表达明显升高(P<0.05)。结论 PITX2基因沉默可通过促进肿瘤细胞的凋亡而抑制裸鼠移植瘤生长。 展开更多
关键词 基因沉默 卵巢肿瘤 细胞凋亡 pitx2
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东北地区原发性闭角型青光眼家系PITX2基因和FOXC1基因突变筛查
7
作者 李元媛 周欣荣 +1 位作者 原慧萍 康杨 《眼科》 CAS 2011年第1期54-57,共4页
目的通过分子遗传学研究筛查原发性闭角型青光眼家系PITX2基因和FOXC1基因突变情况。设计实验研究。研究对象东北地区原发性闭角型青光眼4个家系13例患者和24例健康成员。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增PITX2基因和FOXC1基因所有编码外... 目的通过分子遗传学研究筛查原发性闭角型青光眼家系PITX2基因和FOXC1基因突变情况。设计实验研究。研究对象东北地区原发性闭角型青光眼4个家系13例患者和24例健康成员。方法应用聚合酶链反应(PCR)扩增PITX2基因和FOXC1基因所有编码外显子,直接测序法筛查致病突变。主要指标PITX2基因、FOXC1基因序列。结果所分析的4个家系13例患者基因组DNA中均未检测到PITX2基因、FOXC1基因突变。结论 PITX2基因和FOXC1基因不是中国东北地区该原发性闭角型青光眼家系的致病病因。 展开更多
关键词 pitx2基因 FOXC1基因 原发性闭角型青光眼
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新生儿肠旋转不良PITX2基因第2和第5外显子序列多态性分析
8
作者 潘金勇 张惠荣 +1 位作者 段为浩 曹晓燕 《中华实用儿科临床杂志》 CSCD 北大核心 2016年第2期124-126,共3页
目的通过分子遗传学研究筛查新生儿肠扭转不良患儿PITX2基因外显子2、5基因突变情况。方法选取2012年1月至2014年12月在石河子大学医学院第一附属医院住院并符合新生儿肠扭转不良诊断标准的患儿15例(试验组)和体检健康的新生儿25例(... 目的通过分子遗传学研究筛查新生儿肠扭转不良患儿PITX2基因外显子2、5基因突变情况。方法选取2012年1月至2014年12月在石河子大学医学院第一附属医院住院并符合新生儿肠扭转不良诊断标准的患儿15例(试验组)和体检健康的新生儿25例(健康对照组)作为研究对象。实验组中肠扭转15例,肠扭转合并十二指肠闭锁4例,肠扭转合并空肠闭锁3例。记录临床特征并分别抽取外周静脉血3mL,乙二胺四乙酸抗凝后,抽提基因组DNA,应用聚合酶链反应(PCR)扩增P1TX2基因外显子2和外显子5,并对PCR扩增后的片段直接测序筛查该基因2个位点是否存在突变。结果基因比对结果显示,实验组15例肠扭转不良患儿与健康对照组25例新生儿均未检测到PITX2基因外显子2和外显子5基因突变。结论PITX2基因外显子2和外显子5在小群体新生儿中未检测出多态性,但并不能排除该基因通过其他方式致使新生儿发生肠扭转不良症的可能。 展开更多
关键词 婴儿 新生 肠扭转不良 pitx2基因 基因突变
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高通量技术检测抑癌基因Pitx2静默后PanIN细胞中下游基因改变
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作者 钱雨婷 王琪 许斌 《内科理论与实践》 2020年第4期261-267,共7页
目的:运用小鼠基因转录本的全基因表达谱芯片,研究Pitx2基因静默前后胰腺上皮内瘤变(pancreatic intraepithelial neoplasia,PanIN)细胞下游基因表达谱的变化。方法:应用小鼠全基因芯片检测Pitx2基因静默前后PanIN细胞基因表达谱的变化... 目的:运用小鼠基因转录本的全基因表达谱芯片,研究Pitx2基因静默前后胰腺上皮内瘤变(pancreatic intraepithelial neoplasia,PanIN)细胞下游基因表达谱的变化。方法:应用小鼠全基因芯片检测Pitx2基因静默前后PanIN细胞基因表达谱的变化,并运用实时荧光定量多聚酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)对部分芯片结果进行验证。结果:根据基因芯片筛选出差异倍数3倍以上的差异表达基因共97条。其中上调58条,涉及细胞增殖的基因包括Rac1、Ccr1、Fut9、PPP3CA、Sox5、Bmp7、Chtf18、Btg4、Flt4、Dscaml1和Pftk1;涉及细胞转移的基因包括Sesn1、Rpl7a、PPP3CA、Sox5、Bmp7、PIK3C2G、Cxcl12、Btg4和Kcnj14。下调39条,涉及细胞增殖的基因包括PPP2R2A、Nav1、PPP2R3C、Katnb1、Gpbp1、Nat3、Tgm5和PRKRA;涉及细胞转移的基因包括PPP2R2A、Lce1c、Hcn1、PPP2R3C、Tbxas1、Chrna1、Frmd5和Cdh7。其余基因涉及细胞周期、细胞死亡调控、细胞黏附、细胞转录活性、细胞转移酶活性。通过实时定量PCR对部分基因进行验证,显示基因芯片的结果与实时定量PCR验证结果基本一致。结论:通过基因芯片技术筛选出Pitx2基因静默前后PanIN细胞下游差异表达基因,为后续体内、外实验奠定了良好的基础。 展开更多
关键词 基因表达谱 胰腺上皮内瘤变 pitx2基因 胰腺肿瘤
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伊犁马PITX2基因多态性及其与产奶性状的关联分析
10
作者 帕孜拉·肉孜阿洪 于茜 +5 位作者 赵国艺 马海玉 刘玲玲 曹行 吕士鹏 刘武军 《黑龙江畜牧兽医》 CAS 北大核心 2020年第9期1-4,166,共5页
为了研究伊犁马垂体同型框转录因子2(paired-liked homeodomain transcription factor 2,PITX2)基因的多态性及其与产奶性状间的关系,试验采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对80匹伊犁马PITX2基因的多态性进行研究,并利用SPSS 18.0软件中的Gen... 为了研究伊犁马垂体同型框转录因子2(paired-liked homeodomain transcription factor 2,PITX2)基因的多态性及其与产奶性状间的关系,试验采用PCR-SSCP和DNA测序技术,对80匹伊犁马PITX2基因的多态性进行研究,并利用SPSS 18.0软件中的General Linear Model(GLM)模型分析了PITX2基因与产奶性状的关系。结果表明:PITX2基因在乳用型伊犁马中存在多态性,在内含子区域g.115289715处缺失碱基A,产生三种基因型,即AA、AB和BB,经关联分析发现这三种基因型个体的产奶性状间存在显著关联。说明PITX2基因的多态位点有可能成为伊犁马产奶性状选育的分子标记。 展开更多
关键词 伊犁马 pitx2基因 多态性 产奶性状 DNA测序 PCR-SSCP
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